Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378579.1
Sequence Length
4423 nt
GC Content
0.4343
GUGCGCCCGGUUGCAGCGUGGACGCCGGAUGAGUUGCUUUUAGGCUUGCUGGCCCGCGGGGCUGUCCAGGCACGCGAGGCCCCUCAGCAACAAAAUGCUUCAACAAGUUCCAGAAAACAUAAAUUUUCCUGCUGAAGAAGAGAAAAUCUUGGAGUUUUGGACUGAAUUUAAUUGUUUUCAGGAAUGCUUAAAGCAAUCAAAACAUAAACCAAAAUUUACCUUCUAUGAUGGUCCUCCUUUUGCAACUGGACUGCCUCACUAUGGACAUAUACUUGCGGGUACAAUUAAAGAUAUAGUUACAAGAUAUGCUCACCAGAGUGGGUUUCAUGUUGACAGAAGAUUUGGAUGGGAUUGCCAUGGCUUACCUGUGGAAUAUGAAAUUGAUAAGACACUGGGAAUCAGAGGACCAGAGGAUGUGGCCAAAAUGGGGAUUACAGAGUAUAACAAUCAGUGCCGAGCAAUUGUGAUGAGAUAUUCUGCUGAGUGGAAGUCUACUGUUAGCAGACUUGGCCGAUGGAUUGACUUUGACAAUGACUAUAAAACUCUGUAUCCACAAUUCAUGGAAUCAGUCUGGUGGGUCUUCAAACAACUCUAUGAUAAAGGCCUUGUUUAUAGAGGUGUGAAAGUCAUGCCCUUCUCUACGGCAUGUAACACUCCACUUUCCAACUUCGAGUCACACCAGAAUUAUAAGGAUGUUCAAGAUCCUUCAGUAUUUGUAACUUUCCCUUUGGAAGAAGAUGAAACUGUAUCUUUAGUUGCUUGGACAACCACUCCCUGGACUCUACCUAGUAACCUUGCUGUGUGUGUUAAUCCAGAAAUGCAAUAUGUGAAAAUUAAAGAUGUUGCCAGAGGACGAUUACUCAUUUUAAUGGAAGCCAGAUUGUCAGCCCUCUAUAAAUUGGAGAGUGACUAUGAGAUCCUUGAAAGAUUUCCUGGUGCCUAUCUUAAAGGCAAGAAGUACAGGCCCCUGUUUGACUAUUUCCUGAAGUGUAAAGAGAAUGGCGCUUUCACUGUGCUUGUUGACAACUAUGUGAAGGAAGAAGAAGGCACAGGGGUUGUCCACCAAGCUCCUUACUUCGGUGCUGAGGACUAUCGGGUCUGUAUGGACUUUAACAUUAUUCGGAAAGACUCACUCCCUGUUUGCCCUGUGGAUGCUUCAGGCUGCUUCACAACGGAGGUGACAGAUUUCGCAGGACAGUAUGUGAAGGAUGCUGACAAAAGUAUCAUCAGGACUUUGAAGGAACAAGGCCGACUUCUGGUUGCCACCACCUUCACUCACAGCUACCCUUUUUGCUGGAGAUCAGACACUCCUCUAAUUUACAAAGCAGUGCCCAGCUGGUUUGUGCGAGUGGAGAACAUGGUGGACCAGCUCCUAAGGAACAAUGACCUGUGCUACUGGGUCCCAGAGUUGGUACGAGAAAAACGAUUUGGAAAUUGGCUGAAAGAUGCACGUGACUGGACAAUUUCCAGAAACAGAUACUGGGGCACCCCCAUCCCACUGUGGGUCAGCGAUGACUUUGAGGAGGUGGUAUGCAUUGGGUCAGUGGCGGAACUUGAAGAACUGUCAGGAGCAAAGAUCUCAGAUCUCCACAGAGAGAGUGUUGACCACCUGACCAUUCCUUCACGCUGUGGGAAGGGAUCCUUGCACCGCAUCUCUGAAGUGUUUGACUGUUGGUUUGAGAGUGGCAGCAUGCCCUAUGCUCAGGUUCAUUACCCGUUUGAAAACAAGAGGGAGUUUGAGGAUGCUUUUCCUGCAGAUUUCAUUGCCGAGGGCAUCGACCAAACCAGAGGAUGGUUUUAUACCCUGCUGGUGCUGGCCACGGCCCUCUUUGGACAACCGCCUUUCAAGAACGUAAUUGUGAAUGGGCUUGUCCUGGCAAGUGAUGGCCAAAAAAUGAGCAAACGGAAAAAGAAUUAUCCAGAUCCAGUUUCCAUCAUCCAGAAGUAUGGUGCUGAUGCCCUCAGAUUAUAUCUGAUUAACUCCCCUGUGGUGAGAGCAGAAAACCUCCGCUUUAAAGAAGAGGGUGUGCGGGACGUCCUUAAGGAUGUACUGCUCCCAUGGUACAAUGCCUAUCGCUUCUUAAUCCAGAACGUUCUGAGGCUCCAGAAGGAGGAAGAAAUAGAAUUUCUCUACAAUGAGAACACGGUUAGAGAAAGCCCCAACAUUACAGACCGGUGGAUCCUGUCCUUCAUGCAGUCUCUCAUUGGCUUCUUUGAGACUGAAAUGGCAGCUUAUAGGCUUUAUACUGUGGUGCCUCGCCUGGUCAAGUUUGUAGAUAUUCUGACCAAUUGGUAUGUUAGAAUGAACCGCAGAAGAUUAAAGGGUGAAAAUGGGAUGGAGGAUUGUGUCAUGGCCCUAGAAACCUUGUUUAGUGUUCUGCUUUCUCUUUGCAGACUUAUGGCUCCCUACACACCUUUUCUCACUGAAUUGAUGUACCAGAAUCUAAAGGUGCUGAUUGACCCUGUUUCUGUUCAGGACAAGGACACACUCAGCAUUCACUACCUCAUGCUGCCCCGUGUUCGAGAAGAAUUGAUUGACAAGAAAACAGAGAGUGCAGUAUCUCAGAUGCAGUCUGUGAUUGAACUUGGAAGAGUGAUCAGAGACCGAAAAACUAUUCCCAUAAAGUAUCCUUUGAAAGAAAUUGUGGUUAUCCAUCAAGAUCCAGAAGCUCUUAAAGAUAUCAAGUCUUUGGAGAAGUAUAUCAUUGAGGAACUCAAUGUUCGAAAAGUUACACUGUCUACAGAUAAAAACAAGUAUGGCAUUCGGCUAAGGGCAGAACCAGAUCACAUGGUCCUGGGGAAGCGUCUGAAGGGAGCCUUUAAGGCAGUGAUGACGUCCAUCAAGCAGUUGAGCAGUGAGGAGCUGGAGCAGUUCCAGAAGACUGGGACCAUUGUUGUGGAAGGCCAUGAAUUGCACGAUGAAGACAUCCGCCUCAUGUACACCUUUGAUCAGGCCACAGGUGGGACUGCGCAAUUUGAAGCACACUCAGAUGCUCAGGCUUUGGUCCUCUUAGAUGUCACUCCUGACCAGUCAAUGGUAGAUGAAGGAAUGGCUCGGGAAGUCAUCAAUCGCAUACAGAAACUUCGCAAAAAGUGCAAUCUGGUUCCAACUGAUGAAAUCACAGUGUACUAUAAAGCAAAGUCUGAAGGAACAUAUCUGAAUAGUGUUAUUGAAAGCCACACAGAGUUCAUAUUUACCACCAUAAAGGCUCCCUUGAAACCAUAUCCAGUUUCUCCAUCGGAUAAAGUCCUUAUUCAAGAAAAAACACAGUUGAAGGGAUCUGAACUGGAAAUUACACUCACCAGAGGAUCUUCCCUUCCUGGUCCUGCUUGUGCAUAUGUCAAUCUUAACAUUUGUGCAAAUGGCAGUGAACAAGGUGGAGUAUUGCUCCUGGAAAAUCCAAAAGGUGACAAUAGGUUGGACCUUUUAAAGCUGAAGAGUGUUGUCACUAGCAUUUUUGGUGUGAAAAAUACAGAGCUGGCUGUCUUCCAUGAUGAAACAGGAUCGGCUCCCUCUCUGAUCAACAGUUCUAGUACUCUUCUUUGUCAGUAUAUCAACCUACAGCUCCUGAAUGCAAAGCCACAAGAGUGUUUAAUGGGGACAGUGGGCACUCUCCUGCUUGAAAACCCACUUGGGCAGAAUGGACUCACCCACCAAGGUCUUCUGUAUGAAGCAGCCAAGGUGUUUGGCCUUCGGAGCAGGAAGCUAAAGCUGUUUCUGAAUGAGACCCAAACGCAGGAAAUUACAGAAGACAUCCCCGUGAAGACUUUGAAUAUGAAGACUGUGUAUGUUUCUGUGUUACCAACAACAGCAGACUUCUAGCAUGUACUUAUCAAUGUUGUUCGGUCAGCCCUUCCCUAAUUACACCUAUCCCCUACACAUACAUGCACAUAGACACACACAUGAACACACUGAAGAUAUUUCCUUCAGGUGUGUGUAAAAUAUGCUGCUUGGAUUGAAAUUCAAAUGGGAUUGAUUAGUCAAGUAACUUGAGACCUCACAGUAAUCUUCACACUUAACCUUAGACACCUAUGCAGUCAUGUUGGGAGCAGGUUACAAUGUUACUUCAGCCCACAGUUUAUUUCUAUACUUGAGUUCUUAAGUACAGAAGAUAGAAGUGAUUUAAAUGGCAUAGUAUAUAUAUCAUUUUCUGGCCUUUUAAAAUUUAUUUGAGACCUCUUGAUGAAAUGGACAUAUUAUAUAUUUCUGCCACCUGGAUUUUCCUGGAUAAUUUGAUGGAAUAUUUUAAGUUUCAGUAAAUCAGAACAAUAAACAAACUCAGAUAUAAAUGUGUUGAAAGUAAUUCAUUCUCCCAUAGAUAAAUGAAACUUGAAAUGUGUAAACUUUGAAGAACAUAAAAACUUCAUGGUGGUUUCUUAUUAAGACAGUGGACUAGACAUCUAAUAAAACUUCUUUCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1280.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1362.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 1023.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.......)).)).)))((((((.(((.((((((((((((((.(((((((((((.(((((((((...((((.((.((((((......)))).......(((((.(((((((((((((((((.(((....((((.....))))..)))...)))..)))))))..))))))).)))))(((...)))................................)).)).))))....)))..)))))).)))))..((((....))))...)))))).(((((((((((((((((.((......((((((((((.(((.(((((((.........(((((((((..((((.((((((((..(((.(((....(((....................))).....))).)))....)))))...))).))))(((((((.......(((.(((.((((((((............((((((((((((....)))))..)))))))...........))))).))).).)).))).......)))))))))))).)))))))))))))).))))))))))((((......((((((((..((....))..))))))))(((.((..((((((((.........))))))..))..))))).((((((....((((.(((....(((..(((((((.......)))))).)..)))))).)))).....)))))))))).)).)))))))))))))))))