Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377225.1
Sequence Length
4471 nt
GC Content
0.4923
AGUAGAGGGGGCUCCGGGGCUGAGUCCGCGUCGACGCCGGCCGCGGAGGCGGCACCAUGGGCAAGGGGUAGAGGGGCAAGUUGGCCACCGCCGCCGCCGGGGGUGGUGGGAGAGCCGCUCCGGGGGCGGGGGCCGGUGGGGGAGGGAGGGGCGGGCAGCCGCGCCGCCGCGGCACUUUUUUAAUUUUUUCGGGUGCCGCAGCGGCGACCCCUCGGCGCCGAUGUCCCUGAUCCCUGGAGCGACGACGGCCGCUGCCUAAGCUGGAAAGAAUGCCAGCUCCUGAGCAGGCCUCAUUGGUGGAGGAGGGGCAACCACAGACCCGCCAGGAAGCUGCCUCCACUGGCCCAGGCAUGGAACCCGAGACCACAGCCACCACUAUUCUAGCAUCCGUGAAGGAGCAGGAGCUUCAGUUUCAGCGACUCACCCGAGAACUGGAAGUGGAAAGGCAGAUUGUUGCCAGUCAGCUAGAAAGAUGUAGGCUUGGAGCAGAAUCACCAAGCAUCGCCAGCACCAGCUCAACUGAGAAGUCAUUUCCUUGGAGAUCAACAGACGUGCCAAAUACUGGUGUAAGCAAACCUAGAGUUUCUGACGCUGUCCAGCCCAACAACUAUCUCAUCAGGACAGAGCCAGAACAAGGAACCCUCUAUUCACCAGAACAGACAUCUCUCCAUGAAAGUGAGGGAUCAUUGGGUAACUCAAGAAGUUCAACACAAAUGAAUUCUUAUUCCGACAGUGGAUACCAGGAAGCAGGGAGUUUCCACAACAGCCAGAACGUGAGCAAGGCAGACAACAGACAGCAGCAUUCAUUCAUAGGAUCAACUAACAACCAUGUGGUGAGGAAUUCAAGAGCUGAAGGACAAACACUGGUUCAGCCAUCAGUAGCCAAUCGGGCCAUGAGAAGAGUUAGUUCAGUUCCAUCUAGAGCACAGUCUCCUUCUUAUGUUAUCAGCACAGGCGUGUCUCCUUCAAGGGGGUCUCUGAGAACUUCUCUGGGUAGUGGAUUUGGCUCUCCGUCAGUGACCGACCCCCGACCUCUGAACCCCAGUGCAUAUUCCUCCACCACAUUACCUGCUGCACGGGCAGCCUCUCCGUACUCACAGAGACCCGCCUCCCCAACAGCUAUACGGCGGAUUGGGUCAGUCACCUCCCGGCAGACCUCCAAUCCCAACGGACCAACCCCUCAAUACCAAACCACCGCCAGAGUGGGGUCCCCACUGACCCUGACGGAUGCACAGACUCGAGUAGCUUCCCCAUCCCAAGGCCAGGUGGGGUCGUCGUCCCCCAAACGCUCAGGGAUGACCGCCGUACCACAGCAUCUGGGACCUUCACUGCAAAGGACUGUUCAUGACAUGGAGCAAUUCGGACAGCAGCAGUAUGACAUUUAUGAGAGGAUGGUUCCACCCAGGCCAGACAGCCUGACAGGCUUACGGAGUUCCUAUGCUAGUCAGCAUAGUCAGCUUGGGCAAGACCUUCGUUCUGCCGUGUCUCCCGACUUGCACAUUACUCCUAUAUAUGAGGGGAGGACCUAUUACAGCCCAGUGUACCGCAGCCCAAACCAUGGAACUGUGGAGCUCCAAGGAUCGCAGACGGCGUUGUAUCGCACAGGUUCAGUAGGUAUUGGAAAUCUACAAAGGACAUCCAGCCAACGAAGUACCCUUACAUACCAAAGAAAUAAUUAUGCUCUGAACACAACAGCUACCUACGCGGAGCCCUACAGGCCUAUACAAUACCGAGUGCAAGAGUGCAAUUAUAACAGGCUUCAGCAUGCAGUGCCGGCUGAUGAUGGCACCACAAGAUCCCCAUCAAUAGACAGCAUUCAGAAGGACCCCAGGGAGUUUGCCUGGCGUGAUCCUGAGUUGCCUGAGGUCAUUCACAUGCUUCAGCACCAGUUCCCAUCUGUUCAGGCAAAUGCAGCGGCCUACCUGCAGCACCUGUGCUUUGGUGACAACAAAGUGAAGAUGGAGGUGUGUAGGUUAGGGGGAAUCAAGCAUCUGGUUGACCUUCUGGACCACAGAGUUUUGGAAGUUCAGAAGAAUGCUUGUGGUGCCCUUCGAAACCUCGUUUUUGGCAAGUCUACAGAUGAAAAUAAAAUAGCAAUGAAGAAUGUUGGUGGGAUACCUGCCUUGUUGCGACUGUUGAGAAAAUCUAUUGAUGCAGAAGUAAGGGAGCUUGUUACAGGAGUUCUUUGGAAUUUAUCCUCAUGUGAUGCUGUAAAAAUGACAAUCAUUCGAGAUGCUCUCUCAACCUUAACAAACACUGUGAUUGUUCCACAUUCUGGAUGGAAUAACUCUUCUUUUGAUGAUGAUCAUAAAAUUAAAUUUCAGACUUCACUAGUUCUGCGUAACACGACAGGUUGCCUAAGGAACCUCAGCUCCGCGGGGGAAGAAGCUCGGAAGCAAAUGCGGUCCUGCGAGGGGCUGGUAGACUCACUGUUGUAUGUGAUCCACACGUGUGUGAACACAUCCGAUUACGACAGCAAGACGGUGGAGAACUGCGUGUGCACCCUGAGGAACCUGUCCUAUCGGCUGGAGCUGGAGGUGCCCCAGGCCCGGUUACUGGGACUGAACGAAUUGGAUGACUUACUAGGAAAAGAGUCUCCCAGCAAAGACUCUGAGCCAAGUUGCUGGGGGAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAGGACUCCGCAAGAAGAUCAAUGGGAUGGAGUUGGUCCUAUCCCAGGACUGUCGAAGUCCCCCAAAGGGGUUGAGAUGCUGUGGCACCCAUCGGUGGUAAAACCAUAUCUGACUCUUCUAGCAGAAAGUUCCAACCCAGCCACCUUGGAAGGCUCUGCAGGGUCUCUCCAGAACCUCUCUGCUGGCAACUGGAAGUUUGCAGCAUAUAUCCGGGCGGCCGUCCGAAAAGAAAAGGGGCUCCCCAUCCUUGUGGAGCUUCUGAGAAUGGAUAACGAUAGAGUUGUUUCUUCCGUGGCAACAGCCUUGAGGAAUAUGGCACUAGAUGUUCGCAACAAGGAGCUCAUAGGCAAAUACGCCAUGCGAGACCUGGUCAACCGGCUCCCCGGCGGCAAUGGCCCCAGUGUCUUGUCUGAUGAGACCAUGGCAGCCAUCUGCUGUGCUCUGCACGAGGUCACCAGCAAAAACAUGGAGAACGCAAAAGCCCUGGCCGACUCAGGAGGCAUAGAGAAGCUGGUGAACAUAACCAAAGGCAGGGGCGACAGAUCAUCUCUGAAAGUGGUGAAGGCAGCAGCCCAGGUCUUGAAUACAUUAUGGCAAUAUCGGGACCUCCGGAGCAUUUAUAAAAAGGAUGGGUGGAAUCAGAACCAUUUUAUUACACCUGUGUCGACAUUGGAGCGAGACCGAUUCAAAUCACAUCCUUCCUUGUCUACCACCAACCAACAGAUGUCACCCAUCAUUCAGUCAGGCUCCAGCAAACCUUCACCAAUUUACAUCAGUUCCUAUUCCUCACCAGCAAGAGAACAAAAUAGACGGCUACAGCAUCAACAGCUGUAUUAUAGUCAAGAUGACUCCAACAGAAAGAACUUUGAUGCAUACAGAUUGUAUUUGCAGUCUCCUCAUAGCUAUGAAGAUCCUUAUUUUGAUGACCGAGUUCACUUUCCAGCUUCUACUGAUUACUCAACACAGUAUGGACUGAAAUCGACCACAAAUUAUGUAGACUUUUAUUCCACUAAACGACCUUCUUAUAGAGCAGAACAGUACCCAGGGUCCCCAGACUCAUGGGUGUAGCAUCAAGAUGCCCAACAGAGGAACUCUUUCUUUCUAACCUUGUUCAGAUUGAGGUGAAAAGUCCAUCUUGCUGAUUUGAUGAUUGAAAUGUGAAAGUGAAGUGGAAGGAAUGAAUGAAGUGUGUUUUUUUUUUCUUUUUUGAGGAAUUAUCAGGGAAGUGAGGAAAUGUUUGGGAGAGGACUUUCUAAGCUCUAUUUAGGUGUUAGAUCUAAUUACUUAUAGAUUCUGUAGUCUGGUGAAGGUGUGGGUGACGUGAUGAGAGGUUUGAGAAAUGGGUGAAAUGAAAUGGGGGAUAUGUAGGUCAAAUCAAAUUAAAGAUGAUUUUUUUAAUGUGAAUAAAGUUAUGUUCUGAUAGUUUGUACAGAAAAAAUAAAAUGGAUGCCCAUGUUUUAUUGCUAUUACUAAAUGUCAAGAUUGUAUGCUAUUAUGUCUUGUAAAUUUCUUUUGUUGGUGUAAAUAUGGAAAUGCCACAUUGGUUAAGUGCCAUCAUUUGUAAUGCAAUGUGUCACUUGAAAAGAGAUUUGAAGAAACUGACAACUUCAAAAACAAAUGAGAAGCCCAAGGAACUGUGAGCAAUUAAAAGCAAACCGCGACACCCUUUGUCUCCACCACACAUAGUGUACUUUGGAAGCACAACGUCCAGGCUGGUACCGCAGCGCCAUGCCCAUUCCUCGCCUCAUUCAUAGGACACUUCACUGCCAUUUUCUAUUCACAUAAAAGAAAAAUAAAUGUGGAAAUUUCAUCCUUGGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1413.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1500.49
Frequency: 0.0000
Diversity: 1552.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((((((((.(((((.(((.(.((((((((.(((((((((.((...(((...((((....((........(((.((.((.(((((((.((((((.(..(...(((((((((((((((((((((((...(((((....((((....))))(((((.(((((((((.............))))))))).)))))...)))))..)))))..))))))).))))))))))).)..).)))))).))..((((((........))))))..((((.....))))..))))).)).)))))..))....))))))).))..))))))))).).))))..))).).).)).)).)))..))))).)).........((.(((.....))))).)))))).((.((((((...(((....)))..)))))).))((..(((((....)))))..))..(((........)))((((((..........))))))...((..((((((((((....)))...........(((((..((....))..).))))...)))))))..))...(((...(((.(((.(.((((((.....................)))))).).)))))).)))..))))))))((((((((((((.(((((((((((...((((((((.(((((.(((((((.....))))..)).).))))).))))))))