Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378083.1
Sequence Length
1936 nt
GC Content
0.6436
CUCCCUCCUUCGGCCCCGGGGCUCACAUCCUCGCUGCCUCACACCUUGGGCGUGUGUGGGAGCAGGAGAGGGAUUCUCUGGGGUCCCCAUUUGGAACCUGGAGACCCACUUCUGCCAACAAGUCCUUCAGCCCCUCUGGGCCUUAGUUUCCCCCCAGUGAAGUGGGGAUAGUGACAGCUCCCCCGGGAGCCAGUGAAAACUUUGUGAAGGGAGUGAUUACUGCGGGCGAAGGCGCUUGGCACAGCCACAACUGAAGCUCAGCCGUCGGAUGUGAUUAUUGUUGCUAUUGUUACCGCUCCGCCUGGACUGGGUGCCCGGUCGGAAAGUCCCGCUCCCCGCUCCUCCUCCCAGGCGCGGAAGCUUCGCGCCGCCCGCCUCGGGGGACACCUCCCGCGCCAUCUCGGGGGCACUGGAGAUAAGGAAAGGAACCUCCUCCCUGGCUGGGAUGGCUGCCCGGGCGCGGGAGGAGGGCCGGGGACCCGGUGAGGGAGGACCGUAGGGCCCGUGGGGGCUUCACGCCUGGCAGGCGGCCGGCCAGGCCUCCCUCCCUGACAUGGAGAGUAACCUGUCUGGCCUGGUGCCUGCUGCCGGGCUGGUGCCUGCGCUGCCACCUGCUGUGACCCUGGGGCUGACAGCUGCCUACACCACCCUGUAUGCCCUGCUCUUCUUCUCCGUCUAUGCCCAGCUCUGGCUGGUGCUUCUGUAUGGGCACAAGCGUCUCAGCUAUCAGACGGUGUUCCUGGCCCUCUGUCUGCUCUGGGCCGCCUUGCGUACCACCCUCUUCUCCUUCUACUUCCGAGAUACUCCCCGCGCCAACCGCCUGGGGCCCUUGCCCUUCUGGCUUCUCUACUGCUGCCCCGUCUGCCUGCAGUUCUUCACCUUGACGCUUAUGAACCUCUACUUUGCCCAGGUGGUGUUCAAGGCCAAGGUGAAGCGUCGGCCGGAGAUGAGCCGAGGCUUGCUCGCUGUCCGAGGGGCCUUUGUGGGGGCCUCGCUGCUCUUUCUGCUGGUGAACGUGCUGUGUGCUGUGCUCUCCCAUCGGCGCCGGGCACAGCCCUGGGCCCUGCUGCUUGUCCGCGUCCUGGUGAGCGACUCCCUGUUCGUCAUCUGCGCGCUGUCUCUUGCUGCCUGCCUCUGCCUCGUCGCCAGGCGGGCGCCCUCCACUAGCAUCUACCUGGAGGCCAAGGGGACCAGUGUGUGCCAGGCGGCCGCGAUGGGUGGCGCCAUGGUCCUGCUCUAUGCCAGCCGGGCCUGCUACAACCUGACAGCACUGGCCUUGGCCCCCCAGAGCCGGCUGGACACCUUCGAUUACGACUGGUACAAUGUGUCUGACCAGGCGGACCUGGUGAAUGACCUGGGGAACAAAGGCUACCUGGUAUUUGGCCUCAUCCUCUUCGUGUGGGAGCUACUGCCCACCACCCUGCUGGUGGGCUUCUUCCGGGUGCACCGGCCCCCACAGGACCUGAGCACCAGCCACAUCCUCAAUGGGCAGGUCUUUGCCUCUCGGUCCUACUUCUUUGACCGGGCUGGGCACUGUGAAGAUGAGGGCUGCUCCUGGGAGCACAGCCGGGGUGAGAGCACCAGGUGCCAGGACCAGGCGGCCACCACCACAGUCUCUACUCCACCCCACAGACGUGAUCCCCCUCCCUCCCCCACAGAAUACCCAGGCCCCAGUCCCCCUCACCCUAGGCCCCUGUGCCAAGUUUGUCUGCCGCUUCUUGCCCAGGAUCCUGGGGGUCGUGGCUACCCCCUCCUCUGGCCGGCUCCUUGCUGCUCCUGUCAUAGUGAGCUUGUGCCGUCCCCCUAGGAUGGGGGGCAUGGCCCUGGCUGCCAGAUGCCCACAGCACCCUGGCAUGACCUGCCACCUCUGCUUCCACACCGGAGCCAGCUACCUCUCCUGUGCCUGCCACUCAAUAAACAGUGUCUGCGCCCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-844.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -877.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 655.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..(((((.((((((....((((((((((((........))))).))).))))(((((((.(((..((((((((.(((......))).))))))))))).))))))).............))))))...)))))..)).......((((.(.((.((((.((((.((....(((((((((.(((((((..(((((......)))))..)))))..(((((((((((((((((((((.((((.((((.((...))..)))).))))......((.((....)).))......((((((...((((.(((((((((..(((...)))..)))..(((((((((.((((((((...))))))))...((((.((((.(...(((((((.((((((((.((....)).))))).(((..((((...)))).))))))))))).)).).)))))))).))))))))))))))).))))((((((((.((((....(((((.(((((((..(((((.(((...((.((..((((((((....(((((......)).)))......))))))))(((((...((((((((.((((((((((.(((..(((((((((((..(((((((..(.(((((((.((((......)))).))....(((.(((((.(.((....(((((((((((((((((((((((((..((((...(((......)))......((((((.((((((((............)))))((...))...((((((...((((...........)))).......((((....(((((((((((((..(((.....)))......