Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376735.1
Sequence Length
4374 nt
GC Content
0.4529
AGGGUGCGGAGAAGGGCAGCGGCCGAGUGACAGCUCCGCGGAGCGCUCCAGGGCGGGCGGGGGACUGGGCUUCGCUGUCAGCCCGGCUCCUCUCCAAAGCCAGGAAGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUGGAAUCUUGCUCUGUCGCCCGGGCUGGAGUGCAGUGGCACUAUCUCCACUCACAGCAACCUCUGCCUCCCUGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGACCUUUUGGGAGAGGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGAUGCCUUUGCAGCUUCUCCUGGGGAGGCCCCUGCAGCAUCCGAAGGGGCCGCCGCACCAGCUACCCCAACCCCUGUAGCAGCAGCACUUGAUGCAUGUUCAGGAAAUGACCCCUUUGCCCCGUCUGAAGGUAGUGCAGAGGCUGCACCUGAGCUGGACCUCUUUGCAAUGAAGCCACCUGAGACCAGUGUUCCUGUAGUUACCCCUACAGCUAGCACAGCCCCUCCAGUUCCCGCAACUGCUCCUUCUCCUGCUCCUGCCGUUGCAGCUGCUGCUGCUGCCACUACUGCUGCCACCGCCGCUGCCACCACCACUACCACCACCUCCGCUGCCACCGCCACCACUGCUCCUCCUGCUCUAGAUAUCUUUGGUGAUUUAUUUGAGUCCACUCCUGAAGUUGCUGCAGCGCCUAAGCCAGAUGCUGCUCCUAGCAUAGACCUGUUUAGUACAGAUGCUUUCUCCUCUCCACCACAAGGGGCCUCUCCUGUGCCUGAGAGUUCUCUCACUGCUGACCUCUUAUCUGUGGAUGCAUUUGCAGCACCAUCUCCUGCAACCACUGCCUCGCCAGCAAAGGUGGAUUCUUCAGGUGUCAUAGACCUUUUUGGGGAUGCAUUUGGAAGUAGUGCUUCUGAACCCCAACCUGCAUCUCAGGCUGCUUCUAGUUCAUCAGCAUCGGCAGACCUACUAGCUGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUUUCUCCAAGCCCUACACCUGCCAGUCAGAGUCCCAAGAAACCUCCAGCAAAGGACCCAUUAGCGGAUCUUAACAUCAAGGAUUUCUUGUAAACAAUUUAAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1244.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1328.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 1290.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((...(((((((((.(.(((.((((...((((((((....(((((((..((((((((((((((((.((((((((((((((((((((...........)).)))))))((((((((.(((((((.((.....((.((((.....))))))((..(((((((((...((((((((.(((.......))).))))).)))..).)))))))).....))....(((((......)))))..(((.(........).))).)).)))....)))))))))))))))))))).(((((....)))))...((((((((..(((.(((((((((.(((((((...(((.......)))...))))......((((((.((((((......)))))).))))))......(((....)))........((((((((....(.(((.....))).)(((((......(((((((((((((((((((..(((((((.(((((....(((((((....)))).)))....(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).)))))))))))..)))))))))).(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.(((((.......(((((.....))))).(((.((..(((.(((......)))))).....)).)))......)))))..))))))......))))))..))).)))...))...)))))))....))...))))))(((((..((((((.........))))))...((((((((((.((((....((((............)))).....)))).(((((((...((....))..))))))).......))))))))))..((((((...........))))))(((((...(((((.((((((......((((((.((....(((((.((((......((((.....((((.....))))...))))......))))))))).....)).))))))........(((((....((....)).)))))......)))).(((((.((.(.((.((....)).)).).)).)))))(((((....))))).))..)))))...))))))))))(((((((...........)))))))))))).)))))))).......((((.(((((((........))).))))))))...........)))))))))))))))).)).))))))).)))...)))).)))).......))).)))))))....(((....(((((.((((((......))))))..))))).....))))))))))).)..)))).))).....)))))).)).((.(((((....))))).)).......)))).))))))))))))).......)).))..)))))..((((((.....(((((..(....((........))...)..)))))........(((....)))...(((((((((((((((.((((((((.....