Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001378976.1
Sequence Length
4568 nt
GC Content
0.4354
GCCGGCGGCCCGGGCGGGCUGGCAGCUAGAGUGGGUGCGAUAGCCGCCUCCGCCUCUGCCGCCUCCGCCGUCGCCUCCUCCGCCCGGGCCGUUCGCUGCUGCGCGGGGAGAGCGAGGCGGGGCCGCCGGGGCCGCCAUGGAGCCCGACUCGGUGAUUGAGGACAAGACCAUCGAGCUCAUGUUACCGAAGUGCAUGUUUGGGAUUUUGUUGAAGAAAGCUGGAUACAGUAAACGGAAAGAAUCUUGGAAGAUGCUUGACUGCUGUCUUUUCUCAGACUAGUCUGAAAGGGAAAACCCCCAUUCAUUCUGGAUUGGUGGAUCUGAAGUACAAAAUAUUUUCCAGUGUUCUGUGCCAAGGUCUUUGUGGCUAGGCUGCGCCAACCUGGUAGAGAGCAUGUGCGCACUGAGUUGCCUGCAGAGCAUGCCCAGUGUCAGAUGUCUCCAGAACACUUCAGUUAUGGAAGAUCAAAAUGAAGAUGAGUCCCCAAAGAAAAAUACUCUUUGGCAGAUAAGUAAUGGAACAUCAUCUGUGAUCGUCUCCAGAAAGAGGCCAUCAGAAGGAAACUAUCAAAAAGAAAAAGACUUGUGUAUUAAAUAUUUUGACCAGUGGUCUGAAUCAGAUCAAGUGGAAUUUGUGGAACAUCUUAUUUCACGAAUGUGUCAUUAUCAGCAUGGACAUAUUAACUCUUACCUGAAGCCCAUGUUGCAGCGGGACUUUAUUACCGCUUUACCAGAGCAAGGCUUAGAUCACAUAGCAGAAAACAUUCUUUCGUACCUGGAUGCCAGGUCUCUGUGUGCAGCAGAGCUGGUAUGUAAAGAAUGGCAGCGAGUGAUCUCAGAAGGAAUGCUUUGGAAGAAGCUGAUUGAACGAAUGGUACGCACUGAUCCCCUAUGGAAAGGACUUUCAGAAAGAAGAGGGUGGGAUCAGUACCUGUUUAAAAACAGACCCACAGAUGGCCCUCCAAAUUCAUUUUAUAGGUCAUUAUACCCAAAGAUUAUCCAGGAUAUAGAGACUAUAGAAUCUAACUGGCGGUGUGGACGACACAACUUGCAGAGGAUUCAGUGCCGCUCUGAAAAUAGUAAAGGUGUCUACUGUUUACAGUACGAUGAUGAAAAAAUUAUCAGUGGCCUACGAGAUAAUUCUAUUAAGAUAUGGGAUAAAACCAGCCUGGAAUGUUUGAAAGUGUUAACAGGACACACAGGCUCUGUCCUCUGUCUGCAGUAUGAUGAGCGUGUCAUUGUAACUGGCUCUUCAGAUUCUACGGUGAGAGUGUGGGAUGUGAACACGGGUGAAGUUCUUAACACAUUGAUCCACCACAAUGAGGCUGUAUUGCACUUACGCUUCAGCAAUGGACUGAUGGUGACCUGUUCCAAGGACCGCUCCAUUGCUGUGUGGGACAUGGCUUCUGCGACCGACAUCACUUUACGCCGUGUCCUGGUUGGCCACCGGGCUGCCGUCAAUGUAGUAGACUUUGACGACAAGUACAUCGUGUCUGCCUCUGGUGACAGGACCAUCAAAGUCUGGAGCACGAGCACCUGUGAAUUUGUUCGUACUCUCAAUGGGCACAAGCGGGGCAUUGCCUGUCUCCAGUACAGGGAUCGCCUGGUUGUUAGUGGAUCAUCAGAUAAUACCAUUAGGCUCUGGGAUAUUGAAUGUGGUGCCUGUUUAAGAGUCCUAGAGGGACAUGAAGAAUUGGUCCGAUGCAUCCGGUUUGAUAACAAGAGGAUUGUCAGUGGGGCCUAUGAUGGGAAAAUUAAAGUUUGGGACUUGCAAGCUGCUCUUGACCCUCGAGCCCCAGCAAGCACAUUGUGUUUGCGCACAUUGGUGGAACAUUCUGGACGUGUGUUUCGGCUCCAGUUUGAUGAGUUUCAGAUCAUCAGCAGCUCCCAUGAUGACACUAUUUUGAUUUGGGAUUUCUUAAAUGUGCCUCCCAGUGCCCAGAAUGAGACCCGUUCUCCCUCCAGAACAUACACUUACAUCUCUAGAUAACAGUCUGCACUUUCACCCGUUUCAGGGUUUUCUAGUCUUGAACUACUGGCUACGUGGCUACCAAAUGCCUAAGGGAGUUCGUUCACAGCUGAGUUAUGAAGCUGGAAUUGGUUCUAGACGCUGGGUAGAUGCAAAGCAGCCUAACUCUUCAAGUACCGACAUUUCUCACCUCUGAUUCCGGCUCUCCUUUGAGAAGGAGACCUUAGCUUCCCCGGCUUCAAGUAGAACAGAAGCCCGUUUCCUUCCCUCAUCAGUGAAAAAAUCUAAUGUUUCAAAUGUAAAUUGUUCAUAGAAAAGGAACAUAGAAUCUGUUUUACAGAAGUAAAUCGACCGUCAAGAGAAGACUUGGCCUCUAAUUUAUAUUGCUUUGCACUUUGGUUUGAUAUUAAGAAACAGCAUUCUUCUUCAGUGAAAUUUUGGGUGCCAAACACCUACCCAGAAUGUCCAGGGCUUUCAUUUUCAAAAGUUAGCAUUCUCCUUUUGACCGUCCAAGUCAUUAUGAAUUCUGACUUGUUGUAUUAGGAACAUGUUGGACAGUGGAAAAUUUUCUCUGGAUUGUUUUAGUAAUAUUUUUGGGAUUAUACUUCCUUUCUGUACCAAUUUCUUUUAAUUUAAAGAACUAUAAGUCAGUUAUAUUAUCUACCAACAGGUAAUAUAGCUCUUUCUUUUAUUAACUGUUCUCUGUCCCCCAACCAUCUCCUGAUAUUUGGUAGAGUAACACCUUUAUACGUGUGCUUGCCUCCUAAUUUAAAAUACUGUAUUCGCAUGUAGAUAUAAUGUACAUAACAGUUUAACCUCAAAGUUGCUGGAGUCAGGGCCCCCUGUGCUUGAGACACUAAUACAGAGUGUGUUCGCACUUAGCCAUGGGCUGGGCUCAAGAACCUGAUACCUGGGUUGAUGUGGAUUACCUAGAACCCUUCCUGCAGUAUUCAUACAGUGUUUUUAUUUUGUUGUUGUCAUUGCGUGUGUGUGGUUUGUGUGUGUUUUUAAUGAGAAUCUUGUUUUAAAAUGUAAUUUCUAAGGUUUAACACCAAAAUGUUUUAUUUGUUGUGGAGUAUAUAUUAUACAAUAGAGAGGUACCUUAAACAUUUUUUGUUCUUAUUCUUUUUCUCAUAAGUACUCCUGAGUACAAGUGGUCACCUCCCAUAGUAUUCAUUUGGCUUCGCUGUCAAAAAUCAUUAUUCUGUGCAGUCGUGGCCCUGGGAAGGGGAAAUAAGAAGGCCCUGUUGACGGGCUGUCUUGGCUCUGGAAUUCAUGCAUCCUGGCCUUGCCAAGGUUCUGGCAGGGCCUGCUGGUGUGUUGGAGCCUGCAGGGCAGGUCAGGCUGGUUCAGAGGCCCAUGCUGAGGGGUGGGUGCUCUGAAGUGGAGUGAAGCCUCAAGCCCAUGAAUGCCACCCCAGUCAUCUCUGGUGUCAGCUGCUGCUGUGGCCCCAGCAGGUUCUCAAAGCUCCCAAGUCCUCCCUACGACACAGCCCAAAUGUGUAAAUGGCACUGUUGCCCUGACAGUGCAUGGAAAGGACGUUGGCAUCCAAUUGGCACUCCUUCUCCCUUAUUCAAUAUUAGGUUUGAUUUGCCCUUCGCCAUUGUUUCCAAAGAUCAAGGAAUGUCAAUAACAUUUUAAAGGACCAAUAAACAGCCUCCUAUAAAGUAAACCUCUUCCCGUGGAAGCACACUCUACUACUAAAGGGAAGGCCCUGGGCUCUGAUUUGUCCUUUGCAUUGAGAACGGUGUGGGGAUCAGUGUGUGUGUAUGUGAUUUGUUUAUUGAGUUGGCUUUGCUUUUUUAGUUUUUCUUUUAAAAAUAAAAUCCUUCCUUCCCAUGUUACUAAAUUAAUUUAUGUUUUUGAGAGGUUGAGUCUCAAAGUGUAAACAAUAAACCUCCAUUCAUAAGGUGGAUGUUGUAAGCUUGAUGGUGGUUGUGAAAGUGAUUUAGCUUUGACCACUUUUCAUCCUACAGCUUCAAUAUCAAACUGGUUAGGAAAGCCCAGGGGGAAGGGAGGGGGCAGGGGAGGAGGCAAUUCUGAAUGAAUGAAUGGAUUUUUUGUUGUUUUUGCAUGUUUAAUAUAGAAGUUCCCCUCGUUCCUUGGGAGAUGAUGGCCUUUGAAUAUGCAGACAACCUUUGAAUUGUGCCUACUAAAUUAUAGCAGGGGACUUUGGCACCCAAGGAGUUCUGACUUUCUGGGAUUAUAAUAGUAAUUCCCAGCCAUACUCUGGACUUUAUUUUGCUAACCAUAACUGAGCAAAUGUAAAUUACUGCUAUAUUAAUGUUUUAAAGCACUGGGAUAGUCUAAUUCUAACUUGUAAUUAAUUAUGUUUGCCAAUUAUCUGUUUGAAAUAAAUUUGUGUCUGAACAGCUAUUGAAACUGUUAAAUUGUACAGAUAUUAUUCAUGACAGCUUUGUACUGUGGAAUGUGCUUAAUAAAAAACAAAAAAGUUUGACUUUUGUCCAGUAAAUUGCUAAGUAAUGUCAAUAAAUCGAGUAUGGGUAUUAUGCAGUGCACCUAAUCUGGCUUCAUGCAAUUGUUACUUCAGCUACUGAUUCAAAGCCAAUACUCUUAAUAAAGUGUUGCAAUACUCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1414.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1500.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 966.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((.(((((((.(((((..((.(((((.(((.....))).))))))))))))))(((((((.(((((((((((((...(((.....)))...))).)))))).)))))))))))))))).))))))))..((((....((((((((((((((...............)))).))))))).)))((((.(((.(((((((..........((((....))))........)))))))..))).))))..(((((..((((......)))))))))((((.(((......))).))))...(((((((((((..(((((((((((..........((((((((((((((.(((...((((((...))))))...))))))))((((.(((.((.((((((.(((((.......))).)).)))))))).))))))))))))))))((((((((((..(((((....((.((((..((((((((((.......)))))))............))).)))).))..)))))((((.((...(((((((((((((((....)).))...........(((((.((((((((((((.....(((.(((((((...)))))))..))).((((((((((.......))))))))))(((((..(......)..))))).....((((..(((...((((.......(((((..........)))))...((((((((...