Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378331.1
Sequence Length
2623 nt
GC Content
0.5661
GAUUCCACCCAGGGCAGGGCUGCUGUGUUUUCUCUGAGGCCAACUUUCAGGGAAAAGAAGGAUCUUGCUGGGAUUUUGCUCAGGCCUAAGUCUGCCAGCUGGGAUGGCCUGGGGCCUAAGAAAUGCCUAGCUUCCCUCCCCACCUGUCCCCAUGGAGGGAGACUGAGAAGACGCUGGAUGAACCAGACCAUGGCUCCUUCAGGAGAGAGGUUGAUUGACUUAUGUGCAAUUUGGGACGCUGGAGUUUACCUUCCCUCCGCAGCCUGGAACAGAGCCUCCUCUGGUGUUGCAAGGAAGAGGCUGAAUGAGGCAGAGAAGCUGAGUGCUGUCCAGGAGGCCCAGUUAAAGCGGCUCGAGGUGACAAGACCCCGAGUGCUGGGGAGCAGGGAGCAGGGCCAGGUGCCGAGGAUGGCCAGGCAGCCACCGCCGCCCUGGGUCCAUGCAGCCUUCCUCCUCUGCCUCCUCAGUCUUGGCGGAGCCAUCGAAAUUCCUAUGGAUCUGACGCAGCCGCCAACCAUCACCAAGCAGUCAGCGAAGGAUCACAUCGUGGACCCCCGUGAUAACAUCCUGAUUGAGUGUGAAGCAAAAGGGAACCCUGCCCCCAGCUUCCACUGGACACGAAACAGCAGAUUCUUCAACAUCGCCAAGGACCCCCGGGUGUCCAUGAGGAGGAGGUCUGGGACCCUGGUGAUUGACUUCCGCAGUGGCGGGCGGCCGGAGGAAUAUGAGGGGGAAUAUCAGUGCUUCGCCCGCAACAAAUUUGGCACGGCCCUGUCCAAUAGGAUCCGCCUGCAGGUGUCUAAAUCUCCUCUGUGGCCCAAGGAAAACCUAGACCCUGUCGUGGUCCAAGAGGGCGCUCCUUUGACGCUCCAGUGCAACCCCCCGCCUGGACUUCCAUCCCCGGUCAUCUUCUGGAUGAGCAGCUCCAUGGAGCCCAUCACCCAAGACAAACGUGUCUCUCAGGGCCAUAACGGAGACCUAUACUUCUCCAACGUGAUGCUGCAGGACAUGCAGACCGACUACAGUUGUAACGCCCGCUUCCACUUCACCCACACCAUCCAGCAGAAGAACCCUUUCACCCUCAAGGUCCUCACCAACCACCCUUAUAAUGACUCGUCCUUAAGAAACCACCCUGACAUGUACAGUGCCCGAGGAGUUGCAGAAAGAACACCAAGCUUCAUGUAUCCCCAGGGCACCGCGAGCAGCCAGAUGGUGCUUCGUGGCAUGGACCUCCUGCUGGAAUGCAUCGCCUCCGGGGUCCCAACACCAGACAUCGCAUGGUACAAGAAAGGUGGGGACCUCCCAUCUGAUAAGGCCAAGUUUGAGAACUUUAAUAAGGCCCUGCGUAUCACAAAUGUCUCUGAGGAAGACUCCGGGGAGUAUUUCUGCCUGGCCUCCAACAAGAUGGGCAGCAUCCGGCACACGAUCUCGGUGAGAGUAAAGGCUGCUCCCUACUGGCUGGACGAACCCAAGAACCUUAUUCUGGCUCCUGGCGAGGAUGGGAGACUGGUGUGUCGAGCCAAUGGAAACCCCAAACCCACUGUCCAGUGGAUGGUGAAUGGGGAACCUUUGCAAUCGGCACCACCUAACCCAAACCGUGAGGUGGCCGGAGACACCAUCAUCUUCCGGGACACCCAGAUCAGCAGCAGGGCUGUGUACCAGUGCAACACCUCCAACGAGCAUGGCUACCUGCUGGCCAACGCCUUUGUCAGUGUGCUGGAUGUGCCGCCUCGGAUGCUGUCGCCCCGGAACCAGCUCAUUCGAGUGAUUCUUUACAACCGGACGCGGCUGGACUGCCCUUUCUUUGGGUCUCCCAUCCCCACACUGCGAUGGUUUAAGAAUGGGCAAGGAAGCAACCUGGAUGGUGGCAACUACCAUGUUUAUGAGAACGGCAGUCUGGAAAUUAAGAUGAUCCGCAAAGAGGACCAGGGCAUCUACACCUGUGUCGCCACCAACAUCCUGGGCAAAGCUGAAAACCAAGUCCGCCUGGAGGUCAAAGACCCCACCAGGAUCUACCGGAUGCCCGAGGACCAGGUGGCCAGAAGGGGCACCACGGUGCAGCUGGAGUGUCGGGUGAAGCACGACCCCUCCCUGAAACUCACCGUCUCCUGGCUGAAGGAUGACGAGCCGCUCUAUAUUGGAAACAGGAUGAAGAAGGAAGACGACUCCCUGACCAUCUUUGGGGUGGCAGAGCGGGACCAGGGCAGUUACACGUGUGUCGCCAGCACCGAGCUAGACCAAGACCUGGCCAAGGCCUACCUCACCGUGCUAGGUAACUGCCCAUGCUCACCCUGGCACUGACCAGCCCCACCCCCUCCCCAGCAGCCAGAGAAGCAGUGGCCCGGGGCAGUUCCGAGGGCAGUGCCUGCAGUCAAGUGGCCGGGUCAGGCGUGGUGAUCUCUUCUUGCCUCGUGAUGUCAGGGUUAGGGAGCUGCCAGUUUCAGAACAAGCUGUGCUGGACAGGUUACCUCCUGAGUGGAGUCAUUAACUUCCCCACGUCUCAACUGAAAGGGGCCUGAGUGAUAUAGAGAAAGUGGAGAGGGGUUUCUCGUUGUGAUCAUUUUACCUUUCUUACAGCUAACUCCACCACUAAGUCAAUUAAAACAAUCCAUCCUUAAAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-973.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1019.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 508.67
