Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001379446.1
Sequence Length
3753 nt
GC Content
0.4373
CAAACUAGUUCUGCACCAUGAGGAAGAAGCAGCUGAAGACGGAGGCAGCUCCACACUGUGAACUAAAAUCAUAUUCUAAGAACUCAGCCACUCAGGUAUCCACCAUGGUGCUGGGUCCUGAACAGAAGAUGUCAGAUGACAGUGUUUCUGGAGAUCAUGGGGAGUCUGCCAGUCUUGGUAACAUCAACCCUGCCUAUAGUAAUCCCUCUCUUUCACAGUCCCCUGGGGACUCAGAGGAGUACUUCGCCACUUACUUUAAUGAGAAGAUCUCCAUUCCUGAGGAGGAGUACUCUUGUUUUAGCUUUCGUAAACUCUGGGCUUUCACCGGACCAGGUUUUCUUAUGAGCAUUGCCUACCUGGAUCCAGGAAAUAUUGAAUCCGAUUUGCAGUCUGGAGCAGUGGCUGGAUUUAAGUUGCUCUGGAUCCUUCUGUUGGCCACCCUUGUGGGGCUGCUGCUCCAGCGGCUUGCAGCUAGACUGGGAGUGGUUACUGGGCUGCAUCUUGCUGAAGUAUGUCACCGUCAGUAUCCCAAGGUCCCACGAGUCAUCCUGUGGCUGAUGGUGGAGUUGGCUAUCAUCGGCUCAGACAUGCAAGAAGUCAUUGGCUCAGCCAUUGCUAUCAAUCUUCUGUCUGUAGGAAGAAUUCCUCUGUGGGGUGGCGUUCUCAUCACCAUUGCAGAUACUUUUGUAUUUCUCUUCUUGGACAAAUAUGGCUUGCGGAAGCUAGAAGCAUUUUUUGGCUUUCUCAUCACUAUUAUGGCCCUCACAUUUGGAUAUGAGUAUGUUACAGUGAAACCCAGCCAGAGCCAGGUACUCAAGGGCAUGUUCGUACCAUCCUGUUCAGGCUGUCGCACUCCACAGAUUGAACAGGCUGUGGGCAUCGUGGGAGCUGUCAUCAUGCCACACAACAUGUACCUGCAUUCUGCCUUAGUCAAGUCUAGACAGGUAAACCGGAACAAUAAGCAGGAAGUUCGAGAAGCCAAUAAGUACUUUUUCAUUGAAUCCUGCAUUGCACUCUUUGUUUCCUUCAUCAUCAAUGUCUUUGUUGUCUCAGUCUUUGCUGAAGCAUUUUUUGGGAAAACCAACGAGCAGGUGGUUGAAGUCUGUACAAAUACCAGCAGUCCUCAUGCUGGCCUCUUUCCUAAAGAUAACUCGACACUGGCUGUGGACAUCUACAAAGGGGGUGUUGUGCUGGGAUGUUACUUUGGGCCUGCUGCACUCUACAUUUGGGCAGUGGGGAUCCUGGCUGCAGGACAGAGCUCCACCAUGACAGGAACCUAUUCUGGCCAGUUUGUCAUGGAGGGAUUCCUGAACCUAAAGUGGUCACGCUUUGCCCGAGUGGUUCUGACUCGCUCUAUUGCCAUCAUCCCCACUCUGCUUGUUGCUGUCUUCCAAGAUGUAGAGCAUCUAACAGGGAUGAAUGACUUUCUGAAUGUUCUACAGAGCUUACAGCUUCCCUUUGCUCUCAUACCCAUCCUCACAUUUACGAGCUUGCGGCCAGUAAUGAGUGACUUUGCCAAUGGACUAGGCUGGCGGAUUGCAGGAGGAAUCUUGGUCCUUAUCAUCUGUUCCAUCAAUAUGUACUUUGUAGUGGUUUAUGUCCGGGACCUAGGGCAUGUGGCAUUAUAUGUGGUGGCUGCUGUGGUCAGCGUGGCUUAUCUGGGCUUUGUGUUCUACUUGGGUUGGCAAUGUUUGAUUGCACUGGGCAUGUCCUUCCUGGACUGUGGGCAUACGUGCCAUCUGGGAUUGACAGCUCAGCCUGAACUCUAUCUUCUGAACACCAUGGACGCUGACUCACUUGUGUCUAGAUGACUGACAGCCUGAGAGACUCUAUAAGAACAUGUUUUUCUAAGCCCUUUUUGUGCCAGGUGUCCCGUUAACGUCUCUGUUAGUUCAGAGGUGAGUUUUGUUCAGACGUUUUGAACAAAAGGCAAAGAUUUCCUCAUGGGAAGGGUGUUCAAAACUGACAGCUAUAAAUGUAGGUCAGAGACCCACCCACCUCAUAACAGUCAUACACUCCCAGAGUUAAACGAUUGGCCUCUGAUGGCCACACACCCCUAUGGGCUUGUGUCUUGGACUCUGGGAUUUAAAAGAUAUAUAUGUAUAUAUAUUUAUGUAAACCUGAGCAUCUCAGUUUGGGUAGAGUUUUAAGGUUAUAUGAAACUGAUAGAACUUUUGUAUUUUUUUUUUAAAUAUUGUUUUGAUAUAUCAGAUAUUUGUUUUGUCUGGAUCACAAGUGAGAAAGAAAAGAGAACAAUGCUCUUUUUCACAAUGAACUGGUCAAAUUGACUAUCUUGUAAAGUGAUACUUUACUAUGUCAGUGAAAUUUCAGUUUGAUUUUAGUCAACCAGAUUAUAUCCUUUGUAUCUACUGAUAUUAACACAUCAUAUUAACACAUCAUUUCUUAAAAAAACAUUUCUUCUGUUUGGCAAUCAUAAUUAACUCUGGUUAUCAGCCUAUUUUGUAAUUAUUGUCUUUGUCGUCACUUUUCUUGAAUUGUUUUCUAGUCAUUAAACAGAUAUGAAGGCAUUGCCAAAGAGCUUUAAUAUCCAGUAACAAGAUCCAGAAACCACACUUUAACCAGUGAUCAGUUUUCCGUGCUGCAUUGUAACUCAGCUCAUUCUGGCAUUCAAGUUUUAGGCAAAAAAAGAGGAAACUUCUAACAUUUAGCUUGUAAGUCCUGACAUAAGAUAGUGAAGAUAUUUAUCUUCUUUCUAAUAUUUGUAUAGUCCGCCAAUGUAUUUUCUUCCCACUAUUCCCAUUAACAUACCAAACACUGUUUCUAGGUCCAAAGUCUAUUUCUAGGAGUGGCCAAUAUUUGUAUUGUUGAAUCUCCUAGGGAAUGCUAAAUGUUUCACUUUAAAAUACCUAUUUAUACCAAGUAGCAUGAGAUUAGUACUAGAGUGAGAUUUGGAAUAUUAGUCCACAUAUCACAAACUGCUUGCCUACAUGUAUAGAUUUUUUUUUUCACCCACCUUCCUAACCAGGAAUUUGUUUCCUUAAAUUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUUGUUGUUAUUUUUUUGAGAAGAGUCUUGCCCUGUCGCCAAGGUGGGAAUGCAUUGACGUGAUCUCAGUUCACUGUAACCUCUACCUCCCCGGUUUAAUCGAUUCUCCUCCUUCAGCCUCCUGAAUAGCUGGGAUUACAGGCACCACAUUUUUAGUGGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCUUGACCUCAAGUGAUCUACCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACUGCACCCAGCGUUUUUUGUUGUUAAGACAGGGUCUUGCUCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGUGAUCUCAGCUCACUGCAACUUCUGCCACCUGGGCUUAAGCCAUCCUCCCACUUCAGCAUCCCAAAUAGCUGGGACUGCAGGCACACACCACCACACCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUUGUAGAGACGGGAUUUCACCAUGUUGCCCAGGCUGGUGUUGAACUCAUGAGCUCAAGUAAUCUGCUGGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUUAUAGGCGUGAGCCACUGCAUCCAGCUCACUCCUCAUUUCUUUCUAGCCCCAAAGGUGUUGAGUCAGCAAAUCCUGCAGCCUUUGUGUGACUUUGAGCAUCACUUUCCCCUUUCAGCAUUAAAUAUAUGACCUCUCUGCCUUAUUUUAGAACUUACUACAUUUCAAUAAAACUUUUUAAAAAAUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1122.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1192.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 1021.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((....((((((.(((.((((((((((((((((((.((...(((((((.(.((...(((........((.(((((((.(((..(((....)))..)))))))))).))........)))...)).).)))))))..((.(((.(((((((......((((((((.((((((((......(((((...((((((((.....((((.((((((...))))))....((((..((((.................))))..))))....(((((((((((...((........((((....((((.((((.((......)).))))))))......))))...(((.((..(((((((((..(..(((((((((..((((........))))....)))))))))..)..)))))))))....)).)))..(((....)))(((((.(((.....)))..)))))(((((((((.(.(((....(((.((((....(((((.(...(((((.((((((.........(((((((((((.(((((.((((((((((((......))))))))))))((((((.(.((((((.((.((((...)))).)))).....)))))))))))))))).))....))).))))))..(((((((((((....(((..((((.....(((...((((((((((((.((((((((((..(((..(((((((((...(((((................(((.......))).(((.((((((((((((....(((.(((..((....))..)))..)))..))))))))))))))).