Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377228.1
Sequence Length
4706 nt
GC Content
0.4743
GAGUUCGCAGCCGGAACGUUGCAGGCACUUGUUUCCUCAGUGGAUGCCUUUCGGCGCGCCGCCGCCCGGCGCCGCGGGACUGGGAGACCGGAGUCAAGAAAUUGGAGCAUGGCUAUGAGCAAUGGAAACAAUGAUUUUGUGGUUCUGAGCAACAGCAGCAUCGCAACCAGUGCUGCUAACCCGAGUCCCCUCACCCCCUGUGAUGGAGACCAUGCAGCCCAGCAGCUCACACCCAAAGAAGCAACAAGAACAAAAGUGAGUCCAAAUGGAUGCCUGCAACUUAAUGGCACGGUCAAAUCAUCCUUUCUGCCUUUAGACAACCAAAGAAUGCCUCAGAUGUUACCCCAAUGCUGCCAUCCUUGCCCAUACCAUCACCCUUUGACUAGCCAUAGCAGUCACCAAGAGUGCCAUCCCGAGGCUGGCCCUGCAGCACCCUCUGCUUUGGCCUCGUGUUGCAUGCAGCCACACUCCGAGUAUUCUGCAUCUCUUUGUCCAAAUCAUUCACCUGUGUAUCAGACUACGUGCUGUCUUCAGCCCUCUCCAUCCUUCUGCCUGCAUCAUCCGUGGCCUGACCAUUUUCAGCAUCAGCCUGUGCAACAGCACAUAGCCAACAUAAGACCAUCCAGACCUUUCAAGUUGCCAAAAAGUUAUGCAGCCCUGAUAGCCGACUGGCCGGUGGUGGUCUUGGGCAUGUGCACCAUGUUCAUCGUAGUCUGUGCCUUGGUUGGAGUAUUAGUGCCAGAGCUCCCUGACUUCUCUGAUCCAUUGCUGGGUUUUGAACCAAGAGGAACAGCAAUAGGCCAGAGAUUGGUCACAUGGAAUAAUAUGGUGAAAAAUACAGGAUACAAAGCAACAUUAGCAAAUUAUCCCUUUAAAUAUGCAGAUGAACAAGCCAAAAGCCAUCGGGAUGAUAGAUGGUCAGAUGAUCAUUAUGAAAGAGAGAAAAGAGAAGUUGACUGGAACUUCCACAAGGACAGCUUUUUCUGCGACGUUCCAAGUGACCGAUAUUCCAGAGUGGUAUUUACUUCAUCUGGAGGGGAGACAUUAUGGAAUUUACCUGCAAUUAAAUCAAUGUGCAAUGUAGAUAAUUCCAGGAUCAGAUCUCAUCCCCAGUUUGGUGAUCUCUGCCAGAGGACCACUGCUGCCUCCUGCUGCCCCAGCUGGACACUGGGAAACUACAUCGCCAUUCUGAACAAUAGAUCGUCCUGUCAGAAAAUAGUUGAGCGAGACGUUUCUCAUACCUUGAAGCUGCUUCGGACUUGUGCCAAACACUACCAAAAUGGCACUCUGGGGCCAGACUGCUGGGACAUGGCAGCCAGAAGAAAGGACCAGCUCAAGUGCACCAAUGUGCCACGCAAAUGUACCAAGUACAAUGCUGUGUACCAGAUCCUCCAUUACUUGGUGGACAAAGACUUUAUGACCCCAAAGACGGCUGACUAUGCCACGCCAGCUUUAAAAUACAGCAUGCUCUUCUCUCCCACAGAGAAAGGGGAGAGCAUGAUGAACAUUUACUUGGACAACUUUGAAAACUGGAACUCUUCUGACGGCGUGACUACCAUCACCGGGAUUGAGUUUGGUAUCAAACACAGUUUGUUUCAGGAUUAUCUUCUAAUGGAUACUGUGUAUCCUGCCAUAGCCAUUGUGAUUGUCCUUUUAGUUAUGUGUGUCUACACCAAGUCCAUGUUUAUCACUCUGAUGACAAUGUUUGCAAUAAUCAGUUCUUUGAUUGUUUCCUAUUUUCUCUAUCGUGUAGUAUUUCACUUCGAAUUUUUUCCUUUUAUGAACCUCACUGCCCUCAUUAUUUUGGUUGGAAUUGGAGCAGAUGAUGCUUUUGUCCUGUGUGAUGUUUGGAACUACACAAAAUUUGAUAAGCCUCAUGCCGAAACCUCAGAAACAGUAAGCAUCACCUUGCAGCACGCUGCCCUCUCCAUGUUCGUCACCAGUUUUACCACUGCUGCUGCCUUUUAUGCUAACUAUGUUAGCAACAUUACAGCAAUCCGAUGCUUUGGGGUUUAUGCGGGGACAGCUAUAUUGGUGAAUUACGUUUUGAUGGUCACAUGGCUUCCAGCAGUUGUUGUGCUGCAUGAGCGGUAUCUUCUUAAUAUAUUCACUUGCUUCAAAAAGCCCCAGCAGCAAAUAUAUGAUAACAAAAGCUGCUGGACAGUGGCUUGCCAGAAGUGCCACAAAGUACUCUUUGCCAUUUCAGAAGCAUCUCGAAUUUUUUUCGAAAAAGUAUUGCCAUGCAUUGUCAUUAAGUUUCGCUACCUUUGGCUGUUUUGGUUCCUUGCCUUAACUGUAGGUGGGGCCUACAUUGUAUGUAUAAAUCCAAAGAUGAAACUGCCCUCACUGGAGUUAUCCGAGUUCCAGGUGUUCCGGUCGUCCCAUCCUUUUGAGCGUUAUGAUGCUGAAUACAAAAAGCUUUUCAUGUUUGAACGUGUUCACCAUGGCGAGGAGCUCCACAUGCCCAUCACAGUAAUCUGGGGCGUGUCCCCAGAAGACAAUGGCAACCCACUAAAUCCCAAGAGUAAAGGGAAGUUGACAUUAGAUAGCAGUUUUAACAUCGCCAGCCCAGCUUCCCAGGCCUGGAUUUUGCACUUCUGUCAAAAACUGAGAAACCAAACAUUCUUUUACCAGACUGAUGAACAGGACUUCACCAGCUGCUUCAUUGAGACAUUCAAACAGUGGAUGGAAAACCAGGACUGUGAUGAGCCUGCCCUGUACCCAUGCUGCAGCCACUGGAGCUUCCCCUACAAGCAAGAGAUUUUUGAACUGUGCAUCAAGAGAGCUAUCAUGGAGCUGGAAAGGAGUACAGGGUACCAUUUGGAUAGCAAAACCCCAGGGCCGAGGUUUGAUAUCAAUGAUACUAUCAGGGCAGUGGUGUUAGAGUUCCAGAGUACCUACCUCUUCACACUGGCUUAUGAAAAGAUGCAUCAGUUUUAUAAAGAGGUGGACUCGUGGAUAUCCAGUGAGCUGAGUUCGGCCCCUGAAGGCCUCAGCAAUGGUUGGUUUGUCAGCAAUCUGGAGUUCUAUGACCUCCAGGAUAGCCUCUCCGAUGGCACCCUCAUUGCCAUGGGGCUGUCAGUUGCUGUUGCAUUUAGCGUGAUGCUGCUGACAACUUGGAACAUCAUCAUAAGCCUUUAUGCCAUCAUUUCAAUUGCUGGAACGAUAUUUGUCACUGUUGGUUCUCUUGUCCUGCUGGGCUGGGAGCUCAAUGUGUUGGAAUCUGUCACCAUUUCGGUUGCCGUCGGCUUGUCUGUAGACUUUGCCGUCCAUUAUGGGGUUGCCUACCGCUUGGCUCCAGAUCCCGACCGAGAAGGCAAAGUGAUCUUCUCUCUGAGUCGCGUGGGCUCUGCGAUGGCCAUGGCUGCCCUGACCACCUUCGUGGCAGGGGCCAUGAUGAUGCCCUCCACAGUUCUAGCUUACACCCAGCUGGGCACCUUCAUGAUGCUCAUCAUGUGUAUCAGUUGGGCUUUCGCCACCUUCUUUUUCCAGUGCAUGUGCCGGUGCCUUGGACCACAGGGUACCUGUGGUCAGAUUCCUUUACCUAAAAAACUACAGUGCAGUGCCUUUUCCCAUGCCUUGUCUACAAGUCCCAGUGACAAGGGACAAAGCAAAACACAUACCAUAAAUGCUUAUCAUUUAGAUCCCAGGGGCCCAAAAUCUGAACUGGAGCAUGAGUUUUAUGAAUUAGAACCUCUGGCUUCCCACAGCUGCACUGCCCCUGAGAAGACCACUUAUGAAGAGACCCACAUCUGCUCUGAAUUUUUCAACAGCCAAGCAAAGAAUUUAGGGAUGCCUGUGCAUGCAGCUUACAACAGUGAACUCAGCAAAAGCACUGAAAGUGACGCUGGCUCUGCCUUGUUACAGCCCCCUCUUGAACAGCAUACCGUGUGUCACUUCUUCUCUCUGAAUCAGAGAUGUAGCUGCCCAGAUGCCUACAAACACUUGAACUAUGGCCCACACUCUUGCCAGCAGAUGGGGGACUGCUUGUGCCACCAGUGCUCUCCUACCACUAGCAGCUUUGUCCAGAUCCAAAACGGCGUGGCACCUCUGAAGGCCACACACCAAGCUGUCGAGGGCUUUGUGCACCCCAUCACGCACAUCCACCACUGUCCCUGCCUGCAGGGCAGAGUAAAGCCAGCCGGAAUGCAGAAUUCUCUGCCUAGGAAUUUUUUCCUCCACCCAGUGCAGCACAUUCAGGCCCAAGAAAAAAUUGGCAAGACCAAUGUACACAGUCUUCAGAGGAGCAUAGAAGAGCAUCUUCCAAAGAUGGCAGAGCCAUCGUCAUUUGUCUGCAGAAGCACUGGAUCGUUACUCAAAACGUGUUGCGACCCCGAGAAUAAACAAAGGGAACUCUGUAAAAAUAGAGACGUGAGCAAUCUGGAGAGCAGUGGAGGGACUGAAAACAAGGCAGGAGGGAAAGUGGAGCUGAGCUUGUCACAGACGGAUGCAAGUGUGAACUCAGAACAUUUCAAUCAGAAUGAACCAAAAGUCCUAUUUAAUCAUUUAAUGGGGGAGGCUGGUUGUAGGUCUUGCCCAAAUAAUUCACAAAGUUGUGGCAGAAUUGUGAGAGUGAAGUGCAAUUCUGUGGACUGUCAAAUGCCAAACAUGGAAGCCAAUGUGCCUGCUGUAUUAACACACUCGGAACUUUCUGGUGAAAGUUUGUUAAUAAAAACACUAUAAUAAAUGCAGCAUUCAAUUCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1469.