Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001376847.1
Sequence Length
4382 nt
GC Content
0.3581
AGUCUUUUCACUGCAGCUGAAUGAGUUGUGGCGCCCACAAUGCUCCCAUGACAAGGAGCUGACAAGUUCCAUUUUCCGUCGCGGGCAUCUUGGAAUCAUGACUCCCACAAUGCCUUGGGCACUUGGUCGACAGUGGGGCCGCCUCUGAAAAAAAAAUGUGAGAGCCAAUGUUUUCAGUUGCACCAAGCUUAGCCACCAAUGCAUCAGCAGCCGCCUUUAAUCCCUAUCUGGGACCUGUUUCUCCAAGCCUGGUCCCGGCAGAGAUCUUGCCGACUGCACCAAUGUUGGUUACAGGGAAUCCGGGUGUCCCUGUACCUGCAGCUGCUGCAGCUGCUGCACAGAAAUUAAUGCGAACAGACAGACUUGAGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGGGAAUUCCUCAAGCUGUACUUCCCCCAUUACCAAAGAGGCCUGCUCUUGAAAAAACCAACGGUGCCACCGCAGUCUUUAACACUGGUAUUUUCCAAUACCAACAGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGGCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGAUACCCAUAAUAUCUGCCGAACAUCUGACUAGCCACAAGUAUGUUACCCAGAUGUAGAAUUUUCAUCACUAAACAAUCAUGCUAAAGAGGAAAGGACAGUGUGCUUGGUUAGAGUAAAGGACGAGGUCAUUAGCCAUAUUGUAUAUAUCGUCAAGCAACACACACAAAAGUUCCUCAGCCACAAGACAUCCACAUAUUGCAUGUUAACCAGAAGAAAAGACAACAUUUUCCGGAAAUCCACUGCACACUGUUGCCUAUACACUUUGUACAUUUAAUUGAUAUUUGUGCUGAGGUGAUAUUCCUGUCUAAAAGAACAACAUUGUCUUUCUUUUCUAGCACAGAGUUAUGCAUUCAAAGAUGCAUACCUAGUUAGUUUCCUAUAUAUUCAUGCCAUCUUGAAAAGACAGACUAUGGUGUAACCAUGAUUCUAUUAUGUAUUGGUACGUCUGUAGACCAAGAUAUAAUUUUUUAAAAAUAAGUUUAUUUCUUUCAAGGUUUACAAAUAACAAAGGUGCACCUUGUAUUUAAAAUUGCCAUUAUAGAUGAGAGCGUGCAUGCACAGUCAUUUUUGUUUAAGAGUAAUAUUUUUAAUGUAAUAGAUUGUAAGACGUGGUGAGGGAGGGAUCUGACAGAGAUGAAUGUGCCAAGCAAAACCACAACUGUGUAUAUUUUAAAGCACAUCAUGGCUUUAAGUACCAUGUUGUUAAGGAUUCUCAUGAAGUGCCAUAGACUGUACAUCAAAUUAGAGUAUUAUUUCUUCAGUGUUAUUGUUUUCAGAGCCACAUUUUGUUGCAUAUUUGCUAGUACUAAUCAGUCAAAGGGCACCAUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAAACCAAAGCUGUCUCAGAAAUGGCCAAUUUAACUUUACAGUAACAAUAGACAGCACAACACAAACUCUCUCAAUACAGAUAAACUCACACAUACUGGAGAUAUAUAUAUAAUAGAUAUAUAUAAAAUUAUUUUAAUGCAUUGUAGUGUAAUAUUUAUGCAUACUAUACUGUAUAACAUGUUAUUCAAAAGGGAUUGCCAUUUCUGAGACACAGUAACAAAAAAAUGAGGAAAUUAUUUUGCUUCUAUUUAUAGCCUCUGUCAAAAGUCAAAAGACUAUAAAUGCUUUGCAAAAAUGGUUUCACGUUUGCUUAAAUGCUUCAUCACAGUCACAUUCAAAAUAGUGACUCUAAACAAAGAAGAAAGCAGCACUGUCAUCAGAUGCAUGAUAAACCAAAAUAUGAAAAUGGGAAAUGUUUAAUUAACCUAGUAAUUGGGUGGGUUAAGUACAUGGGUGAAUUUUAUAUGUGAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCAGAUUAACUGCUUAUAGCCUUAGAAAGCCUUUUACAAAAUUAAAAAAAAAAUAGAUGUGCAUUCAGUUUUUAAGAAUGGAAUCAUCCAAAGGAAUUCCUUUUUUUGAGGUUUGGAUGUUGCAGCUAGUAAAGGAUAUUUUUGCUCUGUUCAGCAGUUCUAAAAAUUGCUGAAGUAGGGGCCAGGUCACUGGUAGUUAUAGUAUGGAAUGGGAGAAGUGAAAGUUCAGUUAUAGAACUUUCCAUACUUCCAAGUUUACUGCAAGUUUUUAUGCUUGAGAGAGAUGCUUUCUAAUAUAAGACUGAUGUGUUGAUUUUACUGAUUGUACUGUACAUCUAUUAAAGCCUUAGAUUAUUACAUUACGGGUUGGAACCCAUACCAAUGUAAUUUCAAUCGUGUUAAGAAAGUAAUGGUGACUUCACAUGUUAUUGUAGUUAGUUACAUUAUAGAAUAUUACUUAUUUUUCUUGUUAAAAUGUAGUUUUUCAUUUCCUACAUUUAUUAGAUUUUCAUUUUCUAUUAACAAUUGAAUACCAUUUCAGUUUAUAGACUUGUUUUAUUAGAUUUUACCAAUGAAUUUUUCAAAAUACAAAAAAAAGUAGUUUUUCCUUCAUAACAUACUCAGUUUUGAAUUACAUGUAGUGUCACAUGAAUAUUCGUAUUGUUAACUAAAUGAUUUAUAUUUUACUGAUUUAAUAUUACAGUGUAAGAAUGUCAGUCAUUGUUAGUUCUUGUCUAGUUUUCAUUAAAAGAACAAAGAUCUUUUAUAUGGAUAUCUUAUAAAUAUAUAAUCAUUGCUAAGUAAGAAGUUAAGUUGUUGCUAUCGCAACAAUCCUGGCAGACAAUUGAGUAAUAUUUUGAUGAUUUAUUUUGUUUGUAAUUAGUUAUUAUAAGAAGAUCUAGAUCCUAGAUAUUAGAAUAAAAUUUAUUUUCUACUGUAUCCAUUUCAAAUGUUAAAAUAUUGUUUAAUAUUUUUGAAAUCCCUGAGUAUCAGGCCUUGUUAUAAAUAAGCUGCAUAAUCAAUAAAUAGAACAAGGGACUUUUUGUUGAUAAUCCAAAUACUCAAAGUUUACGUAAUGAAAAUUAUAGCGUGUGUGCAAACUCUUGAGGGUUGAUUAUGCUGCAAUUUAGCAUGUUGGAACGUCUAGGGAGAAGGUUGACUUUUUGCACUUCUGUAUAUAGUCAAAAGAGAGAAACCUGUAUAAUAGUAAGAUCUUAUUUUGAAUAAAAACGUCUAUAAUUACAAGGAGUUUUGUUAAGGCUAAUACAAUGACAGACUGAGCAAAAUUGCUUGCAAAAGUGGCACAGAGUUAGCACUCCAUACCCCUUCAAACAUGUUGCUUUGCUUUCUUGUGGACAGCUUGUAGUUUGCCAGGAUUUUUUCAGCUGGAAAGAUACGCCAUCCUUUCAAACCCUCAUGACUGACAAAAACUCCAUGGGGCCAAAUCUGCCUGAAGAUCAUUACCAAAAAUAGCAGGUACUUCUACCAUUAAGGUGAAAUCAUGGAUCAGAUAUUCCUUACAUUUUUCAAAACUACUGCAUGUUUAAAACUUCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACUAUACUAAGAACAUAUAUUAUUCAGAUCAGUUUCUGCCAAUUUCAGUGGUUUAUUGUUCACAAAAAAAUCUUCAAAACAAGUAUUGACUUUCACAAAAUUUAAAUCAUAAACAGGCAAACCAAACAGCACACUGUAGCUAUAGUUGUUAUGUGAUUGUUUUUUAAUUGCUGUAGGAUCCUGUUCUUUCAGCAGGUGAAAAAUAAAACGCAGUUCAAAUUUCAUGGUUUUAAUUUUCAACUCAGAAGCACUCAAAAAUGCAAAAUGUGAUAAUGGGCACUUGUUUAAAAGAAUUAGUGUAUCCAGCCUUCACUCCAGCUGGUUAAAAAUGUUGCACUUAUCAGCAACCCUACCACUUUCAUCUGCUGAAAGGACAAAUGUGCUUGGUUUUACUAUUAUGUAAUCACAACUUACUUUCUGCUUGUAGUUGCUUAAAAUUAUGUAUUUUGUCUUGGGCUGCAAUUUGUUUUAUGCUUAUUUUAUUAUUACUGCAGUAGUUGACUUUGCUGUAUGGAAAAAUAAAGUGAAAUUGCCCUAAUAAAACUUCUCUUUCUUAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1096.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1185.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 961.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((((((.((((((((((((((.(((((...(((((........)))))((((((((((((...........((((((..(((...........)))..)))))))))).)))).))))...))))))))((..(((((((......((....)).....)))))))..))(((((((......((((((......((((.((.(....(((.((..((((((((.((((....))))..)))))))).)).)))...).)).))))......))))))((((((((..(...)..))))))))((((((((.((((..((((.((((...........(((((..((.(.((((..(((((.......)))))...((((((...((((((((.((........)).)))).))))((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....((((((((((...((((((((((....))))))..))))..((((....))))..........((((((((....((((.(((......((((((((((.....))))))))))...((((((.....(((....)))..))))))................(((((.....)))))......)))...)))).....))))))))......(((((((....)))))))...(((....)))...((((.((....)).))))..))))..))))))..((.((.((....)).)).)).............((((((((.(..(((.((((((((((.....)).)))))))))))..).)))))))).)))))))))).)))..))))))))).))))..))))....((((((.......))))))....(((((((..((((.........))))..))))))).........(((((..((((((.(((((............(((((((((((((((..(((((((..(((.(.((((((((((((((((.....................(((((((((((((((.....((((((((......(((.(((((.(.(((.((((.(.((((.....((((((((.((.........((((((((.(((((((((((..((.....))..))))).))))))......(((((((((((((..((...))..))))))..))).))))((.((((((((....)))))))).)).....(((((((((((((((((((.((((.((...((((...((((((...)))))).((((....((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....))))))))....((((.((....)))))).........))))).))))....)))).((((.(((....((.((((((((((.((((..((((((.(((((............((((((((((((.(......(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((...(((((((........))))))))))))).)))))...)).(((....)))(((((...(((((.............(((((((........(((...(((....)))...)))........(((....))))))))))...)))))....))))).....(((((((.((((((((..((....(.(((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......................(((......)))....(((.((.....))))).(((((((((.....)))))))))...........(((((.((((((((...........)))))))).)))))....)))))))..))))))))))))))))))))))))).))..)))))))).)))))))...))))))))))))))))...))))))))..((((....))))...........(((((..((....))..))))).....).))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........))))