Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376740.1
Sequence Length
3409 nt
GC Content
0.4233
GCAGCUCGGAGCGCUAGAGAGACGCGGCGGCGCUGGCAGAAGAGGCGGCGGCGGGCGGAAGAGGAGGCGGUAGACGCGACCACAGAAGAUGUCGGGCCAAACGCUCACGGAUCGGAUCGCCGCCGCUCAGUACAGCGUUACAGGCUCUGCUGUAGCAAGAGCGGUCUGCAAAGCCACUACUCAUGAAGUAAUGGGCCCCAAGAAAAAGCACCUGGACUAUUUGAUCCAGGCUACCAACGAGACCAAUGUUAAUAUUCCUCAGAUGGCCGACACUCUCUUUGAGCGGGCAACAAACAGUAGCUGGGUGGUUGUGUUUAAGGCUUUAGUGACAACACAUCAUCUCAUGGUGCAUGGAAAUGAGAGAUUUAUUCAAUAUUUGGCUUCUAGAAAUACACUAUUCAAUCUCAGCAAUUUUUUGGACAAAAGUGGAUCCCAUGGUUAUGAUAUGUCUACCUUCAUAAGGCGCUAUAGUAGAUAUUUGAAUGAAAAGGCUUUUUCUUACAGACAGAUGGCCUUUGAUUUUGCCAGGGUGAAGAAAGGGGCCGAUGGUGUAAUGAGGACAAUGGCUCCCGAAAAGCUGCUAAAGAGUAUGCCAAUACUACAGGGACAAAUUGAUGCACUGCUUGAAUUUGAUGUGCAUCCAAAUGAACUAACAAAUGGUGUCAUAAAUGCAGCAUUUAUGCUUCUUUUCAAAGAUCUUAUCAAACUUUUUGCUUGCUACAAUGAUGGUGUUAUUAACUUACUCGAAAAGUUUUUUGAAAUGAAGAAAGGACAAUGUAAAGAUGCUCUAGAAAUUUACAAACGAUUUCUAACUAGAAUGACACGAGUGUCUGAAUUUCUCAAGGUUGCAGAGCAAGUUGGUAUUGAUAAAGGUGACAUUCCUGACCUCACACAGGCUCCCAGCAGUCUUAUGGAGACGCUUGAACAGCAUCUAAAUACAUUAGAAGGAAAGAAACCUGGAAACAAAUCUGGUGCUCCCUCUCCAUUAAGUAAGUCUUCUCCAGCCACAACUGUUACGUCUCCUAAUUCUACACCAGCUAAAACUAUUGACACAUCCCCACCGGUUGAUUUAUUUGCAACUGCAUCUGCGGCUGUCCCAGUCAGCACUUCUAAACCAUCUAGUGAUCUCCUGGACCUCCAGCCAGACUUUUCCUCUGGAGGGGCAGCAGCAGCCGCAGCACCAGCACCACCACCACCUGCUGGAGGAGCCACUGCAUGGGGAGAUUCUUUGGCUGCACUUUCCUCUGUUCCCUCUGAAGCACAGAUUUCAGAUCCAUUUGCACCAGAACCUACCCCUCCUACUACAACUGCUGAAAUUGCAACUGCCUCAGCUUCUGCCUCCACUACUACAACUGUUACUGCUGUCACUGCUGAAGUGGAUCUCUUUGGAGGAUUUGGGGGUUCUUUCAUGGCGCCUUCCCCAUCUCCAGUGACUCCAGCUCAGAAUAACCUGCUACAGCCCAAUUUUGAGGCAGCUUUUGGGACAACGCCUUCAACUUCCAGCAGCAGCUCCUUUGAUCCAUCAGUGUUUGAUGGUCUAGGUGAUCUUUUGAUGCCAACCAUGGCACCAGCUGGGCAGCCUGCACCUGUCUCAAUGGUACCACCCAGUCCUGCAAUGGCAGCCAGCAAAGCCCUUGGAAGUGAUCUUGAUUCAUCUCUUGCCAGCUUAGUAGGCAAUCUUGGAAUUUCUGGUACCACAACAAAAAAGGGAGAUCUUCAGUGGAAUGCUGGAGAGAAAAAGUUGACUGGUGGAGCCAACUGGCAGCCUAAAGUAGCUCCAGCAACCUGGUCAGCAGGCGUUCCACCAAGUGCACCUUUGCAAGGAGCUGUACCUCCAACCAGUUCAGUUCCUCCUGUUGCCGGGGCCCCAUCGGUUGGACAACCUGGAGCAGGAUUUGGAAUGCCUCCUGCUGGGACAGGCAUGCCCAUGAUGCCUCAGCAGCCGGUCAUGUUUGCACAGCCCAUGAUGAGGCCCCCCUUUGGAGCUGCCGCUGUACCUGGCACGCAGCUGCAAUAUUUGUGACUGAAUAGGAAAAUAAAUGAGUUUGGAGACUUCAAAUAAGAUUGAUGCUGAGUUUCAAAGGGAGCCACCAGUACCAAACCCAAUACUUACUCAUAACUUCUCUUCCAAAAUGUGUAACACAGCCGUGAAAGUGAACAUUAGGAAUAUGUACUACCUUAGCUGUUAUCCCUACUCUUGAAAUUGUAGUGUAUUUGGAUUAUUUGUGUAUUGUACGAUGUAAACAAUGAAUGGAUGUUACUGAUGCCGUUAGUGCUUUUUUGGACUUCACCUGAGGACAGAUGAUGCAGCUGUUGUGUGGCGAGCUAUUUGGAAAGACGUCUGUGUUUUUGAAGGUUUCAAUGUACAUAUAACUUUUGAACAAACCCCAAACUCUUCCCAUAAAUUAUCUUUUCUUCUGUAUCUCUGUUACAAGCGUAGUGUGAUAAUACCAGAUAAUAAGGAAAACACUCAUAAAUAUACAAAACUUUUUCAGUGUGGAGUACAUUUUUCCAAUCACAGGAACUUCAACUGUUGUGAGAAAUGUUUAUUUUUGUGGCACUGUAUAUGUUAAGAAAUUUUAUUUUAAAAAAUAUAAAGGUUAACGUCCAUAAUAAAUACUUCUCUUUGAAGCUACCUUAUCAAGAACGAAAAAUCGUAUGGGAAGAAUCCCCUAUUUAUCACUGCUAUAUUAAAAUAUAUAUAUUUUAAUUAUAUUUGACAGGUUUUGCAUCUAAAUUGACCUAUUUAUUCAUUCUUGAUUAAAUGCACUGAAAAGUAAAGGGUCUGUUUGUGUCAUGUUCAUGAAAAUGCGGUUAGAGAGGUGCUAUUCAAGUGAUUCUGAAGGCACCCCAAGGUAUAUCUGUAAUUUAAAGAUUACUGCAAAUAUCUUUACUUUACUGUGGGUUUUUAGUACAUCUGUUAAUUUAGUGUUUCUUUGUGUGUUUUGUAGACUAGUGUUCUUCCAUCCUUCAACUGAGCUCAAAGUAGGUUUUGUUGUAACAUUGUGAUUAGGAUUUAAACUAAUUCAGAGAAUUGUAUCUUUUACUGUACAUACUGUAUUCUUUAAGUUUUAAUUUGUUGUCAUACUGUCUGUGCUGAUGGCUUGGCUUAAGAUUUUGAUGCAUAAAUGAGGUCACUGUUGAUCAGUGUUGCUAGUAGCUUGGCAGCUCUUCAUAAAAGCAUAUUGGGUUGGAAAGGUGUUUGCCUAUUUUUCAAAUUAUUUAAUAGAUGUAUGGUACCAUUUAAAAGUGGUUGUAUCUGAAUUUACUGUGGGGAUAACAUACACUGUAAUGGGGAAAAAUUACCUAAAACCAAUUUCAAAAUGGCUUUCUUUGUAUUUCAGUUUAAAAACCCAGUGCAUGUACGCCCUCUGAGAUGCAAUAAACACCUUGAACAAAGAAAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-926.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -990.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 1103.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((.((..((..((((((((((((((.((.((((((((((..(.((...(..((((...(.(.((((..(....)..)))).).)...))))..)...)).)..))))))))))((((((((.(((((((......)))))))(((((((((((((((((((((..(((((......)))))...............(((((((.....).))))))........((((((...(((((.......((((((((((.((...((..((((((((((.(((((((...((.(((((.((((((..(((((((.(((((....(((((((....)))).)))....(((((((((((....(((((((((((((((....((((((((.......((((.((((((((......((((...))))..((((...((((((((.................))))))))....))))...((((((((((((((..((..((((((((..((((((....))))))..)))))))).)).))))).)))))....)))).)))))))).))))....(((((....)))))...((..((....(((((((..............)))))))....))..))....)))))))).........(((((((.(((.(((((((....((.(((..((((((((((........((((((...))))))........))))))))))..))).))...)))))))....))).))))))).((((((((.......)))))))).)))))).).).))))))).)))))))))))..)))))))))).(((((((...((...(((.(((...((((........)))).....((((((....((((((.(((((.......(((((.....))))).(((.((..(((.(((......)))))).....)).)))......)))))..))))))......))))))..))).)))...))...)))))))....))...))))))...)))))((((((((((..(((((((((..((((.((((((((......((((............)))).....((((....))))(((((.......))))).)))))))).))))..))))..((((((...........))))))((((((..((((..((((((.((((..((.((((......((((.....((((.....))))...))))......)))))))))).)).)))).............(((((....((....)).)))))..(((((((...........((((....((........((((..((((..((.(((((((...((((((................))))))))))))).)).))))..))))........)).)))).........)))))))....(((((.............)))))))))..))))))..((.((((((.....))))))))(((((..(((.(((.(((((....))))).)))