((((((((((...((......(((((((.......((.(((((((.((((((....))).))).))))))).)))))))))...))..)))))))...)))...))))))))..((((((((((((((((((.((((((((((((((((.....(((((((..(((((.....(((((.((((.......(((((....)))))..(((....))).((.(((.....(((((((((.((.(((((.((............)).))))).))))))))))).....))).)).((((((((....((((.(..((((((..(((((((.(((.((((((((........)))))))).)))...((((((......)))))).((((((..((((((.(((((((......)))))))((((((...((((((((..(((((((((..(((((((((....((((.(((..(((....)))...)))))))))))).)))).((((..(((..((((......(((((.((((((((.(.((..((((((...(((((.....(((((........)))))((((......)).))..(((..((((((((((..(.((((..(((......)))))))))))))))))).)))(((((((((....(.((......)).).....))))))))).(((.....)))((((((.((((((.((.....)).)))))).)).((.(((((((...((..((((((((.(((((((((((..(((((((.(((((((.(((.....(((((.(((...(((((.((...(((.((((..(.(((((.......))))).)..)))).))).((((((((((....)))....))))))).(((((((((.(((((((.......)))))))..)))))))))((((...........))))((((.((((..((((....)))).))))))))..((((((...(((.(((........((((((.......))))))........)))))).))))))((((((((...)))))))))).)))))))))))))......))).))).)))))))))))))))))).))))..).)))))))..))...)))))))))...........((((((...(......)....)))))).)))))))))...))))))..))).)))....))))).)))))))))..)))...))))..)))))))))..))))))))))))))...)))))).......))))))))))).))..))).)))..).))))))))))))(((((((......((((((((((((....(((...(.((((..((..(((.((.....)))))))..)))).)....))).....))))))))))))((((((....))))))..))))))).....((((((..........))))))....)))).))))).(((.((((........(((((((.......................)))))))((((((((((((.......((((((((..((((((......)))))).............(((...)))..)))))))).......))))))).)))))..)))).))).((((((((((.........))))))))))(((((((((((((........(((((((.((((......((((.......))))....)))).)))))))((((((..(((((...(((((((((.((((.((..((((.(((.((((.....)))).))).))))..))..))))...)))).)))))((((((......)))))).........(((((((((((((......))))))))))))).)))))..)).))))(((((((((....((((..(((....)))..))))))))).))))((((((((((((((...((..(..(((..((((((((((((.....(((((...............((((..(((......)))))))..((((((((((...((((..((.(((((.......))))).)).))))..((((...)))))))).......))))))..((((((.(((....)))))))))........)))))......)))))))))))).)))..)..))...)).)))))))..(((((..(.(((((((((((....((((((((.................)))))))).(((.((((........)))).)))(((((((.(((.........((((((.......((((.....)))).........))))))))).)))))))(((((((..((((.......)))).)))))))...((((.((((((((.............)).)))).)).)))).((((((((((....((((.(((((.......))))).))))((((((((.((.(..(((....((((((((((......)))))))))))))..).)).)))))))).((((((((((((((((((.(((((((((((((.(....).)))))).))))))).)((((((..((.....))(((((.((((((..((((......))))((..((((.((((((......))))))........))))..)).(((((..(((..(((((.......))))).....((((((((.....)))))))).)))..)))))..)))))).))..)))))))))....................)))))))))))))))