......))))).....((((((.....))))))...(((((.(..(((((((((((((((........((.((((((((.(((((((......))..(((((((((((((((((((......(((((.((...(((....)))...)).))))).(((.....)))(((((((((((...((((((......)).)))).....)).)))))))))......((((.((.((.((........(((((((...((((...)))).(((.(((.......))).)))(((...))).))))))).......)))).)).))))..)))))).)))))))).....(((((....)))))..((((((((((...)))....((((........(((....)))((((((((((.(((.......))).)))..)))))))....((((((.((.((((........(((((....).))))((((......)))).....(((.((((........)).)).)))...(((((..((..((((.(((.((((((((...........)))))))).))).))))...))...)))))......((((...(((.(((((........))))).))).....))))..............)))).)).))))))....(((((......)))))..)))).)))))))...(((((((....)))))))...(((((((((.(((....))).))))...((((((((((((((((((....((((...((((((((((..(((((((((((((.((((..((((((....((.((((.((....)).)))).))...(((..(((.(((((((.((...(((((.((((((((((((..(((.....)))..)))))........(((....)))...................(((.((....))..))))))))))...)))))......))..))))))).)))..)))..................))))...)).)))).))..))))).))))))..))......))))).)))))))...((((((((....((.(((((.......))))).))....))))).)))((((((.(((....))))))))).........((((((...((((....(((((.(.....))))))...)))).((((((.......))))))..)))))).)))))))))))).))))))..)))))....)))))..(((((((((..(((....)))...)))))))))..(((((((((((((...(((....))).....))))...)))))..............))))))))))))))))).))......)))))))))(((..((((.......(((....)))))))..)))(((((((((.......)))))))))(((.....)))))))))..))))))...(((((...))))).))))))((((((((((((((.......((.((((.(((((..(((((....))))).((((((.(((((.(((.(.((((..((((....((((((((((.(.((((((((.......((((((((.(((.(((.....(((((((.((.((((....((............))..)))).)).)))))))((((.(((((((((((.(((((((.....((((....))))....)))))))...)))..))))).)))..))))........))).)))))))))))......)).))))))))))))..(((((.........))))).)))))..))))..)))))))).))))).))))))(((((((((...(((........))))))))))))..(((((((((((((((((.(((((..(.(((((..((((..(((((((((.....))).))))))(((((.....)))))(((...)))((((.(((((((((((........(((((...)))))....((((((....(((((...((((((..........))))))...)))))))))))...........((((((((((....((((((...(((((...(((((((((....)))))........(((((((((.((....)).))))))))).............))))..)))))..)))))).(((....))).(((((((((.((.(((.(((((((((.((.(((..(((.(((((......))).)).))).))).))...((((....))))((((((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))).)))))..((((((....((((((((((...............((....)).((((((..(...)..))).)))....))))))))......))....))))))))))((((.....))))(((.(((((((((..((.....(((((((((................)))))))))..(((((............(((((((((.........(((((.........((.((.((((..((((.((....(((....)))...))))))..)))).)))).........))))))))))))))..........))))).))...))))))))).))))))))))).)))))))))))))))).)))))