..)))..))))).(((((((....((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....)))))))).......((((((...((((((((.....))))))))......(((((((((((((((..(((..........))).)))))).....)))))))))((((((((((.....((((....))))((((((((.((.........)).))))))))((((((.(((((...(((.....)))....)))))))))))...))))))))))..(((((....((((((.......)))))))))))(((.((((((...((...)).))))))..)))..))))))(.((((((.(((......)))..)))))).).......((((.((((((((...........(((((((...)))))))....((((((...((((((((((((((.....((((..........))))(((.(((...............))).)))(((..((((((((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............((....((.(((((.(((..((((((((.(((((((...............(((((((.......)).)))))(((.(......).))).((((((.(((((((.(((((((..(...(((((.(((...(((((((((((......))))))...((((((((.((.......))..))))...)))))))))...))))))))...........)..))))))))))))).....).))).))))))))))))))))))..)))..)))))))....)).............))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..))))))))))))))))))..)))..(((((((.......(((((....)))))......))))))).............))))))))))))))....))))))..((((....))))...(((....)))))))))))))))...((((((((((((....)))))))).))))...))))))).)))))..))))))))))((((((.(((....))).)))))).(((....)))..))...))))))))))).)))))).))...))))))....(.((((((.((((........)))))))))).)(((((((....((((((....)))))).....))))))).....(((((........))))))))))))))))...).)))))...))).))))))))))))...))))))........((((.(((((.......))))).))))..(((.((((((..(((((.(((((.....((((((((((((........)))))......))))))).))))).)))))...)))))).)))))))))))......((((((...((((........)))).)))))))).))).))))))))))).))..)))))).))))).....(((((((.(((((((((..((((((((.((((((..............((((.((((((..((((((....))))))..(((((..((.....))..))))).)))))))))))))))).)))...)))))....)))).))))).)).)))))..(((((((((.((((((........(((((.(.((.....))).))))).........))))))...))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.(((((((,((,(((((.,(({,,(((((,((((((.,({(((((,((((({(((,{{{(((((,((({({({(((((((,,..{.{{{||,|({,..||||..,,,.,|{{,{||||}}}|{((((((,(((,,,..,.}}}.}}))),)))..||))||||||,...{(((.{{((,,,..}}}},)))},...........,..(((((({.....}.))))))........(((....,,{....,,.,.}}}.,.}))}})}}},|,}|,.||||(,(((.{(..,,,|}.}}}.|||||}|||||,....,,....(((....}}},,,,,,{{.(((((({{(((..((((({{,,,,.,,.,,{(((((((((,((,...{{{{{{{{....,,.((((.((((((({......(((({,.,||||,,,.,...,|||||||((((((..{{{{.....,,}},,,,..{{{{.,(((((((.{{(((...},,.}}}.))))))).,}}}})))...))))))...{((((({.{{.|.,.....,.,)}.)))))))))))))).))))...|(((((....))))).,.((,.((..,,(((((((..{........}..))))))).,..}|..}}....}}))))}}{{{{{{{{.,,|||||}||((((,(((({{{,{,.,,,..{(((((((((...,....{(((((...))))))........))))))))))}})))}).