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1552.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 1065.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((......)))))((((((((((((((....(((..(((....)))(((.((((....)))).))).((((.((((((.((((((.......((((((..(((((...((((.(((..((((.....))))(((((((((((..((((((((........)))))))).......(((((.((((.....)))).)).)))..(((((((((...((((((.........................)))))).....)))..).)))))..((((.((((.((.............)))))).))))............)).))))))....)))))).))))((((.(((((..........(((.((((((((.((....)))))))..))).)))......))))).))))..((((((((((........))....))))))))...)))))..))))))..))))))..)))))).))))...........(((.((.(((.(((.(((.(((((((((((((.((...(((((((((((.(((((((.(((((((((......)))((((......))))....((((((.(((....((((((((((...(((..(((.(((((...........)))))..)))..(((....))).)))))))))))))))))))))).(((((.(((((((((((((.((.(((((......))))).))))))..(((.(((((((((((..(((((((((..(((((...)))))....))))))).)).))))))..)))))...)))...............((((((((((.((((((.((((.((...(((((..............))))).....((((...(((((((((((((.((.((.(((.(((...(((((((((.(((((((..(((((.((((((((..(((((..(((..((.......)).....)))..)))...))..))))))((((((..(((((....((((.(((((((((((.((((((((((.((((..(......)..))))..))))))...)))).)))..).)))).)))))))...))))).((((...)))).))))))(((((((((.((((...)))).)))...((((((((....((((((((((((....(((......)))))))))......)).))))...))))))))..(((...((((((((((((...((((((.............))))))))))))).))).))...)))....)))))).((((((.((((.........((((((....))).)))((((((((((...)))).(((((((((......(((.(((.....))).)))..................((((..(((((.......)).)))..))))...)))))))))((((((((((..(.....)..)))))))))).((((((((((..((((((...............((((...))))(((((((((((((((......))(((((.(((((....))))).)))))......(((((.(((...((((((...(((((........))))))))))).))).)))))..))))))))).))))....))))))..)))))))))).............))))))(((((((((....))))))))))))).))))))((((...))))....)))))))...))))))))))))))))...)))))))).)))))))))))).)))..)))).)).)))).))))))))))))))))((..((((........))))..))....((((.(((((.((...((((((...((.(((.(((((.((((.....((((((((......(((((((((((((......)))).(((((.......(((((((...)))))))......)))))......((((((((((((((.(.(((((((((((...(((((((..((....(((((((..((((((...((((....))))((((((....))))))...................((((((...(((((((((((((..................)))))))).....)))))....((((((...(((((....))))).)))))).))))))..