Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376717.1
Sequence Length
4281 nt
GC Content
0.4632
GCAGCUCGGAGCGCUAGAGAGACGCGGCGGCGCUGGCAGAAGAGGCGGCGGCGGGCGGGUACUGGCUUCUGGGGCCAGGGGCCAGGGGCGGUGGGCGCCGGGACCGCGGAGCUGAGGAGCGGGGCCCGGCCAGGGCUGGAGACUUUGCGCCCGGGGGCACCGGGGCUACGCGCGGUCGCACACAUCCACCGGCGCGGCUUCCCUCGGCGGCCCGGGCUCCGCUCAUCCUGCGGCGGGCGGCGCCGCUCAGGGGCGGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1288.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1368.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 1176.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((..((.(((..(.((.((((.((((((..((((.((.((.(((..(((.(((((((...))))))).(((.((.((((((((..(((((((..((((((..(((((((((((((..(((..((.((((((((.(((((((.((....)).))))...))).)))).......)))))))))..)))).((((.(((((((((..(.((((.......)))).)..))).)))))).))))(((((((..(((((.(((.(((((..........).))))(((((....(((.......(((((((((...((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))))...)))((.((((.....)))).)))))))............(((((((.....).))))))..........(((....))).......(((((.((((...((((.(((((((..((((((......(((((((((((((.........(((..((((((((...(((((((....)))).)))....(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).((..(((((((((..(((((((..((.((((..(((.....))).(((((.....)))))(((.......))).........((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((..((((((....(((............................)))..........)))))).......(((..((((..((((.((((((((......((((............)))).....((((....))))(((((.......))))).)))))))).))))..)))).....)))............))))))))))).)))..)))))))).......(((((((((.....((....))...)))))...))))(((((((......))))))).......))))))))........))))...))..))))))).....((....))...)))))))))..))...........))))))))..))).((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))((((....)))).(((((((...........)))))))))))).)))))))).......((((.(((((((........))).))))))))...........))))))..)).))))).)))).(((((((((......)).)).)))))..........)))).)))))....(((((.((((((......))))))..))))).))))))))..)))))))..))))))))))))).)))))))..((.(((((....))))).)).......))..)))))))).))))))))..).)).)).)).))))..)))))).)))).)).)..)))))..))))))((((((((((((.(.(((((((..(((((...((((.((((...))))))))...)))))......(((.(.(((....))).).)))((..((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.((((..(((..(((((.(.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...(((((((..((.((.....((((((((....(((....)))...))))).)))....)).)).....)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).)...))))).)))))))...))........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((((........))))..(((.(((((....))))).))).(((((((((((..(((.......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........)))....((((((((.....))))))))............((.((((((..(((..........))).)))))).)).(((((.(((.((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).)))))))).))))).))))))....((((((.((...(((..((....))..)))..)).))))))........)))))))).))))...(((((..((((...................))))..))))).)))))))))....(((......)))..(((.((((((((((.....((((.....))))....(((((((.(.(((((.((((((((.((((((((...........(((((((...)))))))....((((((...((((((((((((((.....((((..........))))(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..)))..(((((((.......(((((....)))))......))))))).............))))))))))))))....))))))..((((....))))...(((....))))))))))))).....((((((((((((....)))))))).))))....)))))).))))).))))))))...((((((.(((....))).)))))).(((....)))..)))))))))).)))((((....))))...)))))...))))))))))...))))))..)).))))))).))))))).))))))((((..(((((((..........)))))))..))))....((((((..(((((((((((((..((((....(((.(((((((((.(((((.(((((............((((.(((((.......))))).))))(((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).)))))))))))))))))))..)))))))))).(((((((((.((((((...((((........)))).))))))..))).))))))((((((((....))))))))........))))))))).)))((((((((((....))))...)))))))))).)))))))))))))(((((((((....((((..(((((((..((.....))..)))).)))..))))..)))))........)))).))))))...(((((...((..((..(((((((((((...........((.((......)).)))))))))))))..))..)))))))....))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.,((((((((,.{({(((..(.((.((((.((((((..((((.((.((.(((.,(({.(((((({...,)))))).(({{((.((((((((((((((,,,({(((({{,.