Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377218.1
Sequence Length
4751 nt
GC Content
0.4995
GCGCCGCCGCUUCCUCCUCUCCCUGCCAGGAGUUGAAGCGGAGCUGCGGCACCUCCCUGGCGGAUCUGGUAUCCCCGCCCGCUGCCGAGGCUGCCGGCCCUCUCCCCUGGACCGCUACCCGGAGAGCGAGCGGCGGGGCCGGGAUUUGGCUGCGUGUUGGCUGAGUGCGACACACCGCGAGCGCGGGCAGUGGAGGUGCCGCGGCGGCCGUGGCCGCUCGGGGCGCAGCGGUAGUCAGGUGUGUGUGUACAGCGGGGGACGCGCGCUGCCGGCUCCUGGGCUGGCGACAGAUUGUGCAGGAAUGCGAGGAAUGCACCAGGGGCAGAGUCCACACAGCCCGCCGCGGCUGCCCUAGCGCCUUCCCUCCCCAGCUCUCGCCGCGCAGCCAGAGGUCACCGGAGCAUCUUCGGAGCUGGAGGAAUGCCAGCUCCUGAGCAGGCCUCAUUGGUGGAGGAGGGGCAACCACAGACCCGCCAGGAAGCUGCCUCCACUGGCCCAGGCAUGGAACCCGAGACCACAGCCACCACUAUUCUAGCAUCCGUGAAGGAGCAGGAGCUUCAGUUUCAGCGACUCACCCGAGAACUGGAAGUGGAAAGGCAGAUUGUUGCCAGUCAGCUAGAAAGAUGUAGGCUUGGAGCAGAAUCACCAAGCAUCGCCAGCACCAGCUCAACUGAGAAGUCAUUUCCUUGGAGAUCAACAGACGUGCCAAAUACUGGUGUAAGCAAACCUAGAGUUUCUGACGCUGUCCAGCCCAACAACUAUCUCAUCAGGACAGAGCCAGAACAAGGAACCCUCUAUUCACCAGAACAGACAUCUCUCCAUGAAAGUGAGGGAUCAUUGGGUAACUCAAGAAGUUCAACACAAAUGAAUUCUUAUUCCGACAGUGGAUACCAGGAAGCAGGGAGUUUCCACAACAGCCAGAACGUGAGCAAGGCAGACAACAGACAGCAGCAUUCAUUCAUAGGAUCAACUAACAACCAUGUGGUGAGGAAUUCAAGAGCUGAAGGACAAACACUGGUUCAGCCAUCAGUAGCCAAUCGGGCCAUGAGAAGAGUUAGUUCAGUUCCAUCUAGAGCACAGUCUCCUUCUUAUGUUAUCAGCACAGGCGUGUCUCCUUCAAGGGGGUCUCUGAGAACUUCUCUGGGUAGUGGAUUUGGCUCUCCGUCAGUGACCGACCCCCGACCUCUGAACCCCAGUGCAUAUUCCUCCACCACAUUACCUGCUGCACGGGCAGCCUCUCCGUACUCACAGAGACCCGCCUCCCCAACAGCUAUACGGCGGAUUGGGUCAGUCACCUCCCGGCAGACCUCCAAUCCCAACGGACCAACCCCUCAAUACCAAACCACCGCCAGAGUGGGGUCCCCACUGACCCUGACGGAUGCACAGACUCGAGUAGCUUCCCCAUCCCAAGGCCAGGUGGGGUCGUCGUCCCCCAAACGCUCAGGGAUGACCGCCGUACCACAGCAUCUGGGACCUUCACUGCAAAGGACUGUUCAUGACAUGGAGCAAUUCGGACAGCAGCAGUAUGACAUUUAUGAGAGGAUGGUUCCACCCAGGCCAGACAGCCUGACAGGCUUACGGAGUUCCUAUGCUAGUCAGCAUAGUCAGCUUGGGCAAGACCUUCGUUCUGCCGUGUCUCCCGACUUGCACAUUACUCCUAUAUAUGAGGGGAGGACCUAUUACAGCCCAGUGUACCGCAGCCCAAACCAUGGAACUGUGGAGCUCCAAGGAUCGCAGACGGCGUUGUAUCGCACAGGUUCAGUAGGUAUUGGAAAUCUACAAAGGACAUCCAGCCAACGAAGUACCCUUACAUACCAAAGAAAUAAUUAUGCUCUGAACACAACAGCUACCUACGCGGAGCCCUACAGGCCUAUACAAUACCGAGUGCAAGAGUGCAAUUAUAACAGGCUUCAGCAUGCAGUGCCGGCUGAUGAUGGCACCACAAGAUCCCCAUCAAUAGACAGCAUUCAGAAGGACCCCAGGGAGUUUGCCUGGCGUGAUCCUGAGUUGCCUGAGGUCAUUCACAUGCUUCAGCACCAGUUCCCAUCUGUUCAGGCAAAUGCAGCGGCCUACCUGCAGCACCUGUGCUUUGGUGACAACAAAGUGAAGAUGGAGGUGUGUAGGUUAGGGGGAAUCAAGCAUCUGGUUGACCUUCUGGACCACAGAGUUUUGGAAGUUCAGAAGAAUGCUUGUGGUGCCCUUCGAAACCUCGUUUUUGGCAAGUCUACAGAUGAAAAUAAAAUAGCAAUGAAGAAUGUUGGUGGGAUACCUGCCUUGUUGCGACUGUUGAGAAAAUCUAUUGAUGCAGAAGUAAGGGAGCUUGUUACAGGAGUUCUUUGGAAUUUAUCCUCAUGUGAUGCUGUAAAAAUGACAAUCAUUCGAGAUGCUCUCUCAACCUUAACAAACACUGUGAUUGUUCCACAUUCUGGAUGGAAUAACUCUUCUUUUGAUGAUGAUCAUAAAAUUAAAUUUCAGACUUCACUAGUUCUGCGUAACACGACAGGUUGCCUAAGGAACCUCAGCUCCGCGGGGGAAGAAGCUCGGAAGCAAAUGCGGUCCUGCGAGGGGCUGGUAGACUCACUGUUGUAUGUGAUCCACACGUGUGUGAACACAUCCGAUUACGACAGCAAGACGGUGGAGAACUGCGUGUGCACCCUGAGGAACCUGUCCUAUCGGCUGGAGCUGGAGGUGCCCCAGGCCCGGUUACUGGGACUGAACGAAUUGGAUGACUUACUAGGAAAAGAGUCUCCCAGCAAAGACUCUGAGCCAAGUUGCUGGGGGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAGGACUCCGCAAGAAGAUCAAUGGGAUGGAGUUGGUCCUAUCCCAGGACUGUCGAAGUCCCCCAAAGGGGUUGAGAUGCUGUGGCACCCAUCGGUGGUAAAACCAUAUCUGACUCUUCUAGCAGAAAGUUCCAACCCAGCCACCUUGGAAGGCUCUGCAGGGUCUCUCCAGAACCUCUCUGCUGGCAACUGGAAGUUUGCAGCAUAUAUCCGGGCGGCCGUCCGAAAAGAAAAGGGGCUCCCCAUCCUUGUGGAGCUUCUGAGAAUGGAUAACGAUAGAGUUGUUUCUUCCGUGGCAACAGCCUUGAGGAAUAUGGCACUAGAUGUUCGCAACAAGGAGCUCAUAGGCAAAUACGCCAUGCGAGACCUGGUCAACCGGCUCCCCGGCGGCAAUGGCCCCAGUGUCUUGUCUGAUGAGACCAUGGCAGCCAUCUGCUGUGCUCUGCACGAGGUCACCAGCAAAAACAUGGAGAACGCAAAAGCCCUGGCCGACUCAGGAGGCAUAGAGAAGCUGGUGAACAUAACCAAAGGCAGGGGCGACAGAUCAUCUCUGAAAGUGGUGAAGGCAGCAGCCCAGGUCUUGAAUACAUUAUGGCAAUAUCGGGACCUCCGGAGCAUUUAUAAAAAGGAUGGGUGGAAUCAGAACCAUUUUAUUACACCUGUGUCGACAUUGGAGCGAGACCGAUUCAAAUCACAUCCUUCCUUGUCUACCACCAACCAACAGAUGUCACCCAUCAUUCAGUCAGUCGGCAGCACCUCUUCCUCACCAGCACUGUUAGGAAUCAGAGACCCUCGCUCUGAAUACGAUAGGACCCAGCCACCUAUGCAGUAUUACAAUAGCCAAGGGGAUGCCACACAUAAAGGCCUGUACCCUGGCUCCAGCAAACCUUCACCAAUUUACAUCAGUUCCUAUUCCUCACCAGCAAGAGAACAAAAUAGACGGCUACAGCAUCAACAGCUGUAUUAUAGUCAAGAUGACUCCAACAGAAAGAACUUUGAUGCAUACAGAUUGUAUUUGCAGUCUCCUCAUAGCUAUGAAGAUCCUUAUUUUGAUGACCGAGUUCACUUUCCAGCUUCUACUGAUUACUCAACACAGUAUGGACUGAAAUCGACCACAAAUUAUGUAGACUUUUAUUCCACUAAACGACCUUCUUAUAGAGCAGAACAGUACCCAGGGUCCCCAGACUCAUGGGUGUAGCAUCAAGAUGCCCAACAGAGGAACUCUUUCUUUCUAACCUUGUUCAGAUUGAGGUGAAAAGUCCAUCUUGCUGAUUUGAUGAUUGAAAUGUGAAAGUGAAGUGGAAGGAAUGAAUGAAGUGUGUUUUUUUUUUCUUUUUUGAGGAAUUAUCAGGGAAGUGAGGAAAUGUUUGGGAGAGGACUUUCUAAGCUCUAUUUAGGUGUUAGAUCUAAUUACUUAUAGAUUCUGUAGUCUGGUGAAGGUGUGGGUGACGUGAUGAGAGGUUUGAGAAAUGGGUGAAAUGAAAUGGGGGAUAUGUAGGUCAAAUCAAAUUAAAGAUGAUUUUUUUAAUGUGAAUAAAGUUAUGUUCUGAUAGUUUGUACAGAAAAAAUAAAAUGGAUGCCCAUGUUUUAUUGCUAUUACUAAAUGUCAAGAUUGUAUGCUAUUAUGUCUUGUAAAUUUCUUUUGUUGGUGUAAAUAUGGAAAUGCCACAUUGGUUAAGUGCCAUCAUUUGUAAUGCAAUGUGUCACUUGAAAAGAGAUUUGAAGAAACUGACAACUUCAAAAACAAAUGAGAAGCCCAAGGAACUGUGAGCAAUUAAAAGCAAACCGCGACACCCUUUGUCUCCACCACACAUAGUGUACUUUGGAAGCACAACGUCCAGGCUGGUACCGCAGCGCCAUGCCCAUUCCUCGCCUCAUUCAUAGGACACUUCACUGCCAUUUUCUAUUCACAUAAAAGAAAAAUAAAUGUGGAAAUUUCAUCCUUGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1513.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1606.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 1261.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((((((((((.........)))))..))))))).((((((((((((((....(((((((.(...(((((((((((.(((.((..((.((.((........)).))))..)))))..))))...))))))).).)))))))(((((((((((........)))))).((((....)))))))))))))))))))))))..(((.(....).))))))))...((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((((((....(((((((.((..((..(((((((..(((.......)))....((((...))))...(((((......))))).))).))))..))..)).)))))))..)))).)))))..((((((.(((((((..(((.((((((((.......)))))))).)))..(((((....(((((.((.(((...........))).)).(((((((((.((...((((...(((.(((...))).).))...)))).......(((.((((((((..(((..(((....((((.((((((...(((....)))..)))))).))))..(((((....))))).(((.(((............((((((..........))))))...((..((((((((((....)))...........(((((..((....))..).))))...)))))))..))