..)).((((.((((.........))))...))))...((((((.((((.............)))).))))))...))))))))))))))))))))).).))))).)))))))))))))))))))))))...)))))))((((((....)))))))))))))))))))))......).)))))))))....)))))))))...(((((((........)))))))......(((((((((((...............(((((..((((((((.......)))))))).)))))......((((.........)))).(((((((.(((((.(((((.(((.((.(((((......))))).)).)))..)))))....))))))))))))...((((..........)))).))))))))))))))).)))..))))((((.....((((((...........))))))....)))))))))))))))).))))).(((.........)))...))))))))))).....)).))))............((.(((.(((.....)))..))).)).((((((.....(((((((.((....((((((((((....)))).))))))......)).)))))))....))))))))))))))))(((((((((((((((((((...((((....)))))))).((((((......))))))....)))))...))))))))))((((...((((((((.(((....))).)).))))))..))))...((((........))))........(((((.((((.(((((((((....(((((((.....((((......))))(((....)))......(((((........).))))..........)))))))..)))))))))........)))))))))...))).)))))))))))))))))))..((.((((((........))))))))....))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((.((((({(.(((((..((.(((((.(((.....))).)))))))))))))){{(((((.((((((((,((((.{{(((.....}),,},),)})))))).)))))))))))))))).))))))))..((((....((((((((((((((..,.......,,,..)))).)))))))},))((((.(((,(((((((.,{.......((((....))))...,.,,.)))))))}.))).))))..(((((..((({......))))}))))((((.(((......))).))))...(((((((((((..(((((((((({..........(((((((((((((,,(((...{(((((...))))))...))))))))((((,(((.((.((((((.(((((,,.....))).)).)))))))).))))))))))))))))((((((((((.....((((((((((.,{{((({(((((((.......))))))),,|||..{{...{{,||,|||}},,}}},.{{{(,((...(((((((((((,,((....)).}}...........{((((.((((((((((((.....(((.(((((((...)))))))..))).,,{(((((((.......)))))))||((((((..,......}..))))))},..(((({.(((...((((.......(((((..........))))).,.((((((((...((((((((((...((......((((((({,,,,,,,(.{{{{|{(,,((((({...,,)})))}))))))),}))))))))...))..)))))))...}))...))))))))..{(((((((((((((((((.((((((((((((((((.....(((((((..(((((.....(((((,((((,,,{...(((((....)))))..(({....}}}.((.(((.....((((((({{{((.(((((.((............)).))))).))))))))))).....))).)){((({{{{,,,,,{{{{.(,,((((({..({(((((,(((.((((((((........)))))))).)))...((((((......)))))),||||||,..,{{{..,{|||{(..,,,.}}|||}}....,.{,(((({{{(({{({{,,(({{..,|,|||||..}},|||,,})))}|||,..,{{{{{((({((,,..,))})))),})}}}},..,})}}.,,,,.((((((((((({((({,{((,.,,((((...({{{,...,.(((((........)}}}|(((({((.,,||,,,,,{((..((((((((((..{.((((..(((......)))))))))))))))))).))}(((((((((....(.((......)).).....))))))))),(({.{(((....)))}|}|(((((.((.....)).)))))}....((.(((((((...((..((((((({.(((((((((((..(((((((.(((((((.(((.....(((((.{((...(((((.(({({({(.((((..(.(((((,....,.))))).)..)))).))))}{({((((((,,,.}}}....||}}}}}.(((((((((.(((((({.,....,,))))))..)))))))))((((.........}.))))||||.||||,.|(((,,,,}}},.})}))))),.((((((...(((.(((..,,....((((((.......))))))....,}..)))))).))))))((((((((...)))))))))).)))))))))))))......))).)))))))))))))))))))))).)))),.}.)))))))..))...)))))))}}.,,......,.{(((((...{......,....)))))}|||||||}}}.,,|}}|||,{|||,|,,,},.,..,,.,}}.}}}}..||||{....)))})}}}}}}}|{{|}}}}}})))),,,,||||}}}},......)))))}}}|||.}}..,,,,))}..),)))}}))|||}|(((({{{......||||||||{{|||,}},{{.,,|}||||..||}}|,|}||}}}..))})))).,)})).)},,.)))}}}}.))))))))}))|||{{{{...,|||||||,},,}}}|.....((((((..........)))))).},,)))),)}))).(((.((((.........((((((.,{{{{,,,.{((((........,)))))..,..(((((...})))}.{{{{((,{{..((((((......)))))).....}}}}}}..{((...))}..,,})}},,}},}}..))))))....,,},.)))).))).((((((((((.........))))))))))(((((((((((((........(((((((.((((...,..((((.......))))....)))).))))))){{{{,,..{{{||,..(((((((((.((((.{(..((((.(((.((((.....)))).))}.))))..)}..))))...)))).))))){(((((......)))))}.....{{..(((((((((((((......))))))))))))).,}})),.,}..,,,(((((((((....((((..(((....)))..))))))))).))))((({((((((((((...((..(..(({..((((((((((((....,((((,,,...,}.}}}},..((({..{{{......}}})}}}{{((({{(((((,,{((((,,((,(((((.......))))).)).)}}).,||{|..}))))})))}}..,..}|||,,..{,(((({,,{..{,,,,}))}}},}}}}...}}}))},....)))))))))))).)})..)..)).,.)),,)))))),.(((((..{.(((((((((((....((((((((....,.......,....}))))))).(((.((((........)))).)))(((((((.{{(,.......,((((((.....,,((((.....)))}..,,..,,.)))))}))).)))))))(((((((..((((.......)))).)))))))...((((.((((((({..,.......,,.}}.)))).)).)))).{(((((((((....((((.(((((.......))))).))))((((((({.,,.({,(((....((((((((((......))))))))))})}.,),)),)))))))).(,((((((((((((((({.(((((((((((((.(....).)))))).))))))).}((((((,.{,.....||(,,((.{(((((,.((((......)))).|..{((,,{((({{......))))))}}......,}}}..,..(((((.{{,...(((((.......))))).....((((((((.....)))))))).,))..})))),.}))))}.},..})))))))),,..,,..............))))))))))))))).,}}.{(((.((((.........))))...}}}}...((((((.((((.............)))).))))))...)))))))))}))))))))))).}.))))).}))))))))))))))))))))))...))))))){{((({....)))))})))))))))))))))......).))))))))}...,))))))))}.,,,{(((({,,,,....,,)))),,,,,..(((((((((((...............{{(((,.{(((((((.......)))))))}.}}}}}......{{{{,,.......}))}.(((((((.(((((,(((((,(((,{{.(((((......))))),)),)))..)))))....))))))))))))...(((({{.....,},)))).))))))))))))))).))).}))))((((....,(({{({,{{,....,,,}}}})),,..)))))))))))))))).))))),(((.........))).,.))))))))))).....}}.}}}}..,{,,,|...,{|{|{,.,,......,}},|}}}},||{{((...}))}}|,||}}}},,,..((((((((((....)))),}))))),{{...,,})).)))))))))).,..))))))))))(((((((((((((((((((.,.{{{,....,)),)))).((((((......))))))....))))),..}))))))))){{{....((((((({,{((,,,,|||{||.||||||..,,,,...||||}.....,}))))}}.}}}}}||,||}||.,.{{((((,,(.(({,((((..((({{(..({{,....)))},.})))))..}}}}.}}),)..}))}..,,,........,,,,,}||||||,.}}}}))))}||......))|,,,,})}..))),}))))))))))))))))))..(,{((((((........))))))))....))))..
Back