Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376844.1
Sequence Length
4517 nt
GC Content
0.3622
AGUCUUUUCACUGCAGCUGAAUGAGUUGUGGCGCCCACAAUGCUCCCAUGACAAGGAGCUGACAAGUUCCAUUUUCCGUCGCGGGCAUCUUGGAAUCAUGACUCCCACAAUGCCUUGGGCACUUGGUCGACAGUGGGGCCGCCUCUGAAAAAAAAAUGUGAGAGGGCCGUUGCUCCAGGGAGAACUGCAAAUAUCUUCAUCCACCCCCACAUUUAAAAACGCAGUUGGAGAUAAAUGGACGCAAUAACUUGAUUCAGCAGAAGAACAUGGCCAUGUUGGCCCAGCAAAUGCAACUAGCCAAUGCCAUGAUGCCUGGUGCCCCAUUACAACCCGUGCCAAUGUUUUCAGUUGCACCAAGCUUAGCCACCAAUGCAUCAGCAGCCGCCUUUAAUCCCUAUCUGGGACCUGUUUCUCCAAGCCUGGUCCCGGCAGAGAUCUUGCCGACUGCACCAAUGUUGGUUACAGGGAAUCCGGGUGUCCCUGUACCUGCAGCUGCUGCAGCUGCUGCACAGAAAUUAAUGCGAACAGACAGACUUGAGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGGGAAUUCCUCAAGCUGUACUUCCCCCAUUACCAAAGAGGCCUGCUCUUGAAAAAACCAACGGUGCCACCGCAGUCUUUAACACUGGUAUUUUCCAAUACCAACAGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGAUACCCAUAAUAUCUGCCGAACAUCUGACUAGCCACAAGUAUGUUACCCAGAUGUAGAAUUUUCAUCACUAAACAAUCAUGCUAAAGAGGAAAGGACAGUGUGCUUGGUUAGAGUAAAGGACGAGGUCAUUAGCCAUAUUGUAUAUAUCGUCAAGCAACACACACAAAAGUUCCUCAGCCACAAGACAUCCACAUAUUGCAUGUUAACCAGAAGAAAAGACAACAUUUUCCGGAAAUCCACUGCACACUGUUGCCUAUACACUUUGUACAUUUAAUUGAUAUUUGUGCUGAGGUGAUAUUCCUGUCUAAAAGAACAACAUUGUCUUUCUUUUCUAGCACAGAGUUAUGCAUUCAAAGAUGCAUACCUAGUUAGUUUCCUAUAUAUUCAUGCCAUCUUGAAAAGACAGACUAUGGUGUAACCAUGAUUCUAUUAUGUAUUGGUACGUCUGUAGACCAAGAUAUAAUUUUUUAAAAAUAAGUUUAUUUCUUUCAAGGUUUACAAAUAACAAAGGUGCACCUUGUAUUUAAAAUUGCCAUUAUAGAUGAGAGCGUGCAUGCACAGUCAUUUUUGUUUAAGAGUAAUAUUUUUAAUGUAAUAGAUUGUAAGACGUGGUGAGGGAGGGAUCUGACAGAGAUGAAUGUGCCAAGCAAAACCACAACUGUGUAUAUUUUAAAGCACAUCAUGGCUUUAAGUACCAUGUUGUUAAGGAUUCUCAUGAAGUGCCAUAGACUGUACAUCAAAUUAGAGUAUUAUUUCUUCAGUGUUAUUGUUUUCAGAGCCACAUUUUGUUGCAUAUUUGCUAGUACUAAUCAGUCAAAGGGCACCAUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAAACCAAAGCUGUCUCAGAAAUGGCCAAUUUAACUUUACAGUAACAAUAGACAGCACAACACAAACUCUCUCAAUACAGAUAAACUCACACAUACUGGAGAUAUAUAUAUAAUAGAUAUAUAUAAAAUUAUUUUAAUGCAUUGUAGUGUAAUAUUUAUGCAUACUAUACUGUAUAACAUGUUAUUCAAAAGGGAUUGCCAUUUCUGAGACACAGUAACAAAAAAAUGAGGAAAUUAUUUUGCUUCUAUUUAUAGCCUCUGUCAAAAGUCAAAAGACUAUAAAUGCUUUGCAAAAAUGGUUUCACGUUUGCUUAAAUGCUUCAUCACAGUCACAUUCAAAAUAGUGACUCUAAACAAAGAAGAAAGCAGCACUGUCAUCAGAUGCAUGAUAAACCAAAAUAUGAAAAUGGGAAAUGUUUAAUUAACCUAGUAAUUGGGUGGGUUAAGUACAUGGGUGAAUUUUAUAUGUGAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCAGAUUAACUGCUUAUAGCCUUAGAAAGCCUUUUACAAAAUUAAAAAAAAAAUAGAUGUGCAUUCAGUUUUUAAGAAUGGAAUCAUCCAAAGGAAUUCCUUUUUUUGAGGUUUGGAUGUUGCAGCUAGUAAAGGAUAUUUUUGCUCUGUUCAGCAGUUCUAAAAAUUGCUGAAGUAGGGGCCAGGUCACUGGUAGUUAUAGUAUGGAAUGGGAGAAGUGAAAGUUCAGUUAUAGAACUUUCCAUACUUCCAAGUUUACUGCAAGUUUUUAUGCUUGAGAGAGAUGCUUUCUAAUAUAAGACUGAUGUGUUGAUUUUACUGAUUGUACUGUACAUCUAUUAAAGCCUUAGAUUAUUACAUUACGGGUUGGAACCCAUACCAAUGUAAUUUCAAUCGUGUUAAGAAAGUAAUGGUGACUUCACAUGUUAUUGUAGUUAGUUACAUUAUAGAAUAUUACUUAUUUUUCUUGUUAAAAUGUAGUUUUUCAUUUCCUACAUUUAUUAGAUUUUCAUUUUCUAUUAACAAUUGAAUACCAUUUCAGUUUAUAGACUUGUUUUAUUAGAUUUUACCAAUGAAUUUUUCAAAAUACAAAAAAAAGUAGUUUUUCCUUCAUAACAUACUCAGUUUUGAAUUACAUGUAGUGUCACAUGAAUAUUCGUAUUGUUAACUAAAUGAUUUAUAUUUUACUGAUUUAAUAUUACAGUGUAAGAAUGUCAGUCAUUGUUAGUUCUUGUCUAGUUUUCAUUAAAAGAACAAAGAUCUUUUAUAUGGAUAUCUUAUAAAUAUAUAAUCAUUGCUAAGUAAGAAGUUAAGUUGUUGCUAUCGCAACAAUCCUGGCAGACAAUUGAGUAAUAUUUUGAUGAUUUAUUUUGUUUGUAAUUAGUUAUUAUAAGAAGAUCUAGAUCCUAGAUAUUAGAAUAAAAUUUAUUUUCUACUGUAUCCAUUUCAAAUGUUAAAAUAUUGUUUAAUAUUUUUGAAAUCCCUGAGUAUCAGGCCUUGUUAUAAAUAAGCUGCAUAAUCAAUAAAUAGAACAAGGGACUUUUUGUUGAUAAUCCAAAUACUCAAAGUUUACGUAAUGAAAAUUAUAGCGUGUGUGCAAACUCUUGAGGGUUGAUUAUGCUGCAAUUUAGCAUGUUGGAACGUCUAGGGAGAAGGUUGACUUUUUGCACUUCUGUAUAUAGUCAAAAGAGAGAAACCUGUAUAAUAGUAAGAUCUUAUUUUGAAUAAAAACGUCUAUAAUUACAAGGAGUUUUGUUAAGGCUAAUACAAUGACAGACUGAGCAAAAUUGCUUGCAAAAGUGGCACAGAGUUAGCACUCCAUACCCCUUCAAACAUGUUGCUUUGCUUUCUUGUGGACAGCUUGUAGUUUGCCAGGAUUUUUUCAGCUGGAAAGAUACGCCAUCCUUUCAAACCCUCAUGACUGACAAAAACUCCAUGGGGCCAAAUCUGCCUGAAGAUCAUUACCAAAAAUAGCAGGUACUUCUACCAUUAAGGUGAAAUCAUGGAUCAGAUAUUCCUUACAUUUUUCAAAACUACUGCAUGUUUAAAACUUCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACUAUACUAAGAACAUAUAUUAUUCAGAUCAGUUUCUGCCAAUUUCAGUGGUUUAUUGUUCACAAAAAAAUCUUCAAAACAAGUAUUGACUUUCACAAAAUUUAAAUCAUAAACAGGCAAACCAAACAGCACACUGUAGCUAUAGUUGUUAUGUGAUUGUUUUUUAAUUGCUGUAGGAUCCUGUUCUUUCAGCAGGUGAAAAAUAAAACGCAGUUCAAAUUUCAUGGUUUUAAUUUUCAACUCAGAAGCACUCAAAAAUGCAAAAUGUGAUAAUGGGCACUUGUUUAAAAGAAUUAGUGUAUCCAGCCUUCACUCCAGCUGGUUAAAAAUGUUGCACUUAUCAGCAACCCUACCACUUUCAUCUGCUGAAAGGACAAAUGUGCUUGGUUUUACUAUUAUGUAAUCACAACUUACUUUCUGCUUGUAGUUGCUUAAAAUUAUGUAUUUUGUCUUGGGCUGCAAUUUGUUUUAUGCUUAUUUUAUUAUUACUGCAGUAGUUGACUUUGCUGUAUGGAAAAAUAAAGUGAAAUUGCCCUAAUAAAACUUCUCUUUCUUAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1134.24 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1223.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 1048.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...............((((((((((((((.(((.(((.....((((........((((((....)))))).......(((..((((((..(((...........)))..))))))..))).(((((.((((.....((((..(((..............)))..))))))))..)))))...((((((................................)))))))))).....))).))).))))))).))))))).(((((..(((((...((((((...((....)).....)))))))))))(((((.(((((..............((((...((....))...))))...((...)))))))..))))).((((((.................((((((.((((....))))..))))))(((((.(((((((((((((((..((.(((((((((((((((..(...)..)))))))...((((((.((....)).)))))).......(((((.(...((((((.(((((((.........(((.((..(((((((.((((((((((.((........)).))))))...((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))((((.......(((.(((........)))))).......)))).......((((((((((.....))))))))))...)))).))))))))).)))))))))))))).))...).)))))...(((((.....))))).....)))))))).)).....))))))........