Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378809.1
Sequence Length
1078 nt
GC Content
0.4777
AAUAUCUUGCAUGUUACAGAUUUCACUGCUCCCACCAGCUUGGAGACAACAUGUGGUUCUUGACAACUCUGCUCCUUUGGGUUCCAGUUGAUGGGCAAGUGGGCUGGCUACUACUGCAGGUCUCCAGCAGAGUCUUCACGGAAGGAGAACCUCUGGCCUUGAGGUGUCAUGCGUGGAAGGAUAAGCUGGUGUACAAUGUGCUUUACUAUCGAAAUGGCAAAGCCUUUAAGUUUUUCCACUGGAAUUCUAACCUCACCAUUCUGAAAACCAACAUAAGUCACAAUGGCACCUACCAUUGCUCAGGCAUGGGAAAGCAUCGCUACACAUCAGCAGGAAUAUCUGUCACUGUGAAAGAGCUAUUUCCAGCUCCAGUGCUGAAUGCAUCUGUGACAUCCCCACUCCUGGAGGGGAAUCUGGUCACCCUGAGCUGUGAAACAAAGUUGCUCUUGCAGAGGCCUGGUUUGCAGCUUUACUUCUCCUUCUACAUGGGCAGCAAGACCCUGCGAGGCAGGAACACAUCCUCUGAAUACCAAAUACUAACUGCUAGAAGAGAAGACUCUGGGUUAUACUGGUGCGAGGCUGCCACAGAGGAUGGAAAUGUCCUUAAGCGCAGCCCUGAGUUGGAGCUUCAAGUGCUUGGCCUCCAGUUACCAACUCCUGUCUGGUUUCAUGUCCUUUUCUAUCUGGCAGUGGGAAUAAUGUUUUUAGUGAACACUGUUCUCUGGGUGACAAUACGUAAAGAACUGAAAAGAAAGAAAAAGUGGGAUUUAGAAAUCUCUUUGGAUUCUGGUCAUGAGAAGAAGGUAAUUUCCAGCCUUCAAGAAGACAGACAUUUAGAAGAAGAGCUGAAAUGUCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCUGCAGGAAGGGGUGCACCGGAAGGAGCCCCAGGGGGCCACGUAGCAGCGGCUCAGUGGGUGGCCAUCGAUCUGGACCGUCCCCUGCCCACUUGCUCCCCGUGAGCACUGCGUACAAACAUCCAAAAGUUCAACAACACCAGAACUGUGUGUCUCAUGGUAUGUAACUCUUAAAGCAAAUAAAUGAACUGACUUCAACUGGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-330.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -350.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 229.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((.(((..((((((((((.........)))).))....)))).))))))))....))).((....))((((((((((.((((((((((((..((.......))..((..((((((((((((((.((((.(((.....(((.(((((((((.(((.((((((((((((.(((..(((((.((.(((((((...........(((.(((((......))))).))).(((..(((...............)))..)))....))).)))).)))))))...(((.(((((((..(((((((((.((....((((...((((......))))...))))...))))).))))))......((((.....))))..(((((.(((((.(....)..))))).....)))))))))))).)))....((((((((.....(((....)))....)))))))).))).))))))))).......))).)))))).)))))).))).....)))))))...........(((.....)))....)))))))))).......)))).))..((((((....(((((((....)))))))....))))))((((((((..(((......((.((((((((..........(((((((((.(((((((.((((((((.(((..(((((((((((.(((((.....))))).)))))))((.(((....))).))....))))...))).))))))...((((((((((......)))))))))))).))))))).((((((........)))))).........(((((((((........))).)))))).................)))..)))))).(((((...((....)).))))).)))))))).)))))..)))))))).(((((((((......))).))).)))..)))))))))))).((((((((((..................(((((..........)))))..))).)))))))..................................))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((((({.(((..(((({({(((,,......,))}).}}.,,.)))).))})))))....}}).{{...})}{(((((((((.((((((((((((.((..((...{.(((((((((((((((..(((((.((..((((...))))..)).)))))..)).))).)))).,{,...((((((((.....(((((({.,,,,.....|((.|{{||,.....}}}}|,}},.,{|,...,........{{{{{,{||...,........||,,((((((......)))))}.,,,}),))))|}}))))|,....,})}})))),,.....,}|{(({{.,,,...(((({..,..,))))},,((((.....)))},}))))),(((((.(....),.)))))...((((((((((((((((({..{{....{(((....}}}|.(((((..{((((((((.,.(((((,{((((.(((((.(((......(((((...))))).......,,((((((,.(({.......((((((((((((((((((..((({....{{{{{.{{{.((((((....(((((({....}))))))....)))))),.(((((((((((...{{.{{...))})..)))).))))))).,))}))))}})}.)),})))))).)))))))))(((((((.(((((.....))))).))))))){{.((,....,}}.},.....{{................))),|)))))){{{{|....)))))))).))))))))}((((((........)))))).........(((((((((........)))))))))).,,.......})))).,.))))))))}..(((((...((....)).)))))...)))))..))..},))))))))..)))))))))..)))))).}..))..)).)))))))))))).((((((((((.{,,,.....,.......(((((..........))))),,))).)))))))...,...........,,,................))))))))),
Back