((,(((((((((((((((.,{(({((,{,..,{((({{{{((({(,(((|(|...,{|{||||.|,......}),))))))))}..,}})})))}))}))))))))))))).,}}}||||||,.}}}))))}}.((({{(((((({,,(((((,(((,{{{{{{{{(({{(,,({(((({(((({..,{{{,..{{..(((((((({.,.((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))})....,(({.((((.....)))).)))}}...........,..(((((({.....}.))))))........({(....,{,....,,,,.)))...))))))))),}})}).}}.{({(({.,,.....},,|||{||}|||||||||,..(((((((.((.(({....(((.((((.((((((.,....(((((((((((..,,(((((((({((((((....((((((({....,,.((((.((((((({......{((({,.,||||.,,,,...,|}}||||((((({..((({......,,,.,,...{{{{.,(((((((.{{(((...},}.}}}.))))))).}}}}})))...))))))...{((((({.{{,{.,.....,.,)}.)))))))))))))).))))...|(((((....)))))...((..({....(((((((..,........}..)))))))....}}..}}....}))))))){{{,,,,{.,,|||||,||({((,(((({{{,{,.,,,..{(((((((((........((((((...))))))........))))))))))}})))}),}}}),,}}}}....}}}.}}})))},((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).((,,((((((((,..(((((((..{{.((((..(((.....))).(((((.....)))))(((.......))){,.......((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((......,{,...{,{................,..........,|||.,.........})|}}.......{{|..((((..((((.(((((((({{....((((............)))).....||||.{{{||||,,{({.......}))))})))))))).))))..))))...,,}},............)))))))))),.)))..)))))))).......(((((((((.....,{....}}...)))))}..,)))(((((({......})))))).......))))))))........))))...}}..))))))).....((....||...}))}}})))..||,((,(,.({.,.((.{{.,..)).}},}.}).)))))(((((....)))))||||||||}}|||,...(({((.(((((((...........))))))).},{|....))..},,},...((((.(((((((........))).))))))))........{{{{{{||||,...,,,))..},)))))))})))))))))).)))......})))).))))))),,{{{....}}|{||,.((((((......))))))..))))),)))})))),,)))))))..)))))))}},))))))))))),.||.(((((....))))).}}.......}}.,)))))))).))))),)).,).}}.)).)).))))..)))))).)))).)).)..))))),.}))}}}((((((((((((.(.(((((((..(((((...((({{((((...))))))))...)))))......{{,.,.,||....,,....}}|((..((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.(({,.,(((..(((((.{.((.(((({........,((((((((.....(((((..(((((..,((((((({,((.((.....((((((((....(({....}}},..))))).)))....)},)}...||}}}}}}}......)))))))))).))))))))))))).)).|,,.}))}}.}))}}}}...}}........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((((,....,|.}}}}..,((.(((((....))))).))}.(((((({{{{(..{{||,,,,..((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...(((({(.(((......,,))}.))}.}}})))).)).)))......))).....)))))))).........||||.,.((((((((.....))))))))......{{{{{{((|(({{((..{(({{.,,,....}}}.)))))),,..|||||}|||}((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).}}}}}))}.))))}.)))}}}...,|||{||,|{,,,{(({{((...,{,..))},,)),)}})))..,.....)))))))).))))...(((((,.({{((({.....}))}.......,))),,)}}}}.)))))))}|,,,.{,,..,,.,||{,{(,,.{{{{{{{{{{.....{{|||,},}}}}|....(((((({|{.(((({.{({{((|{.{((((((|........,|||||||{|,.,,||,,,,....((((((..,((((((((((((({.....{{{{...........,,,,||.,,,......,,,,....,|{{{{|,,{{..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{{...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({{,,{{,...,....{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{{{{{|.,((((((.(((((((..(,,,(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...(((({{{{.{{.......}}..)))}}..,))))))))..}})})))))...........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..})),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..}}}}}|||||{{,,..,{,((({{....,})}),}},,,}}},},,.,..........,})))))))))))))....)))))}..((((....))))..,{||,,..})))))))))}}|,....{({(((((((((....))))))))},))}....}}}))}.})))).})))))))...|(((((.(((....))).)))))},{{|,...)))..,))))))})),))}{{{|,...})))...)))))...))))))))))...))))))..)),))))))).))))))).))))))((((..(((((((..........)))))))..))))..{{(((({{{{(((((((((((({..{{(({{{{(({{(((((((,,,.,{{{.,{{|||,,.,,,.,,,.((((.(((({.......))))}.)))).||||.,,.(((((({{{{{{{,,,|||,{((,,,,.{((({........}}}}}..}}}.}}}.}}}}}||}}}}}}}}|,|{{((,,{{{{{.,,},,))))),.}))},,,}}},,,.}}}}}},}}},}}||,}||||.|||.}||,((((((({....}))))))).)},}}..,,,}}}},,.}||{(((((((((....})}}.,,})))}},,,,.})))))))))))},,,,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..))))..)))))|,......}})),,,,,||,..,{{{{..,||.,||..{(({{{{{{{{..,,,,,,,,,|{.({......)).)))))))})))}}..,,..}}}},,,....)}..})}...
Back