Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377317.2
Sequence Length
2479 nt
GC Content
0.3772
AGAAGCUGAGGAGAAGCUGAUGCCAUGCUUCCUGUACAGCCUGAAGAACCGUGAGCCAACUAAACCCUACUCUUUUCUUUACAAAUUACCCAGUCUCAGACAAGGUCUUGAUCUGUCACCAGGCUGAAGUGCAGUGGUACAAUCAAAGCUCACUGCAGUCUCAACCUCCUAGGCUCAAACAAUCCUCCCACUUCAGCCUCCCAACCAGCUGGGACCACAGGUUGACAUCACCACACCCAGGUCUGCUGGAAUUUGCUGGAGGUCCACUCCAGACCCUGUUUGUCUGGAUAUCACCAGCAGAGGUUGCAGAACAACAAAGAUUGCUGCCUGUUCCUUCCUCUGGAAGCUUUGUCCCAGAGGGGCACCCACCAGACGGCAGCUGGAGCUCUCCUGUUCCCUCUGCUAUGGCUCUUCCUCAGUAGAAACAACUGGCAACAAAAUUCAAGUUUAUGAUUCAUUCAUCAGCAAACAUGUGAGAAUCAUCUACAAAGAACCAAGAAUUGUGAGAAAGCGACCUCAAGAUACAACUGGCAACUGAGGAAAAGGCCUCAAUUCAACAAGAGCUAACAAGCUUGGGAGUUUAUUUCGGAAUCUUUAAAAGACUCUUCUGCUUACCCACAAUCUGGGAUCCACUGCAGGAAAACAAAAAAGGAAAACUUCAUUUAAAAGAAGCAAGAAGUAAAAUGGGACAAAUUGGGAAUGUUUAAGUCUCUGAAACUCUGCACUGAAAAGAAAAUAAGAUUGAUAACUUAAGCUUAACAUUCUGAGGCAUAAAGAAACAUUAACUUUGGAGUAUUCAUCUUGACUACUGAAAUACAAGUUUAGAAGACAAGUGGUUUCAUUCUGGUCACAGAUCACAGCUUUUCUUUAAAUUUAUAAUCCUAUGGGUUGGACUCGUUGACUGUAUUUUUUAAAGGUUGCUCGUCAGUUAACUGAGCCUUGGAAUUCAUGGAUUUUCUAAAGACUAACAAAUGAAAAUAUUUUCCUGUUGAAGAACCCAGCGGAAAUUUUACAGCAACAAAUUUCAUGUUUCUUUUGGGUAUUUCUGAGAAAAAGGAAAUAUUUAUAAAACCAUCCAAAGAUCCAGAUAAUUUGCAAAUAAAUUGGAGGUUAUAGAGGUUAUAAUCUGAAUCCCAAAGGAGACUGCAGCUGAUGAAAGUGCUUCCAAACUGAAAAUUGGACGUGCCUUUACGAUGGUAAGCGUUAACAGCUCCCACUGCUUCUAUAAUGACUCCUUUAAGUACACUUUGUAUGGGUGCAUGUUCAGCAUGGUGUUUGUGCUUGGGUUAAUAUCCAAUUGUGUUGCCAUAUACAUUUUCAUCUGCGUCCUCAAAGUCCGAAAUGAAACUACAACUUACAUGAUUAACUUGGCAAUGUCAGACUUGCUUUUUGUUUUUACUUUACCCUUCAGGAUUUUUUACUUCACAACACGGAAUUGGCCAUUUGGAGAUUUACUUUGUAAGAUUUCUGUGAUGCUGUUUUAUACCAACAUGUACGGAAGCAUUCUGUUCUUAACCUGUAUUAGUGUAGAUCGAUUUCUGGCAAUUGUCUACCCAUUUAAGUCAAAGACUCUAAGAACCAAAAGAAAUGCAAAGAUUGUUUGCACUGGCGUGUGGUUAACUGUGAUCGGAGGAAGUGCACCCGCCGUUUUUGUUCAGUCUACCCACUCUCAGGGUAACAAUGCCUCAGAAGCCUGCUUUGAAAAUUUUCCAGAAGCCACAUGGAAAACAUAUCUCUCAAGGAUUGUAAUUUUCAUCGAAAUAGUGGGAUUUUUUAUUCCUCUAAUUUUAAAUGUAACUUGUUCUAGUAUGGUGCUAAAAACUUUAACCAAACCUGUUACAUUAAGUAGAAGCAAAAUAAACAAAACUAAGGUUUUAAAAAUGAUUUUUGUACAUUUGAUCAUAUUCUGUUUCUGUUUUGUUCCUUACAAUAUCAAUCUUAUUUUAUAUUCUCUUGUGAGAACACAAACAUUUGUUAAUUGCUCAGUAGUGGCAGCAGUAAGGACAAUGUACCCAAUCACUCUCUGUAUUGCUGUUUCCAACUGUUGUUUUGACCCUAUAGUUUACUACUUUACAUCGGACACAAUUCAGAAUUCAAUAAAAAUGAAAAACUGGUCUGUCAGGAGAAGUGACUUCAGAUUCUCUGAAGUUCAUGGUGCAGAGAAUUUUAUUCAGCAUAACCUACAGACCUUAAAAAGUAAGAUAUUUGACAAUGAAUCUGCUGCCUGAAAUAAAACCAUUAGGACUCACUGGGACAGAACUUUCAAGUUCCUUCAACUGUGAAAAGUGUCUUUUUGGACAAACUAUUUUUCCACCUCCAAAAGAAAUUAACACAUGGACAUUUUAAAGUCUUUAGUAUAAAGAAAAUUUGUAUUCAAUGUGUUAAGCAUUAACAUGUAUUUUAUUUGUGUAUCCACUCCAUCUGAUUUUUCUGAGCCAUUUUGAUUUGUUCCUUCAUUAAAAAAAAUCUCUUAAAGUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-584.