Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001379200.1
Sequence Length
2048 nt
GC Content
0.7031
ACUCGGCCCGCGGCGCGGGGCAGCGCUCAGCUUGGUGGCGGGGGCGGCGGCGGCGGCCCGCGGGUCAUGAUCUCCGCCGUGUCCAGCCCGUGGCUCACGCAGCUCUCGCAUUUCUGCGACGUUGCAGCCUUCACGGCCAGCAGCCUGAGCAGCCUGGGGGCCGCGGGGGGCUUCCCGGGCGCCGCGUCGCCCGGCGCCGACCCGUACGGCCCGCGCGAGCCCCCGCCGCCGCCGCCGCGCUACGACCCGUGCGCCGCCGCCGCCCCCGGCGCCCCGGGCCCGCCGCCGCCGCCGCACGCCUACCCGUUUGCGCCGGCCGCCGGGGCCGCCACCAGCGCCGCCGCCGAGCCCGAGGGCCCCGGGGCCAGCUGCGCGGCCGCAGCCAAGGCGCCGGUGAAGAAGAACGCGAAGGUGGCCGGUGUGAGCGUGCAGCUAGAGAUGAAGGCGCUGUGGGACGAGUUCAACCAGCUGGGCACCGAGAUGAUCGUCACCAAGGCCGGCAGGCGGAUGUUUCCCACCUUCCAAGUGAAGCUCUUCGGCAUGGAUCCCAUGGCCGACUAUAUGCUGCUCAUGGACUUCGUGCCGGUGGACGAUAAGCGCUACCGGUACGCCUUCCACAGCUCCUCCUGGCUGGUGGCGGGGAAGGCCGACCCUGCCACGCCAGGCCGCGUGCACUACCACCCGGACUCGCCUGCCAAGGGCGCGCAGUGGAUGAAGCAAAUCGUGUCCUUCGACAAGCUCAAGCUGACCAACAACCUACUGGACGACAACGGCCACAUUAUUCUGAAUUCCAUGCACAGAUACCAGCCCCGCUUCCACGUGGUCUAUGUGGACCCACGCAAAGAUAGCGAGAAAUAUGCCGAGGAGAACUUCAAAACCUUUGUGUUCGAGGAGACACGAUUCACCGCGGUCACUGCCUACCAGAACCAUCGGAUCACGCAGCUCAAGAUUGCCAGCAAUCCCUUCGCGAAAGGCUUCCGGGACUGUGACCCUGAGGACUGGCCCCGGAACCACCGGCCCGGCGCACUGCCGCUCAUGAGCGCCUUCGCGCGCUCGCGGAACCCCGUGGCUUCCCCGACGCAGCCCAGCGGCACGGAGAAAGACGCGGCUGAGGCCCGGCGAGAAUUCCAGCGCGACGCGGGCGGGCCAGCAGUGCUCGGGGACCCGGCGCAUCCUCCGCAGCUGCUGGCCCGGGUGCUAAGCCCCUCGCUGCCCGGGGCCGGCGGCGCCGGCGGCUUAGUCCCGCUGCCCGGCGCGCCCGGAGGCCGGCCCAGUCCCCCGAACCCCGAGCUGCGCCUGGAGGCGCCCGGCGCAUCGGAGCCGCUGCACCACCACCCCUACAAAUAUCCGGCCGCCGCCUACGACCACUAUCUCGGGGCCAAGAGCCGGCCGGCGCCCUACCCGCUGCCCGGCCUGCGUGGCCACGGCUACCACCCGCACGCGCAUCCGCACCACCACCACCACCCCGUGAGUCCAGCCGCCGCGGCCGCCGCCGCCGCUGCCGCAGCUGCCGCGGCCGCCAACAUGUACUCGUCGGCCGGAGCCGCGCCGCCCGGCUCCUACGACUAUUGCCCCAGAUAACACGGGCCCUGUCGCGCUCCCGCCCCGGUCCUGCACAGCCCCGAAGUUCGCCGGGCCCGGCCACCCUGCCCCAAGGGCAAGCAAGGAAUACGUUCCCCCAGCCCCAGGGGCCACCGCGGCUCUCCCCUUCCCCAGCCUCGAAGCCAUGGGGGCCCCCUCGCCACCCCCAGCCCCUUGGGCUAUCGAAGUAUCCGGUUCCCCAGUCCCUGGAGCCACCGCGGGUCCUUCCCCGGCCCCGAGGGCCAAGGGGGUCCCCGCCCGCCAGUGCCAAAGCGCCCGGUCGGAGGCGGAAGGAAGUGAUAUUUAUUGUUCUCCCCGAGACCGCGUCGCCCGCGGCCCGGCCGGCAGUUGCAGUGUAGACAGCCCGAGAGCCCCGCCUGCAGGCGGUGUAGAUACAUGUAGAUACUGUAGAUACUGUAGAUACCGCCCCGGCGCCGACUUGAUAAACGGUUUCGCCUCUUUUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-955.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -988.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 661.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((((((((.....))).((((.(((((((((((((((((((((((((((((((........))))....)))))))).....((.(((((((((....))))).(((((.(((.....)))..)))))..)))).))..((((((((((.(((.(....((((((..(((((....))))))).))))...).))).)))).)))))))))))))))((.((((.(((...))))))).)).)))))))))).))))...(((((.(.((.((((.((((.((......)).)))).)))).)).))))))))).)).))))))).)))))).((((((((.((((.(((.((((((....))))))...))).)))).......(((((((((((((((.(((((..((((((((((.(((.....(((.((.(((((((((((((......)))))..........))))).))))))))(((((((((..(((((.(.........).)))))...(((((((((...)))).)))))......((((....((((...(((((((((((.((.....)))))))))))))...))))))))....((((((..(((((((((........)))))))))))))))(((.(((......))).)))..)))))))))(((((((((...((.......))...))))))))).......))).))))).............(((.((....)).)))...............)))))....))))).))).((((((..((((((((....))).)))))....)).))))...........((((....))))...))))))))))))(.