....)))))))))((....((((((((.(.....).))))))))..)))))))))).........))))))))))...)))).).)))).))).).))))))))....(((((((((((...(((((......)))))........((((..(((((.........)))))....))))..((((....)))))))))))))))))))))))...))).)...)))).)))))))(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....)))))...))))))))))..((((((....((((((((.......))))))))....)))))).........(((((......)))))((((((...)))))).........))))))).))).)))))))(((.(((...)))))).......((((..((((((((((((..((..(((...)))..))))))))))...)))).......((((((....((((((.((((......))).)..)))))).....((((((.....))))))........((((((((...........))))))))..((((.........)))).....(((((((......))))))).....(((((((((...(((((((.....((((...))))..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((.....((((.....(((.((((((.....(((........))).....)))))).)))((((((((..((((((((((((...((((((.(((((((((((((((((((.......))))))).)))))..((((((....................))))))........((((((....))))))((((((((((((.((((((......))))))((((((..((.((((((((.....))))))))..))..))))))...((((((((((...........)))))..))))).(((((((((((((((......))))))))..))))))).(((((...)))))...........((((((((((((((((((......(((((((....))))))).............((((((((((((((.((((...)))).)))))......)))).))))).))))))))))).((((..(((((((((.(((.(..((.((((...(((((((((.(((((((.((..(((((((((((((((.....((((...)))).....)))).))))))..........)))))....((((.(((((((((.((.................)).))))))))).)))))).)))).))).))))))))).)))).))..).))).)))))))))..)))).(((....))).))))))).))))))))))))......))))))))))).))..))...............)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........))))))))((((.....))))....))))))..........)))))))).))))....))))))))))))))))))............))).).))))))))).....(((((((.((((((.((((..((....))..)))).)))))).)).))))).....)))))))..)))))))))....))))))....................)))).)))))...))))))))))))).)).))))))..)))))............))))))))....((((((((((((((((((((..((((((.((............))))))))(((((.(((.(((..(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....)))).....)))))).)))))(((((........)))))........)))))))))))))))))))).....))))))).((((......))))..))))))))..))).)).))))))(((((((.........((((((...((((.(((..........)))((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))....))))..))))))..........)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........((((((((.((((((((((((((.(((((...(((((........)))))(((((((({{{,......{{,..((((((..(((,........,,)))..))))))}})),))))}}))}...))))))))((,,{((({{{.....{(({,,,|,{{,,.}}}}}}|,,||{{{{{((...,,......{||....}}},,.|,.............,,((((((.((({....})))..))))))||{{{.,,,.|})}}((((((,,{...((((((((((((((..,...}..)))))))}..{(((((,({..,,)),))})}}.......(((((.(,..{{((((.(((((((.,,.......||.||..(((((((.((((((((((.((........)).))))))...((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).)))),{{,....}}}....(((((...)))))((((((((((....))))))..))))((((.......((|{(((........)))))).......)))).......((((((((((.....))))))))))...)))).)))))))}}.,,,))))))))))).}),,...))))).,.(((((.....))))),....,)))))))|}}.....)))))){((((((((((((((....)))))))..{((((.{{|......((((({,(((((((,,,..((((((((((.(((((((..(((((((((((.........)).))}}})))))..})..})))|(((((((((.....)),})))))),..((((.,......,)))){{.((((({{(,,{,.(((((((((.(((.((((...((((((.......))))))....(((((((..,,{,,,,,.{,,.}|||,,||||||}.,.....,}|||............{((((.(((((((((((((((((({(({{{{,(({,....