Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376708.1
Sequence Length
4347 nt
GC Content
0.4605
AGUGCGUGCCGGGUGCGGCGCCAGCAGCGGAGGGGCGGCCCGGCGCCCAGCGGAGAGCCGCUGGCUGGGUGGGUGUCGGCCUCCCCGCCUCCUUCUUCUCCCCGCCGGCUUGCCGGGGAUGCUUGCGCGAGGCGCCCCCUCGCCUUUAAGCUCCCGGCCCCGGGGGGCGGUGUGUGUGAGUAGCUGGGAGGGGGCCGCGAGGCGCUCCGCCGAGGGCUCGUCCGGGUUUGUCCGCCGCCGUCACCUGACUCGUCGGAGGAGCCACAGCUGAGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUUUAUUUGAGUCCACUCCUGAAGUUGCUGCAGCGCCUAAGCCAGAUGCUGCUCCUAGCAUAGACCUGUUUAGUACAGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1294.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1376.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 1057.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((((.(((((((((((((((((...((((..((((((((....(((.((((((.(((((((((((((.(((((((((.((((((...((.((((((((((((..(((((.((((((.....))))))...))))))))))))..((((.(((((((.(((.((..((((.(((.(((.((....((((...))))..)).))).))).))))..)))))))))))).)))).(((....))))))))...)).)))))))))))))))..(((((..........).))))(((((....(((.......(((((((((...((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))))...)))((.((((.....)))).)))))))............(((((((.....).))))))........(((................))).)).))))))))))).)))..))).)))........((((..(((((((.(((.....(((..(((((......(((((((....)))).)))....(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).(((((((((((.(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.(((((.......(((((.....))))).(((.((..(((.(((......)))))).....)).)))......)))))..))))))......))))))..))).)))...))...))))))).......................(((((.........))))))).)))))))))...((((....((((............)))).....)))).(((((((...((....))..)))))))((((((((((((.((.(((((((((...........))))))((((((.........((((((.....((((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....)).))))))...((..(((.......)))..))...((((((((((....(((((....((.((....)).))..((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))((((...(((((.(((((((...........)))))))...((....))..........((((.(((((((........))).))))))))..............)))))...))))))))))))))))))).....((((((((.(((...((......)).....)))....(((((.((((((......))))))..)))))......))))))))..((....))....)))))))))))).....))).)).))))))))))))..)))))..))).....))).)))))).)..))))......))))))))....))))....)))))))))).)))............((((((((....(((....)))...))))))))((((((.((.....)).))))))....(((((....((((.....)))))))))........((((......((((((((((((((((.(((((....)))))..(((((((........(((((((((((((((...)))))))))........))))))...(((((((.(((((...((.((....)).))...)))))(((((..((((((................))))))..)))))........((((((......)))....)))........((((((.....((((.((..((((.....(((((((((...(((((((((.((((((.....))))))))(((((..(((.(((.(((((....))))).)))..)))..)))))............((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....))))))))........))))))).((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((..........))).)))))).....)))))))))((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).))))))))).)))).))))))...)))))))))))))))))).))..)))))).....)).))))))))....)))))))).))))))))))))))))))((..(((((((((.(....((((.((((((.((...((((((((((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))......................)).))))))..)))).........).)))))))))..((((......)))).((((((...((((((((((((......((((.(((((((..(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..))).(((((...(((((((((................((.......))((((((((..((...((((((.(((............((((....))))...(((((((............((((((((((...(((((((((.......((((...(((((((((.......(((((..((((((((((.(((....))).))))))(((.(.((((((((((...(((((((.((((....)))).............(.((((((.((((........)))))))))).)..((((.((((.........))))))))))))))))))))))))).).))))))))))))...)))))))))..)))).......)))))))))))))).).)))))))))))............))))))))).))..))))))))((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).))))))))))))))))))((((..(((((......)))))..)))).)))))))))...))))).....(((((....)))))((.((((((((....)))))))).))...........)))))))))))..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))................))))))))))))...))))))............(((((.(.((.....))).)))))........(((.....)))....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((((((((((((....)))))))