..(((....)))....(((((..((((.(((((....))))).))).)....)))))....(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......(((((.(((((((((((.(.(((((.....))))).)))))((((.(((...(((..(((((((((((((((.......))))).(((((((((((....)))))..))))))((((.((((.....((((.((((((((((((((.((.((.(((....))).)).))....(((((.(((((....(((((((.((.(((((((......).))))))))....(((((((((((...............(((.........)))((((((..((((..((((((((((..(.(((((((((....((((......))))......)).))))))).)..))))....))))))..)))).(((((......)))))((..(((((((..(((.....((((((((..(((..........)))((((........)))).......((((((.((((.....)))).)))))).))))))))..((((((((((((((((....((......(((((........))))))).))))))))..........(((((....)))))((........))..((..(((((.....)))))..))......(((((...)))))..))))))))(((((....)))))...(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..(((.....((((...)))))))))))...)))).))).))).))))))..........((((((((((((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((..((.((((...)))))).(((((((((.((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).)))))))..(((((((((((...(.(((.((((((((.((......)).))).)))))..))).)...))))))...((((((..((((((((.((......)).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))..................))))))))))).....))).)))).)).)))))).))).))))(((((...)))))....((.(((((......(((((.((.....)).))))).....)).))).))((((.((((((....)))))).))))))))))))).)))))).)))))))))))....((((....)))).))).)))))))..))...))))))...(((((......)))))...((((......)))))))....)))))))))))))))))))))))))...(((((((..............)))))))....((((.(..((((........))))).))))..((((((((((.(((((...(((((((((..........)))))))))....)))))........(((((...(((((.((((..(((((((((((((((((((.......)))))((((((((((.(((.((((...((((.((((((((.(((((((((.....(((...........))).....))))))).))(((((((((((((((..((((..(((((((((...((((((..........))))))....))))))........))).))))..)).)))))).).)).))))...((((((((.((((.(((((..((((....))))))))).))))..........(((((.........((((((...((..((((((....))).)))..))......((((.((((((.....))))))))))........(((((((...))))))).(((((..((((.(((.................))).)))).))))).))))))(((.((((.......)))).))))))))))))))))))))))))..))))((..(((((.....))))).))......)))).))))))).))))))(((((((....)))))))(((....)))...)))))))....))))))).......)))).)))))...))))))))))))))))))).))))))..)))).)))).....))))))))..((.((..((((.(((..((..(((((((....))))..)))...))..))).))))..)))))))))))))).)))))).))))..........(((.....)))))))))))))))((((.((....)))))).........))).)))))))))))))).))))))....((.(((.((((((((((.(((((((..(((........)))..)))))....(((((........)))))((((((((((...((((.................(((..((((((((((...((((............)))).)))...)))))))))).(((((((((((((.((((........)))).))))))...))))).)).......(((((...))))).((((((((((...((((.((..