Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001377514.1
Sequence Length
3617 nt
GC Content
0.4714
CCUUUCCUCUCAGUCCUGCCAUCUAGCUGCCUUGGGUCUCGCGCUCCGCAGAGCGUUCCGACACUCUCCGGCCUCGUUCUGCCGCCUCCGCGCGCUCUCCCCGUGCGGCCACCGCGCCCCCCAAGCUUGCCUCCUUCUUGCCGGACUUGGGGCCGCGCGCCCUGACUCCUUCCCCUCCCGCGGACCCGCGCACUCCCGGCGCGGCCUCUCCCCCACGCAGGCCACCGUGCACUCUGUGGCCUCCCCCUCCUUCCCCGCUCUCCUCGCGCUUCUCUGGCUCCCUAGCUGUCGCGCUCUCCUCGGCGAGCGCGCUCCCGGCCCGCGCGCUCCGGGCUCCGGUUUCUCCCGGCUCCUGUCAGUGCGGUGACUGCGCUGGGAAACAUGGCGACCGAGGGAAUGAUCCUUACUAACCACGACCAUCAAAUCCGUGUCGGAGUCCUUACAGUGAGUGAUAGUUGCUUCAGGAAUCUUGCAGAAGACCGCAGUGGGAUAAAUCUCAAAGAUCUCGUACAAGAUCCUUCUUUGUUGGGUGGGACUAUAUCAGCAUACAAGAUAGUACCAGAUGAAAUAGAAGAAAUCAAGGAAACCCUGAUAGAUUGGUGUGAUGAAAAGGAACUUAAUUUGAUAUUAACAACUGGAGGAACAGGAUUUGCACCACGAGAUGUCACUCCAGAGAAAUUCCCAACAUUCCCAUUUUGUGGGCUCCAGAAAGGGGCCACAAAAGAAGUAAUAGAACGGGAAGCACCAGGGAUGGCCCUGGCAAUGCUGAUGGGAUCACUUAAUGUUACACCUCUGGGCAUGCUCUCUAGGCCUGUAUGUGGAAUCAGAGGGAAAACGCUCAUAAUUAACCUGCCAGGUAGCAAGAAAGGAUCUCAGGAAUGCUUUCAAUUCAUACUGCCAGCUCUACCUCAUGCCAUUGACCUUUUACGUGAUGCCAUUGUAAAAGUAAAGGAGGUGCAUGAUGAACUUGAAGAUUUGCCUUCCCCACCUCCCCCUCUUUCCCCUCCUCCUACUACCAGCCCCCAUAAACAGACAGAAGACAAAGGAGUUCAAUGUGAGGAAGAGGAAGAAGAGAAGAAAGACAGUGGUGUUGCUUCAACAGAAGAUAGUUCCUCAUCACAUAUAACUGCAGCAGCCAUUGCUGCCAAGAUUCCAGACUCCAUCAUUUCUCGUGGUGUUCAGGUGCUCCCACGAGACACAGCCUCCCUCAGCACUACUCCUUCAGAAUCGCCUCGUGCUCAGGCUACAUCUCGCCUCUCUACAGCUUCCUGCCCAACACCAAAACAAAUUAGACGGCCGGAUGAAAGCAAAGGAGUUGCUAGUAGAGUUGGAUCCCUCAAACUCCACUCUAGAUUGGAAGGGCUUAAAGAUGAACUCUGGAGGAAUAGAGGCUACGACUUAAGAGUCCAGUCCAGGUGCAGCAGCAAGGAGAACAUUCUCAGAGCCAGUCACAGUGCUGUCGAUAUCACCAAGGUGGCUAGAAGACAUCGCAUGUCUCCUUUUCCUCUGACAUCUAUGGACAAAGCCUUUAUCACAGUCCUGGAGAUGACUCCGGUGCUUGGGACAGAAAUCAUCAAUUACCGAGAUGGAAUGGGGCGAGUCCUUGCUCAAGAUGUAUAUGCAAAAGACAAUUUACCCCCCUUCCCAGCAUCAGUAAAAGAUGGCUAUGCUGUCCGAGCUGCUGAUGGCCCAGGAGAUCGUUUCAUCAUUGGGGAAUCCCAAGCUGGUGAACAGCCAACUCAGACAGUAAUGCCAGGACAAGUCAUGCGGGUUACAACAGGUGCUCCAAUACCCUGCGGUGCUGAUGCAGUAGUACAAGUGGAAGAUACCGAACUUAUCAGGGAAUCAGAUGAUGGCACUGAAGAACUUGAAGUGCGAAUUCUGGUGCAAGCUCGGCCAGGCCAAGAUAUCAGACCCAUCGGCCAUGACAUUAAAAGAGGGGAAUGUGUUUUGGCCAAAGGAACCCACAUGGGCCCCUCAGAGAUUGGUCUUCUGGCAACUGUAGGUGUCACAGAGGUUGAAGUUAAUAAGUUUCCAGUGGUUGCAGUCAUGUCAACAGGGAAUGAGCUGCUAAAUCCUGAAGAUGACCUCUUACCAGGGAAGAUUCGAGACAGCAAUCGUUCAACUCUUCUAGCAACAAUUCAGGAACAUGGUUACCCCACGAUCAACUUGGGUAUUGUAGGAGACAACCCAGAUGACUUACUCAAUGCCUUGAAUGAGGGUAUCAGUCGUGCUGAUGUCAUCAUCACAUCAGGGGGUGUAUCCAUGGGGGAAAAGGACUAUCUCAAGCAGGUGCUGGACAUUGAUCUUCAUGCUCAGAUCCAUUUUGGCAGGGUUUUUAUGAAACCAGGCUUGCCAACAACAUUUGCAACUUUGGAUAUUGAUGGUGUAAGAAAAAUAAUCUUUGCACUACCUGGGAAUCCUGUAUCGGCUGUGGUCACCUGCAAUCUCUUUGUUGUGCCUGCACUGAGGAAAAUGCAGGGCAUCUUGGAUCCUCGGCCAACCAUCAUCAAAGCAAGGUUAUCAUGUGAUGUAAAACUUGAUCCUCGUCCAGAAUACCAUCGGUGUAUACUAACUUGGCAUCACCAAGAACCACUACCUUGGGCACAGAGUACAGGUAAUCAAAUGAGCAGCCGUCUGAUGAGCAUGCGCAGUGCCAAUGGAUUGUUGAUGCUACCUCCAAAGACAGAACAGUACGUGGAGCUCCACAAAGGCGAGGUGGUGGAUGUCAUGGUCAUUGGACGGCUAUGAUGGUCACCAGCAGGAGAAAGCUUUGAUGCAUGUCCACAUAUCAUUGACUGUAUCCUGUAAUAUGCAACGGCACAGCUAGUUUUCCCGAUUUGGAUAAAAGUUGAUCUGUAUAGUCAACAUCUUGAACUAUAUUUCAAAUGAAUUUAAAUAUCUUUUAAAGAAAAAAACACCUAAAAAUAAAUCUUAACAGAAAAUUCUGUUCUGAUUAUAUCAAGGCAAAUUUUUCCUUUCUUGCAAAUUGCUUUGUGUGUUCAAUGCUAGGUCUGAUAGCGAUAGCUUUUAGUAGACAGCGGUAGGUGCCUGCAGAACUUGUGUUUUUCUCAUCUUUAAAAUACAACUACUUAUGCUCUUAAAUCAAGGCUGUCUGCUUAUUUAUACUAGCGUAGGCAACACUUGGAUUUCCCUUCUUAGUAUGCUUCAUAACUGCUUUACAGAGAGCUUUUGCUUGUUCUUUCUCAUGUAUCUCGUGUUUAUGUGCACAGUGCCAAAAGAAGACUGACUGGGUGGAGGCUCUGCCUUGCCUCAAGAACCAUCCCCUGCAGAGCAUCCAGGGAGGUUUCUCGCCCCAAUAGCCUCACGGCACAGUACUCUUGGGCAGUAACUGGACACCUUUUAUUUGAAGAAACAAACUGAAGAAAAAAUGCUUCCUUAAGUGCUGACAGCCUUUUUAACCAAUACAUUUAAAAUUGUACAGAACAAAAAAAUAAAAUCAAAGACUGAUCUUGUACAGAUAUUAGUGUUACCAGCAUUCAUGUGGAAAUCAAGAGCAAAGACAAAAUAAUGUUAAACAAUUCUGUACCAUAACAUUUUCUGUAAUGAUACUGAAACUUAAUGAAUAAAAAAAUUCCUUGAUCAUUAUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1066.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1133.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 1033.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((.(((..(((((.....(((..((((((.((((....((((((((..(((........)))...)))))))).....(((((((.......)))))))....(((((.(((((((((.((.........)).)).)))))))..)))))...................)))))))))).))).(((((((((((..............(((((((.(......).)))))))..............((.......))(((.....)))......((((.(((((((.(....).)))))))....))))((((((....((((..((((......))))..))))...))))))...)))))))))))...)))))))).)))))(((((((...........((((.((((..((..(((.((....)).)))..)).)))).)))).(((((..((((((((((((((((((.(((((....)))))...((((.((((((((((..((((((((((..(((.((...(((((((..(((.......(((((((((....((((((...(((....(((..(..((((((((((((...((((((...((((..........((((((..(((...((((.....)))).)))..))))))....................((((((((.((((.....))))))))))))(((((((((..((((((((((((((((....))))))...))))..(((((((.(((..((((((.(((((((((((((...........))))))....)))))))......((.............))...))))))...))))))))))((((.(((((((((((((..(((.(.((((...(((......))).((((((((((....)).))))))))....)))).))))..))))).))))))....)).)))).....)))).((((((..((((.((((((....(((.((.....................)).)))....)).)))).))))..))))))..........))..)))))))))..))))....)))))))))))))))......((((((.....)))))))))..)..)))..)))...))))))...(((((((((..(((((((.(((((......((((..((((((..(((((((((...((((.(....)))))..(((((.((((.((((...(.(((.(((.....................))).))).)..(((((.....)))))..((((((.(((..........)))))))))...)))).))))....)))))...)))))))))(((((((((..((((....))))..((((((((((((.((.(((((((.(((.....((.....))...(((.((((..((((((....)))).))...)))).)))))))))))))...))))).))))..)))))..))))))))).........((((....)))))))))).)))).......((((.........))))...(((((((((.((((.((...(((((...((((.................((((((.((((((((......((((..