Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378081.1
Sequence Length
1742 nt
GC Content
0.6504
AGAGACCGAGGGACGGGAAUCCGUUGCCGCCCCCGGCCGGGCGGCACGACCCCGAUUUGGGUAUAGGAGAGAGGAGCGUGGGAACUGGCGGACCCCCAUACAAGUAAAGGCGGGCGGCACGGGGCACGGCCCACCCGGGGACCCCCUGGAUGCGGCACGGCCCCCGCAACUCGGCCGCCCUCCUGCCGCCUCCCGUAACCCCGGGCGCCCGCCAGCGGCGCAGCUCGCGCCAAUUCUCGCCUCCCUCCCUGACAUGGAGAGUAACCUGUCUGGCCUGGUGCCUGCUGCCGGGCUGGUGCCUGCGCUGCCACCUGCUGUGACCCUGGGGCUGACAGCUGCCUACACCACCCUGUAUGCCCUGCUCUUCUUCUCCGUCUAUGCCCAGCUCUGGCUGGUGCUUCUGUAUGGGCACAAGCGUCUCAGCUAUCAGACGGUGUUCCUGGCCCUCUGUCUGCUCUGGGCCGCCUUGCGUACCACCCUCUUCUCCUUCUACUUCCGAGAUACUCCCCGCGCCAACCGCCUGGGGCCCUUGCCCUUCUGGCUUCUCUACUGCUGCCCCGUCUGCCUGCAGUUCUUCACCUUGACGCUUAUGAACCUCUACUUUGCCCAGGUGGUGUUCAAGGCCAAGGUGAAGCGUCGGCCGGAGAUGAGCCGAGGCUUGCUCGCUGUCCGAGGGGCCUUUGUGGGGGCCUCGCUGCUCUUUCUGCUGGUGAACGUGCUGUGUGCUGUGCUCUCCCAUCGGCGCCGGGCACAGCCCUGGGCCCUGCUGCUUGUCCGCGUCCUGGUGAGCGACUCCCUGUUCGUCAUCUGCGCGCUGUCUCUUGCUGCCUGCCUCUGCCUCGUCGCCAGGCGGGCGCCCUCCACUAGCAUCUACCUGGAGGCCAAGGGGACCAGUGUGUGCCAGGCGGCCGCGAUGGGUGGCGCCAUGGUCCUGCUCUAUGCCAGCCGGGCCUGCUACAACCUGACAGCACUGGCCUUGGCCCCCCAGAGCCGGCUGGACACCUUCGAUUACGACUGGUACAAUGUGUCUGACCAGGCGGACCUGGUGAAUGACCUGGGGAACAAAGGCUACCUGGUAUUUGGCCUCAUCCUCUUCGUGUGGGAGCUACUGCCCACCACCCUGCUGGUGGGCUUCUUCCGGGUGCACCGGCCCCCACAGGACCUGAGCACCAGCCACAUCCUCAAUGGGCAGGUCUUUGCCUCUCGGUCCUACUUCUUUGACCGGGCUGGGCACUGUGAAGAUGAGGGCUGCUCCUGGGAGCACAGCCGGGGUGAGAGCACCAGUAUGUCGGGCAGUCUAGGCUCUGGGAGCUGGUAUGGUGCCAUCGGGCGUGAGCCGGGCUGGUAUGGGGGCAGCCAGACGAAGACCACUCCUCUGCUCUUCUCCCAGGUGCCAGGACCAGGCGGCCACCACCACAGUCUCUACUCCACCCCACAGACGUGAUCCCCCUCCCUCCCCCACAGAAUACCCAGGCCCCAGUCCCCCUCACCCUAGGCCCCUGUGCCAAGUUUGUCUGCCGCUUCUUGCCCAGGAUCCUGGGGGUCGUGGCUACCCCCUCCUCUGGCCGGCUCCUUGCUGCUCCUGUCAUAGUGAGCUUGUGCCGUCCCCCUAGGAUGGGGGGCAUGGCCCUGGCUGCCAGAUGCCCACAGCACCCUGGCAUGACCUGCCACCUCUGCUUCCACACCGGAGCCAGCUACCUCUCCUGUGCCUGCCACUCAAUAAACAGUGUCUGCGCCCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-754.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -783.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 521.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((..((((((.(((.((((((((((((((......)))))))...((((......))))...((.((((((((((.((((.(((((.(.(((((((((.......((((((((.(.(((((.((((.....((((((...))))))..(((((((((((..........)))))......))))))...))))..)))))).))))))))..((((.(.(((((((((......((((.(((((((......((((..((..((((((((((((((((((((.(((((((....))))).)).))(((((((((((..(((((((..(.(((((((.((((......)))).))....(((.(((((.(.((....(((((((((((((((((((((((((..((((...(((......)))......((((((.((((((((............)))))((...))...((((((...((((...........)))).......((((....(((((((((((((..(((.....)))......(((((.((.......))..))))).((((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).)))))))))))))))))))(((..((((((((.(((((((((((..(((((.((((...))))....))))))))))))..))))..))).)))))..))).(((((((.(.