Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378076.1
Sequence Length
1485 nt
GC Content
0.6310
AGAUCCCAGGAACUCCGUGCCGGAGACGGGAAGAGAGGAUGCCUAGGGCCCUAAAUGGAAAGGCCAGAGCUGGAGACCUAGCACCCAGAAGAUGAGACCGCAAUUCGAGAAUCAAAGGGCCGGGAGCGAUGGCCUCCCUCCCUGACAUGGAGAGUAACCUGUCUGGCCUGGUGCCUGCUGCCGGGCUGGUGCCUGCGCUGCCACCUGCUGUGACCCUGGGGCUGACAGCUGCCUACACCACCCUGUAUGCCCUGCUCUUCUUCUCCGUCUAUGCCCAGCUCUGGCUGGUGCUUCUGUAUGGGCACAAGCGUCUCAGCUAUCAGACGGUGUUCCUGGCCCUCUGUCUGCUCUGGGCCGCCUUGCGUACCACCCUCUUCUCCUUCUACUUCCGAGAUACUCCCCGCGCCAACCGCCUGGGGCCCUUGCCCUUCUGGCUUCUCUACUGCUGCCCCGUCUGCCUGCAGUUCUUCACCUUGACGCUUAUGAACCUCUACUUUGCCCAGGUGGUGUUCAAGGCCAAGGUGAAGCGUCGGCCGGAGAUGAGCCGAGGCUUGCUCGCUGUCCGAGGGGCCUUUGUGGGGGCCUCGCUGCUCUUUCUGCUGGUGAACGUGCUGUGUGCUGUGCUCUCCCAUCGGCGCCGGGCACAGCCCUGGGCCCUGCUGCUUGUCCGCGUCCUGGUGAGCGACUCCCUGUUCGUCAUCUGCGCGCUGUCUCUUGCUGCCUGCCUCUGCCUCGUCGCCAGGCGGGCGCCCUCCACUAGCAUCUACCUGGAGGCCAAGGCGGACCUGGUGAAUGACCUGGGGAACAAAGGCUACCUGGUAUUUGGCCUCAUCCUCUUCGUGUGGGAGCUACUGCCCACCACCCUGCUGGUGGGCUUCUUCCGGGUGCACCGGCCCCCACAGGACCUGAGCACCAGCCACAUCCUCAAUGGGCAGGUCUUUGCCUCUCGGUCCUACUUCUUUGACCGGGCUGGGCACUGUGAAGAUGAGGGCUGCUCCUGGGAGCACAGCCGGGGUGAGAGCACCAGUAUGUCGGGCAGUCUAGGCUCUGGGAGCUGGUAUGGUGCCAUCGGGCGUGAGCCGGGCUGGUAUGGGGGCAGCCAGACGAAGACCACUCCUCUGCUCUUCUCCCAGGUGCCAGGACCAGGCGGCCACCACCACAGUCUCUACUCCACCCCACAGACGUGAUCCCCCUCCCUCCCCCACAGAAUACCCAGGCCCCAGUCCCCCUCACCCUAGGCCCCUGUGCCAAGUUUGUCUGCCGCUUCUUGCCCAGGAUCCUGGGGGUCGUGGCUACCCCCUCCUCUGGCCGGCUCCUUGCUGCUCCUGUCAUAGUGAGCUUGUGCCGUCCCCCUAGGAUGGGGGGCAUGGCCCUGGCUGCCAGAUGCCCACAGCACCCUGGCAUGACCUGCCACCUCUGCUUCCACACCGGAGCCAGCUACCUCUCCUGUGCCUGCCACUCAAUAAACAGUGUCUGCGCCCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-603.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -630.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 354.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((.(((((...)))))..((.((((((((((((.((((((((..........((((((((((((.(.(.(((.((..((((((.(((...................((((..((((((....).))))).))))((((.((.......)))))).(((..((((...((.(((((((....))))).)).)))))).)))........(((((..((((..............))))..))))).))).))))))..))))).))))))))))))))((((((..((...(((((((.(((.(.((((....(((.((((.....(((((............)))))((...))....)))).)))((((...........))))....(((((.((.....)).))))).....(((.....)))......(((((.((.......))..))))).((((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).)))))))))))))))))))(((..((((((((.(((((((((((..(((((.((((...))))....))))))))))))..))))..))).)))))..))).)))).)))))))))))...))..))))))((((...)))).))))))))..))..))))((((.(.(((((..(((.....)))..))))).).))))..)))))).))((((((((..((......)).))))))))((((((...((((.((((((.(((((...((((.((((.((((...(.(((.........)))))))).)))...).))))...)))))..).))))).))))..((((((((......)))))))).(((((..(((((.(((((((....((((((.(((((((.(((.(((.....)))))).)))....).)))..))))))............))))))))))))..))))).))))))...))))))))........(((((((((.(((...(((....(((((.(((((....((((((((((..(((((....(((((((((((((.((((...(((((.(((((((((((((.((......)).)))))(((((((..((.((.(.(((((((......(((.((((..............)))))))................(((((....((.(((....((.....))...))).))...)))))............)))))))...).)).))..)))))))))).))))).)))))....)))))))))))...((.(((((((...))).))))..))((((((((((((...))))))).))))).((((...))))))))))...))))).(((((.....)))))........(((.....)))))))))).)))..)))).).))))).....)))....)))))).))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.{((((((..,,.,({((,((((,.(((((((({((,,((.,(((((((.....}}...((((((((((((.(.(.(((.((..((((((.(((...,,....,,........((((..((((((....)}})))).)))){{{{.({.......)})})),(((..((((...((.(((((((....))))).)).)))))).)))}.,,,...(((((..((((.,{.......,,..))))..))))),))).))))))..))))).)))))))))))))),((((....||,,{||||{,{,(({((.,,....,|||}|{}|,.,..{||{{.,,}...,..,,))))))))))),)),}}.,,}}}}}||},.||,......}}},..}}}},.)))).....,}}))))}|,,..{{{{|{{.|||..,...{((((.({.......})..))))).,{((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).)))))))))))))))))||(.({{((({,,,.}}.|}}||,}}},.{|||..}}}})))))))...{(((((((({{.(((((((....((((((((..(.((((.((.(((((((({{({{{..((({(.((((.,,}}}}.)}))),.||.{{..{.{,((((.,.(((((.,(((.....)))},))))).),)))}.,.,....)).((((((((..((......)).))))))))((((((...((((.((((({.(((((...((((.{(((.((((...{.(((.,....}..)))))))).)))..,}.))))...)))))..).))))).))))..((((((((......)))))))).(((((..(((((.(((((((....((((((.(((((((.(((.(((.....)))))).))}...,)}}))..)))))).......,)...))))))))))))..))))).)))))).,,,..}))))))))))))).)))).)..)))))))).,..))))))}..||||,..(((((({(((..(((((....((((((((((((({((((...(((((.(((((((((((((.((......)).))))){((((((..((.((.{.{((((((......(((.((((..............)))))))................,,{{{........((|,,|,|....,|,..,|||,))..,))),),,.,|...},..))))))}...),)).))..)))))))))).))))).)))))....)))))))))))...,{.(((((({...})).))))..},((((((((((({...})))))).))))).((((...))))))))))...))))).(((((.....)))))...,||,|{{{.....))))))))}).)),,,}},|{||,,|.((((........)))).,.))}))))))}
Back