Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376713.1
Sequence Length
4323 nt
GC Content
0.4629
GCAGCUCGGAGCGCUAGAGAGACGCGGCGGCGCUGGCAGAAGAGGCGGCGGCGGGCGGGUACUGGCUUCUGGGGCCAGGGGCCAGGGGCGGUGGGCGCCGGGACCGCGGAGCUGAGGAGCGGGGCCCGGCCAGGGCUGGAGACUUUGCGCCCGGGGGCACCGGGGCUACGCGCGGUCGCACACAUCCACCGGCGCGGCUUCCCUCGGCGGCCCGGGCUCCGCUCAUCCUGCGGCGGGCGGCGCCGCUCAGGGGCGGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1294.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1375.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 1210.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((..((.(((..(.((.((((.((((((..((((.((.((.(((..(((.(((((((...))))))).(((.((.((((((((..(((((((..((((((..(((((((((((((..(((..((.((((((((.(((((((.((....)).))))...))).)))).......)))))))))..)))).((((.(((((((((..(.((((.......)))).)..))).)))))).))))(((((((..(((((.(((((((((((((((......((((((.(((..(((((..((..(((....)))))((((((((.(((.......))).))))).)))..))))).(((......(((.((((.....)))).)))......))).......(((((((.....).))))))........(((................)))...)))))))))(((.....)))(.(((.((.....)).))).)))))))))))))..(((((((.((.(((....(((.((((.((((((......(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).(((((.......(((((((..(((((..(((((((..((((........))))....(((((((..((.((((..(((.....))).(((((.....)))))(((.......))).........((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((..((((((....(((............................)))..........)))))).......(((..((((..((((.((((((((......((((............)))).....((((....))))(((((.......))))).)))))))).))))..)))).....)))............))))))))))).)))..)))))))).......(((((((((.....((....))...)))))...))))(((((((......))))))).......))))))))........))))...))..))))))).....(((...((....))...)))...............)))))))..)))))((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))........(.((.(((((((...........))))))).)).))))))))....)))))((((.(((((((........))).))))))))........((((((((((.......))..).))))))).)))))))))).)))......))))).)))))))...........(((((.((((((......))))))..))))).))))))))..)))))))..))))))))))))).)))))))..((.(((((....))))).)).......))..)))))))).))))))))..).)).)).)).))))..)))))).)))).)).)..)))))..))))))((((((((((((.(.(((((((..(((((...((((.((((...))))))))...)))))......(((.(.(((....))).).)))((..((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.((((..(((..(((((.(.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...(((((((..((.((.....((((((((....(((....)))...))))).)))....)).)).....)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).)...))))).)))))))...))........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((((........))))..(((.(((((....))))).))).(((((((((((..(((.......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........)))....((((((((.....))))))))............((.((((((..(((..........))).)))))).)).(((((.(((.((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).)))))))).))))).))))))....((((((.((...(((..((....))..)))..)).))))))........)))))))).))))...(((((..((((...................))))..))))).)))))))))....(((......)))..(((.((((((((((.....((((.....))))....(((((((.(.(((((.((((((((.((((((((...........(((((((...)))))))....((((((...((((((((((((((.....((((..........))))(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..)))..(((((((.......(((((....)))))......))))))).............))))))))))))))....))))))..((((....))))...(((....))))))))))))).....((((((((((((....)))))))).))))....)))))).))))).))))))))...((((((.(((....))).)))))).(((....)))..)))))))))).)))((((....))))...)))))...))))))))))...))))))..)).))))))).))))))).))))))((((..(((((((..........)))))))..))))....((((((..(((((((((((((..((((....(((.(((((((((.(((((.(((((............((((.(((((.......))))).))))(((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).)))))))))))))))))))..)))))))))).(((((((((.((((((...((((........)))).))))))..))).))))))((((((((....))))))))........))))))))).)))((((((((((....))))...)))))))))).)))))))))))))(((((((((....((((..(((((((..((.....))..)))).)))..))))..)))))........)))).))))))...(((((...((..((..(((((((((((...........((.((......)).)))))))))))))..))..)))))))....))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.,((((((((,.{({(((..(.((.((((.((((((..((((.((.((.(((.,({{.(((((({...,)))))).(({{((.((((((((((((((,,,({(((({{..