((((...))))......(((((((.(((((.((((.(.((....)).)))))..)))))(((((((.((((.(((......)))))))((((((........))))))..))))))).(((((..........)))))...(((((...((((((((((((...((....((.((((((((.(((((..(((((...(((.((((((((........))))))))...)))....)))))....((((((((((........((...((((((((..((((...((((((((....)))..)))))..))))..)))))))).))....)))))))))).)))))(((((((((((......))))((((((...(((((...(((((........((.((((..((((((..........))))))...)))).))......(((((((..(((((........((..((.(((((((...((((((((.......((((((.......))))))))))))))....)))).))).))...))........)))))..)))))))....)))))..)))))..))))))..)))))))........))))))))))..)).).))).))))))))))))).........))))))).....(((((((((.((.(..(((.(((((((((.(((((.((((((((((.((.(((......))).)).)))).))))))..)))))......))))))))).)))..))))))))))))..............)).)))))))))))))).)))).))))))))))(((((((((((((((....(((((((.........(((.((........)).)))............))))......)))...)))))))))))))))........(((((..........)))))))))))))).))).))).))..((((..(((..............))).))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((.,.....)).)).)))((((((.(((.((((((((((((((.(((((((((((,((((({{{{.{.((((,{{.{((({{......||||,......(((((.(((((((((((((((((.(((...,((({.....))))..)))...)))..)))))))..))))))).))))),,|..}))))...................,,,........})}.)),}}}},...))}..)))))}.)))))..,,||,,,,,}},,.,)))))).(((((((((((((((((.({.,,...((((((((((.({{{(((((((.,,.({{,.,.||||.((((,,,,.||||((((,,(((.(((....{{{..,,.........,|,,...))),....))).))).,..)))),...||,{{{||(((((((....,,,(({.{(({((({{{{{.....,.,....((((((((((((....))))}.,)))))))}))},},.,,.))))).)}},).}}.}}}.......))))))))))).)},..)))))))))).)))))))))),{||...,..((((((((..(,....)),.)))))))){{{|{{..{{((((((.........))))))..,}.,,},,}{{(((({....((((.{{{...{{{{..,((((((.......)))))).,,.}))))).)))).....})))))),,,.}).)))))))))))))))))..{((....}}}....(((((..,(((,(((((....))))).)}),)....)))))....(((((((.(.........).)))))))..(((........))).......((({{{(((((((((({,(.(((((.....))))).)))}}((((.(({..,(((..((((((((((,((({.,,,,..,}|||.{{((.(((((((((((({{..((.((((((,,{((({.....,{,,{((((,,,,,{,|||}|{.||.,|,,.,,}}}.,)))))).}}..}}.))))))),.{((((((.((,{(({{{{...,,.),)}|}}}}|.,,.(((((((((((..,...........,{{{..,......}}}((({{{,,((((,,(({(((({{{..{,(((({{{{{|,.,{|||.,,..,}))),...,.}}.))))))),|,{||},....))))))..}}}}.(((((......)))))((..(((((((..(((.,,,,({{{{(((.((((..........)))||||........||||.{{....((((((.((((.....)))).)))))).}))}))))..{{{|||||((((((((....((......((((({......,))))))).))))))))..........|,.(((((((((((,(,.......,,..,,..,|||.}}}}})))))}.,,.,....(((((...)))))..}}}))))}(((((....))))),..(((((((((((.((((((((((((((((((.((((......((((..((({....{{{{...}}}))))))))...)))).))).)))}})))))..........(((((((((,((((((...((((((.((.((((..(((...(((((..((((((.{({.((({...