}}}),,,||,.,,,|||.|||||||.((((((((.......)))))))).}},},}.}.}.|||||||{|}}}}}||}}|,({|{((|({{|.{((((({...((...(((.{({...{{{{........)}}),,,..{|||{{,,,.{{||||,|||||...}}},|||{,.,,,,))}}}.(({.,(..(((.(((......)))))).,}},||,|||,,..,{|,,|,|,||||||,,....}}})}}..}}}.}}}...}}...}}}}}}}....,,...||},|,.,,||,.|(({{{,,,,...{{|,,{{{{..(((({((((({(({(,...({{(............))))..,..||||.{{{||||,,{({.......}))))}))}}}}}}.))))..)))),.{{{({{...........})))))||||||.}|}|,,}||||}|.,}},.}||.||||,....}||}}}..,.||||||},.)))}}})))},})))..)))))))))..))}))))}}}}.,,.....{((,......)),.))))))}.})}.)))))||,,,.....,..,.||....,}}))}}.})}})..))),,}}}}},((((((...{((((({.{{.....)).)),.,)))))))))))}.}.{||||{{{((,.....{{{|.,.((({,{{{..,{((((({.....((((.{{..((({.....{{(((((((...((((({{((.((((((,...,)))))))){{(({,.{{,.,((.(((((....))))).))},,}}},.}))})},,}||,,....((((((((.....((((((....)))(((.((.((((...((((((.(((........))).))).))))))).)).)))......))).....))))))))........}}))))).((((((((.....))))))))......(((((((({((((((..{((,{...,....})).))))))....,},)))))))((((((((((.....((((....)))){(((((((.({.........)}.)))))))|((((((.(((((...(((.....)))....))))))))))),..)))))))))).))))))))}.)))).}}))))..,)))))))},,(((.((((((...((...)).))))))..)))......|{(.((((((.({(,....,)))..)))))).))}...,}|,|,}|||,||||........}}}||||||}}.,.{{|,......||||,((((((,{,((((((((({{,..,|{,{{,,,{{{{{{,..,,|,{,,....,.,,{,....,{{((({,,{{..(((({(((((((((((((.((((.(((((((.((...((((.............{{...,(({(((((.(((..((((((((.((((((({{,,,{,...,....{((((,{{{,...|}},))))){{{.(......).}}}.{{{{{|.,((((((.(((((((..(,,.(((((.(((...(((((((((((,....,))))))...(((({{{{.{{.......}}..))))}..}))))))))..}})}))))),..........}..)))))))))))))....}}}),},)),)))))))))))))))..})),.))))),),,,.}}..........,..))))..)))))))))..))))..((((((.(........).))))))..)))))))))))))}))))..}}}}}|||||{{,,..,{,(({{{....,}}}},},,{,},,,,,,,,{{{{{{{{.,((|,.{{{{||||{{....,..,|,,.((((....))))...((({{{{,..,,,,,....{{{{{,{{({,{((((((((({.,.....{{{{.|.{{(((((({..||,,.{{{{|,.|(({((((((.(((....))).)))))){((.,.{{||{{{{{|.,,{|||||||||{|,,,,}|}}...|||||,||,,{.((((((.((((.,......)))))))))).,.,{{{{,.,|,{{{{{{...,)))))).},},))))))))))))).}.)))))))})))),,,))))))))),.)))).......)))))))))))))),}}}))))))))}}......,,,,.,|||}}}}}}.})}}))}))))}.{{{.,,,(((((({{{{,{{{|||||,|{{|||{,{((({........}}}}}..,}},})},}}}|}}|}}|}}}}},,,|{{{,,{||{|,}}},,))))),.}})}||}}}}}},,,||||.,,.||||||||{||{.,,.,))))||{((({|....}))))))),)),,,...,,||,}}}))))}|||..(((({{{{,{{|{{{,,............,{{|,{{{{||,,|(((({....((((,.(((((((..{{.....))..))))},)),.)))),,)))))|,,,,...,,))}....,,,,,.......)))))))}}|||,{,|||}|}.,.........{{{,...,.,)).))))))),))),........{||.....,,}...,,,...
Back