Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378344.1
Sequence Length
3298 nt
GC Content
0.5619
ACAGAGCCGACCAUCUCCCACUCGAGCUGCCCCCGCCCUCUGGACCCGAGUGACUCAGGCCUUUGUUUGUCCUUCCUGGUAGAGGCGGGUUCCCUCCCUCGGCAAGAUGCCGGAGUGCUGGGAUGGGGUGGGGGAAGGCAACGCUGGAGCCGUGAAGCUGGCAGGGCUAGGGGACCCCAGGUGGAGCCCAGGGCACCUCCUCUCGCCGGGGCAUCAGGAACAUGACAUCGAGACACCCUACGGCCUUCUGCAUGUAGUGAUCCGGGGCUCCCCCAAGGGGAACCGCCCAGCCAUCCUCACCUACCAUGAUGUGGGCCUCAACCACAAACUAUGCUUCAACACCUUCUUCAACUUCGAGGACAUGCAGGAGAUCACCAAGCACUUUGUGGUGUGUCACGUGGAUGCCCCUGGACAACAGGUGGGGGCGUCGCAGUUUCCUCAGGGGUACCAGUUCCCCUCCAUGGAGCAGCUGGCUGCCAUGCUCCCCAGCGUGGUGCAGCAUUUCGGGUUCAAGUAUGUGAUUGGCAUCGGAGUGGGCGCCGGAGCCUAUGUGCUGGCCAAGUUUGCACUCAUCUUCCCCGACCUGGUGGAGGGGCUGGUGCUGGUGAACAUCGACCCCAAUGGCAAAGGCUGGAUAGACUGGGCUGCCACCAAGCUCUCCGGCCUAACUAGCACUUUACCCGACACGGUGCUCUCCCACCUCUUCAGCCAGGAGGAGCUGGUGAACAACACAGAGUUGGUGCAGAGCUACCGGCAGCAGAUUGGGAACGUGGUGAACCAGGCCAACCUGCAGCUCUUCUGGAACAUGUACAACAGCCGCAGAGACCUGGACAUUAACCGGCCUGGAACGGUGCCCAAUGCCAAGACGCUCCGCUGCCCCGUGAUGCUGGUGGUUGGGGAUAAUGCACCCGCUGAGGACGGGGUGGUGGAGUGCAACUCCAAACUGGACCCGACCACUACGACCUUCCUGAAGAUGGCAGACUCUGGAGGGCUGCCCCAGGUCACACAGCCAGGGAAGCUGACUGAAGCCUUCAAAUACUUCCUGCAAGGCAUGGGCUACAUUGCGUACUUGAAGGACCGAAGGCUGAGUGGAGGAGCAGUGCCCUCAGCCAGCAUGACCCGCCUGGCACGCUCCCGCACUGCAUCCCUCACCAGUGCCAGCUCGGUGGAUGGCAGCCGCCCACAGGCCUGCACCCACUCAGAGAGCAGCGAGGGGCUGGGCCAGGUCAACCACACCAUGGAGGUGUCCUGUUGAAGCCCUUGAUCCCGCUGACGACGCCCACGUCGAGGCCCCACCGCCAUCCUUGCGCCGGCUCAUGUUCCCUUUAGUUUAUUUUUGUGAGGGCAAAGGGGAGGAAAUGGGGUUCUGUUUGAAAAAAAUGAGGGGAUCUUAGAUGCUGCAGCAGAACAGUCUCCAGGUGUUUUAAGGGGCUCAGUCCUCCUCAUCCCAUCUCACUCUCCGUGGUAACUUAGCCAACUUGACCCCUCUCAUCCCACUCCCGGCGGCCCAGGCACAGAAGGGCAGGGCCAUAGGGAGGGAGAUUCGCUACGGAUCCAGGCCAUUCCUGGGUGAGCCCUUGGGCAGGCAUGUUUGGAGAUGAGAGAGGCUUCGAGAGGGUGGGUGCUGGGCCACAGGGGUGCGGGGCCAGCUCAGGCACUGGCGUGGGAGCCCUGGGAGACCCCUUCCCCCACCCUCCACCAAGCACACCUGUUUCUGUCUCAUAGCACAUGUGACAAUCAUCUGGACAACAGCCACAAGGGGGCGCUCGGACCAGGCAGCCACUUUCCUGGUGCUCUCUGGGCCCAGCUGGUGCUGUAGGGCCACGCAGGCAGGGGCGUCAAGGGGUUUCUCUGCCCAAGGAAGACAGAACAUGGAGAACCGUCAGGGCAGGAACCCCACAGACUGUCCCUUCCAGCCCACACUCUGCCACCUCCUGGCCCUGUCCCAAUUCUGAGCCAAGGCCUCCCCGAGGCAGAAGUUGCCUGGUCCUCUGUCCCCACAGUGACCUGACUGGGGGUGAGGGAGAAGGAGGAGAGAGCCCAUGUGUGGUGUGUGUGCCCCUGAGAACUUCGUGGUGACUGCCUUUGGGAGCCCGCAGGUGGCCAGAGGCAGGGGUAGCUGAGUUCCUGGAGACCCCUUUUUUGCCCCCAGGUUCCCCAGAGGGCAACGCCAUCAGUAGCAGUGUGGUGUUUCAGGCAGAGCUCUGGCCAGGCUGUGCCAGUGUGUCCCGGACGCAUCACUAAGGAAGAGAGAGUUUAUUUAGUCAACUGGCCCAAGGCAGCGAGGCUUCUACAGUCCCACACCCCAUAGCCGCCUGGGCUGGGGCUUACUGGGGGCUGAAGGUUCUGGACAUGAACAAGGGUCAGGUAGAAGAGAAAGGCUUCCCCUACACCCCAGCCUCCUGCUGUCCCCUGAAGCCCAGGACUGCGUUGUAUGCUUUCCAUCCACUCACCUUACCCCAUAGCAUCUUGCGGCCCAGAAACCAGAGCCAUUUGUCUCAGACCCUAAAUCAAUAAUCACAAACCCCAAAACGGGAGAGAGCAGUGAAAACAUGCAGGGCUGUGGACGGGGGAAGGGUUGUGGCGGGUGUUCUGAGGCUGAGAGGACACCUAUAUGCGUAUUUCCUCUACACACAUCACCCCCCUUCUAUAAUCUUAAGCCAUGACUAGCCUGGUGGCGUGUUAGUUUCUGCCCAGUUCUACCCCCUCAUGUGCUUCUUCUGAAUACUGAAUGUGACUGUUUGAAAGCUGGUAGAAUUCAUCCCUCUUACUGUAGAUAACACUGCAAAUCUUGGAAUUUUGUUUUUUGCUGUUUCCAGAUGUAUCUAUAAAUAUCUAUACAUUAUAUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUACAUCGGGUCCUCCCAUGUGUGGUGUUCUUCUGGAGGUUGUCUCUUUGGUCAAGGUGAACUUUUAAUGUUUAUUAUUUUCUUCUCCGCACAAAGUAAAGAGCCUAAUUUUGUGUAUUCUGGUGGCUGCUGUCAUGAGAUGAUAAAAUGUAAAACAAAACUCUAGUCAACGUAGAAAGAGUUAACUGUGCUGAAAAACUAAUAAAGAACCUAAGAAGAAUUCCAGUGUGGUGAUGCCAUGCCCAUCAUGGGAGGCUUUUGGAGAAACAGAAUGUUUGGGCAGGGGCUGCUGGUGCUGCUUGGGUUUUGGGUUGAGGGUGCUAGGAGAGGAUGGUCUCCACCCAUCUUUCUAUUUCCAGUACACGUCACAUUAUUUUACCGGUGAGAUGAGAAUGUCACAAACAUUAAAAGCCUUAUGUGCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1297.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1353.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 815.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((...(((...(((((.(.(((.(((((.((((...((.((.(((...))).))))(((((((.(((.....(..(((((((((.((((..((((((((.((.(((((..(((.(((((((((((((((((((......((((((.((((.(.((((.((((...((..((((.((.(((((((.((((((..(.....(((((((..((..((........))..))..)))..)))).........)..))).))).)))))))))...))))..)))))).)))).).)))).........(((((.......)))))......))))))...))))).....((((((.(.(((.((.(.((((((((.........))))).))).).)).)))((((((.....)))).))((((((((((((....((((((((..(((..(.(((((((((....(((((((((..((((((((..(((((((.......(((((((((.((.((.(((((((((.....(((((((((..(((........)))........(((.(((.(((((.((.((((((..(((...(((((((((...(((........)))....((((((((.((..(((.......)))..)).)))))))).)))))))))...)))..)))((((((((((((.(((((((.((((......))))))).......)))).))).).))))).))).....))).))))))).))))))..(((((((((..(.(((.(((.(((.....(((...)))....)))))).))).)..))....)))))))..))))))))))))))))..((((((((((((((((...((.((((((((....)))).)))).)).....))))))))))))))))....)))).))))))))))).)))))))..((((((.....((((.(((.((((.((....))))))))).....))))))))))...(((..(((((((.......((((.(((((((..(....)..)))...)))).))))..))))))).))))).))))))..))....))))))).(((((.(((((((.(.(((..((((((..........))))))..(((((((((...((((..(((....)))))))..)))))....))))...))).))))))))..)))))......))))))))).)..))).....))))))))....)))).)))))))).).))))))))))))).))))))).)))))))))).))))((((((..(((((....)))))...))))))))))....)))).))))..........((((((((....((((.((((..(((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((..((((...((((((((.((((((((((.(((....