Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378806.1
Sequence Length
1282 nt
GC Content
0.4906
AAUAUCUUGCAUGUUACAGAUUUCACUGCUCCCACCAGCUUGGAGACAACAUGUGGUUCUUGACAACUCUGCUCCUUUGGGUUCCAGUUGAUGGGCAAGUGGACACCACAAAGGCAGUGAUCACUUUGCAGCCUCCAUGGGUCAGCGUGUUCCAAGAGGAAACCGUAACCUUGCACUGUGAGGUGCUCCAUCUGCCUGGGAGCAGCUCUACACAGUGGUUUCUCAAUGGCACAGCCACUCAGACCUCGACCCCCAGCUACAGAAUCACCUCUGCCAGUGUCAAUGACAGUGGUGAAUACAGGUGCCAGAGAGGUCUCUCAGGGCGAAGUGACCCCAUACAGCUGGAAAUCCACAGAGGCUGGCUACUACUGCAGGUCUCCAGCAGAGUCUUCACGGAAGGAGAACCUCUGGCCUUGAGGUGUCAUGCGUGGAAGGAUAAGCUGGUGUACAAUGUGCUUUACUAUCGAAAUGGCAAAGCCUUUAAGUUUUUCCACUGGAAUUCUAACCUCACCAUUCUGAAAACCAACAUAAGUCACAAUGGCACCUACCAUUGCUCAGGCAUGGGAAAGCAUCGCUACACAUCAGCAGGAAUAUCUGUCACUGUGAAAGAGCUAUUUCCAGCUCCAGUGCUGAAUGCAUCUGUGACAUCCCCACUCCUGGAGGGGAAUCUGGUCACCCUGAGCUGUGAAACAAAGUUGCUCUUGCAGAGGCCUGGUUUGCAGCUUUACUUCUCCUUCUACAUGGGCAGCAAGACCCUGCGAGGCAGGAACACAUCCUCUGAAUACCAAAUACUAACUGCUAGAAGAGAAGACUCUGGGUUAUACUGGUGCGAGGCUGCCACAGAGGAUGGAAAUGUCCUUAAGCGCAGCCCUGAGUUGGAGCUUCAAGUGCUUGUGGGAAUAAUGUUUUUAGUGAACACUGUUCUCUGGGUGACAAUACGUAAAGAACUGAAAAGAAAGAAAAAGUGGGAUUUAGAAAUCUCUUUGGAUUCUGGUCAUGAGAAGAAGGUAAUUUCCAGCCUUCAAGAAGACAGACAUUUAGAAGAAGAGCUGAAAUGUCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCUGCAGGAAGGGGUGCACCGGAAGGAGCCCCAGGGGGCCACGUAGCAGCGGCUCAGUGGGUGGCCAUCGAUCUGGACCGUCCCCUGCCCACUUGCUCCCCGUGAGCACUGCGUACAAACAUCCAAAAGUUCAACAACACCAGAACUGUGUGUCUCAUGGUAUGUAACUCUUAAAGCAAAUAAAUGAACUGACUUCAACUGGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-400.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -424.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 445.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((((((......(((......((((((((((.......(((((((((((..((((((((....((((((((((((((((((...((.(((.(((...((((.((((.....)))).))))...)))))).)).(((.(((...((((((((((....)))((((((((.((((((.........)))))).)))...))))))))))))...))).)))(((.((.(((((((......((.((......(((((.(((.((.......)).))).)))))....)).)).....)))))))...)))))........))))).))))))).))))))..((((((.((.......)).)))))).))))))))..))..((..((((...))))..))...(((((((((..((((((((((.....(((........((((.............))))..))).....))))))))))(((..(((...............)))..)))............))))))))).((..(((....)))..))..(((...))).((((...((((......))))...)))).)))))))))......)))))).))))...))))))))))))).(((((((((((.((....((((((((((((...((((.......(((((.((((.......(((((....(((((((.(((((..((((.(((((.(((.((..((((((...)))))....(((((((((....((...(((((...(((...((((....)))).))).....)))))...))......)))))))))......((((((((((((((((......)).)))....))))))).))))....(((((.....)))))..(((((.((.(((....))).)).)))))..................((((((....))))))...)..))))).)))))))))((((((........))))))................))))).))))))).....))))).........)))).)))))))))...)))))).)))))).....)))))))))((((((.(((((.((..(((.(((((((((......))).))).)))))).)).).))))...)))).))..(((((((.......((..(((((..........)))))...)).......)))))))..................((((.....))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,,{{{{,,{{{,....,,}||{{.((((((,{(((((((.....(((((.,,,,,,,.((((({,....((((((((((((((((((,,.(({({,.|||}..{{((.((({.....}}}|.}}}}...||||||.{{{,{({((....|||||||||..,,.,,|((((((((.((((((.........)))))).))}..,))))))}}}}}}...|||(||.(((.{{.(((((((......{{.({......{((((,(((,((.,,,,..}),))},))))}....)),)).....)))))))...}))))...}))..))))).)))))))}}}))))}}||||,|,|,.,}}}}.},.,))))))))|(((((((((.(((,,(((....,|||.(((((((((.(((.((((((((((((.{{(.,(((((.{{.{((((((,.,.......,|((.|{{||,.....}}}}|,}}}.{{{,.,,,........,,,.,.,}},..},,....,,),}}||,|||}}}}..,|||,(({{{{||,|||{{{(((.{{..,.((((...((((,....,))))...))))...))))).)}}}}}}}}},|{{((.....)))}}}||||||{((((.(,,..||.))))}.,,|,||||||||}}}|,||}....{{((((((,,,..{{{...,|||,...})))))}|.|||,})))))))).....,.}}}.)))))).)))))),))}.....}))||||...........,{{.,,..|||.,|.)))))))))),......}))))).}}|{{{{{,.,.{(((((|....,)))))},,{,||||||({.{{{{||{|||{{,.}|||||,.{(({{{{.(((((.....))))).}|||||}(({(((....|||{||.,,,,|{.............,{{{((({{{,,,.|}||||,|,}||}}}}},||,|,,,,.((((((........)))))).....,.,.{{{{|||||,,,..,,,)))}}}}})),},.........,,,,.,}}}}}|||..,{|((||.,{{|{{..{{{|{|||,,(((((.(......).))))}.,}|||,|||,.}}..}}))).,)).)))))})))}))}|||{..,,,)})),.||||||,...}}}}}}..(((({.,,,..,,,,||||}..,,)}.}}.}})),)))},,,....,}}}}......}}||..}.}))))}}),)).
Back