Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377454.1
Sequence Length
3743 nt
GC Content
0.6300
GGAAAGCAAGCUGGAGGACAGGUGAGACAGCAGGACAGGACCGGAGCAGGGCCCCAAGCCCCCGGGCCUGGUGGGGGACGCGCUUCUUCCCACACUGUGAGCCUCAGCAGCUCCAGCCAGCGGACCCGACGGCUGAGAGGAGCCCCAGAACCAGGACUGGGGGAUUUGGAGCUGGGCAGAGACUUAACCCCCACAGCACCGGGAAGCAGCCAACUCCCCUCGCCUCCUUCCCCCUUCGUGGCUUGCGGUCUCUCUUCCCCGCCUCGGCCCCCAGGAAGUGAGAAGAUGGGGAGCCCCGAGGAUGACCUGAUUGGGAUUCCAUUCCCGGACCACAGCAGUGAGCUCCUGAGCUGCCUCAAUGAGCAGCGCCAGCUGGGCCACCUAUGUGACCUCACCAUCCGGACGCAGGGCCUUGAAUACCGCACCCACAGGGCUGUGCUAGCUGCCUGUAGCCACUACUUCAAGAAGCUUUUCACUGAGGGCGGUGGCGGAGCUGUCAUGGGGGCCGGGGGUAGCGGGACGGCCACUGGGGGAGCAGGGGCCGGUGUGUGUGAGCUGGACUUUGUAGGGCCAGAGGCACUAGGCGCCCUCCUUGAAUUUGCCUAUACAGCCACACUGACCACCAGCAGCGCCAACAUGCCAGCUGUGCUCCAGGCUGCCCGCCUGCUGGAGAUCCCGUGUGUCAUCGCUGCUUGCAUGGAGAUUCUGCAGGGCAGUGGGCUAGAAGCUCCCAGCCCGGACGAGGAUGACUGUGAGCGAGCCCGCCAGUAUCUGGAGGCCUUUGCCACAGCCACGGCCUCUGGAGUUCCCAAUGGUGAAGACAGUCCUCCACAGGUGCCCCUCCCACCACCUCCGCCACCGCCACCUCGGCCUGUUGCCCGCCGCAGCCGCAAGCCCCGGAAAGCUUUCCUGCAAACCAAGGGGGCCAGAGCAAACCACCUAGUCCCUGAGGUGCCCACAGUGCCCGCCCAUCCCUUGACCUAUGAGGAGGAGGAGGUGGCGGGCAGAGUGGGCAGCAGUGGGGGCAGUGGGCCGGGGGACAGCUACAGCCCUCCCACAGGAACUGCCUCCCCUCCUGAGGGUCCCCAGAGCUACGAACCCUAUGAGGGUGAGGAAGAAGAAGAGGAGCUGGUAUAUCCCCCAGCCUAUGGGCUGGCGCAGGGUGGCGGGCCCCCGCUGUCCCCAGAGGAGCUGGGCUCAGAUGAGGAUGCCAUCGAUCCUGACCUGAUGGCCUACCUAAGCUCCCUGCACCAGGACAACCUGGCACCAGGCCUGGACAGCCAAGACAAGCUGGUGCGCAAACGCCGCUCCCAGAUGCCUCAGGAGUGCCCUGUCUGCCACAAGAUCAUCCAUGGGGCAGGCAAACUGCCUCGCCACAUGAGGACCCACACAGGCGAGAAGCCCUUUGCCUGCGAGGUCUGCGGUGUUCGAUUCACCAGGAACGACAAGCUGAAGAUCCACAUGCGGAAGCACACGGGAGAGCGCCCCUACUCAUGCCCGCACUGCCCAGCCCGCUUCCUGCACAGCUACGACCUCAAGAACCACAUGCACCUGCACACAGGGGACCGGCCCUAUGAGUGCCACCUGUGCCACAAGGCUUUCGCCAAGGAGGACCACCUGCAGCGCCACCUCAAAGGCCAGAACUGCCUGGAGGUGCGCACCCGACGGCGCCGCAAGGACGAUGCACCACCCCACUACCCACCACCCUCUACCGCUGCUGCAUCCCCCGCUGGCCUCGACCUCUCCAAUGGCCACCUGGACACCUUCCGCCUCUCUCUAGCUCGAUUCUGGGAGCAGUCAGCCCCCACUGGGCCCCCGGUCUCUACCCCAGGGCCCCCUGAUGACGAUGAGGAGGAAGGGGCACCCACCACACCCCAGGCUGAAGGUGCCAUGGAGUCCUCUUAAAGAGGGACGAGGGCCAGACUGAAGCAGCACAAGGCCGGGGACACCCAUGCCAAGCAGUGGGAGCACGCAGGACAGACACAGCAGGGGUCUGGGGCACGGAGCCUUGCUGGCAUCAGCAUCAGCCCUUCCUCCCAGAGCCCUCAUUCCAAUUCCAAGCUAAGAAGGUAUUGGGGCAGAGGCUCCCCAAAUUGGGGUGAUCCCCCAAGGAGUGAUACAUAUAUUGUGUAUAUAUUUACAGCUGUAUUGUAAAAGUGGGGUCCCUGUCCCCAGCUGCUCCUGGGGAGUAGAAGCAAUAAUGUAUUUCUAAUUUGUGGGUCCCACUUCGGCUAUGCGGGUUUCUAGGGGGUGGGGGCUUGGGACCAAAGCCUUGCCCCGCCCCUAUGCCCCUUGGGGGUUUUGGCUGUGUAAGGGGGUGAAGGACUGCCCCUCCCUUUCGAGACCCCUCCUUCCUGGUUUCUGUUCCUUUUUCCUGGCAGUGAAUUAUGCAAAGGGGGCCGGCAAAGGAAGGGUAGGUGGGGGAAAGCCAGGUGGAAGCUUGAAAGACUGGGGGACUGGGCCUGUAAGGAAGGAGCCAUCCCAGUCCCCCUCCGCCCUGCUCCCGGCGCUGAGUCAUGGGGUCGUGGAGAAGGGGGCGGGGUGGCCUGAUUGGCUCGCCUGCCCCUGGGGGCAGUAGAGGGGCCCCGCCCAGCUAGGGGAGCCGCUCCGUUCCACUCCCCUCCCUAGCCCUCCCUCCCCACGGCCCUGGGCAGGGAAUGUCUUGUUCCCGCCGCUCCCUCCCCGGGGCCAGAGGGCAGGGCGGGCCGGGCGGCGUCCUACCCUCUUCUCCUCCUCCCCAUCUCCUCCCCGCCCAGGUGCGAGCCGGAGCCGCCGCCACCGCUGCCGCCCCUGACUCACGCCGCCCCCGGGCUGGCGCAGCGAAGGGUGUGGGACAGGGUAAGGGGUUGGAAGAGCCUUGUGGAGAGCGGGCGAGCCGGCGCCAUCUGGCGGCCAUGCUCUGAGUGGGCGAGCGCCCCCCGCGGCCACUGGAGCGAGCUGUCUUCACGCUCCUCAUCCACCCCAGCUGGUGAGCGGCGCCCCCUUGCCAAGGCAGUGGGCACAGAACUUCUCGCUUGGCCGCAGGGGAAGGGGCUGCGGACCUGUGGGAAAGUGAUCCCCUUCCCAGAUCCUUGCCAGCCGGGCUUCCUGUCAGGCAGGGGAGAAUAAUCCCCACUCUGCUCUUAGGAUUGAAUCCACCCCCAUUCUGUACAUAGCCUCUUCUGUUGGUCUUGUUGAAAUCUAGUUUCAGAUUUUUAACUACCCAAUUCUGCUGGGGGUGGGGGACACCCCCCCUUCCUCGCUGGGUGCUGGACCCCUUUUGCAGCCUGGGCUCUGCCUUGCACUAUUUCCCCUUCCUGGCCUGACGGCUCCUCCCCCUCCUUAAAAGGGGCAGGUUCAGGGGCCCGGUGCUCUUCCUCCCUUCCAUGCACCCCCAUGCCCAUUUGCACAGCUGCCCAGGUACCCCUAACAGUGGGGAGGGGUCACAGGGAGGGGGUAGCGGGACCAGUCCCUGUUAUCUAUUUAAAAAGUGAUGAUGUAAUAUAUUGGGGUGGCGGGGAGAUCGGGUUGUCCUGGGCCUCAUCUUAGCAUUUCAGGUGAUGGGGGGAGCCCAGGGCUGGGGAGACCUGGGGCCCAGCCCCAGAAAGUGGGGACAAUGUGGCCUCCCUUCUCCCUACUUUCGGCUUUCCCAGUCAGUGCCUUAGGGGGAGAGGCACUCCCCCCCUCCUAUUCCCUUCCCCCCACCCCAACUCCCCCACCUCGGGUGUAAGCGACAGGAAGAAAUAAUAAUAAUUUAAGAUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1679.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1746.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 1263.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((..(((.((((...((.(((...((((((..(((..(((..(((((.((..(((((.(((((((((((((((......)).)))))).....((((.......))))(((((..((....))..))))).((((((((.(((..((((((..((((((..(((.((.(((((((......((((((((((....(((.((((((((((.(((((.((((..(((((((...((((((....(((((.((.((((....((((((((((((.(((((.(.(((((..((((..(((....)))...(((((......)))))...(((....)))((((...(.((((((.....).))))).).))))))))..))))).)...)))))..)))....(((.(((((((.............))))))).)))(((((.((....((((((.(((((.(((....)))..)))))..)))))))))))))...))))))))))))).)).))))))))))).))))))).((((((.(((..(((((.((((.....((((((..