Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376723.1
Sequence Length
4372 nt
GC Content
0.4634
GCAGCUCGGAGCGCUAGAGAGACGCGGCGGCGCUGGCAGAAGAGGCGGCGGCGGGCGGGUACUGGCUUCUGGGGCCAGGGGCCAGGGGCGGUGGGCGCCGGGACCGCGGAGCUGAGGAGCGGGGCCCGGCCAGGGCUGGAGACUUUGCGCCCGGGGGCACCGGGGCUACGCGCGGUCGCACACAUCCACCGGCGCGGCUUCCCUCGGCGGCCCGGGCUCCGCUCAUCCUGCGGCGGGCGGCGCCGCUCAGGGGCGGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUUUAUUUGAGUCCACUCCUGAAGUUGCUGCAGCGCCUAAGCCAGAUGCUGCUCCUAGCAUAGACCUGUUUAGUACAGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1306.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1392.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 1216.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((..((.(((..(.((.((((.((((((..((((.((.((.(((..(((.(((((((...))))))).(((.((.((((((((..(((((((..((((((..(((((((((((((..(((..((.((((((((.(((((((.((....)).))))...))).)))).......)))))))))..)))).((((.(((((((((..(.((((.......)))).)..))).)))))).))))(((((((..(((((.(((((((((((((((......((((((.(((..((....))...(((((((((...((((((((.(((.......))).))))).)))..).)))))))).....(((.((((.....)))).)))...(((.(........).)))....)))))))))(((.....)))(.(((.((.....)).))).)))))))))))))..(((((((.((.(((....(((.((((.((((((......(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).))))))))))).(((((.......(((((((..(((((..(((((((..((((........))))....(((((((..((.((((..(((.....))).(((((.....)))))(((.......))).........((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((..((((((....(((............................)))..........)))))).......(((..((((..((((.((((((((......((((............)))).....((((....))))(((((.......))))).)))))))).))))..)))).....)))............))))))))))).)))..)))))))).......(((((((((.....((....))...)))))...))))(((((((......))))))).......))))))))........))))...))..))))))).....(((...((....))...)))...............)))))))..)))))((((.((((.(.(((((....))))).)))))))))........(.((.(((((((...........))))))).)).))))))))....)))))((((.(((((((........))).))))))))........((((((((((.......))..).))))))).)))))))))).)))......))))).)))))))...........(((((.((((((......))))))..))))).))))))))..)))))))..))))))))))))).)))))))..((.(((((....))))).)).......))..)))))))).))))))))..).)).)).)).))))..)))))).)))).)).)..)))))..))))))..........((((.(((((..(((....))).(((((..((((((((..(((.((..(((((((.((..((((..(((((((((((((((((..(((...((............((((((((((((((((.(((((....)))))..(((((((.......((.(((((((.((((((.........))))))(((((((.......))...))))).......((((.......))))..((((((.....(((((((((...)))))))))))))))..)))))))))(((((((.(((((...((.((....)).))...)))))(((((..((((((................))))))..)))))........((((((......)))....)))........((((((.....((((.((..((((.....(((((((((...(((((((((.((((((.....))))))))(((((..(((.(((.(((((....))))).)))..)))..)))))............((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....))))))))........))))))).((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((..........))).)))))).....)))))))))((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).))))))))).)))).))))))...)))))))))))))))))).))..)))))).....)).))))))))(((((((((((((((.......))))...((((..(((((((((.(....((((.((((((.((...((((((((((.......((((.((......)).)))).......))).)))))))......................)).))))))..)))).........).)))))))))..((((......)))).)))))))))))))))((((((.((((((.............(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..)))..(((((((.......(((((....)))))......)))))))..((((((((..((...((((((.(((............((((....))))...(((((((............((((((((((...(((((((((.......((((...(((((((((.......(((((..((((((((((.(((....))).))))))(((.(.((((((((((...(((((((.((((....)))).............(.((((((.((((........)))))))))).)..((((.((((.........))))))))))))))))))))))))).).))))))))))))...)))))))))..)))).......)))))))))))))).).)))))))))))............))))))))).))..)))))))).(((.((((((..(((((.(((((.....((((((((((((........)))))......))))))).))))).)))))...)))))).)))..)))))).))))))))...)))..)))).))).))))).)))))..)))))).))))))))))))..)))..))))).)))))..(((((((.(((((((((..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))....)))).))))).)).)))))...((((((((((...........((.((......)).))))))))))))))))))))).........))..)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..({((((((..{(.(((..(.((.((((.((((((..((((.((.((.(((.,({{.