(((......))).........(((.((((..(((.((((((((((((((((..(((.((.(((((((...)))).(((((.....)))))(((.(((((..(((..((((((((((((((((((.((((((...(((((((((.(..(((((.(((((.(.(.(.(((((........))))).).).).)))))))....)))..).)))))))))....))))....)).)))).))))).))).))))))....((((.((((......(((.((.(((((((((.(((..((.......)).))).)))))))))))))))))).)))))))..))))))))((.((.(((((((((..((((((.(.((((((..((....((.....)).....))....)))))))))))))...))).)))))).)).))......))).)).)))..)))))))))))...))))).)))..))))...))).)))..)))))))).((((..((((....)))).))))..)).))))))))))))..)))))))..))))))....(((((((((((...(((.(((((...((((.(((((....(((((((((((..((((((((....((((((..((........))..))))))....(((((.(.((....)).).)))))((((((.((.......))))))))....((((.((((.......)))).)))).(((((((...))))))).((((((..(((.....))).))))))...))))))....)).))).)))))))))))))))))....((..((.((((((((((((((.....((((((((...((((.......))))..((((.(((..((((.......)))).)))..))))))))))))....)))))....)))))))).).))..))........((..((((...(((..((((...(((...)))(((.(........).)))....(((((((.((((..................(((.....))).....(((((....)).)))))))))).))))))))..)))...))))..)).))))).)))...((((((.(((.....).))...)))))))))))))))))..............))))).....)))..)))))).))).))).....))))).)))))))).))))))))(((.(((....))))))(((((...((((((....))).)))...)))))..)))))..)(((((......))))).....(((((....((.....))...)))))(((((((.((((.((((.(((((((.((((....))))))))))).)))).)))).)))))))(((.((((((((((((((.((((((((..(((((.(....(((((...(((((((.......))))))).........((.(((((..............(((((((....(((.(((((....))))).)))..))))))).........((((((..((......)).))))))...))))).))...)))))...).))))).)))))))).)))(((((((...))))))).)).))))))))))))..))).)))))))......)))).))))).))).).).....))))...)))..(((.((((((.(((((((((((.......)))))).....)))))))))).).))).............((((.((....)).))))..((((..........)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(,(,.{.((.((((((((((.{......(((({({(((,.{((.(((.(((.{{({{....)}},)))})),..)))))))))))).((((..{(((((({...})))}})).)..))))}.)))))))))).))}..,,))}(((((((((.((((((.((((...((..((((.((.(((((((.((((((..(,,,..(((((((..((..((........))..))..)))..}))).....}...)..))).))).)))))))}),..))))..)))))).))),..((((((,,..(((((((({.((((((((.((({...,{(((,..,..,,(((((......))))}..,|,|||}}....,,||||,.{,.((((((((((.((.((((((((((((..(((...((((((((((((((({..(((((((((((({(((((.......))))).(((((((((({(((({{{{|}|||||{{,,,,...(((((((({{((.((.(((((((((.....(((((((((,.(((........))),.......(((.(((.(({(((((.(((,((..(((...(((((((((...,,,.,.,{...,,)}...((((((((.((..(((.......)))..)).)))))))).)))))))))...)))..},|((((((((((((.(((((({,((((......))))))).......)))).))).).))))).)))