(((((((....)))))))....((((((((((((((((.(((............(((((......(((((.......)))))(((((((((.....)).)))))))...(((((((.((((.((......))))))...)).)))))....((....))....((((((.......))))))....(((((((..((((.........))))..))))))).......................)))))...........))).))))).)))))))))))...)).))))))).)).)))(((..(((((((.....((((((((((..(((((((((((((((...((((((..((((((((((.(((((((.(((((((.....((((((((((((((((..((((((......))).(((.(((((((((((..((.....))..))))).)))))))))...(((((((((((((..((...))..))))))..))).))))((.((((((((....)))))))).)))))..)))))).......((((((.((((.((...((((...((((((...)))))).((((....((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....))))))))....((((.((....)))))).........))))).))))....)))).((((.(((....((.((((((((((.((((..((((((.(((((............((((((((((((.(......(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((...(((((((........))))))))))))).)))))...)).(((....)))(((((...(((((.............(((((((........(((...(((....)))...)))........(((....))))))))))...)))))....))))).....(((((((.((((((((..((....(.(((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......................(((......)))....(((.((.....))))).(((((((((.....)))))))))...........(((((.((((((((...........)))))))).)))))....)))))))..))))))))))))))))))))))))).))..)))))))).)))))))...))))))))))))))))...))))))))..((((....))))...........(((((..((....))..))))).....).))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).))))))))))))...................))))))))))...((((((((.(.....).)))))))).((((((...........))))))......((..((((((((..(((...((((((((((..(((((....(((.(((..((((..............(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((...))))))))..))))))))).))))))..(((((.((((((((..........(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((....((((((((.......))))))))....))))))....)))))(((((......)))))((((((...))))))....(((.((....)).))).)))))))).)))))..))))))))))).....((((((((((((((((..((..(((...)))..))))))))))...))))....))))...)))).)))...)))....))))).)))))))))))))..))))))))..))...))))))).))))((((((((...........))))))))....(((((..(((((((((.(((...((((......))))))).))))(((((((((...(((((((.....((((...))))..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((.....((((.....(((.((((((.....(((........))).....)))))).)))((((((((..((((((((((((...((((((.(((((((((((((((((((.......))))))).)))))..((((((....................))))))........((((((....))))))((((((((((((.((((((......))))))((((((..((.((((((((.....))))))))..))..))))))...((((((((((...........)))))..))))).(((((((((((((((......))))))))..))))))).(((((...)))))...........((((((((((((((((((......(((((((....))))))).............((((((((((((((.((((...)))).)))))......)))).))))).))))))))))).((((..(((((((((.(((.(..((.((((...(((((((((.(((((((.((..(((((((((((((((.....((((...)))).....)))).))))))