(((((.....))))).........)))))).)))))))....)))))))))....))))))))..(((((((((((.....(((((((...)))))))...............((((((((..((.(((..((((((((((.....))))))).)))....))).))..))))..))))(((((....)))))((((((...((((.......))))....)))))).....)))))))))))..((((((((....(((....)))))))))))..(((........)))...))).))))))))).))))))..(((((((((......(((............))).......)))))))))((.(((((.((((.((((.((((........(((((........)))))....(((.(((.((((......)))).)))))).....((((.....)))))))).)).)).))))))))).))))))))))).((((((((((((....(.((((..(((((((((...((....(((..((.........)).)))....)).))))).))).)..)))).)..)).)))))))))).((((..((((...(((((.(......).)))))..))))))))........))))))))((((.((((.(((((((((.((.(((((((......((((.(((........))).)))).....))))))))))))).......(((((((((((((....((((......)))))))))((((((.((((((((((((..((((((.((...)).))))))(((((((((....((((((.......)))))))))))))))..........(((((......))))))))))))))((((((......)).)))).......)))))))))....))))))))((((...))))(((.((((((((((..((((....)))).)))))).))))))).))))))))).)))).((((((((...(.((((..(((....)))...)))).)......(((((((((........)))....))))))))))))))..)))).)))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))....((((.((((....)))))))))))))))))))))((((((((.(((((.((((((.(((((((((((((....(((((....))))))))).)))))))))...((((.((........((((((((.(.(((.(((((((((.....))))))))).((((((.........................(((...(((.((.((((.....(((((.((........))))))))))).)).)))...)))......((((((.....))))))..((.(((((((.......(((....(((((..((((((((.....))))).)))..)))))...))).......))))))).)).))))))......(((........))).((((((((((((.............)))))))))))).(((...(((.((.((.((((....)))).)))))))...)))..((((((((((.((((((((((.......(((((....((((.((((.....((((((..((((...((((((...)))))).((((.(.((((..(((..................((((..........)))))))..)))).).))))..(((((((.((((.........)))).((.(.((((........)))).).)))))))))....))))...))))))...))))))))))))).(((((..........))))).......(((.(((((....)))))))).......((....))...(((((....)))))..(((((....))))).......(((((......((..(((.((.......)))))..))....)))))...(((((..(((((((........)).)))))..))))))))))))))).)))))))).)).))).).)))))))).((((......)))).)).)))).(((.............)))..((((((....))))))..)))))).......))))).))))))))..........)))))))))))..)).)).))))).........)))))))))..))).))))).)))..(((((......))))).......(((((...............((((.((((((.......)))))).)))).......((((....))))((((((((((...........)))))))))))))))........))).....))))).))).))))))