}.}}.))).))))))).))))))..(((((((,...(.(((.((,,(((.....(({...))),...)))))).))).,..,,....)))))))..)))))))))))))))),.((((((((((((((((...((.((((({((....}}}).)))).)).....)))))))))))))))),...)))).))))))))))).}))}}}}..((((((.....(({{.(((.((((.((....)))))))))...,,}}}})))))).,.,{{..{((((((.......((({.(((((({,,,,...}..})).,.)))),)))}..))))))).})))).))))}},,)}...}})))))).{((((.(((((((.(.(((,,((((((..........))))))..(((((((((.,,(((({{{,{....))}}))),.)))))....)))).}.))),)))))))),.))))},{{(((((.(((((((((.((((((.(((.((.((((((.((..(((((....))))).{((((((...((.(((((..(((..((((({..................}))))))))..))))).))...))))))}|,,{{{.....}},}.))))))))..))..))).)))))).))).)))))))))}}......((((((..(((((((..((((...((((((((.((((((((((.(({....{((......})}......,,.{((.((((..(((.((((((((((((((({..{(({((.,((((((...})))}|{{((,....}|}||(((.{((((,{(((.,({{(((({{(((((((((.((((((.{.(((((((((.(..(((((.(((((.(.(.(.(((((........))))).).).).)))))))....)))..).)))))))))..,.)))}...})).)))).|}}}|,|}}.}})))},,,.|||{.||||......|||.||||||{{|{||,(((.,{((.,,,..||.}}},)))))}}})}))))}}||,,}}}))),,}))))),,((.((.(((((((((..(((((({(.((((((..((....((.....)).....))....)))))))))))))...))).)))))).)).))......,}},)).)))}}))))))))}))...))))).)))..)))).},,,),)))..)))))))).((((..((((....)))).))))..}}.))))))))))))..)))))))..))))))..,,}}))),}).)))))))))))}))).....))))),((((((((..(((....)))..))))))))|(((((..(({......}))..))))),.....))))))).)))..)))).)))){((((((.((.....,.})))))))}...((((.(((,{,....,)))).)))).....)))))))))))))))).,}{{{.(.((((((.{{{.{{(((..{{(((.{,.((((((((((((.((.(((((((.((((((,.{(((.....)))))))).....))))))))).))((((.......))))..((((.{{(..({{(.......)))).,))..)))).))))))..))))}).,,)}..)})}}}))))),,,.},}.))))))).))).........,,(({,{((((((..(((((((.....(((((,,{.((((((((.(((((....,{{{,,.(((({...,,.....{|||(({,{(({,.....{((((.((((..((((({{(((({(((({{((((.((({(,..({.,..,{((((((.{{|.....}.))...)))))).)}}.),})))}}))),,))}}},}}},.{{{..((((..(((....)))..))))}}}}||,))).}|})}}}.)))))))))}})))}})))......,..))))).}},}}}},{{{.{({{({{..{{,,{.......(((((......)))))......))}....}}..}}}}))}}}))||,(((((((.((((.((((.(((((({{((((....))))))))))).)))).)))).))))))))))}|(((((((({((((.((((((((..(((((.{.,..(((((...(((((((.......))))))}..........,.((((({{({..........|||||||}}..(((.(((((....))))).)))..}}},,,},,...,,,.((((((..((......)).))))))...))))}.}}...)))))...).))))).)))))))).)))(((((((...))))))).)).))))))))},....,)))}.,)))),,})))))....))))))).))))))),,})))}))))))))))))(((((.(((((((((((.......))))))},...,,))))))))...}))))))))..,...)))))).,...(((((.....)))))...})).))))).)))).
Back