(((((((.(((((.(((......))).)).....((((((((((((....)))))..))))))).......))).)))))))..)))).(((..((...))..)))((..((((.(........)))))..)))))))))).)..........)))))...((((.(((........((((((.....(((((...........)))))....))))))..))).))))...((((((((((.((..(((.((................)).)))..))))))))))))..(((..(((....)))..)))...((.((((((((((((((.((((.((((....(((((((...........((((.(((.((((((((((((.((......)))))).))))..))))))).)))))))))))))))(((((.((((((((..(((.((((((.......(((((((.........((((((((.....))..((((((((((((.((((((((.(((.((((..((((((......(((((((.....))))))).)))))).(((((((.......))))))).)))).....(((((..((..((((...(((((.(..(((((.(((.(((..(((((((..(((((((((..(((((((((((((...))))))....)))))))...............))))).))))..))).))))..)))..)))..)))))..)))))).))))...))..)))))))).)))))))))))...(((((((((((((((((((...(.((((....)))).))))))))...((((((((....((.(((..((((.((........)).))))))).)).....(((((...))))).......(((((.....))))).(((..(((.(((....))).)))..)))............(((((((((((((.((((.(((.(((((.....(((((..((....(((((...((......))...))))).....))..)))))..)))))..))))))).))))))))))))))))))))).....((((((...(((..((((..(((....)))))))..).))...))))))....))))..))))))))......(((......)))...))))))))).((((((((((....))).)))))))(((....)))((((((.....))))))....................((((..((((((....))))))..))))....((((((((...................)))))))).))))))..)))))))......)))))).)))...((((((((((..((((.((.((.((...(((((((((..........)))))))))...)))).)).)))).......))))))))))...........((....))....))))))))))))).........((..(((((.(((..((((((((((........)))))).....))))....))).))))).))))))))))...))))))))))))((((((((((........))))......))))))..))))..))))).)).))))...)))))))))...(((....)))...)).))).)))).)))..))))))))))))))))))............((((........)))))))..))))))).)))))......))))((((........))))...................))))))..))))))))))))))...((((((...))))))..)))))..............((((......))))..(((....))).........)))))))))).))).))))).......((((......))))...))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{{({(((.(((..(((((...,.{((..{(((((.((((....((((((((..(((........)))...)))))))).}...(((((((.......))))))).,,.(((((.(((((((((.((.........)).)).)))))))..)))))....|..............}))))))))),))}.(((((((((((............{.(((((((.(......).))))))).............{((.......|||{......{{|,....}|||{.(((((((.(....).))))))),...,}}}{{|||{|,,.((((..((((......))))..))))...)))))).).)))))))))))...)))))))).)))))||{{(((,,,,,,.....((((.{{{,..{{.,{||,||.,,.,,.,,)}}))}}))).}}}}.(((((..(((((((((((({{{{{,.(((((....}))))...((((.((((((((((..(((((({(((,.(((.((...(((((((..(((..{{{,.{{(({({{{..,,{{{{((,,.((,...,|||,,,..{{{(((((((({..,((((((...{.,,..,,,,....((((((..(((...{(((.....})),.)))..))))))......(((({.,.,{{{{.(((((((({((((.....))))))))))))...{{..,...}}))))((((((((((....))))))...)))),.|||||{{.{||..||||{({((,((((((((({....,,,{{..||||||{{,.