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((..((((((.(.((.(.((((((((((((.....)))))))))))).))).)))))))))))...((((((((((((....((..(((.(((((((...(((((.............(((.((((((((..............)))))))).)))........((((.....))))...((((((((((((((((.......(((((((....)).)))))((((((.((((((.....(((((....(((((......(((((....)))))..)))))..)))))(((((((..(((((((((.(((((.(.(((........)))))))))..((((.((((.(((......))).))))))))(((((..(((..(((((((((((.((.(.((.((((......)))))).).))))).))))).)))..))))))))))))))))).))))))).((((((((.((.((.(((((((((..(((..((..((((((..((((..(...(.(((((..((((((((..(((((((....)))))))....((.((.((.((((.(((((....(((........)))..))))))))).)))).)).......))))))))...(((((((.((...(((((((.(((.......))).))))))).)).)))))))))))).).)..))))..))))))))..))).)))....)))))).)).)))))))))).((..........))..(((((((.......(((.((((..(((((.(((((....((((.((.....)))))).....)))))))))).)))))))..((.((.(((((...((.(((((((.((........))))))............(.((((((...)))))).))))))...))))))).)).....(((((....)))))..))))))).....(((((........)))))...(((((((.((.((...(((((.(........))))))...)).))...................((((((((..(((....))).......((((((((((.((.((((.((....((.(((((.....((........))..........((((((..((.(.((((..(((.........)))..)))).)))..)))))).)))))))....)).)))).)).))))...)))))).))))))))..))))))))))))).))))))..(((.((((((((..((..(((((((((((((.....))))))).....(((((((((....)))))......)))).....(((((((((((.((((..(((....)))..)))))))))..((((((((((((....(((.((((.(((((((((((((((((.((((.(((((.....))))).(((.(((((.((((.(((..((...((((((((.(((...))).))))))))...))))).)))).))))).)))...(((((....((((((((...))))))))..)))))......(((.....)))((((((.((.......)).))))))(((((((........)).)))))..)))).)))))...(((((((((((((....((............))..)))))))..))))))(((....))).......)))))))))))))))).(((((((.(((...(((((((..(((((((.((((.((((....))))...)))).).))))))..(((((.(((((........(((((.(......).)))))...))))).)))))(((......)))..(((((((...)))))))...........(((..((((........))))...))).......(((((((.........)))).)))((((((....(((((((((...............(((((((((.((((...))))...)))))......))))))))).))))...)))))).....((((......((((..(((((((((((((((((.(((...((((((............((((((((......)))).)))).(((((((((...(((...((((..(..(........)..)..)))).)))....))))))))).))).)))....(((((((((((((.(((..(...((...(.(((((........))))))...))...)..)))))).....)))))))))).))))))))).))))))..)))))..))))....))))....((((.........)))))))))))))))))))))((((...)))).)))...)))..))))))))))))))).....))))))))..))))))))..)))....((.((((((((..(((......))).))))).))).))..)))))))).))))))))......)))))))))))).)))..))))))))))))))....((...(((((...