((((((((....(((.((((....)))))))...((((........)))).........))))))))....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({.(((((......)))))(((((({(((((((...{(((.{(((...,|||({{.{|||,...)))),))).((((.((((((.((((((.......((((((..(((((...((((.(((.,(((,,,,,,||}|(((((((((({..((((((((........)))))))).....,.((({(,((((.....)))).)).)))}.((((({(((...((((((.........................)))))).....)))..}|})))}..,,{,.((((.((.........,,..,,)))).))))....,,,..,..}},,)))}},,,,}}}))).))))((((.(((((..........(((.((((((((.((....)))))))..))).)))......))))).))))..((((((((,,...,,...}),...))))))))...)))))..))))))..))))))..)))))).))))....,,|||,,(((.((.(((.(((.,((.(((((((((((((.((,,,((((((((((({(((((({,(((((((({......})}((({......}}))....((((((.(((....(((((((({(,..{((..(((.(((((...........)))))..)))..(((....))).)))))))))))))))))))))).(((((.(((((((((((((.((,(((((......}}}}}.)))))},,(((.(((((((((((.,({(((((((..((((,...,,}))}...))))))).)).))))))..)))))...))}.....|||||,....((((((((((.((((((.((((.((...((({{...........}..))))}.....((({...(((((((((((((.((.((.(((.(((...(((((((((.(((((((..(((({,(({((((((.((((.{{(({...,,}},,.)).)).)))))}.}},{{{{{{,,{{(((({{(((....|||.}.}}|||}|((((((({,,.((((((({({,((((.,{......,..)}}}.,)))),,}}))))).,|{{{{{.{{{{|||||.|,.(((((.((,{{{{{.|||,,,,,}}(((((((((.((((...)))).))}...((((((((....((((((((((({,({..,{.......))))))))......)).))))...))))))))..(({...((((((((((((...((((((.............)))))))))))))},)).)).}.)))....))))))(((((({.,(..((((.((({((((((....)))},}}.,,..(((.(((((((.{((((((({(..,.{.(((.(((.....))).))),.....,,,,........||||..(((((.......},.)}),,)),,...}}}||}(((((((((((((..(.....)..))))))))))))).,,..}}}})))))))))}..,))))...))))..))))))))..}}}|,|}.}}})}..}}.)))|,})))}}||}}..},,((({{,,,,,....(((((.(((...{(((((...(((((........))))))))))).))).)))))...,,,,,)))))},||,||}},,|,.{{{{,{{((({...})))))},}}),,,}.{((((((((....))))))))),},,........}}}}).)),,....,))))))...))))))))))))))))...)))))))).)))))))))))),}))..}))).)).)))).)))))))))))))))){{,,((({,.......}}},..,|,...{(((,(({(({((...((((({..,,({(((,{,,,,,||||(((((((((((((......(((((((((((((,,..{{||||.(((((.......(((((((...)))))))......)))))..{{..((((((((((((((.(.(((((((((((...(((((((..((....(((((((..((((((..,{{(({{{.,|||{||{((..,.|}}|||,.......,,,,,,,....((((((...{{(({((((((((..................)))))))).....}}}}}....((((((...(((((....))))).)))))).)))))}..(((((.....))))).........)))))).)))))))..,.)))))))))....))))))))..(((((((((((.....