(((((({...,)))))).(({{((.((((((((((((((,,.({(((({{..((,(((((((((((((((.,{(({((,{,..,{((({{{{((({(,(((|(|...,{|{||||.|,......}),))))))))}..,}})})))})))))))))))))))).}}}}|}|}||,.))}))))}}.((({{((((((,{{((((({(((,,,|||{,{(({(({{({(((({(((((..,{.,,.,|{..(((((((({...((((((((.(((.......))).))))).)))..}.))))))))....{(({.((((.....)))).}))}}.{{{.{........},)))....))))))))).)})}).}}.{({((,.,,.....,,,|||{||,|||||||||,..(((((((.((.(({....(((.((((.((((((......(((((((((((..,,(((((((({((((((....((((((((....,,.((((.((((((((......(((({,.,||{|,,,,,...,|}}||||((((((..{(({......,}}.,,,..{{{{.,(((((((.{{(((...},}.}}}.))))))).}}}}})))...))))))...{((((({.{{.{.,.....,.,)}.)))))))))))))).))))...|(((((....)))))...((..({....(((((((..,........}..)))))))....}}..}}....}))))))){{{,,,,{.,{|||||,||({((,(((({{{,{,.,,,..{(((((((((........((((((...))))))........)))))))))),})))}),}}})},}}}}....}}}.}}})))},((((((((.......)))))))).)))))).}.).))))))).))))))))))).(((((((((((,,(((({,...,....((((..,.{{(((,.,{|....,|||{|,,{(((,(({{{..||||},|||.,...}}}.(((((.....)))))|||},.,..})))({.......((((((((...((((((((..(((..(.((((((((((......,{,...{{{................,..........,|||.,.........})|}}.......{{|..((((..((((.(((((((({{....((((............)))).....||||.{{{||||,,{({.......}))))})))))))).))))..))))...,,}},............)))))))))),.)))..)))))))).......(((((((((.....,(....||...)))))}..,)))(((((({......})))))).......)))))))).......,}}}}.....}}))))))....})))))))(({{(.((..((((((.{{,,,,..,....{{..,,|{{||.,{{((,({{(.(,(((((....))))).}}}}}}))),.,,,.,{({((.(((((((.,.......,.))))))).}},|...,))..},.,,...((((.{((((((.,....,.))).))))))))....{,,..,...,,..,)}},).)))))).)).))))))))))))))).)))......))))).))))))),,{{{....}}|{||,.((((((......))))))..)))))}))),)}))}})))))))..)}))))))},)))))))))))..||.(((((....))))).}}.......}}.,)))))))).))))),)).,).}}.)).)).))))..)))))).)))).)).)..))))),.)))))),|,..{(,,,({,{|{,{,...((({{{{||,.{{{,{,,(({((((({.((.,{,.||{|||||}....|||{|.,,.((((,,,,.|||||||||.....({{((...(((,{((((...))))))))..,|||||..,.,,,..{{{{{,,,.,......{{{(.,{{{.{{({((.........})))),}}}},},...},})))}..)))))))))|{|{{{{{{....||||{,.{(((((.....(((((((((...))))))))))))))}..{(((((.,||,({,,,.{,((,{(((((((((.((((((((((((.((((((..(((((({.{{.....}}.}}..,)))))..))))))......(((((((,,.,.{{{(((,((({{({....}}.}|}||,{{{((((((...............((((.((((((((...((.((((((,...,)))))))).{{{,..,{..,{{.(((((....))))).)}}.{((((({{{{(,.{{,{,,,...((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((......,,))}.))}.}}})))).)).)))......))).....)))))))).........||||,,.((((((((.....))))))))......{{{{{{(({((({((..{(({{..,,....}}}.)))))),,..|||||}|||}((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).}}}}}))}.))))}.)))}}}...}||||||,||{{{,(({{((...{{,..)),}}))})}})))..,,,...)))))))).))))...(((((,.({{((({.....}))}.......,))),,)}}}}.)))))}}||{{{,,...{{(((((({({{({(((((({,,,...{{(((({{|..,..{{{..(((((({|{.(((({.{{{{((|{.{{{((((|........,|,|||||{|,.,,||,,,,....((((((..,((((((((((((({.....{{{{.............,,||.,,,......,,,,....,|{{{{|,,{{..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{(...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({(,,,{,........{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{{.,((((((.(((((((..(,,,(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...((((({{{.{{.......}}..))))}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..,)),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..}}}}}|||||{{,,..,{,((({{....,})}),}},|,}}},,,,............,})))))))))))))....)))))}..((((....))))...{||||,.}}})))))))}}||,...{{((((((((((....}})))))}|||,}..,,|||}}}.})))}.})))))))...||||||.,,|}}}})))},||||.(((.{.((((((((((...((((((({{{{{....}}}|...|||||.,,,.{.((((((.((((.,.....,)))))))))).}..,{{{,,,|||||,||...,)))))),))))))))))))))))).).))).)))),,,}...))))))))))...),},,}})))))},)}}}))))).},})}))),)}},.........}))))))...)))))))...,,{{{{(((....((((((((((((((..{{{.(((.,.,.(((((........)))))..))).})}.)))))))))))))))}}))}}),,))))).))))))))))}),)),...))..},.)))))}...,.}))))){{||.,},.))))|{{((({|...,}))))))).},,,,..{(((({{.(((((((((..((((((((.((((((..............{(((,(({{{{..,(((({....{|||},{{(((((..{{.....})..))))}.))}}))))}})))))).)}}...)))))....))))}}}))).})}))))}..{((((((((((...........{(.((......)).}})))))))))))..,))))),,}},,,,,))..)))...
Back