............)))))))))))..))))(((((((.((((....((.......))....).))).)))))))....))))...))))).)..))))).....(((.(((((....))))).)))(((..((((((((((((.((((.(((..((((......((((....))))...((((.(((((((((.((((((((((......................(((((.((((...(((((((((((....))))).))))))..((((....)))).....((((...)))))))))))))((((((.......)))))).))))))).....)))))))))).)).))))...)))).))))))))))))))..)))))...).)).)))))))))))))))))..))))).)))).))...)))))......)))))))))(((..((((((.....)))))).))).((((((........))))))))))..))))))))(((((..(((((.((((((((((((..(((.(((((((.(((.(((((..(((((((((((....((((..((((((((.....))))))))..(((((......)))))(((((....(((.......((((((((((....))))..)))))).....)))....))))).)))).....))).))))))))....))))).)))..((((((.....(((...(((((..((((....((((..((((((((.........((((((((.(((.....))).)))....))))).........)))))))).....((((((.((((((.((........)).......((((.....)))).........))))))...))))))..)))).....))))..))))))))..)))))).))))))).))))))))..))))....))).)))))..)))))....(((((((.............)))))))..(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((((((({(((((.{(({(,{{{||,..)))}}})))|{,||||.||{(((((,.(((((,(,(((({..,(({{(({((((({((.,.}|,)))))}}|,...|.(((((((((((((((((((((((...(((((.{.{(({{...}))}|(((((.(((((((((.............))))))))).)))))}.,)))))..)))))..))))))).))))))))))).,,{.(({{(((,{,..((((((........))))))...,}|}.}|}}||..(((((({({,((({,..,|,|.,,|}}}}},||{,||||}}|||{|||||||,{||.|{|..,,}|,||||..,|||.(((({..(((((..((,(((,,(..((.(((((....))))).))..))))}..)),..))))))))))...|||,({{{{,,}})}}}}.,{{{.,....,.},}((((((.,......,.))))))...{(..(({(((({{,...,|||.,,|,...,,,(((({,.{{...,||,,|,||,,...||||||}..}}...{({.,.{{{((((.(.((((((.....................)))))).).)))))}.})}..||||||,|{{,,,,||,.||,.{{{((({{,{....}|)))))}},.,|||||..,,.{(({{{((((.......)))))))))..{{{,.,.,||}}..,,.((({((..,..))))))....,,(({,..,{{{{{{{{{{({{{........{{,{{{{{{{{.{{{,({(,.....}},....,,{({{({(((((({{,,....(((((,((...,{{..,.||}..,}}.}}}}}.(((.....)))(((((((((((,,.(({{{(,,,...}}.))))...,.))}}))))))))......{{{{.||,|}}||}.,,,,,,|{(((((||.{{{{...}}))}||||||||||..,|||}.}}}}||,}}}.,,)}))))).....{{|,,,.,),),}}..,,))))}}))))},,...,||||||,,||||}}}.{{{|,{|...,}).))))}}}}}}|||||....{|,.,,{|||((((((((((.(((.......))).)))},}))))))....||.,,,.|}}|||........,{(,(({,..,.)})||||({{{{{{,..{{{,..((({(,,,,{.,,...},.)},}},.}}|||,.}}|,..||||}||,.((((((((...........)))))))).)))|)}||.,|||,,,|}}||,{{{,..{{,..|||,{{{(({.,{,..,({{(((,{{{{,,,,|,.{((({{{.((((......({((({(((({{,(((((((..(((.{,{((((.(((.{{.((....))}}.))}.)))))).,.))).)))))))...,,||{|,.||||||.,|||{{..,||{{{|{.{,...,{{{{....,,||||}||||......,,{{{{{,.,}|||({((((.(({.....}))..||||||.|{{{{,,||{{{(((,.(((((((((((.{(...(((((.(((((({,((((..(((.....)))..))))}........{,,..,,|.,........,..........(((,({....,...}}}})))}))..,))))}....,|||{{,},.,||...,..