((((({({.....}}}.,.,}},.....))})),,}}.............||,{({{{{||{{{{(((((.((.....}}.})))}..,{.{{,((,,{.....,.})))).||....,,..,|||.,.}}}}},.,.{,{{,{,||||{{..,,...,.,,.})))))})))),}}}.....|||||,,.,}},},}}}})))))))))))).)))))..,{(.((((((((....)))))))).)).,,..{{(((((((,{{{(((((,,((({,((...((((,..((((((...)))))}.{(((..,.((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))).,,.,{,{{((....))))))}}},.....))))).)))).}..)))}.{(((.(((....((.(((((((((,{((((..((((((.(((((............((((((((((((.(....,.(((((((((((((((.{..((((((({{{(((((((.((((...(((((((.{....,}))))))))))))).)))))...)}.{{(....|},(((((...(((((,,,........,,(({{{{{.,,,,...((({,.{((....}}},},})).....,..(((....)))}}}}}}}...)))))....)))))..,,|{({{(((,(({{((((..,,,,,.{.(((((((((((((({,(((({..((((..(((((((....,.,,............{,({{,.....,|,....,{{.,,.....))))),(((((((((.....)))))))))...........(((((.{(((((({..,....,},,))}))))}.)))))....)))))))..))))}))))))))))))))))))),.)}..}))))))).)))))),...})))))))})))))))...))))))))..((((....)))).......,...(({{{.{((....,,}}))))).....,.))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........,}}),...)))))))}|{{,|,,(({(((((.{...,,),))))))))..}},)})))}},...}}|,|}|},{{((({(((({((({(({{{{{..,,.,,,,..(({...}}}.,,},.,}},.....))))))}.)))}.,)))}))})}}},|||{{.....,,,,|||,|{{{{,,||{,,,||},,,)),})}}}))}))))))).))))))))).,}....)))))))).))(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....{((((.....((((((.,,.((((((((.......))))))))..,.))))))....)))))(((((......))))).)))))))))).,,{,,,,,{|,|,...}))))))......))).))))))))))......,}}.))))}..(({{((((((((..((..(((...)))..))))))))))...}}}})))))))}...((((({{(((((.{(((......))).}..))))))}}}}}{((({(.....))))}},,,.,,..((((((((...........))))))))..,{{{.........||||{.{,.{((((((......))))))).}}}}(((((((((...(((((((.....{({,...,}}}..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((,....{(({.....(((.((((({...,.{{{.....,,,)}}.,.,.}))))).))){(((((((,,((((((((((,{,,,((((((,,{((((,{(((((((((((.......))))))).))))}..,,((((,....,}},,.....||,..)))))),.,...,{((((((....))))))||((((((((((.,,{(({{,,,,,||||||(((({(,{{{.{(((((((.....)))))))},|}},,|||}}},,,|||{{(((((.,.........)))))..}}}}}.(((((((((((((((......)))))))},.,)))))}.(((((...))))).,,|.|,...,{{(((({(((((((((((......{(((({{....,)))))),............((((((((((((((.((({...)))).))))}.....,)))).))))).))))))))))).((((..(((((((({.(((.{..,,.((((...(((((((((.(((((((.(({.,,{{,(((((({(((.....((((...)))).....)))).))))))..........}},,.....{(((.(((((((((.{(.,,...........}}.)).})))))))).))))}).)))),})).))))))))).)))).,,..,.))).}))))))))..)))).,{{....)}},))))))).))))))))))}},......,,}}|||}||,.....,...,,,,........)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........)))))))){(((.....))))....)))))).......,,.)))))))}.,}}}....})))))))))))))))))............))).))))))))))).....((((({{.((((((,((({..{{.,,,)}..}}}}.)))))).}},})))).....)))))))..))))))))),,}|.}}}})}}}...},,...}},.....}||},{{{{(,,,((((({..,|,,({{{{||.||||,}}},,,,,},..}}}),))))))),,...((((((((((((((((((((..((((((.((............)))))))).,,{({......}},(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....))))....,,||||.......(((((........)))))...}}},.))))))))))))))))))))..,}}))))))),{(((......)))}.,))))))))..))).))}}))))){((((((.,....,..{(((({..,(((,.((({{,.......,}}((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))}}}})))),}))))))..........))))))}
Back