((((..((..(((......)))))..)))))))))))))))))))..))).(((((((.((...((.((((((...)))...)))))...)))))))))...((((((((((.....((((.((..((((..(((.((.((((.(.(((((...))))).).))))....((((.((.(((((.(((((.((.((((...)))).)).).))))))))).))...))))((..(((((...(((((((.............(((((..........))))).((.((((((.(((((((((((((((((((..(((((((..(((((((...((......))...))...)))))....))..........(((((((.(.(((((((..((((((((.(((((((..(((...)))..)))).)))))))))))..))))))).)..))))))).((((((.((((((......((((((((((...))..((.(((((((((...(((((.(..........).)))))..))))).)))).)).....)))).)))).....)))))).)))))).)))))..)).))))))))))))...(((((((.(((.((((((((((((((.(.(((((.......))))).).))))..)))).....)))))))))..(((((....)))))..........))))))).......(((.((((......)))))))((((((((...((((.....))))(((......))).))))..))))(((((((((..((((((((...((......))....))))))..))..))))))))))))))..))))))..)).))))))))))))..)).)).)))..)))))).))))..))))))))))....)))))).(((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((.......(((....)))((((((((((((......)).)).)).))))))......(((....)))..(.(((....))).).((((.(((((..((((.......)))).))))))))).......((((..((((((.(..((......((((...(((.((((((((((((((((((((.((.....(((((((((.(((((.....((.(.(((((.(((((((.((((.......((((........)))).....(((((..((((((((..(((....)))...))))))(((.((....)).)))))...)))))..............)))).)))))))))).)).).))......)))))..))).))))))...)).))))))...(((.(((....)))..))).((((((((((.(.(((((........((((((((.((((.....)))).))))))))((....))((((.(((.........(((((((..(((((((.((..........)).))))))).)).)))))........))).)))).(((((.(((((.(((((((...)))))))...(((((((.....)))))))(((((((.......))))).))))))))))))..((((((((....)))..)))))..)))))).)))))))...)))..)))).....)))))))))))))..))))..))..)))))))..)))).........))).)))))).))))))))).)))))))......((((((.(((.(((((.(.(((((......(((((((((..((........))))).))))))......))))))))).)).))).))))))..(((((..(((..((((((.............((((((((((((((.......)))......)))))))))))))))))..)))..(((((.(((((((.((((.((.(((((.(((((((((..((((.....))))..)))))))))(((((.((.((((((((.((((((((..(((((((.............)))))))..)).((((.(((((((...(((((((((.(((((.((.(........).)).))))).)))))))))...))).)))).)))).)))))).))....)))))).)))))))......))))).....((...((((((.((.......)))).))))...)))))))))))))))))))))))))))))))).)))).)..)))))))))...)))).)))))..((((((((..((((.((((.(((.((((.