((((((....(((((((..............))))))).)))))).)))))...))...........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{,...((({.{((((((.{.((.|.((((((((((((.....}))))))))))).,}),}))))))}}||,,.((((((((((((..,,((..(((.(((((((,..(((((....,{.....,,|||}{(((((((..............)))))))).)},.|..,.,{((((.....}}}}...((((((((((((((((...,,..{(({({(....}}.)))}|((((((.((((((.....(((((.,..((((({{{{{.,{({{....,))))}.)))))..)))))(((((((..(((((((((.(((((.(.(((........)))))))))..(((,{((((.(((......))).))))))))(((((..(((..(((((((((((.((.(.((.((((......)))))).).)))))})}))).)))..))))))))))))))))).))))))).((((((({,((.((.((((((.{,..(((..((..((((((..((((......{.(((((,.((((((((..(((((((....)))))))....|{.{(.((.((((.(((((....(((.......,))}..))))))))).)))}.}}.......))))))))...{((((((.((...(((((((.(((.......))).))))))).}),)))))))))))).}.}..))))..))))))))..))).,.}....)))))).)).)))))))))).{{,.......,}}}..(((((((.......(((.((((..(((((.(((((....((((.{(.....}})))).....)))))))))).)))))))..({.((.(((((...({.(((((((.((........))))))}...........(.((((({...)))))).),))}}.,.))))))).}).....(((((....)))))..))))))).....(((((........)))))...(((((((,((,{{...|||||.,,{,,....))))}}...}}.}}...................((((((((,,({...,,}}}.......((((((,,.{.,..,,,,.,,....{{.{{{{{,....,|........|||,,..,,.,.((((((..((.(.((((..(((.........)))..)))).)))..)))))){|||||||.{,....))))}}}}))))...)))))).))))))))..))))))))))))).)))))}|,,((.((((((((..(({,,{((({(((((((,...,))))))).....((((,,(((.,,..,,}).,}...)))).,,.,,{{(((,{(({{(((({,({....}))}}})))}))))},{((((((((((({.{..{{{.((({,(((((((((((((((((.((((.(((((.....))))).({{.(((((.((((.(((,.{(..,((((((((.(((...})).))))))))...,}))}.}))).))))).}))...(((((....((((((((...))))))))..)))))..,,.,||{.....))}((((((.{(.......)).))))))(((((((........))}}))))..)))).)))))..{(((((((((((((....((............}}..)))))))..))))))|{{....))}.......)))))))))))))))).(((((((.(((...(((((((..(((((({.((((.((((....})))...)))).}.))))))..(((((,(((({{(((,,,,{{{{,.({{.,{{|,,,},}||||}},|{||}},{({..,,.,||},.,{((({{,..))})))),}||....,,,|{|,,||{|,,......}))},,,))}.......(((((((.........)))).)))((((((....(((((((({..,{{........,||((((((((.((((...))))...)))))......)))}))))).))))...)))))).,},,||||,,....((((..((((((((((((((((,,(((...((((((..,{,...,},.((((((((......)))).)))).(((((((((...(((...((((..(..(..{.....)..)},)))).)))....))))))))).))).)))....(((((((((({((.(((..,...({.|.{.(((((........))))),..,))...,..)}))))}....)))))))))).))))))))).))))))..)))))..))))....}}}}....((((..,...,..)))))))))))))))))))))((((...)))).}))..})))..)))))))))),})))}},.,))))))))..)))))))).})))..,.((.((((((((..(((......))).))))).))).)).})))))))).))))))))...,}})})))))))))}.)))..})))))))))))))..,.{{...(((((...((((((....(((((((..,........,..))))))).)))))).)))))...))...........................
Back