(((..((((((((((.(((.(((((.((((((.((((((((((...((((.((((...))))))))...)))))........(((((.....((((..((.(((((((((((.((((((.(((((((((....(((((((((.((((..(((..(((((.(.((.(((((.........((((((((.....(((((..(((((...(((((((..((.((.....((((((((....(((....)))...))))).)))....)).)).....)))))))......)))))))))).))))))))))))).)).)...))))).)))))))...))........))))))).(((((((((...............((((.((((((((...((((........))))..(((.(((((....))))).))).(((((((((((..(((.......((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).........)))....((((((((.....))))))))............((.((((((..(((..........))).)))))).)).(((((.(((.((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...)))))))))).)))))))).))))).))))))....((((((.((...(((..((....))..)))..)).))))))........)))))))).))))...(((((..((((...................))))..))))).)))))))))....(((......)))..(((.((((((((((.....((((.....))))....(((((((.(.(((((.((((((((.((((((((...........(((((((...)))))))....((((((...((((((((((((((.....((((..........))))(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..)))..(((((((.......(((((....)))))......))))))).............))))))))))))))....))))))..((((....))))...(((....))))))))))))).....((((((((((((....)))))))).))))....)))))).))))).))))))))...((((((.(((....))).)))))).(((....)))..)))))))))).)))((((....))))...)))))...))))))))))...))))))..(((((((((((..(((((.....(((.((((...(((((((((.((((....((((......)))))))).))))).))))...))))))).....))))).))))))).))))............)))))..))..)))).....)))))(((.......)))..((.((((((........)))))))))))))..))))))..))))).)))....((((.(..(((((....)))))..)..)))).))))))))))..)))))))))))....................(((((....))))).))))))).))))))))))))))........(((((((.(((((((((..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))....)))).))))).)).)))))..(((((((((.((((((........(((((.(.((.....))).))))).........))))))...))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((.(({(..,(((((((({,(.(((.((((...((((((((....((((((((((((((((((((,,((((.(((.{,(((.(((((((((...........)),,)))))).))),.)))))}},.{{{.....}}|.((((.....|||}.|{{..(((((((({...((((((((.(((.......))).))))).)))..}.))))))))...{((((...(((((..,,,.{(.((((((........((.((((({((((((.{{{||{{|.{({{{{{{({((|({{(((,(({({.......,}))))||,.||{.{{{|||{{,.,,,|||{...({{.......})),,,}}}|,,....((((((.((((((......)))))).))))))....|||,....,|,,.......,{|{|{|||,.,,..{{{...,,))))))|}..{{{{.{((.((((((((({{((((({.,((((..,,({,.....,(((.((((((..,........))))))}}}....,},.,,,,.}}}}|.,,,}}}}}}}}}},.....}}}))).}}}.})))))}}..,}|}))}.))))))}......{(((((((,,,.....,,.......))))))))..{{{|.,(((((((.{{(((...,}}.})).))))))).,,}},.))))))),......)))))).})..,...))))).....))))),))),..,|{{({{....,(((,....,,|||{((((((((....(((((((..{........}..)))))))....,,..{,.,,,..|,||{|(((....{.{(({(({.{{({(({((((,,,.{{.{{{..((((((((((........((((((...))))))........)))))))))),,))),),,,,)}}}})}....))}.}}))))},((((((((.......))))))))......}}}}}}}|}|))){||....{{{{{.((({,((,,(({((,.(((...(,...(((((,,...((((........))))....(((((((..{,.((((..(((.....))).(((((.....))))){((.......})}({.......((((((((...(((((({{..(({..(.((((((((((.....,|||...{|{.,,,...........,|,.........,|||.,.........