((((((....))).)))..)))).((((((((.(((.(((((((((((((....((((((..((((....(((.((((.(((.......))))))).)))((((.((.((....)))).))))..)).))..))))))))))))).))))..)).)))))(((..(.((((((.(......).)))))).)))).((((.(.((((...)))).).))))(((((......)))))...))))))...((((...))))...))).)))).))))..).)))))))))))))..))))(((((((......)))))))......)))....))).)))))))(((((.....)))))......(((.((.((((...........)))))).)))))))))).)).)))..)))))))))))).)))..))))))))(((((.......)))))))))))).)))))..)).)))))))))))..))).)))((((((.(((......)))......(((.(..((((((..(....)..))))))..).))).))))))...((((....)))).((((((..((....))..))))))........(((((((((.((((((((.(((((......))))).)))...((((......((((.(((((((((.((((.((((((((...((((((((((((((.....))))).)..)).))))))...)))))))))))).))))))))).))))))))....(((((((.....))))))).............)))))))))))))))))))...)))).)))....))................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((..(((.((((...((.(((...((((((,,((,..(((,.{((((.({..(((((.(((((((((((((((......})}}))))).|{{,({{{.....,.))))|||{(.,({....}}..})))).((((((((.(((..((((((..((((((..(((.((.((((((((.,...,{{({(((((,,,,((({{(,{({{{{{.{{(({.(((({,{((((((,,.((((((.,..(((((.((.((((....((((((((((((.(((((.(.(((((..((((..(((....)))...{((((......))))}|..(((....))),(({,{,(.((((({,,...),)))))..,))},))))..))))).)...)))))..)))....(((.(((((((.............))))))).))){((((.((....((((((.(((((.(({....}))..)))))..)))))))))))))...))))))))))))).)).)))))}||}}},|||||}|.{{{(((,(((,,(((((.((((.....{(({{({,{{{{{{({..(((.....,}},,}..,,))))))}})))))))))..})).{{{(({{,({...,{.(((((({,,|||,{,||||}...}|||||||}...((({((((((..,{{(((({(({{(((,..,{|,{|.(((|,{|(((({...}||||||,|}}},,.,({((.{(.(((((.(((((.((.((((...)))).)),},}}))))))),},.},))))||,,{||{|...{{((({,..,.|||||...,,((((,,{{{{{,,,},,||{{{{{{{{||.,((((((((((((((((,((((,((,.,..(({,,(({,....}}}},}}..{((..((((((.((.,........)).))))))..))}((((((..(((((((({(((((((..(((...)))..)))).)))))))))))..)))))).)).}}))))))}||||||,|{((({..,,..(((((((({,...}}..{{.(((((((((...(((((,...........).)))))..))))).)))).,}.....)))).)))),....}))))),}}}},},))))|||||,|}}|||||||||,,{{((((({,(((.((((((((((((((.(.(((((.......))))).).)))}.,)))).....)))))))))..(((((....|||||...||}}}}})),||||........}|}}({(,((,.{{{,((((((.,(,...,}|.))))))...})|,|}},,,.,},....,{{{|,|(((((((,,.,||||,|||.}}||.{{{{{..|.{{||||||..,,..)))))))),),)))},}|||||,.,|.