Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378804.1
Sequence Length
1336 nt
GC Content
0.4903
AAUAUCUUGCAUGUUACAGAUUUCACUGCUCCCACCAGCUUGGAGACAACAUGUGGUUCUUGACAACUCUGCUCCUUUGGGUUCCAGUUGAUGGGCAAGUGGUAGACACCACAAAGGCAGUGAUCACUUUGCAGCCUCCAUGGGUCAGCGUGUUCCAAGAGGAAACCGUAACCUUGCACUGUGAGGUGCUCCAUCUGCCUGGGAGCAGCUCUACACAGUGGUUUCUCAAUGGCACAGCCACUCAGACCUCGACCCCCAGCUACAGAAUCACCUCUGCCAGUGUCAAUGACAGUGGUGAAUACAGGUGCCAGAGAGGUCUCUCAGGGCGAAGUGACCCCAUACAGCUGGAAAUCCACAGAGGCUGGCUACUACUGCAGGUCUCCAGCAGAGUCUUCACGGAAGGAGAACCUCUGGCCUUGAGGUGUCAUGCGUGGAAGGAUAAGCUGGUGUACAAUGUGCUUUACUAUCGAAAUGGCAAAGCCUUUAAGUUUUUCCACUGGAAUUCUAACCUCACCAUUCUGAAAACCAACAUAAGUCACAAUGGCACCUACCAUUGCUCAGGCAUGGGAAAGCAUCGCUACACAUCAGCAGGAAUAUCUGUCACUGUGAAAGAGCUAUUUCCAGCUCCAGUGCUGAAUGCAUCUGUGACAUCCCCACUCCUGGAGGGGAAUCUGGUCACCCUGAGCUGUGAAACAAAGUUGCUCUUGCAGAGGCCUGGUUUGCAGCUUUACUUCUCCUUCUACAUGGGCAGCAAGACCCUGCGAGGCAGGAACACAUCCUCUGAAUACCAAAUACUAACUGCUAGAAGAGAAGACUCUGGGUUAUACUGGUGCGAGGCUGCCACAGAGGAUGGAAAUGUCCUUAAGCGCAGCCCUGAGUUGGAGCUUCAAGUGCUUGGCCUCCAGUUACCAACUCCUGUCUGGUUUCAUGUCCUUUUCUAUCUGGCAGUGGGAAUAAUGUUUUUAGUGAACACUGUUCUCUGGGUGACAAUACGUAAAGAACUGAAAAGAAAGAAAAAGUGGGAUUUAGAAAUCUCUUUGGAUUCUGGUCAUGAGAAGAAGGUAAUUUCCAGCCUUCAAGAAGACAGACAUUUAGAAGAAGAGCUGAAAUGUCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCUGCAGGAAGGGGUGCACCGGAAGGAGCCCCAGGGGGCCACGUAGCAGCGGCUCAGUGGGUGGCCAUCGAUCUGGACCGUCCCCUGCCCACUUGCUCCCCGUGAGCACUGCGUACAAACAUCCAAAAGUUCAACAACACCAGAACUGUGUGUCUCAUGGUAUGUAACUCUUAAAGCAAAUAAAUGAACUGACUUCAACUGGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-423.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -447.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 340.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((((((......(((......((((((((((.......(((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((...(((((....)))))..((((.((((.....)))).))))((((((((..(((..((((....))))..))).))))..(((((((((.((((((.........)))))).)))...))))))........))))(((.(((.((.(((((((......((.((......(((((.(((.((.......)).))).)))))....)).)).....)))))))...)))))...)))..))))).))))))).))))))..((((((.((.......)).)))))).))))))))..))..((..((((...))))..))...(((((((((..((((((((((.....(((........((((.............))))..))).....))))))))))(((..(((...............)))..)))............))))))))).((..(((....)))..))..(((...))).((((...((((......))))...)))).)))))))))......)))))).))))...))))))))))))).(((((((((((.((....((((((((((((...((((.......(((((.((((.......(((((....(((((((.(((((..((((.(((((.(((......(((((...))))).........((((((..(((.......((((((((((((((((((..((((....(((((.(((.((((((....(((((((....)))))))....))))))..(((((((((((...((.((...))))..)))).))))))).)))))))))))).)).))))))).)))))))))(((((((.(((((.....))))).)))))))((.(((....))).)).....((........))......)))..))))))(((((....)))))))).)))))))))((((((........))))))................))))).))))))).....))))).........)))).)))))))))...)))))).)))))).....)))))))))((((((.(((((.((..(((.(((((((((......))).))).)))))).)).).))))...)))).))..(((((((.......((..(((((..........)))))...)).......)))))))..................((((.....))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........((((((((((,.....{((...,,.(((((((({(.,...,,(((((({{({(,,((((((((....((((((((((((((((((...(((((....)))))..,{{{.{{{{,,,,,||||.}|||....((((..(((.(((((....))}}}}))).}}},.,(((((((((.((((((.........)))))).))}..,)))))),,.,,,...|||({{.|||,,{.(((((((..,...{{.{{......{((((,{((,((.{,,,..}),))},))))}....)),))...,.)))))))...}))))},,))),.))))).))))))))}}))))..((((((.((.......)).)))))).)))))))){{{({.((..((((...))))..)).}}|||||||||,|||{{{{{({{,,{{{{{{|,.....{{(((({.{{{,....,}||,}||))}.....}}}}}|}}}},{{,...,.....,,.,,,,,,{||...,,..,....}},.{{{|||......}))}}},,}}})}})))}|,|||,,.,,,.{{{{..,||((.....,))))...)))).,})))))})....,})))))),)}))...))))))))))))),((({(((((((.((....((((((((((((...((((.......(((((.((((.......(((((,{{.(((((((.(((((.,((((.(((((.(((.,....(((((...))))).......,,{(((((,.(({.......((((((((((((((((((.,((({....{||||.{{{.((((((....(((((({....}))))))....)))))),.(((((((((((...{{.{{...))})..)))).))))))).,)}}))))}})}.)),})))))).)))))))))(((((((.(((((.....))))).))))))){{.((,....,}}.},....,{{........,,......}}),|)))))}|||||....)))))))).)))))))))((((((........))))))..............,.))))).))))))),,}..))))).........)))).)))))))))...)))))).)))))).....)))))))))((((((.(((((.((,.(((.(((((((((......))).))).)))))),)).}}})))...)))).))..(((((((..,,,..,,..(((((..........))))).,}}).......))))))).........,........{{{{.....}))}..)))).
Back