...........(((((.(.((((((.....................)))))).).)))))..((..(((((((.(((....))).))).((((((((......).)))))))....))))..)).(((((.((((.......)))))))))..(((......))).....((((((.....))))))......((((.....)).))..))).)))........((((((........(((......)))......((((((((((((((......(((((.((...(((....)))...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).)))).....)).)))))))))......((((.((.((.((........(((((((...((((...)))).(((.(((.......))).)))(((...))).))))))).......)))).)).))))..)))))).))))))))....))))))..(((..((.((((.((....)).))))...))..))).....(((....)))((((((((((.(((.......))).)))..)))))))....(((((..((.(((..................))).)))))))...)))..))).))))))))..)))...))))))))))))))))...))))).((((.(((.((((((((...........)))))))).))).))))...)).)))))))))))..((((...(((.(((((........))))).))).....))))................((((((.((((...(((((((..(((.((.((((.(((.((.((....)))).))).))))))...))).)))))))...)))).)).))))).))))))))))).)))))))))....(((((..((((((.(((((.......((((((((((.((((..(((....((.((((.((....)).)))).))(((((((.(((((((((((.((...(((((.((((((((((((..(((.....)))..)))))........(((....)))...................(((.((....))..))))))))))...)))))....((((((.............((((....))))........))))))..))))))))))))).))).))))(((((((((((.(((((((((((((((((((.((...(((((((((((.......))))).).).))))((.((((((((((.(((....))))))))((((((((((((..(((((((......)).)))))((((((((((.(((((.(((((((.......))))))......).))))))))))).))))))))))(((((((((..((((.((((((((.(.....).)))))))).)))).)).)))))))))))))....(((....))).....))))).))...................(((((((........((((((...))))))))))))))).)))))......)))))))))).........)))).)))))....((((((...(((((((((......((((((........(((((...))))).((((.....)))).......(((.....)))..(((((((((......).)))))))).((.((....)).))..))))))....))))))))))))))).((((((((((.......((((((((.(((.(((.....(((((((.((.((((....((............))..)))).)).)))))))((((.(((((((((((.(((((((.....((((....))))....)))))))...)))..))))).)))..))))........))).)))))))))))......)).)))))))).))))))...))).))))))))))).))).......((((((....(((.((...(((((((........)))))))...)).)))(((.((((..........................)))))))..........(((((((((.....))).))))))(((((.....)))))..(((((((((((.(.((((((((((((((...((((((...((((((..((((((....(((((...((((((..........))))))...)))))))))))....((((.....))))(((((((..((((((((((((.(((((..(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))..(((.(((((((......))))))).))).((((((((((.(((((.(...((((((.(((((((((..........(((....)))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))).))))).(((((((......((((((((...............((....)).((((((..(...)..))).)))....)))))))).....((((....((((((.((....)).))))))....))))....)))).))))))))))))).......)))))).....(((.....))))))))))))...((((.((((((..........((((((((((....(((((..((((((((((((.(((..(((((....(((........))).........(((.(((..((((.(((((((((((.(((.((..(((.((((((((((((((.(((((((((((..((((((.......))))))........((......)).)))).)))))........(((((.(((...