Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376720.1
Sequence Length
4345 nt
GC Content
0.4511
AGUGCGUGCCGGGUGCGGCGCCAGCAGCGGAGGGGCGGCCCGGCGCCCAGCGGAGAGCCGCUGGCUGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAGUCUCGCCAUCUUGCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGUGAGAUCUCAGCUCACUGUAACCUCUGCCUCCCAGGUUCAAGGGAUUCUUCUGCCUCAACCUCCUGAGUACCUGCGAUUACAGAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUUUAUUUGAGUCCACUCCUGAAGUUGCUGCAGCGCCUAAGCCAGAUGCUGCUCCUAGCAUAGACCUGUUUAGUACAGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1249.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1332.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 1056.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((((((((((((.((((..((((((((.(((((((((((((((((.((((.((((.(((((((.((((((((((((.(((.((((((((((.((((((((....(((.......(((((((((...((((((((.(((.......))).))))).)))..).))))))))...)))((.((((.....)))).))))))).........(((((..((...((((((((((..((((((...))).)))..))))))))))..(((((.(((((......(((((.....((((((((((....((.(((((.......((.(((((((.(((((......))))))))).)))))..(((................))).)).))).))...)).)))))))))))))....))))))))))((((((.(((((....((....))...)))))))))))))..)))))..((...(((((((......((.((((((((((...(((........)))...((((((((((((.(((((..((((((((((((.((.(((.....((((.........)))).(((.(((((......((((..(((((((...(((.......))).))))))).)))).((.((((((......(((((((..((((.....((.....((((........(((.((.....(((((....))))).(((((.......(((((((..............)))))))...((((((((.....)))).))))......(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......))))))))((((((.......(((((.((((.........(((((((((((.(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.(((((.......(((((.....))))).(((.((..(((.(((......)))))).....)).)))......)))))..))))))......))))))..))).)))...))...))))))).......................(((((.........))))))).))))))))).......)))))))))........))))))....)))))..(((((((...((....))..)))))))((((((((.((..((((((.(((((.(..........((((((((.((...(((((.((.((......((((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....)).))))))......)).)).)...)))).......((((((((((....(((((....((.((....)).))..((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))((((...(((((.(((((((...........)))))))...((....))..........((((.(((((((........))).))))))))..............)))))...)))))))))))))))))))...((.((.(((.(.((........)).)))).)).))....(((((.((((((......))))))..))))).)).))))))))....(((((.((................)).))))).).))))).))))))..)).))))))))...)).)))))))......)).....))))..))..))).))..)))).)))).....))))).)))))).)).))).)))))))))..))))).....)))))))))).)).....)))))))))).)).....(((((....((((.....))))))))).....(((((...((((.((((...))))))))...))))).)))))))...))))).)))..))))))).))).))))).(((........)))..((((((((((((.((((..(((..(((((.(.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...(((((((..((.((.....((((((((....(((....)))...))))).)))....)).)).....)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).)...))))).)))))))...))........)))))))....))).....)))))))..))))))))))).))))(((.((.((((((.....)))))))).)))..(((....)))((((....)))).)).))))))).)))....(((.......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........)))....((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((..........))).)))))).....)))))))))((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).((((((....((((((.......))))))))))))...((((((...((...)).))))))).))))))))))))..)))).))))))))))))))))))((..(((((((((.(....((((.((((((.((...((((((((((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))......................)).))))))..)))).........).)))))))))..((((......)))).((((((...((((((((((((......((((.(((((((..(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..))).(((((...(((((((((................((.......))((((((((..((...((((((.(((............((((....))))...(((((((............((((((((((...(((((((((.......((((...(((((((((.......(((((..((((((((((.(((....))).))))))(((.(.((((((((((...(((((((.((((....)))).............(.((((((.((((........)))))))))).)..((((.((((.........))))))))))))))))))))))))).).))))))))))))...)))))))))..)))).......)))))))))))))).).)))))))))))............))))))))).))..))))))))((((....((((((((((((((..(((.(((.....(((((........)))))..))).))).))))))))))))))))))((((..(((((......)))))..)))).)))))))))...))))).....(((((....)))))((.((((((((....)))))))).))...........)))))))))))..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))................))))))))))))