|||}|.......{||..{(({..((((,((((({(({{....((((............)))).....||||.{{{||||,,{({.......}))))})))))))).))))..))))..,{{|||............)))))))))),.})),,}))))))).......(((((((((.....{{....||...)))))}..,)))(((((({......})))))).......))))))))......,.))))...,,..))))))).....((,...}}..||||{{{|||..,,{{{,{..,....||.,|,|,,}},,{{((.{{{(.(,(((((....))))).)))}}))))}.,|,,,{{|{|.(((((((...........))))))),)}|}.,}}))|,}..,....((((.(((((((........))).))))))))....,......,|}}}}})}},)}})),))})))))))})))}}}),}}}}}})}}..}}}))..}).,)))...})))}.,,||||}}||||||}.....})))}),,)))}}}))},.,)))))))))))..)))).))).....)))))).)).((.(((((....))))).)).......)))).))))))))))))).......}}.}}..}}}))..((((((...,,(({{{..{{.......||...,|,...|..}}}}),.......|||,...}}}..,{(((((((((((((({(((({,{{{{((((....}|||||.,,,||||}|||.|,{((,,{..||,.(((((...(((,{((((...))))))))...)))))....,{{,,,{,(({{{{{....,,((((.{(({.{(({((......,,.})))),}}}},,,..,|,|}}}}.,))})),,,},.}||||||,,.,})}}}..{(((((.....(((((((((...))))))))))))))}..{({{{{.,||,(({,,.{{((,{(((((((((.((((((((((((.((((((..(((((({.{{.....)).}}..,)))))..))))))......(((((((,,...{{{({(,({({{({....}}.}|}||,{{{((((((...............((((.((((((((...((({,....,|.}}}}..,((.(((((....))))).))}.{((((({{{{(..{{||,,,,..((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((......,,))}.))}.}}})))).)).)))......))).....))))))))........,||||,,.((((((((.....))))))))......{{{({{(({((({((..{(({{..,,....}}}.)))))),,..|||||}|||}((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).}}}}}))}.))))}.)))}}}...,||||||,||,,,{(({{((...,|,,.)),,,)),)}})))..,.....)))))))).))))...(((((,.({{((({.....}))}.......,))),,)}}}}.)))))}}||{{{,,...{{{{(((({({{{{{{{(({{,|,...,{((((|{|.,,,.{{,..((((({{|{.{((({.{{{{({|{.|{{{(((|........,|,|||||||,.,,||,,,,....((((((..,((((((((((((({.....{{{{............,,,||.,,,......,,,,....,|{{{{|,,{{..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{{...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({{,,,{,...,....{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{,{{{|.,((((((.(((((((..(,,,(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...(((({{{{.{{.......}}..)))}}..,))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..})),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..}}}}}|||||{{,,..,{,((({{....,})}),}},|,}}},,,,............,})))))))))))))....)))))}..((((....))))..,{||||,.}}}))))))}}}||,...{{((((((((((....}))))))}||}}}..,,||||}}.}}))}.}}}))}})...||||||.,,|}}}}))),,||||.(((.{.((((((((((..,((((((({{{{{....}}}}...|||||.,,,.{.((((((.((((.,.....,)))))))))).}..,{{{,,,||||{,||...,)))})),)})}))))))))))))).}.))),)))),,}}...)))))))))).,,),},,,))))))},))}}))))).},})}))),}}},.........}})))))...))))))),..,,|{{,{({....(((((((((({(((,.{{{.{((,,,,.{((({........)})))..)}}.}}}.)))))))))))))))},}),})}}))))).))))))))))})}))}...})..,..)})))}...,.})))))|,,}.,)}.}.))))))).))))))))))))))........{(((({{.(((((((((..((((((((.((((((..............{(((,(({{{{..,(((({....{|||},{{(((((..{{.....})..))))}.))}}))))}})))))).}}}...)))))....))))}}}))).})}))))}.,(((((((((.((((({........(((((.{.,|.....})).))))).........))))))...))))))))}.
Back