|(((((((((((((((({,.(((((((({{((((((.,{,(,(({{,(((((((..(((((.((((((.....))))))...)))))))))))).,|||{,|((((((.(((.((..((((.(((.(((,((.,..((((...))))..)),))).))).))))..)))))))))))}.}}}}.(((....))))|||}...)),)))))))))))))))..(((((,,{,...,..}.|))}(((((....{|{|,.|{..((((((((,...((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))))....,|{,.{{({.....)))}.}})))}}............(((((({.....}.))))))........(((...,{{,....,,,,.))).},.)))))))))))....{{((((((.........{.((((((({{({{(({{{,,,.|{..,,}|.,,})),||||{{{.,,,|}}},))),...(((((((......,,.{(((((((({...({{........}},...{{((((((((((.(((((..((((((((((((.((.(((...{((((({{,,,...,,}}..,,,.,||||}}}}..{{{{..(((((((.{,(((...,}}.})).))))))).}}}}.{,{(((({(..,...(((((.(.((((({...({((....((((..,.,,,..(({({{....(((((....))))).,.(({{{,....(((((((..{........}..))))))).,.,{{,,{{,.....||||{||||....{.{(({(({.{{({(({((((,,,.{,.{{{..((((((((((........((((((...))))))........)))))))))),,))),),,,,)}}}}}}....}}}.}}})))},((((((((.......)))))))),,,{{,,||,,,,{{{||,{{({.....,,..{(((((((((({(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.(((({....,,.(((((.....))))).(((.{(..(((.(((......))))))..}..}).)}}......}}))},.))))))......))))))..))).)))...))...))))))).........,...,..,......|||||.......,,}}}}))).)))))))))},,,,,}}))))}})),.......|||||,,....})))},(((((((..,(,....,,.,)))))))(((((((({(({.(((((({(((((...........}}|}||((((((...(((..{((({,......((((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....}).))))))........(((...{{{(({{..{..{((((({{,(({(((((((({.,,.,.{{..,.||,||..{(((.({((.(,(((((....))))).))}}}})))|.,|...(({((.(((((((.,.......,.))))))).},{|....))..,..,....((((.{((((((.,....,.))).))))))))....|.,.......},,,),,.},,))))))),,))))),)...,.}}|}|||..,,,.}}}}}}}..}))...,{|||....(((((.((((((......))))))..))))).,...}))))))}},,||}...))}}}}....,.|{....)).},))).)}}))))})))))),.,,.}}||}||,...)).)),)}},.,..,,.,,,,},}}}})).)),})},.},})})).})}},,.,,)))},.,}}))).)).))).)))))))))..))))).....)))))))))).}}.....)))))))))},||.....||||{....((((.....))))}}}}}.....(((((...(((,,((((...))))))))...))))).)))))))(((((((........((((((.(.(((((((((((....((((....,.....,....))))))))))))))).,))))))..)))))))........((((((..(((((({.{{.....}).}}..,)))))..)))))).,,.))))))}.,.....)))))).}}))))}....(((((((.....((((.((..((((.....(((((((((...(((((((((.((((((,...,)))))))){((((,.{{,.{((.(((((....))))).))}..|||..}))}},,,}}}......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....))))))))........))))))).((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((,,........))).)))))).,..,),)))))))((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).))))))))).)))).)))))).,.))))))))}.))))((((((...((...)).))))))..))))))))))))..)))).))))))))))))))))))((,,((((((((({{....{(((.((((((,({,..((((((((((..,....{(((,((......)).)))}.......})).)))))))....,,,,,,....,{,,....})|))})))..}})}.........}.}}))}}}}}..{{{,......||||,(((({({{{({{{{|||||,,.,,|||{{{{,{{{{{{{..,,|,{{{....,.,,{,....,{{((({,,{(..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{(...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({(,,,{,........{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{{.,((((((.(((((((..(,,.(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...((((({{{.{{.......}}..))))}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..,)),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..)))}}||||||||,..,{{(({{{....,}}}},},,{{}},,,,,,,((((((((.,(({..(((((||(((....,...|,,.((((....))))...(((((((............((((({{{({.,((((((((((.......((((.{.{((((((({..,{,..{((({..((((((((((.(((....))).)))))}(((.{.((((((((({.,,(({(((({{{{{....}}}|..,|||||.|,,.{.((((((.((((.,.....,)))))))))).,..{{{{,,,||{{{{{|...,)))))),}}}}))))))))))))).).)))))))))))),,,)))))))))..)))).......)))))))))))))}.,})))))))))))...........,))))))))).))}})))))))).{{,.,,,(((((({{{{,,{,}}|||,||{||||.{((({........}}}}}..,}},}}},}}}|}|||}|||}}},,,((((,,({{{{..,}.,))))),.)))},,,}))}}},}}|}},...|||||{,{({{{.,,,,)||}((((((({....}))))))).)}},,,...,}},}})}))))))),{(((({{{{{|{|{{{,,,...........,|||,||,,||||,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..)))).,)))))|,......,.)),....,,,.,.......)))}}}},,|||{{{|||||,..........,,,((,,.,..},..,})))}))))),.,,,}},}}}......,),,,.))...
Back