...))))))............(((((.(.((.....))).)))))........(((.....)))....))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((((((((((((.((((..((((((((.((((,((((((((((((.((((.(((,{(((((((.((((((({{{{{.(((.((((((((((.((((((({....{{{{,.{{..(((((((({...((((((((.(((.......))).))))).)))..}.)))))))).....||,.{{{{.....)))}.,})}}||,........(((((,{({...((((((((((..((((({...})).}}),,)))))))))),,(((((.(((((......(((((.....((((((((((....((.(((((...{{{.((.(((((((.(((((......))))))))).)))}}..|||....,{{....,,,,.,,}.)).))).))...))))))))))))))))....))))))))))||((({{(((((....((....}}...))))))))}}}}),.))))).,{{...{((((((.........{(((((((({...({{........}},...{{((((((((((.(((((..((((((((((((.((.(((.,.{((((({{,,,...,,}}..,,,.,||||}}}}..{{{{..(((((((.{,(((...,}}.})).))))))).}}}}.{,{(((({(..,...({(((.(,((((({...({((....((((....,,,..(({(({....(((((....))))).,.(({{{,....(((((((..{........}..))))))).,.,{{,,,{,.,...||||{||||....{.(((((({.{{({(({((((,,,.{,.{{{..((((((((((........((((((...))))))........)))))))))),,))),),,,,)}}}}}}....})}.}}})))},((((((((.......)))))))),,,,{,,||,,,,{{{||,{{({.....,...{(((((((((({(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.(((({....,..(((((.....))))).(((.{(..(((.(((......))))))..}..}).)}}......}}))},.))))))......))))))..))).)))...))...))))))).........,...,..,......|||||.......,,}}}}))).)))))))))},,,,,}}))))}})),.......|||||,,....})))},(((((((..,(,....,,.,)))))))(((((((({(({.(((((({(((((...........}}|}||((((((...(((..{((({,......((((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....)).))))))........(((...{{{(({{..{..{((((({{,(({(((((((({.,,.,.{{..,.||,||..{(((.({((.(,(((((....))))).))}}}})))|.,|...(({((.(((((((.,.......,.))))))).},{|....))..,..,....((((.{((((((.,....,.))).))))))))....|.,.......},,,),,.},,))))))),,))))),)...,.}}|}|||..,,,.}}}}}}}..}))...,{|||....(((((.((((((......))))))..))))).,...}))))))}},,||}...))}}}}....,.|{....)).},))).)}}))))})))))),.,,.}}||}||,...)).)),)}},.,..,,.,.,,},}}}})).)),})},,},,)})).})}},,.,,)))},.,}}))).)).))).)))))))))..))))).....)))))))))).}}.....)))))))))|,||,....|||||....((((.....)))),}}}},,.,,(((((...(((,,((({...))))))))...))))).,})))))...},))).)))..))))))).))).}}|||,({{.......,))),,((((((((((((.(((,.,(((..(((((.{.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...((((((({,((.((.....((((((((....(({....}))...))))).)))....)).))..,},)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).}...))))).)))))))...))........)))))))....))).....)))))))..))))))))))).))))(({.((.((((((,...,)))))))).}))..{{{....}}|((((....)))),)).))))))).)))....(((.,.....((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........})),...((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((,,........))).)))))).,..,},)))))))((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).((((((,...{(((((.......))))))))))))...((((((...((...)).))))))}.))))))))))))..)))).))))))))))))))))))((,,((((((((({{....{(((.((((((,({,..((((((((((..,....{(((,((......)).)))}.......})).)))))))....,,,,,,....,{,,....})|))})))..}})}.........}.}}))}}}}}..{{{,......||||,(((({({{{({{{{|||||,,.,,|||{{{{,{{{{{{{..,,|,{{{....,.,,{,....,{{((({,,{(..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{(...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({(,,,{,........{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{{.,((((((.(((((((..(,,.(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...((((({{{.{{.......}}..))))}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..,)),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..)))}}||||||||,..,{{(({{{....,}}}},},,{{}},,,,,,,((((((((.,(({..(((((||(((....,...|,,.((((....))))...(((((((............((((({{{({.,((((((((((.......((((.{.{((((((({..,{,..{((({..((((((((((.(((....))).)))))}(((.{.((((((((({.,,(({(((({{{{{....}}}|..,|||||.|,,.{.((((((.((((.,.....,)))))))))).,..{{{{,,,||{{{{{|...,)))))),}}}}))))))))))))).).)))))))))))),,,)))))))))..)))).......)))))))))))))}.,})))))))))))...........,))))))))).))}})))))))).{{,.,,,(((((({{{{,,{,}}|||,||{||||.{((({........}}}}}..,}},}}},}}}|}|||}|||}}},,,((((,,({{{{..,}.,))))),.)))},,,}))}}},}}|}},...|||||{,{({{{.,,,,)||}((((((({....}))))))).)}},,,...,}},}})}))))))),{(((({{{{{|{|{{{,,,...........,|||,||,,||||,(((((....((((..(((((((..{{.....))..)))),,))..)))).,)))))|,......,.)),....,,,.,.......)))}}}},,|||{{{|||||,..........,,,((,,.,..},..,})))}))))),.,,,}},}}}......,),,,.))...
Back