Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378086.1
Sequence Length
1923 nt
GC Content
0.6448
CUCCCUCCUUCGGCCCCGGGGCUCACAUCCUCGCUGCCUCACACCUUGGGCGUGUGUGGGAGCAGGAGAGGGAUUCUCUGGGGUCCCCAUUUGGAACCUGGAGACCCACUUCUGCCAACAAGUCCUUCAGCCCCUCUGGGCCUUAGUUUCCCCCCAGUGAAGUGGGGAUAGUGACAGCUCCCCCGGGAGCCAGUGAAAACUUUGUGAAGGGAGUGAUUACUGCGGGCGAAGGCGCUUGGCACAGCCACAACUGAAGCUCAGCCGUCGGAUGUGAUUAUUGUUGCUAUUGUUACCGCUCCGCCUGGACUGGGUGCCCGGUCGGAAAGUCCCGCUCCCCGCUCCUCCUCCCAGGCGCGGAAGCUUCGCGCCGCCCGCCUCGGGGGACACCUCCCGCGCCAUCUCGGGGGCACUGGAGAUAAGGAAAGGAACCUCCUCCCUGGCUGGGAUGGCUGCCCGGGCGCGGGAGGAGGGCCGGGGACCCGGUGAGGGAGGACCGUAGGGCCCGUGGGGGCUUCACGCCUGGCAGGCGGCCGGCCAGGCCUCCCUCCCUGACAUGGAGAGUAACCUGUCUGGCCUGGUGCCUGCUGCCGGGCUGGUGCCUGCGCUGCCACCUGCUGUGACCCUGGGGCUGACAGCUGCCUACACCACCCUGUAUGCCCUGCUCUUCUUCUCCGUCUAUGCCCAGCUCUGGCUGGUGCUUCUGUAUGGGCACAAGCGUCUCAGCUAUCAGACGGUGUUCCUGGCCCUCUGUCUGCUCUGGGCCGCCUUGCGUACCACCCUCUUCUCCUUCUACUUCCGAGAUACUCCCCGCGCCAACCGCCUGGGGCCCUUGCCCUUCUGGCUUCUCUACUGCUGCCCCGUCUGCCUGCAGUUCUUCACCUUGACGCUUAUGAACCUCUACUUUGCCCAGGUGGUGUUCAAGGCCAAGGUGAAGCGUCGGCCGGAGAUGAGCCGAGGCUUGCUCGCUGUCCGAGGGGCCUUUGUGGGGGCCUCGCUGCUCUUUCUGCUGGUGAACGUGCUGUGUGCUGUGCUCUCCCAUCGGCGCCGGGCACAGCCCUGGGCCCUGCUGCUUGUCCGCGUCCUGGUGAGCGACUCCCUGUUCGUCAUCUGCGCGCUGUCUCUUGCUGCCUGCCUCUGCCUCGUCGCCAGGCGGGCGCCCUCCACUAGCAUCUACCUGGAGGCCAAGGGGACCAGUGUGUGCCAGGCGGCCGCGAUGGGUGGCGCCAUGGUCCUGCUCUAUGCCAGCCGGGCCUGCUACAACCUGACAGCACUGGCCUUGGCCCCCCAGAGCCGGCUGGACACCUUCGAUUACGACUGGUACAAUGUGUCUGACCAGGCGGACCUGGUGAAUGACCUGGGGAACAAAGGCUACCUGGUAUUUGGCCUCAUCCUCUUCGUGUGGGAGCUACUGCCCACCACCCUGCUGGUGGGCUUCUUCCGGGUGCACCGGCCCCCACAGGACCUGUAUGUCGGGCAGUCUAGGCUCUGGGAGCUGGUAUGGUGCCAUCGGGCGUGAGCCGGGCUGGUAUGGGGGCAGCCAGACGAAGACCACUCCUCUGCUCUUCUCCCAGGUGCCAGGACCAGGCGGCCACCACCACAGUCUCUACUCCACCCCACAGACGUGAUCCCCCUCCCUCCCCCACAGAAUACCCAGGCCCCAGUCCCCCUCACCCUAGGCCCCUGUGCCAAGUUUGUCUGCCGCUUCUUGCCCAGGAUCCUGGGGGUCGUGGCUACCCCCUCCUCUGGCCGGCUCCUUGCUGCUCCUGUCAUAGUGAGCUUGUGCCGUCCCCCUAGGAUGGGGGGCAUGGCCCUGGCUGCCAGAUGCCCACAGCACCCUGGCAUGACCUGCCACCUCUGCUUCCACACCGGAGCCAGCUACCUCUCCUGUGCCUGCCACUCAAUAAACAGUGUCUGCGCCCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-842.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -874.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 524.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..(((((.((((((....((((((((((((........))))).))).))))(((((((.(((..((((((((.(((......))).))))))))))).))))))).............))))))...)))))..)).....(((((......)))))...(((...(((((....)))))((((((..(((((......)))))..)))))).(((((.(((((((.(((((((.((((.((((.((...))..)))).)))).........((....(((.((((...((((((...(((.((..((.(((......)))..))..)).)))....)))))))))).)))...))(((.(((((((.(((((((.......((((.((((((((((....(((((..(((..((((...))))(((.....)))..(((.(((((((.(((((.((((((((((((((.(((.((((((((...(((((((..(((.((((.(((.(((((((((..(((..((((((((...(((((......)).)))..........)))))))))))..)))))))))))).)))).)))........(((((.(((....)).).)))))....((((......)))).))))))))))))))).)))....((((((((...(((....)))...)).))))))..(.(((((........))))).))))))))))))))).)))))))))))).)))...........)))..))))).....)))))))))).......)))).....(((.(((((....)))))