Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377374.1
Sequence Length
2617 nt
GC Content
0.5197
CUAGCACCGCCUCUUCCGCGUUCUCGGAGGAGCGAUCUGCAGGUAGGGGUGCGCGCGACCGCUCCCCGGCGGGAGCCAGCGAAGGUUUCCAUGUCAGAGGCCGAUGGAGAACUGAAGAUUGCCACCUACGCACAAAGGCCAUUGAGACACUUCGUGUAGCUGGAAGACACCAACUUCCUGACAGGAGCUUUAUUUCAUUUGGGAUUUCAAGUUUACAGAUGGUAUCUUCUCAAAAGUUGGAAAAACCUAUAGAGAUGGGCAGUAGCGAACCCCUUCCCAUCGCAGAUGGUGACAGGAGGAGGAAGAAGAAGCGGAGGGGCCGGGCCACUGACUCCUUGCCAGGAAAGUUUGAAGAUAUGUACAAGCUGACCUCUGAAUUGCUUGGAGAGGGAGCCUAUGCCAAAGUUCAAGGUGCCGUGAGCCUACAGAAUGGCAAAGAGUAUGCCGUCAAAAUCAUCGAGAAACAAGCAGGGCACAGUCGGAGUAGGGUGUUUCGAGAGGUGGAGACGCUGUAUCAGUGUCAGGGAAACAAGAACAUUUUGGAGCUGAUUGAGUUCUUUGAAGAUGACACAAGGUUUUACUUGGUCUUUGAGAAAUUGCAAGGAGGUUCCAUCUUAGCCCACAUCCAGAAGCAAAAGCACUUCAAUGAGCGAGAAGCCAGCCGAGUGGUGCGGGACGUUGCUGCUGCCCUUGACUUCCUGCAUACCAAAGGCAUUGCUCAUCGUGAUCUGAAACCAGAAAAUAUAUUGUGUGAAUCUCCAGAAAAGGUGUCUCCAGUGAAAAUCUGUGACUUUGACUUGGGCAGUGGGAUGAAACUGAACAACUCCUGUACCCCCAUAACCACACCAGAGCUGACCACCCCAUGUGGCUCUGCAGAAUACAUGGCCCCUGAGGUAGUGGAGGUCUUCACGGACCAGGCCACAUUCUACGACAAGCGCUGUGACCUGUGGAGCCUGGGCGUGGUCCUCUACAUCAUGCUGAGUGGCUACCCACCCUUCGUGGGUCACUGCGGGGCCGACUGUGGCUGGGACCGGGGCGAGGUCUGCAGGGUGUGCCAGAACAAGCUGUUUGAAAGCAUCCAGGAAGGCAAGUAUGAGUUUCCUGACAAGGACUGGGCACACAUCUCCAGUGAAGCCAAAGACCUCAUCUCCAAGCUCCUGGUGCGAGAUGCAAAGCAGAGACUUAGCGCCGCCCAAGUUCUGCAGCACCCAUGGGUGCAGGGGGAACAGCAGCACAAUGGACCUGACGCUCUUCGCAGCUGAGGCCAUCGCCCUUAACCGCCAGCUAUCUCAGCACGAAGAGAACGAACUAGCAGAGGAGCCAGAGGCACUAGCUGAUGGCCUCUGCUCCAUGAAGCUUUCCCCUCCCUGCAAGUCACGCCUGGCCCGGAGACGGGCCCUGGCCCAGGCAGGCCGUGGUGAAGACAGGAGCCCGCCCACAGCACUCUGAAAUGCUCCAGUCACACCUUAUAGGCCCUAGGCCUGGCCAGGCAUUGUCCCCUGGAAACCUGUGUGGCUAAAGUCUGCUGAGCAGGCAGCAGCCUCUGCUCUGUGGCUCCAUUCAGGCUUUUUCAUCUACGAAGGCCCUGAGGUUCCCAUCAACCCCCAUUUCCCUAGGGUCCUGGAGGAAAAAGCUUUUUCCAAAGGGGUUGUCUUUGAAAAGGAAAGCAAUCACUUCUCACUUUGCAUAAUUGCCUGCAGCAGGAACAUCUCUUCACUGGGCUCCACCUGCUCACCCGCCUGCAGAUCUGGGAUCCAGCCUGCUCUCACCGCUGUAGCUGUGGCGGCUGGGGCUGCAGCCUGCAGGGAGAAGCAAGAAGCAUCAGUUGACAGAGGCUGCCGACACGUGCCUCUUCCCUCUCUUCUCUGUCACCCUCCUCUGGCGGUCCUUCCACCUUCCUCUGUCCUCCGGAUGUCCUCUUUGCCCGUCUUCUCCCUUGGCUGAGCAAAGCCAUCCCCUCAAUUCAGGGAAGGGCAAGGAGCCUUCCUCAUUCAGGAAAUCAAAUCAGUCUUCCGGUCUGCAGCACGGAAAAGCACAUAAUCUUUCUUUGCUGUGACUGAAAUGUAUCCCUCGUUUAUCAUCCCCUUUGUUUGUGAUUGCUGCUAAAGUCAGUAGUAUCGUUUUUUUAAAAAAAAAGUUUGGUGUUUUUAACCAUGCUGUUCCAGCAAAGAUGAUACCUUAAACUCCCACUGCAAGCCCAUGAACUUCCCAGAGAGUGGAACGGCUUGCUCUUCUUUCUAGAAUGUCCAUGCACUUGGGUUUUAAUCAGCAGUUCCCUAUUAUUCUGAUUUUAAGCUGUUCCUGUGAUGAACUUAGAGACAGCAUCGGUGUCUGCUGCUGUGUCCCCAGGUCUUGUGUGGGUGGCACAGAUCUGGGCAGUUAGAUAGUGCUCUGUGCCUAAGGUGAAGCCACACUAGGGUGAAGCCUCACUUCCCUGUUUGAGCAAUGCAGUGCCUGCUGCCCGUGUGCAUGAAGGUACAGCCAUUCAGAUAAGUGGAACUAUUGAGUUACAUAAAGAAAAUAGAUUUGCAUUUGUCAGGCAGACGUUUAUACAACACCACGGUGCUUUUAUACAUUGUGCUUAUUUUAAUAAAACUGAAAUUCUAUGUGUGGCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-917.