})))}}.(((((((({{((((((((.((((....)))).))(((((((((((......)))).))))))),.(((((((((((...{.(((.((((((((.,(,,....,),))).)))))..))).,...))))))...((((((..((((((((.{{......}).)))).)))))))))).))))))))))))))......))))))...,,...........}}))))))))))).....)}).)))).)).)))))).))).)))|(((((...)))))}...((.{((((.,....(((((.((.....)).))))).....),}))).))((((.{(((((....)))))}.))))))))))))).)))))).)))))))))))....{{{{....)))).))).))))))),.))....,,,,}..,(((((,,,..,|}}},,,.,|||}}}},,},,}}}}....))))))))))))))))))}}|}}||,|||{(((({,{,,{((({{{{..{{(|(({,...{((|,{||{{{{........}}|||||}}|,,((((((((,..(((((.,.(((((((((,....,,...)))))))))..}.))))}.(((({(((((((...(((((.((((..((((((((((((((((({(.......}}}}}((((((((((((((.((((.,,(({{.((((((((.{{(((((((.....(((.......,...))).....})))))),||((({{({(((((((({,((((..{,,((((((...((((((..........))))))....))))))........))).}}))}.))))))))).).)).))))...((((((((.((((.(((((..((((....))))))))).))))..........(((((.....,...,{{{{{...((..((((((....))).}))..)).....,((({{((((((.....))))))))))..,,....(((((((...))))))).|{{{{..((({.{((((,,..........,,.,)).}))).})))}}},,}}}(((.((((.......)))).)))))))}))))))))))))))))..}}}}((..(((((.....))))).)),,,}..)))).))))))).)))))){((((((....))))))|(({....}))}..))))))),...})))))).....,.)))).)))))...))))))))))),))))),,))})))}|||}{{,,{((({.,....,)))))))).|||,,|||}|||.}|..,}},{{{{..,,))}|,|}}},,))).,})),})))).,))))))))))))).)))))).)))).....,,,|.{{,...,,)))))))))))))))((((.((....)))))).........)))}}))))))))))))).))))))...,((,({{,{{,.{{{{{{.,.,,{({.{{,...((((((({.((((...))))(((((........)))))((((((((((...((((.................{{{..((((((((((...((((............)))).)))...)))))))||},(((((((((((((.((((........)))).))))))...))))).)}.}..,..(((((...))))).((((((((((,,(((((.({..,{{|,,.)))),,....(((((((,(((((.((((.(.((....)).))))}..}}}}}(((((((.((((.(((......)))))))((((((........))))))..))))))).{{|{{,......}..))}}}...(((((...((((((((,(({,..({....((.((((((((.(((((..(((((...(((.((((((((........))))))))...)))....)))))....((((((((((........((...((((((((.,(((({{{(((,,,,,.....)))})))))},,)})..)))))))).))....)))))))))).)))))(((((({{{({......}}}}((((((.,.(((((.,.(((((..,,,,,,((.((({..{(((((,.........})))))...)))}.))..,...(((((((..(((((........,,..((.(((((((...(((((({{.....,.((((((.......))))))))))))))....)))).))).))..,}}........)))))..)))))))..,,)}}})..))))).,))))))..)))))))........}))))))))).})).,})}}.}))))))))))))...,,....))))))).,,,.{((((((((,,(,(,,(({.{{|||||||.|||||,||||{|||{,.,,.{(({{,.,,|||,||.||||||}}}}|,.}||||,,....}}))))))).)})..))}))))))}}}.,,..,,,}}},..)),))}})))))))))).)))).))))))))))(((((((((((((((....(((,{{,.........,{(.((.,,.....}),))){,..,,..,,,.}}}}......)))...)))))))))))))))........,((((..........)))))))))))).,.,},..}},},.)))),}}.,,...,,,,,...,,............
Back