...)))......(((((.((.......))..))))).((((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).))))))))))))))))))).(((((((((((..((((((.(((....(((.....)))((((((((((((((((..(((((((.......)).)))))((((.(((((.((((((......((((((((((.((((((.(.((((.((((..((......(((((...(((((..(((.....)))..))))).))))).........((.((((((((..((......)).))))))))))((((((.(((...)))..)))))).)).)))).)))).))))))).))).)))..))))(((((((((.(((((((((((((((((((((.(((.(((.....(((((..(((((.(((..(((..((((((((((((((...(((.(((....)))..))).......(((..((((((....))))))....)))..(((((....((((((.........))))))..))))).((.((((((.((....((((((((......))))))))......(((.....))))).)))))).))((((.....)))))))))..))))))))).))))))..)))))..))))).))).))).)))))))))))))(((.((.((.(((((.((......)).)))))))...)))))))))))))))).))))))..)))))).............))))))))).............))))))))).......)))))))...........(((((((..((((.(.((((...((.....))..)))).)))))..)))))))))).))))).....)..))))))))))).....((.(((((((...))).))))..))...))))))).))).)))).))).((((...(((((((((.(((.....)))..)))))).).)).))))...(((.((((.....)))).))).........)))))))...............))))))).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{,{{.,...(((((((((({{{{,,{(({((((|{{{{{,.....|||||,|||,||{{(((((((.(((..((((((((.{((......))}.))))))))))).))))))).........,,..,||||,...))))...,,...,,{||||,.},}))))))||.||}|,.|{,{|}}}}))|))}(((....}}}..,.|.}})))),......,(.(((((.{((((({{(((({((,((({.((((.({,..}|,,}|||,}|||......,,.{|....|||,||||}}}(((((({..(((.((..((.(((......)))..}},.)}.}}|..,,}})))}}}|}.}}},}}))|||,|||{{(,{((((({,..,}}}}|{{{.((((((((((....(((((..(((..,(({...}))|(((.....)))}.(((.(((((((.(((({.(((((((((((((({(((.((((((((,..(((((((..(((.((((.{((.(((((((((,,(((,{(((((((,...(((((......)).)))......)))})))),))))))..)))))))))))}.)))).))).|.,.,,,{{{{{.,,{..,,}|,}.|}))}.|,.,{{{.....,))),.)))))))}}}))))),))|{{,.{(((((((...{||,,,.))}...)}.)))))}..{{({,,,..}},...)}}))).)))))))))))))).}))))))))))).)))....,..,,..)))..))))).....)))))))))).,,,,,,|)}}.....(((.(((((....)))))...)))......(((((.((.......))..))))).((((((((((..((((.(((((..((((((.....)))))).))))))))))))))))))),(((((((((((..{(({{{|{||,..||||},,,,|,,((((((((((((((((..(((((((.......)).))))){{((,(((((.((((((......(({(({{(((,((((({,|.((((.((({,,.{,..{.,,((((.,.(((((.{(((.....)))}}))))).)})))|.}.,....|}.((((((((..((......)).))))))))|,((((((.{((...))}..)))))),..})))).)))).))))))).)))}})),,)))){((((((((.(((((((((((((((((((((.(((.,,{.,,..(((((..(((((.(((..(((..(((((((((((((({{{(({.({(....}}}..))).....|,|||{.((((((....)))))).}..}}}..(((((....((((((.........))))))..))))).((.((((((.({....((((((((......)))))))).....,(((.....))))}.)))))).))((((.....)))))))))..))))))))).))))))..)))))..))))).))).))).)))))))))))))(((.((.((.(((((.((......)).)))))))...))))))))))))))))}}))))}..)))))}.............}}}))))))}............))))))))),......,))))))||}|}....,.(((((((..((((.(,{(((...{,.....}}..))))).))))..)))))))},.}})))}.,,,,|,,||}}||}||||.....{{.((((({{...,)).))))..),}}})}}}))}.))),})))}))}.{(((...(((((((((.(((.....)))..)))))).}.)).))))...,|||||||.,,,.||}|},||......,,.)))))}},},||,.........))))))}.)))))},..
Back