(((((.(((((........((((((.(((.((.........(((((.(((.((....(((((....))))).....))....((((((.(((((((.((((.(((((...(((.((((.....))))..((((.....)))).((.(((((((......))))))).))..((((((((((((...((.((.(((....)))..(((((....((((((((.(((((((((((..(((..(((((((..(((((((..(((.(((..(((((.(((((((.......))).(((((((((((.((.((..(((.....))))))).)))))))))))((.(((((((.....(((.(((((((.(((((...((((((((.(...............).)))).))))...))))))))).))).))))))))))))......................(((....))).........(((((.(((((...(((((((.((((((..........((((((((((((((((...((......)).)).))))))......................((((((.((((.((((((((.((.((.((....)).)).)).)))))))).)).....)).))))).))))))).)).)))))).)))))))...........))))))))))...))))))))).)))))))))))))..)))..))...))...))).)))))))))))))))).....(((((..((((..(...((((....)))).)..))))..)))))....)))..))))).........)).))))))))))))))))).)))))........(((((...)))))............))))...))))))).))))))...))))))))..(((((((((...)))))..))))(((.(((.(((...((((....)))).))).))).))))).))).))))))....)))))))))).)(((((((.((((....((((((((.(((((((((((((((..(((........((.(((((....))))).)).......)))..))))))))...))))......)))..)))).))))...))))...)))))))))))...))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,(((..((((((((((((.({{{{{.||,.((((.(((((((((((((((((.,.((((((((..,......{{|(((....|||.,,||||...(({((,,(((((....))))).|||||,|||..,,,)))..||,||..}}||.||.{(({((({((({((((((...((((((..{,{,|,,,,))})|}|.}}}}...))))),)))),))))))}}})),)))}},)})}}..))))))))))))))))))))))))).)))).,}||||{}}}{|}||||}|||,.||,...,{||,||||.||||.||{|||{|}},|,||.|||||||{,|||,|{(,{,{||}.{|||}||,.((((((....))))))...)))})}))})........(((((((({(((.({{,(((((.(((.......((((..(((,((,(((((((({{(({....,{|||}|..,,.,.,..))))).))},}))}((((((((({.({{{{.,.,.......},))))},..(((((((((...)))),}))))......((((....((((...(((((((((((.((.....)))))))))))))...))))))))....((((((..(((((((((........)))))))))))))))(((.(((......))).)))...))))))))..{(,,{.(((((((.((..{..(((((((((((((((..(((....|||{.............{||.{{....}|{|},......((((...........))))...,,}}..{|||{{,,((({{{{|,}}}))},,.|||{{{{|,.,|||.......,}}.((((....)))).....)))))))))))))).)))))))))..}..)).)))))))}..}}.....)))).......))))))))..,,})))}.,....))))))))...(((((,((((.((({.{(,{{(.,({{({{({((((..{{.||||{{,(((({..{|||{{{...((((((......))))))|{((..{(((((((((((..,((.((.(((....)))..(((((....((((((((.(((((((((((..{{{.{((((((({.((((((({{((((((({.((((({,.,,,,,..,|}|}|),.|||||||||||((({{{..,{{.....))}))))||||||||||({((((((((({.....(((.(((((((.(((((|.,{(((((((,,.|||....},.....}.)))).)))).,.))))))))).))).)))))))))))}....................,,(((,|,|)}}..,,.....{((((.(((({.,{(((((((.((((((.......||,|,{{((({{(((((((...((......}}.)).)))|},...},.................}||{{{.{{((.((((((((.((.((.((....)).)).)).)))))))).)).....}).)}})}.,))))))})).)))))).))))))).........,,)))))))))}....))))))))))))))),|||,..,||,..,,,...),...)}}.)))))))))))))))).....(((((..((((..{...((({....}))).}..))))..)))))....))).,))))).........)).)))))))))))))|{{},....}},{{{{{{.({(({{{|||||...({{{.{{{{((({,{,{{{...)}))})}}.,,,|})}}.}}}|,,.|||||,},)))),..)))))}.,}}}}|||},}||||,,..))))}.))}))).}){((..((({{{((,...,}}),))))}}))|.{,((({(.....))}))|}))).,)})}))},}}},}|..})}))))}.}})))(((((....))))).(({..((((.(({..{{,.,)}..)))))))..))),)))))))}))))...}).}}}}))),...,||......))..
Back