..........)))))....((((.(((((((((.((.................)).))))))))).)))))).)))).))).))))))))).)))).))..).))).)))))))))..)))).(((....))).))))))).))))))))))))......))))))))))).))..))...............)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........))))))))((((.....))))....))))))..........)))))))).))))....))))))))))))))))))............))).).))))))))).....(((((((.((((((.((((..((....))..)))).)))))).)).))))).....)))))))..)))))))))............)))))..)))))....))).))))........(((.(((((....))))))))))))))..))))))......)))).))))...((((((((((((((((((((..((((((.((............))))))))(((((.(((.(((..(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....)))).....)))))).)))))(((((........)))))........)))))))))))))))))))).......(((...((((......))))...)))...))))).))..))).))))))).....)))))))..)))....)))))).....(((((((((((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))....))....)))))))...)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........{{{{{{(({((((((((((({(({{(((,...{((((........|||||(,,,.|||}}}.......({{..((((((..(((,........,,)))..)))))),,))},|||||,||.,.}|||||||{{(({{.,........,,{||||||||,||||||}}||||,,{{|{{{...,,,,,,,,.....................}|}}})))))||,..|||.}||.}}}}|||{,}}||||,({{{,.{(((((...((((((...((....}}.....)))))))))))|,|{{.||{{|,.............||||},.||,,,,)}}}}))}},,.|....},,}))}..))}}},|||||,}},..............((((((.((({....})))..))))))(((((.....}})))((((((,,(...((((((((((((((..,...}..))))))),..{(((((,({..,,)),))})}}.......(((((.{,..{{((((.(((((((.,,......,||.{{..(((((((.((((((((((.((........)).))))))...((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).)))),{{,....}}}....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))((((.......((|{(((........)))))).......)))).......((((((((((.....))))))))))...)))).)))))))}}.,,,))))))))))).}),,...))))).,.(((((.....))))),....,)))))))})}.....)))))){((((((((((((((....)))))))..{((((.{{|......((((({,(((((((,,,..((((((((((.{((((,...,,.})))|(((((((((.....)),})))))),..((((.,.......)))){{.(((((({(,,{,.(((((((((.(((.((((...((((((.......))))))....(((((((..{{{{,,,,.,,,.}|||,,||||||}.,.....,}|||............{((((.(((((((((((((((((({(({{{{,(({,....((((({({.....}}}.,.,}},.....))})),,}}.............||,{{{{{{||{({{(((((.{(.....}}.})))}..,,.{{,((,,{.....,.})))).||....,,..,|||.,.}}}}},.,.{,{{,{,||||{{..,,...,.,,.})))))})))),}}}.....|||||,,.,}},},}}}})))))))))))).)))))..,{(.((((((((....)))))))).)).,,..{{(((((((,{{{(((((,,((({,((...((((,..((((((...)))))}.{(((..,.((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))).,,.,{,{{((....))))))}}},.....))))).)))).}..)))}.{(((.(((....((.(((((((((,{((((..((((((.(((((............((((((((((((.(....,.(((((((((((((((.{..((((((({{{(((((((.((((...(((((((.{....,}))))))))))))).)))))...)}.{{(....