(((((((...)))))))..{,,,.,{,,,.,,{(((((((..((.(((..(((((((({{.....},)))))}}))....))).))..)))).,))})||,,|}}},}})){((((((...((((.......))))....))))))}..,.)))))))))))..,,,(((({,,..,,({..{||||||,,,,.}}|||}}..}}..)))},.))).))))))))))})))))..||(((((((,,,..,({{.{,,,.......}}}.,.,,.,}}}}}}}}}.||{{|||.{(((|{{{|.{|||},,.....(((((........)))))....(((.(((.((((......)))).)))))).....{(((,...,)))},)))})).||{,,,,)))))}))))))))))).((((((((((((.,..{.((((..(((((((((...{{....(({,.{{..,..,,,.}).))}....}).))))).))).)..)))).}..)).)))))))))).{{{,..((((.{,(((((.(......).)))))}.)))),}}}......,,))))))))}})))}.((..((((((((.{(,(((((((......((({.(((........))).)))}.....))))))))))))).))))..)){{||{,,||||},}}|||,..}},,))),}||||,.||}}}|||{{(((((({..((((((.((...)).))))))(((((((((....((((((.......)))))))))))))))...,||.,..|||,,.,|,,.}})))))))))))},||{|||,,,,..{{{{{,...}))})||{.{,,}}|,.,)),))),,.{{{.,{{.,{((.((((((((((..((((....)))).)))))).)))))}).,||}|||||}},|||,.,{(({,,|,{.((((..(((....)))...)))).|,....,|||{{,{{{.,,,},.,))}..,,))),)))))}||||{|||},.}}},))))))})))))))))))))))))))))))))).)))))...{((((.((((....)))))))))))))))))))))|(((((((.(((((.((((((.(((((((((((({...{(((((....))))))))).)))))))))...{{{{.{{........((((((((.(.(((.(((((((((.....))))))))).((((((.........................(((...(({.((,(({,...,,(((((.((........))))))))))).}}|)))...)))......((((((.....)))))),.{(.(((((((.......(((....(((((..((((((((.....))))),}))..)))))...))).......))))))).)}.))))))......{{(,.......}}}.((((((((((((..........,..)))))))))))).,{{..{(((.(({((.((((....)))).)),,)))...)))}.|.((((((((.((((((((((......{((((({{,{(((..,,(({....((((({{,,{{{...((((((...)))))),((((.,.(,,,..,||,}}}|.......},,...||||.,}},,...})),,,))}.,)))}).)))}..({((({{.,(((((,,.,,,.|||,.|{,|,{(((........}}}}.,,)}))))}}|,,,,|||||{.}}}},,...}}}}}}}}|||||,(((((..........))))}.......(((.(((((....)))))))).,....,{|.,,.}|...(((((....)))))..(((((....))))).......|||||,,,},.{{.,||{|{{.......||))}..,,,.,,))},,...|||||,,||||{{{...,.,,,)).)))))..))))})))))))))).)))))))).,,.))).).)))))))).(((,,,....}}}).)).)))).(((.............)))..((((((....))))))..)))))).......))))).)))))))}..........))))))))))}..}),)),))))),........))))))})),.))).))))).)))..{{{({......))))).......(((((...,,,,....}},,((((.((((((.......)))))).)))).......((((....))))((((((((((,.........}))))))))))))))).....,,,,,,.....)))))},)}.))))))((((((((....,,,.,{(({{{{||,,,,)}}}}}}|{{{......))).........)))))))),...}))))....
Back