|{(,...,}))}..,.,...})))}|..}},}))}}}))})}))).}}}}(((((((((((.,.....,,....,.{{((((((((....((.(((((.......))))).))..,.)))))}})}|}|((((((.{((.((((({..,.....((((((..(((((((......)).)))))((((((((({,(((((.(((((((.,.....}}})}),,,,..).)))))))))))},))))))))),}))))).))).))))||(((((((..(({....}))...)))))))}}....)))))))))))..,|{,....}}}}}},}))}}}})),,.})}},...........{{{||||}},,}}}}|{||{{...})))))})))|||..{|||,,,,...{{{....}}}))))}},,)}||((((((.,...,.)))))),,}|||},,,}))))))))).}))))))...{((({...})))).|||{.,}}})}}}........,.....})))|}|||||||{,..,.,,).)))))))},||{{|{{{({{(,...}}}|,..,,......,{{{{{{{{{.,{||{{{||{{{....,{{{{|{{{,({{.{((.,,,{(((((((,({.((((.,..{({,{,..||...,}},,)))),}},)))))))||||.{{{{(((((((.(((((((.....((((,...}))),...)))))))))))),.,,}|}|}}|}..}}||,,.,))..})},))}}}}))}))|,...,)),))})))}}}))}.,|||||,}}}}}},.))))).))),,..},}}|,,}}}|||,,|,|,...||||((((((((({,.,|||,,....,.})))))))))))}.,,,,,,,,..........,,|{,||,{|||.|,||.||..(((((((({.....})),)))))){((((.....))))){{(...|}|||||}|}||||||((({({{{...((((({...{{{{{(.{{,{,...{{{(((({,.{(((({,((((.((...,{{{{{.((((((..(((((((,{{{...,{((,,(((((,,((({...}}}}.|))))}......(((((....)))))........(((((((((.((....)).)))))))))}}},.,||{{(((,,....)))))|||||||,.(((....)))..)}))}}.,,.((.((({{.((((........))))}}.)))))......((((((((((((((((....((((....))))((((((((((.(((..(((((((...)))))))..)))..))))).))))).(((((((....,,((((((((........,......((....)){((((((..{...)..))).}}}....)))))))}.}...((((....((((((.({....}).))))))....))))...,)))).))))))))))))).......))))))......))))))).)))))).}}}.,,....)).))))))))}|,.,,.((((((((((.((({((({(,((((..((((.((....(((....)))...))}))),.)))).,,,,..{(((..{{.{(((({((((({.((((.((({{{(,{{{,,,,((((..{{{{,{,.{,(((,((((((({(((((,,{{,{({((((.{{(({(,({.,{{{{{(({{{{,.,|||||,....(((({...}))))...}}||......|})))}}}}....{((((((....))))))|{,((((..,,,|||.|,{{{{{{,,,......{(.{.(((((((((((..(((....(((((.((((..(((((((((((....((.{{(.({,.....||.{,...,,...............,{{{,...,|||,,{{,,,,{((((((((((....))))).)))))}..((((....)))).....{(((((,....}))))},,....}}))))...,}),))))}..)))))),..}))))..)))))))))))}.)).))))))))).)})|||}|,,|||,}.,}}.}})))}}})})))))}}.))))))))..,,,))))},)))}},,,.||||||,,}}}}..,,|||||}}{{{{,,||||{,||,,|||||,...,,.,))))}}))),})})))))))}}}.)))))})))}),,)).,,))))}).},.})))})).)))))}})))|{|||||||,|}},...(({.((((((((.....)))))))).)))||,.,,},,}}}||||{{{,,..{|{,,,....{(({{{((((....)))},})))})),,,,.}}}.,,,|},|{{|||,|{{..,,..})))))))}...,}},,}}})))))).}},.))))))...)))))}..})),...}})))}{(((((((.........((((((((.(((.....))).)))....)))))....,....))))))))...{{{{{,{|,.,||||.||........||.....,)|||,,,,,,))))||||,,{{{{...)))}...,||||.|}.,..,,)))}}||||}},,.,)})),)),}))))}}}}}))})))).,,,,,,|||..,,,}.},)}}.||||||,|{({{{{....,,,......})))))}..{{{{{....))))}.
Back