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -964.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 802.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((.(((((((......)))))))))((((((...((.((((.(((......))).)))).))(((((((......)))))))...((((...((...))....))))....(((((((((((((...(((((...(.(((((.....(((((....(((((((......(((((...(((..((((((...((((.((((((.(((..(((........)))..))).))))))...))))..))))))((((((.((((((.((((((((((...))))).)).))).(((((((((.((((.(((((((((((((..((..((((..((((((..((((((..........))))))....))))....))..)))).))..))))...............(((((.((........((((((((.......))))))........))..........)).))))).(((((((.((((((....(((((((((((((((((...))))))).(((....((((......(((((((..(((((((.(((((((((....((((......))))))))))))).)))).)))...)))))))))))..))).......((((........))))..((.((.....))))(((.(((((...((((.(((.(((((((..(((..((((((((((((...(((...(((((.(((((((((....)))).........(((((.....((......)).(((..(((.......))).))).......(((((((.(((.((........)).))))))....))))....))))).((((..((((((((((...((((((((((....((((((.(.((..(((((((.(((((....)))))...))))....)))..)).).))))))..)))))))))))))).))))))))))...))))).))))).)))((((((.....))))))..(((((((.(((.((.(((......))).)))).).))))))))))))))((((((((.((.(((((((((.((((((..(((((((..((((((...((..(((.((.(((.(((.......)))..)))..)).)))..))...))))))..((((.((..((((..((((((.(((.((...))..))))))))).(((((....))))).(((((((....(((...(((((.......(((((((..(((((((.....((........))......))))))).))))))).........((((((..((((..(((....)))..)))))))))))))))...))))))))))...))))..)).)))).((((((....))))))((((((.((((.((((..((((..(((.(((((.......(((....)))....))))).))).)))).....))))....)))))))))))).))))).))))))..((((.((((....((((.((.((((((((....)))..))))).)))))))))).)))).((((((.((((.(..(((((((.((...................)).)))))))))))).)))))))))))...)))).)).)))).))))...)))))..)))..............(((....)))..))))))).))).)))).))))).)))))))))).))).....(((((((..(((.(.(((((((.((...(((.((....)).))))))))))))..).))).)))))))((((.(.((((.((((..((((.(((...))).))))..)))).)))).).))))........)))))).))))))))))))))))..)))).))).))))))(((((..((((((((((...........(((((......)))))..((((......))))..))))))))))..(((((.....)))))...............(((((.((((((.(((((...........))))).)))))))))))(((((.......)))))..))))).....)))))).)))))))))...)))))..(((((((((((..........(((.((((.......)))).)))........)))))))))))..............(((((((.....((((......)))).....)))))))..((((....))))..((((......))))((..((((((.(((........)))))))))..))((((((.(((.........))).))))))...)))))))))))).))))))...))))))))))))))))))))))))((((((..((((......)))))))))).))))..(((((((((((((((....)))))...((((((((..((((((((((((.((((......))).).))))))..(((((......)))))..(((((...............)))))...))))))..))))))))