|},(((((...(((((,,,........,,(({{{{{.,,,,...((({,.{((....}}},},})).....,..(((....)))}}}}}}}...)))))....)))))..,,|{({{(((,(({{((((..,,,,,.{.(((((((((((((({,(((({..((((..(((((((....,.,,............{,({{,.....,|,....,{{.,,.....))))),(((((((((.....)))))))))...........(((((.{(((((({..,....,},,))}))))}.)))))....)))))))..))))}))))))))))))))))))),.)}..}))))))).)))))),...})))))))})))))))...))))))))..((((....)))).......,...(({{{.{((....,,}}))))).....,.))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........,}}),...}))))))}|{{,|,,(({(((((.{...,,),))))))))..}},)})))}},...}}},|}|},{{((({(((({(((((({,{{{..,,.,,,,..(({...}}}.,,},.,}}}.....))))))}.}))}.,))}}))})}}},|||{{.....,,{{|||,|{{{{,,||{,,,||}}}})),})}}}))}))))))).))))))))).,}....)))))))).))(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((..,.((((((((.......))))))))..}.))))))....)))))(((((......))))).)))))))))).,,{,,,,{{|,|,...}))})))......))).))))))))))......,}}.))))}..(({{((((((((..((..(((...)))..))))))))))...}}}})))))))}...((((({{(((((.{(((......))).}..))))))}}}}}{((({(.....)}})}},,,.,,..((((((((...........))))))))..{{{{.........}|||,.|,.{((((((......))))))).}}}}(((((((((...(((((((.....{({,...,}}}..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((,....{(({.....(((.((((({...,.{{{.....,,,)}}.,.,.}))))).))){(((((((,,((((((((((,{,,,((((((,,{((((,{(((((((((((.......))))))).))))}..,,((((,....,}},,.....||,..)))))),.,...,{((((((....))))))||((((((((((.,,{(({{,,,,,||||||(((({(,{{{.{(((((((.....)))))))},|}},,|||}}},,,|||{{(((((.,.........)))))..}}}}}.(((((((((((((((......)))))))},.,)))))}.(((((...))))).,,|.|,...,{{(((({(((((((((((......{(((({{....,)))))),............((((((((((((((.((({...)))).))))}.....,)))).))))).))))))))))).((((..(((((((({.(((.{..,,.((((...(((((((((.(((((((.(({.,,{{,(((((({(((.....((((...)))).....)))).))))))..........}},,.....{(((.(((((((((.{(.,,...........}}.)).})))))))).))))}).)))),})).))))))))).)))).,,..,.))).}))))))))..)))).,{{....)}},))))))).))))))))))}},......,,}}|||}||,.....,...,,,,........)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........)))))))){(((.....))))....)))))).......,,.)))))))}.,}}}....})))))))))))))))))............))).))))))))))).....((((({{.((((((,((({..{{.,,,)}..}}}}.)))))).}},})))).....)))))))..)))))))))...,,|,,}}|||.,,|||.,.,||...,,||||{(((((...((((((......(((((((.((((...,,........)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............)))))))).,,{({......}},(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....))))....,,||||.......(((((........)))))...}}},.))))))))))))))))))))..)))))))))))|(((......)))}..}}}}}}}}..,},.))}}))}}}||{{{{|||,,.,},.,{{|||,..{||}}||,,,,.{{,,,,|||((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..}.)))))))))),,..)),,..)))))),.......,.}}}}}}.
Back