((,(((((((((((((((.,{(({((,{,..,{((({{{{((({(,(((|(|...,{|{||||.|,......}),))))))))}..,}})})))}))}))))))))))))).}}}}|}|}||,.))}))))}}.((({{((((((,{{((((({(((,{,{{{{{{(({(({{({(((({{((({..,{{{,..{{..(((((((({.,.((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))})....,(({.((((.....)))).)))}}...........,,.(((((({.....}.))))))........(((...,,{,....,,,,.)))...))))))))).)}))).}).{({(({.,,.....,,,|||{||,|||||||||,..(((((((.((.(({....(((.((((.((((((......(((((((((((..,,(((((((({((((((....((((((((....,,.((((.((((((((......(((({,.,||{|,,,,,...,|}}||||((((((..{(({......,}},,,,..{{{{.,(((((((.{{(((...},}.}}}.))))))).}}}}})))...))))))...{((((({.{{.{.,.....,.,)}.)))))))))))))).))))...|(((((....)))))...((..({....(((((((..,........}..)))))))....}}..}}....}))))))){{{,,,,{.,{|||||,||({((,(((({{{,{,.,,,..{(((((((((........((((((...))))))........))))))))))}})))}),}}}),,}}}}....}}}.}}})))},((((((((.......)))))))).)))))).}.).))))))).))))))))))).(((((((((((,,(((({,...,....((((..,.{{(((,.,{|....,|||{|,,{(((,(({{{..||||},|||.,...}}}.(((((.....)))))|||},.,..})))({.......((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((......,{,...{{{................,..........,|||.,.........})|}}.......{{|..((((..((((.(((((((({{....((((............)))).....||||.{{{||||,,{({.......}))))})))))))).))))..))))...,,}},............)))))))))),.)))..)))))))).......(((((((((.....,(....}|...)))))}..,)))(((((({......})))))).......)))))))).......,}}}}.....}}))))))....})))))))(({{(.((..((((((.{{,,,,..,....{{..,,|{{||.,{{((,({{(.(,(((((....))))).}}}}}}))),.,,,.,{({((.(((((((.,.......,.))))))).}},|..,,))..},.,,...((((.{((((((.,....,.))).))))))))....{,,..,...,,..,)}},).)))))).)).))))))))))))))).)))......))))).))))))),,{{{....}}|{||,.((((((......))))))..)))))})))})}))}})))))))..))))))))},)))))))))))..||.(((((....))))).}}.......}}.,)))))))).))))),)).,).}}.)).)).))))..)))))).)))).)).)..))))),.}))}}}((((((((((((.(.(((((((..(((((...((({{((((...))))))))...)))))......{{,.,.,||....,,....}}|((..((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.(({,.,(((..(((((.{.((.(((({........,((((((((.....(((((..(((((..,((((((({,((.((.....((((((((....(({....}}},..))))).)))....)},)}...||}}}}}}}......)))))))))).))))))))))))).)).|,,.}))}}.}))}}}}...}}........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((((,....,|.}}}}..,((.(((((....))))).))}.(((((({{{{(..{{||,,,,..((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...(((({(.(((......,,))}.))}.}}})))).)).)))......))).....)))))))).........||||.,.((((((((.....))))))))......{{{{{{((|(({{((..{(({{.,,,....}}}.)))))),,..|||||}|||}((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).}}}}}))}.))))}.)))}}}...,|||{||,|{,,,{(({{((...,{,..))},,)),)}})))..,.....)))))))).))))...(((((,.({{((({.....}))}.......,))),,)}}}}.)))))))}|,,,.{,,..,,.,||{,{(,,.{{{{{{{{{{.....{{|||,},}}}}|....(((((({|{.(((({.{({{((|{.{((((((|........,|||||||{|,.,,||,,,,....((((((..,((((((((((((({.....{{{{...........,,,,||.,,,......,,,,....,|{{{{|,,{{..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{{...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({{,,{{,...,....{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{{{{{|.,((((((.(((((((..(,,,(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...(((({{{{.{{.......}}..)))}}..,))))))))..}})})))))...........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..})),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..}}}}}|||||{{,,..,{,((({{....,})}),}},,,}}},},,.,..........,})))))))))))))....)))))}..((((....))))..,{||,,..})))))))))}}|,....{({(((((((((....))))))))},))}....}}}))}.})))).})))))))...|(((((.(((....))).)))))},{{|,...)))..,))))))})),))}{{{|,...})))...)))))...))))))))))...))))))..)),))))))).))))))).))))))((((..(((((((..........)))))))..))))..{{(((({{{{(((((((((((({..{{(({{{{(({{(((((((,,,.,{{{.,{{|||,,.,,,.,,,.((((.(((({.......))))}.)))).||||.,,.(((((({{{{{{{,,,|||,{((,,,,.{((({........}}}}}..}}}.}}}.}}}}}||}}}}}}}}|,|{{((,,{{{{{.,,},,))))),.}))},,,}}},,,.}}}}}},}}},}}||,}||||.|||.}||,((((((({....}))))))).)},}}..,,,}}}},,.}||{(((((((((....})}}.,,})))}},,,,.})))))))))))},,,,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..))))..)))))|,......}})),,,,,||,..,{{{{..,||.,||..{(({{{{{{{{..,,,,,,,,,|{.({......)).)))))))})))}}..,,..}}}},,,....)}..})}...
Back