Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001378091.1

Sequence Length

1261 nt

GC Content

0.4092

GCCUCUGGAAGGAUCUGGAAUGCACCUGAAGCUCCCAGGACUUGAAGACAGACCUCCAAAGACUUGGAUCAGGUUAAGCAAGAUACAGCAAGAGUAUAAUGUGACAACUUCAGAUGGAGAGUCUUCUAGGCAGAUCCCAAAUGUGGCAGCUUUUAGCAGCAGCAUGCUGGAUGCUUCUUCUUGGAUCUAUGUAUGGUUAUGACAAGAAAGGAAACAAUGCAAACCCUGAAGCUAAUAUGAAUAUUAGCCAGAUUAUUUCUUACUGGGGUUAUCCUUAUGAAGAGUAUGAUGUUACAACAAAAGAUGGUUAUAUCCUUGGAAUUUAUAGGAUUCCACAUGGAAGAGGAUGCCCAGGGAGGACAGAUAGUGGUUAUGACGUGUGGUUGGGGAACAGCCGAGGAAACACUUGGUCCAGAAAACACCUUAAAUUGUCACCGAAAUCACCGGAAUACUGGGCCUUCAGUUUGGAUGAGAUGGCUAAAUAUGACCUUCCAGCCACAAUCAAUUUUAUCAUAGAGAAAACUGGACAGAAGCGACUCUACUACGUGGGCCACUCACAAGGCACCACCAUAGCUUUUAUAGCAUUUUCUACAAACCCAGAACUGGCUAAAAAGAUUAAGAUAUUUUUUGCACUGGCUCCAGUUGUCACAGUUAAAUACACCCAAAGUCCUAUGAAAAAACUAACAACCCUUUCCAGGCGAGUAGUUAAGGUGUUGUUUGGUGACAAAAUGUUCCACCCUCAUACAUUGUUUGACCAAUUCAUUGCCACCAAAGUGUGCAAUCGAAAGCUAUUCCGUCGUAUUUGCAGCAACUUCCUAUUUACUCUGAGUGGAUUUGAUCCGCAAAACUUAAAUAUGAGUCGCUUGGAUGUUUAUUUGUCACACAAUCCUGCGGGAACAUCUGUUCAGAAUAUGCUGCACUGGGCUCAGGCUGUUAAUUCUGGUCAGCUCCAAGCUUUUGAUUGGGGAAACUCUGAUCAGAACAUGAUGCACUUCCAUCAGCUUACACCUCCUUUAUACAACAUUACUAAGAUGGAAGUUCCAACAGCAAUAUGGAAUGGUGGACAGGACAUUGUGGCUGAUCCCAAGGAUGUUGAAAAUUUACUUCCUCAAAUUGCUAACCUUAUUUAUUACAAGCUGAUUCCACACUACAAUCAUGUGGAUUUUUACCUUGGAGAGGAUGCACCUCAGGAAAUUUACCAAGACCUAAUUAUAUUGAUGGAAGAAUAUUUACAAAAUUAAAUGCACUUUACUUUCUCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-318.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -344.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 311.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(.....(((((((.......(((((((((((((.....(((((...(((((((((....)))))...))))..(((..((((.......))))..))).....)))))..))).))).)))).)))))))))).....).)))(((.(((((((......))))))).)))...((((((.....(((((.(((..............))).)))))....(((..(((((((....))))))))))...(((((...((((((((((((((.(.(((.(((.(((((.((...........)).)))))..((((((((...))))))))...(((((..((.((((((..(.(((.(((((((((((.(((((((((..((((((((((((((......)))))).................(((((((((((..((((....((((..((((...(...((.(((..(((((..............)))))...))).((((.((((((.((.((((((((((..((((.....(((.(((((((........))).))))..)))(((((.((((...((((........))))...))))))))).............)))).)))..))))))).))...((.....))..........)))))).))))........))...).)))).)))).....))))...)))))))))))..)))))).))..).)))).)))))))))..(((((((((((....))).))))).))).))))))..))).)...(((((((..(((.............((((((...))))))...(((((....)))))(((..((((................)))).))).((((....)))).)))..)))))))))))))))..((.((((.((((((((((((((((........)))))).....))))))))))..)))))).)))))((((((((............................((((...))))..((((((.(((...((((((...((((((.(((......)))..)))))).....))))))...))).))))))...............))))))))((((((.........))))))....)))))).).))))))).))))))))))))...))))))............((.(((((((((((((......))))))....)).)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((.{.,,..(((((((.......(((((((((((((...,,{((((...(((((((({....})))}..,))))..(((..((((.......))))..))).....)))))}.))).))).)))).)))))))))).....}.))}{((.(((((((......))))))).))).|,,{{{|||||,,,{{{,|{{{.,....,{{,{{..{|...||||....(((..(((((((....))))))))))...,{{{{,..((((((((((((((.{.(((.(((.{(({{..,..,....,.,|}}.,}}||{.(((((((,...})))))))..,{{{{{..{{.((((((..{,(({.(((((((((((.(((((((((..((((((((((((((......)))))).................(((((((((((..((((..{,((((.,{(({...,..,((,{((,.(((((..,........}..)))))...}},.{(((.((((((.((.((((((((((..((,,.....,,,.(((((((........))).))))..}}}(((({.((((...((((........))))...))))})))).,.........,,))}}.|||..}}))))),)).,,||.....,,........}})))))).))),........,,..,},)))).)))},))..)))).,.))))))))))}..)))))).))..).)))),,)))))))),.(((((((((((....))).))))).))).})))))},})).,...(((((((..{{{.,,,,{{..,,,,((((((...})))))...{{{{|,,,.,)))}(((..(((({,...........}}.}))).)))}{{{{..,.)))),)),..)))))))))))))}}..((.{{{,.((((((((((((((((.,....,.)))))).....))))))))))..}}}})).}}}}|{((((({{.......{,,................},||||.,,}}}}..{(((({.|({|..{(((({...((((((.(((......))},.)))))).....})))))}}}}}}.))))))...............}}}}}}|.((((((.........))))))....))}))),}.))))))).)))))))},},,...,}},},..........,,||,|||||,.,{{{{,......}},,)),,.}},.}}}))}....