(((.........))).....)))))))).......((((((((((..((((((((.(((((((((((((.....(((((((.((((((.((..(....(((((((.((((((.....(((((...)))))...))))......)))))))))....(((((((....)))))))..((((....))))...(((((..........((.(.((((((((((((.((((((((...........))))).))))))...((((.(((((((((.((((((((((......................(((((.((((...(((((((((((....))))).))))))..((((....)))).....((((...)))))))))))))((((((.......)))))).))))))).....)))))))))).)).)))).....))))))))).))))))))......)..)).))))))..)))))))...)))))))).....))))).)))......(((((((((.....)))))))))(((((((((((.....))))))......)))))...)))))..)))))))))))).))))).).))..))))))))).))..))).)).)))))..)))).))))))).)))........((((((((.....)))))))).)))))...))).))))))))).)))..)))))....))))))))))..)))))).))))..)))))).......).))))).)))).))))))))))).)))))))))))).))))))).....))))))...))))))..)))....)))))))(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))....((.((........)).)).......))))...).)))).)))))))..((((..((((...))))....)))).......))))))(((((((........)))).)))...))))).))))))..))))))))))).))))))........(((((((.............)))))))..(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((((((((((((,........)))))..))))))).{{{((((((((((((((((((,(((,(.,,((({((((((({(((.(({{,,,||}|({{{{{...||.,,,,..})}))}})))).}))))))))}}}))))}}}|}|||((((({,{.....})))))).((((....)))).))).)))))))))))|||{{(,{.,}}},}.,}})))))...((((((.(((((((((((((.{{((((((((((({(((((((((....(((((((.((..((..(((((((..{{({.....,)),,..,((((...})))...{{(((......))))).))).))))..))..)).)))))))..)))).)))))..((((((.(((((((..{((.((((((((.......)))))))).)))..(((((....(((((.((.(((.........,.))).)).(((((((({{((...((((...(((.(((...})}.}.))...)))}.......(((.((((((((.,{({.{(,(,,{|{{{{,{(({{{,..{{{....)))..)))))),))),..((({(,.,,,}}}).|||.,{{{......,.},}((((((.,......,.))))))...((..((((((((((....}}}..,,,...,..{((({..{{....))..}.})},...)))))))..))...{{{...{{(((((.(.((((((.....................)))))).).)))))}.|}}.,{{{(({.(((....)}}.}}}.{{{|{|{{.|....},)))))})...|)}}}..,,.((({{{((((.......)))))))))..{{{,.,,||))}.....((((((.....))))))......(((,.....||.||..|||.,......,.,.(((({{........(((......))}......((((((((((((((......(((((.((...{((....|}}...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).)))).....)),}))))))))......((((.((.{|,{,........(((((((.,.((((...}))).|({,{,{{(...{{||,.,}}|||},.,,)}))))))).......}}}}.)).))))..)))))),,)))))))....))))))..(((..{|.((((.((....)).))))..,)),,,}},....(({....)))((((((((((.(((.......))).))),.}))))))....(({{,..,||{{{.........,,,{,....)})})))))}}}},)))..))).))))))))..}},...)}))))))))))))))...))))).((((.(((.((((((((...........)))))))).))).))))...)).))))))))))).,((((...{({,(((((........}}})}.})),..,,)}})}}}|,,........,,((((((.((((...(((((((..(((.{,(((((.(((.((.((....)))}.))).)))))}.,.))).)))))))...)))).)).)))}),})))))))))).)))))))))....(((((..((((((.(((((.,,,,,,(({{{{..,||,((((((.(((.....)))..))))))..(((,.{((((((((..,{(((,,,,,,}||...((({{.((,(((,.((((..(((.....)))..)))))}}.