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -640.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 688.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.((.(((((((....)).)))))))...))))..((((((....(((..............)))..))))))((((((((......((((((.((((((..(((.(((((((((((((((((((((((((.........)).))))))(((((.........)))))..............))))))))))((((......))))......)).)))))...........(((((((..((....((((((((((....(((((((.......)))))))....)))(((((((((((.....)))).......((((((.(((....(((((((..........)))))))((......)).))))))))).(((((......))))))))))))..((((.(((((((((.........((....))........((..(((((((..(((.((.......))))))))))))..))......(((.(.(((.((((........)))).))).)...)))..)))))))))..)))).........(..(((((....)))))..)..((((((((.((.((((...)))).))((((((...((((.....)))).......))))))................((((........))))...))))))))..(((((((((.......))))..))))).....(((((((((......(((((((((((((((....((((......(((((((((((.....((((..(((..(((.(((((((.((((.((.(((((.......))))).)).))))))).(((.(((((((((((((((((((((..((((((.......(((((.(((((((((.(((((((((((.....................)))))))).)))))....))))))))))))...)))))).(((((...((((....)))).))))).........(((((((((((((((....(((((((..(((((((((((((((((((........))))))).......((((.(((((........................))))))))).((((........))))...))))))))))))....((.((((((((((..(((((........)))))..((((........)))).((...((((((.((((.(((..........(((......))).......))))))).)).))))..))((((((.......((((((....))))))......))))))...)))))))))).))(((((.(((((..(((((((((...(((((.((((.............)))).))..)))..))))))))).))))).......))))).................((......)).....)))))))...)))))))))))))))((((((....((((......))))....))))))..(((((((..........(.(((((.(((((......)))))))))).).....((((...)))).))))))).........((((((.....))))))..))).))))))...)))))))))))))))))))..)))..)))..))))..((.(((((.......))))))).)))))))))))....))))(((((((((((((.........))))))(((.((((.....))))))).)))))))..(((((((.(((((.....))))).)).))))).((((((((..(((......((((.............)))))))..))))))))...((((((((.((((..((((((.((((((........)))))).))...))))....)))).))))))))..((((.....)))))))))))))))))))...((((((((..(((...........((((...((...((((((((((((((((.(((...((........))...))).)))))))))....((((((.(........).)))))))))))))...))...))))....((((..((((.......))))...)))))))..))))))))(((((((((((...))))))).))))))))))))).......)))))))...))..)))))))....(((((((((((.((..((((.........(((((..........)))))..((((...((..(((((....)))))..))....))))........((((((((.................))))))))...(((((((((((((........))))..((((((((.....))))))))..))))))))).))))..)).)))))))))))