|,}|||}{....,,|}}.......,{{{,,.,}))}}},.{{|||}|||,,,,|||,,|||||{,|||||,.|||,|}|{||...,||}}}}..|},.((((((((((....)),})))))))....||||{||,,..,,,,,.,,||||....,,}))),.}}}})))..((((((..((((.((((((....(((,({.....................)).)))....)),)))).))))..))))))........}})}))))},,{{{{....))}}..)))))))))))))))....,.(((((({...,))))))}}}..}..}}}..}}}.,.}}})}}|.,(((((((((.,(((((((.(((((...{{{((((..((((({..(((((((((...((((.{....}))))..(((((.((((.((({..,(.(((.(((.....................))).))).}..{||{,.,,,,})))}.,((((({{(((..........)))))))))...)))).))))....)))))...)))))))))(((((((((..((((....))))..((((((((((((.((.(((((({,((({{{..,{{{{{.{|...{((.{{,,..||,|||...,})))}),,.,)),,..,,))))))))))...))))).))))}.}))))..))))))))).......,,((((....)))))))))).)))}..,...,((((.......,.}}}||..{((((((((.((((,({...{{(({...{|||...,,.....,.,,|,,{{{{{{.(((({{{{|.....{(((..(((((((.(((,{{(((.{.{{,|{|,||,..,,|||{||,(((((....))))).})))),).)))).,.))).)))))))..)))).{,,..,|,.|||{{||,.,....((,{..}}...,}}||||,||||}}}})).,,.,.....,|)}}}}...||{{.{{{..,,|||.((((((...{.(((((..,.....,..))))).,..)))))),|}}}.}}})|,.((((((((((.((..(((.((................)),))}..))))))))))))..{((..(((....)))..))},,,,|.(((((((((((((,,((({.((((....(((((((...........((((.(((.((((((((((((.((.....}},)))}.))))..})))))).))))))))))))))){((({{{{((((((..{((.{(((({.......(((((({......,,.{{,(((((.{{{{{{..{{{{{,,{(((((.,(((.....)}}))))}},|{{||...,,,{({((((,,.,,|)}}}||,|||},},|||||||..,,,,.}}}))))})}))}{{{|||},,(((({,,,{{,,,.,,...(((((((((({{{({{(({{.,,||}.||||{|{{{..{{(((((((((((,,.},,,||{{{.||||}||......,,)}}}.,})))}}..,,.((((((((({.......)))}})))))).})))))})))}}}.,,}},}))}).))))))).........((((((((((({(((((((...(.((((....)))).))))))))...((((((((...(((.(((..{(((.((........)).)))))))(((((({..,((({{.{|||,...,...{{{|{...,,))}}}..((((((((((({{{{{.,.{{,,.|||.,((,.{{|,...,})|}|}}}},{{|{|}.{{{||,||...}.|||||,.}||||..{{{{{.,,{|......))..,|||,}..}}})...,,))))))))))).,,}})))))..)))))))))))))))))).....((((((...(((..(((({.,((....}})))))..).))...))))))....))))..)))))))),}}}))))))....})))},.,}}||||,,.((((((((({....}))}})))))),||,,..,,,|{{{{{.....}}}}}}|,........|,,.....,.((((..((((((....))))))..)))),|,.{((((({{.|||,,.,......}.}}})))))))),)))}}}..})))))}...|,.|))))}.)))...{(((((((((,,({({.{{.|{,{{...(((((((((..........)))))))))...}}},,)).}}}}.....,,)))))))))).,........,{{,,.,)}....))))))))))))).....,,.,({..{{{{{,,||..{{{{((((((....,,..}}}}}}},,|.||}}...,}}},}}}}},)})))))))),..|)))))))))}}|||{|(((((........)))))..,,.,|.}}|,.})))..))))).)),))))...))))))))}...{{{....)))...)).))).)))).))),.)))))))))|||}}}|}}......,,...,||||......}})),,)))..))))))).)))))...,.,))},{(((........)))}...................))))))..))))))))))))))...{(((({...}))))}..|||||......,,{,....{(({......}))}......,,,}}|.,,,},,,,)))))))))).))).)))))...,,{.(({(......}}}}.,,))))))).........
Back