}}...,,},,,,|........,,,.........{((((((,.......,|{{.{{|.{{{{||||,....,{|{{{.,,,,,,.,,,..{(({....})}}....,,,,|||||{{{{{.{{(.{{||{{||||,{{,,(((((((((((.,,..,,,{..,,|,{{((((((((.,..((.(((((.......))))).))..,.)))))}})}|||((((((.{{{.{|||||,,|.....((((((..((((({(......}).)))))((((((((({,(((((.(((((((.,.....}}})}),,,,..).)))))))))))},))))))))),||}|}}.})}.))}}||(((((((..({,....})),..))))))}}}..,,)))))))))))..||{,....|||{{{,{||,..|||}}.,)))}...........|||.|}}}}..}}}}|{((((..,||||}|,{|||||{.||||||{{,...|||,,,}|||{{{{{.|,,||{{{{|||{,,,{{|||||||||{||,,,,.}}|,,..{{{{|,||||....{{{|,.|}))),.{||{.....))}}..,....,{,.....}))||{((((((({.....,}.)))))))}.||,,,{{,{{{(,,..}))),..........,,{|{{|{||.,,}||||}}}||}}}}.}.}|||||.|||,}||..}}|,,|||||}|}.|||,,,..}|}}}}.,})}..}))}})))),,)})))))))||}}.,{,.{((((((.(((({((.,,..{(({,...}))),,..)))))))))))},.,..((({{{{{.,|{{....))}{{|{.||.{{{|,{||{{{..{{{{{|.,||{{.|,...}}})).,))))))..)))))),}.......|||.,,.,,..,,,{{...{{{{(((,,,,,,,.}}}||}}...}}.,)))}))})))),...................,.(((((.{{,..,.,,.{{..(((((((({.....})),)))))),||||..}}.)))))..(((((((((((.{.((((,(((((((((...((((((...((((((.{,,,....(((((((((.,{(((,,((((.((...,{,{({.((((((..(((((((.{{{...,{((,,{((((.,((({...})}).,))))}......(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))}}},.,||{{(((......)))))|{{{||,,.(((....)))..))))},..,.((.((({{.((((........))))}}.)))))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))).))))).(((((((....,.((((((((........,......((....)){((((((..{...)..))).}}}....)))))))).}...((((....((((((.((....)).))))))....))))...,)))).))))))))))))).......))))))......))))))).)))))).})).,,,...)).))))))))|{((((((.((((((((.(((.,({((.((((..((((.((....(((....)))...))}))),.)))).)}}),..(((.(((.,((((.(((((((((((.(((.{{..(((.((((((((,(((((.{(((((((,((..((((((.,....,)))))),{,{.{{{((......,,.))))},),)),,......{((({,(((...(((.........))).....))))))))}},,|}.((((((((((..(((({(((.(((((((((((((..,,.(((((((.(((({(.((.,{{,{{(({{{{{.,|||||.....(((({...}))))...}}}}......,})))}))}....(((((((....)))))))..((({....}})}.},{,,{{,,,,,..,..{(.{.(((((((((((..(((....(((((.((((..(((((((((((....((.{{(.({,.....||.{,...,,...............,{{{,...,|||,,{{,,,,{((((((((((....))))).)))))}..((((....)))).....{(((((,....}))))},,....}}))))...,}),))))}..)))))),..}))))..)))))))))))}.}).))))))))).)))}})),.,},,,}..)).)))))),,))))))),}.)))))))).....))))).)))......(((((((((.....))))))))){(((,.{(((({,,,.,,,))).,}}},})))}...)))))..)))))))))))),))))).).)}.}))))))))).}}..))).)))}})))..)))).))))))).)))........((((((((.....)))))))))))))))))))...)))))))|,{{..{{{,,,..,,((({{,((((....)))),})))})),.,,,.}},|,,{..((((({.{((......))}))))))...,,,,.))))))))).}),.))))))...))))))..)))....))))))|(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))}...((|{{,,...,},}).)).......})))...}.)))).)))))))))))))))((((...))))....{{{{.|,....},)))}|(((({{.,..,,},)))).)))...))))).))))))..))))))))))).))))))..,,,,,.(((((((.............)))))))..{{(({....))))}.
Back