(((....)))...))).))))))))))))......))))))))..............................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,((((,((,(((((((....}}.)))))}).}.)))).,((((((....(((..............)))..))))))|(((((((....{.((((((.((((((.,({((((((.((((({((((,(((((((((.........)).))))))|,|,|.,...,,..|||||.,{{{{.{{{{{{{|}|||||||(((((.,,,,,}}|||,,...|||||,......,..,}}.,||||||,|||...,((((((,(((....(((((((.......))))))).,,}.))|||||((((,({{,..|,.,.....,,||{|||,{{,,,,,(((((((.......,|.)))))))}}...,..,},}}}|||||,.(((((......))))),,)))))..((((.(((((((((.,.......{{....,,....,,..((..(((((((..{(({,,.......))})})))))))..))...,..(((.{.(((.((((........)))).})).}...)))..)))))))))..)))).....,,.....{((((....)))))}|)|||{({(({{,(,.((({..,|}}}.}}|(((((...((((.....)))).,,....)))))).........,|.....{||{........))}},..)))))},..,}}}|,.....,}}}.})))}.})))),.||..(((((((((,.....(((((((((((((((....((((......(((((((((((...(,((((..(((..{((.(({,{((.((((.((.(((({.......))))).)).)))))),,(((.(((((((((((((((((((((..((((((.......(((((.(((((((((.(((((((((((.....................)))))))).)))))....))))))))))))...)))))}.....,...{{{{....||||{,{{{{.......}}|||||||||||,{{({{,,{(,(({,.,(((((((((((((((((((........)))))))}.,,,,.((((.(((({..,,.{{{{...|||},...,...))))))))}|{{{({{{{{,{|,,|{{{{||||||||||||.(({{,.((((((((((..(((((........))))){{(({{..,||,,,||||,{{{,.((((((.((((.(((.......,{{{({......}}}.|,...,))))))).)).)))).|||{{{|,,.,,}}}}|(((((....)))))}.,||,,}}))))...))))))))))})))}}.,.((((({{((({((((,...,,,.,.,,,,.........{(({{.||.....)))}},,,}))),,.,,,},..,,}),.)))))},....,,,.......{|,.....}}.}}}))}))))),..)))))}))))))))}||||{{|||,||||....,,,|}},|||}}}}}},,}}||||,,,.,.,....{.(((((.(((((......})))))))))...,,,.((((...)))).})),..)}}))))))}}||,||,.}}}))))),..))).))))))...))))))))))))))))}}).})))..)))..))))}.{{.(((((.......)))))}}.)))))))))))....)))}(((((((((((((.........)))))}(((.((((.....))))))).}))))))..{(({(((.(((((.....))))).))}.)))}.((((((((..(((....,.{(((.......,,}.,,}}}})))..)))))))).,{((({((((,((({,,{(((((....))}},....{(((({...,....,,,)})}}),}}.)))))}))}}||||,.,,,)),.)))))))))))))))...{(((({{{.||||,,|,{{.....,|{{{{..,{.((((.(.((((((((((.(((...((........))...))).)))))))))}..,.}))),.||.}}}}}...,,|||,,,,|}||,{...,{{(((|,,..{(({..{(({.......))))...})))}})},},))))})||(((((((((...))))))))}}},)))))))))..,||||,}|||||...,,..||||,||,....{{||||{{,|}|,....,|.,},))})}{{|||..,.......}}))).....}))))))))}{{({{{|||{{,..,.,}}}.})}},}}}.((({((((((...........,.....}}})))))}..{((((((((((({........,|||{{(,,,||||}}...}}}))})),.))))))))){{{|...,)}))........,(((....))).....,.)))))})))))).,....)))))))}....,..............,..........
Back