(((((........))))).).)))))))...))))))...(((......)))....(((((..(((.....)))..))))).((((((((((((((((.((((((((..((......)).))))))))))((((((.(((...)))..))))))...)))))).))))))))..))))))).))))..))))))(((((.(((((.((....(((((((((((((((((..........))))..))))).(((........))))))))).))...(((....)))(((((.((.......))))))))))))))))))).((((...(((((....((((((.........))))))..))))).))))..(((((.....((((((((......))))))))..)))))))).))))))))))..)))).....))))))))))))..........((((((....))))))...((((..........))))))))))))))).).))))).))))))))))))))))..))))))..))))))).)))))))...)))))))))..))..)))))))))..))...))))......))))))))).).)))))))))))))).)))))...........)))).)))))))))))).((((..(((((..((.((...)).))...))).))....)))).....)))).))).))).)))))).............(((((.((..(((((((....(((.(((....(((.((........)).))).....))).)))((((((((((...((((.((...(((((.((((((((.....)))).....)))).)).)))...))))))..)))))))))))))))))..)).))))).((((((.(((.....)))..)))))).............(((.((((.....)))).))).....))))..((((..(.((((........)))).).))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,.(((.((((....((,{(((((((......))))))))))..))))....(((((((((((((.((((.(((((({(((((((.,.,,,......,,..{((.(((((((..(((((.(((((((.((((((...)))))).)).))).}}}}))),}......}))))))).)))}}}|||,,||{......,))).),))))))).(((((.....)))))..}))))))))))(((((......)).)}}....{{({(((((((((((((((({((({((({{{{||||,,}|.||(,((,((((((.,(({(((((...{((.,{{.{{{{......)))}.||{{{.{(({((,((...{.,..((((((((({((((((((((((({((..((((.{,((({.{,,,||}..,{{,{(((({.{{,{{{{{.,,|,,.|{.,||||,}|{{,||,{,.{{{{{{...((((...........))))...,{,{(((({...((((((((((({,..|||,,...|||......(((((.((.......))..))))).{(((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).))))))))))))))))))){{(,{(((({{{{,({(({({({{{,.{{{{{,{{{{,,,}|||,,,,|,||||||||||{{||,,..,,,}),)))}},,|.(((((((.(.(((((........))))).).))))))).,.||||||,{{,{{..,.,,|||,...(((((,{(((.....)))}}))))).|{||(({{{{{{{{{|.((((((((..((......)).))))))))|}((((((.{((...})}..)))))),,.)))))}}}))}))))}})})))}}|}}}},,))))))}))},.|||{{.{{{....||,}||,|||||||{........},})))}}.)))}}}))),,}}}))}))})}}|||{|((,.{{{..,,|},..})),....}}}}}}.{|||||}}}.}}))))....,|,,.||{{{....{{(({{...,,....}))))}..}}}}}.,|}||||||,|,....((((((((......)))))))).....}}))),}},))))))),,))))},...})))))))))))..........((((((....})))))..{((((..........))))))))))))))..).))))).}))))).))})),)))..)))))).}))))))).))))))),..}))}))))),..}|||,{(((((((,(({..(((((....((((({((((((({((((...(((((.(((((((((((((.((......)).))))){((((((..((.((.{.{((((((......(((.((((..............)))))))................,,{{{........((|,,|,{,...,|,..,|||,))..,}}),},,.,|...},..))))))}...),)).))..)))))))))).))))).)))))....)))))))))))...{{.(((((({...})).))))..},(((((((((({,...,)))))).))))).{(((...})))}})))}...)))}}.|((({.....))))),}...)))))),.,))))})))}),...)))))))))))))({((((........))))...}}.,)))...
Back