|||}}}}||},|,.,,.|||},,..}}},,,,||||,,||},,}||||,.|||||||,.{{{,{|{{|}|.||{|||{{{{{||||||{|||||||{{.|{{{{{{{{.......,{{,,..)}|{{{{{((|,,,|,}}}..}}.)}})),))))))},....(((....)))..|,|||..,.))),}.((({{(((((..((((.......)))).))))))))).......{|{{,,{{{{||.|..,,}.,,..{|||,,.|||.,{{{((((,,((,,((((((.((.....(((((((((.(((((..,,.((,{.(((((.(((((((.((((....,..{{((......,,|}||.....||{||,.,,((((((..((,....,}),..))))))(((.((....)).))).},..||||}..........,,,,)))).)))))))))).)).).))..,,..)))))..))))))))))...)).))))))...||{.||||...})),,))},|||||||||{,|,|||,||,......||||||||,|||||||,.,||,||,,|||||}|..,,))||,,}|||,,,,|}}}}||{|||{{.{{(({{{.{{..,,,.....)).,}})))}..}})))}|{{{,...|||||,,,.,||||||((|{{,(((((({...}))))))...,{{{{{,,,||,|}||},|(((((((.{{{..{||||{{..,,,,))))))).((((((({....}))..)))))...,}}))}))))))),..)),,})))),,...,}|||||||||||{.,||,......,)),,))}}))))}}}..},.}))))))))}}.))))))))),,))||}},.,{,.,{|||||{{|||||{{,{.{{{||||||||||||{{||{|,{{........}||}}.,,,,,,,}|,||))))}||}},,,}))}})))}})||(((((..{((..((((((,{{,....,}.,,((((((((((((((.......)))......)))))))))))))))))..))),,|((((.(((({{(.(((({,{.(((((.(((((((((..((((.....))))..))))))))}(((((.((.((((((((.(((((({(..(((((((..,..........)))))))..}}.((((.(((({(({..(((((((((.(((((.((.{........).)).))))).))))))))).}.))).)))).)))).)))))).)),...)))))).))))))).,,,,.)))}).,..,((,..(((({(.((,{,.,||}|}}||}}}||,}}|})}))})})))}))))||||}}}}||||}.}))).,..)))}))))}..,)))}.})))),.{({{{{{{..{{{||{{{{,{({,{{((,((((((....)))}})}..})}}.{(({((((.{((|{{((({(((((({...|((((((..(({{...,(((.((((,({{,....|.})))))).)))((((.{{(((....)))).))))..}),}}..))))))))))))).)))|,,||,||||}(((..,{{((({{.{.,.,,,}}}))))),}))),|{((.{,{{{|,..}}}).}.)))}(((((......)))))...})))},...|||{...,})),,,))),)))).}}}}.,)}})))))}|||||,...((((((((((......)))))))})))..,))},,.,,|,}|||||}(((((....}))))).}}}},||,|||}}}}|}.}}}}}},,}))))}}))))))))))).)).)))..)))))))))))).)))..))))))))(((((.......)))))))))))).)))))..)).)))))}})}}),,}||.|||((((((.{{(,,....|}}....,,{{{.{{,((((((..(....)..)))))).,).))).)))))).}}||{{,,.,))))||(((((.,({....,}..)))))}........{((((((((.((((((...(((..,,(((((({{((.{(({{.({{,...}})),}))}}|)})))))))||(((((((.((((((((...))))))(((((((((((.,,.{.({...))},}.))))))))))))),)))))))}},...,,...,((((({(,,...)))})))}},..,...)))))))))))))))))})))})...)))).)))....)).....,,,..............,,....}},.
Back