...............(((((((........)))))))...((((((.......)))))).))).)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,(({((,{(((((((......)))))))))|{{{{|,..({.((((.(((......))).)))).}}(((((((......)))))))...{{,,,,,((.,,}},,,.}}},....(((((((((((((...(((((...(.(((((.....(((((....(((((((...{((((,{.|||||,.....,,,...(((({,,,,,{{(((..{{{.{{,{{{.|||..,,,{||||||..,{||{.,{|{{{((({({.,({{{.,.{{{(((((((...))))).)}.|)).(((((((((.((((.(((((((((((((..((..((((..((((((..((((((.,......,.))))))..,}}}}}....))..)))).))..)))).,,,,....,....,(({((.{{.,,,,...{|{{((({.......}}}}}},....,,.....,.......}).))))}.(((((((.((((((....((((((.((,(((((((...))))))){((((,...,,..,.,,,(((((((..{{{|||||{(,,{{({{{,{.((((......)))))))})}}})}}.,,.))),,,|||||}},,{{{,(((((.{((,{{{({,{,.{{,{,{{,,{{{((((..,((,.{{{..,((((((((((.(((((....))....))).))))))},}))}..))).}})))},)}})..((((....)))).....,{{({,(.({..,,{{......)),,||.}}||}}.....}})|),|}}}|.}}|{||.,|||||..,..,|||,.,..|||((((,((({{.....(.((((((((((..(((.((((.{(((((((((((......{((((,{(,(((,.(((((((.,.{((((..(((((({{((,..{{({.{,...,.))))...}))),.)))))).))))).)))))))......}}.)|,||}}{(((((.....)))))),,))))))))))},}}),)).)))....((((.(((((((,,,(((((((((((..(..(((.......)))...(((((((,(........})))))))....}..))}}}))))).,|},,.,,,..,),..))))))).})))).))))}}))))).).,.,,,...((((({{(((.({...))..))))))))).||{{{...,))))),))))}.|}}},|||...||{{......,,(((((((..(((((((,....((........))..,,..})))))).)))))))........,{{(((({.{{{(,,(((,,..}}},.}||||||||}}}}}|{,.|||||}}}||{{{{{{|,||||,{({.((((((....)))))),,||{(((((((((({,.((((,.(,(,((((({{,....{((,...,}}....))}}}{|||{|||}...,{||||...})))))}|||||...,,,..})))),....,)))}))))...{{(((({..||||||{(((({{,||||.,,{.|{||,{..((((((((((........)))))}}})))||...},,.,{{{{{{.....{{{{{|}}..}))),{||||,...,}}}}}}..,})}}}}||{{{{,..||||},,||||,,.}}|.,,...}}||,....}))}}}}|||}|(,........,,..,)))}},,.,}))))))))})})))),,..})))}..((((((.((,..(((.((....)).)))))))))))|||,,,,)}})))))))))..}...}}))).}))}..}.))))))))},,}.,..))))))))))))))}))))))...)))))).))))))))))))))))..)))).))).)))))){{{||,,((((((((((.......,...(((((......)))))..(({{......)))),.))))))))))..{((({.....))))).........,.....{((((.((((((.(((((,{........,))))).))))))))))){{{{{.......))))}.,|||}}.,,,,}},,}|{{|{((((((......))))))}}},{((((,....,}}},(((.((((.......)))).))},,},)))),,))).)))))}.,,}}}},,,,..(((((((.....((((......)))).....)))))))..{(((....)))}.,|(({......)))}||,.((((((.(((........)))))))))..},((((({,(({,,.....,.})).))))))...)))))))))))),))))),...))))))))))))))))))))))))|(((((,.{((,,,.,,{}}|||}}}}},||||,.(({{((({{{{{{{{.|..))))),..{{{{{{{{,,|{{|||{||{||,||||,,,,,,}}|,|,|}||}}.,(({{,..,,,,||||}{,(((((...{,..........)))))..,)})))),,))})))}),,,||,,,.,.,},,(((((((........)))))))...{{{{{,.......}}},}},))).))))))),,.
Back