(((((.((.......))..))))).((((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).)))))))))))))))))))(((..((((((((.(((((((((((..(((((.((((...))))....))))))))))))..))))..))).)))))..))).(((((((.(.(((((........))))).).)))))))...))))))...(((......)))....(((((..(((.....)))..))))).((((((((((((((((.((((((((..((......)).))))))))))((((((.(((...)))..))))))...)))))).))))))))..))))))).))))..))))))(((((.(((((.((....(((((((((((((((((..........))))..))))).(((........))))))))).))...(((....)))(((((.((.......))))))))))))))))))).((((...(((((....((((((.........))))))..))))).))))..(((((.....((((((((......))))))))..)))))))).))))))))))..)))).....))))))))))))..........((((((....))))))...((((..........))))))))))))))).).))))).))))))))))))))))..))))))..)))))..)))..))))))))))..)).))))))...)))))...........)).))...))).)))))...........)))))))..........)))))..))))))))))))))))))..)))))))))).........))))).)))))).)).)))))))))..)).)))))))))).).))))..((((((..((.(((((((...))).))))..))((((((((((((...))))))).)))))..((((((((((.(((.....)))..))))))......))))................)))))).............((((..(.((((........)))).).))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,,{,.,,..((((({((((((,,,,{(({(((({{{{{{,.....|||}},}}|.||||(((((((.(((..((((((((.{((......))}.))))))))))).))))))).........,,..,||||,...)))),..,}.....,|||||.|,}|}||||,|,||}|,.|,.{||||||||}||(((,,..|||,,..,.,})))),..,,,,||.(((((,(((((((((((((((,({{,,(((,.(({{{|{{{,|||{,|||,,....{,.,,....)),}},}}}}}|.,|||,|}||||..{}|||(((......)}}.((((((.{(((((((((.((((((((...})))))))...((((.((((.(...({(((((.((((((((.((....)).))))}.(((..{(({...)))).))))))))))).)).}.)))))))).)))))))))).)))))).,.((((((((.((((.,..(((((.({(((((..(((((,(((,,{((,((({(({(((({....(((({......)).)))...,,,)})))))){|{||,,.{|{((({(.((((((((((.(((..(((((((((((.{(({(((((..,{((.,{{.{{{,.....,)))}.||{||.{(({((,((...{.,..((((((((({((((((((((((({((..((((.{,((({.{,,,||}..,{{,{(((({.{{,{({{{.,,|,,.|{.,||||,}|{{,||,{,.{{{{{{...((((...........))))...,{,{(((({...((((((((((({,..|||,,...|||......(((((.((.......))..))))).{(((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).))))))))))))))))))){{(,|(((({{{{,({(({({({{{,.{{{{{,{{{{,,,}|||,,,,|,||||||||||{{||,,..,,,}),)))}},,|.(((((((.(.(((((........))))).).))))))).,.||||||,{{,{{..,.,,|||,...(((((,{(((.....)))}}))))).|{||(({{{{{{{{{|.((((((((..((......)).))))))))|}((((((.{((...})}..)))))),,.)))))}}}))}))))}})})))}}|}}}},.))))))}))},.|||{{.{{{....||,}||,|||||||{........},})))}}.)))}}}))),,}}}))}))})}}|||{|((,.{{{..,,|},..})),....}}}}}}.{|||||}}}.}}))))....,|,,.||{{{....{{(({{...,,....}))))}..}}}}}.,|}||||||,|,....((((((((......)))))))).....}}))),}},))))))),,))))},...})))))))))))..........((((((....})))))..{((((..........)))))))))))))),.).))))).}))))),))})),)))..))))))..)))))..)))..))))))))))..)).))))))...)}}}}..{{,....,....,,...})).)))))..,,}}.....}}}}}},.,........))))),.))))))))))))|||||}..|}}})))}||,..,,....|}},,,}})}})|}}.,))))))}|..}},})}}||||||{{{.,((,{(((,,{..{{.(((((({...,)).))))..}.||||{{{||{.}}}}.)))))}||||||...(((((((((.(((.....)))..)))))).}.}}.))))....,|},,,,,,,..))))}},},.....,,,}})}}}},},||{,........))))}},,)))))},..
Back