((((((((..((((........))))..))))))))..(((((.((.((((((((((((.....((((((((((((((.((((((.((((((..((((.((((((....((((((......((((..((((((..(((((((((.............)))).)))))))))))))))((((((((((...((((((((((..(((..((((((((((((....(((....)))....))))))....)))))))))))))).))))).....)))))..((((((.......)))))).......(((((((.((((......(((((....(((((((.......)))))))..)))))...)))))))))))((((((((.((........))))))))))....(((((((((((.(((...(((.((((((((((..((......))....))))))))))..)))...)))....(((((((....)))))))...((((((...(((...((......))..)))...)))))).((.....)).((((....))))(((((((((....((((((........)))))).)))))))))(((((...............)))))..........(((........))))))))))))))....)))))..))))))..)))))).)))))))))).)))))).(((((..((((....))))...)))))....))))))....))).)))))(((((((.(((((...((((((.((((((.....(.((((((((..((((((((((((((((....)))))..((((((.....(((((.(((((.....))))).((((((.((((..(((((((.((.(.((....)).))))))))))..))))))))))....)))))........)))))).....)))))))).)))....(((.....)))...))))).(((((((.............)))))))...)))).....)))))).))))))........((((((......))))))((..(((((((((((...)))))))))))..))(((.((((((((((((..(((((.......(((((.((.......))..))))).....)))))..))))).............((((((((((........((((......))))((((((((....)))..)))))....))))))))))......(((((((((....)))))))))......((((((((......))))))))..(((((((........)))))))(((((((....(((.((((((....((((..(((.(((((((..((((((.......))))))........((((((((((..(........)..)))))))))).((((.(((((.....((((((.....((((.(((...((((((.....))))))...))).))))....))))))))))).)))).......(((((....))))).........))))))).)))..))))...)))))))))....))))))).((((...(((((((.....((((...)))).......)))))))))))((((((.........((((((((((((((..(((........)))..)))))))..((((((((((((((..((.(((((..........(((((..((((......))))....)))))...))))).))..)))...))))).)).))))))))))).....))))))....))))))))))...(((.......)))..))))))))))))))))))((((((....))))))......(((((.((.......)).))))).......)))))).)).))))).......)))))...))))))))).))).)))))..((((((((((....(((((.......)))))...))))))))))...((((..(((((((((((...(((((((((.....))))))..........))).))))))))))))))).))))).)))).......((((((.((..((..(((...((((((((...........((..(((((....)))))..)).......))))))))...))).))....)).))))))............))))))))...)))..))))..)))))))))))))))))))))))))))))))....)))).)))..))).))))))))))...))..))))))).)))).....)))).....)))))))))))))((((.......))))(.((((.......)))).).(((.((((.(((.(((....((((....)))))))...))).))))..)))((((.....((((((......((((((.(((..((((((((((((((..(((((.......(((((...(((.....((((((((.((((((((((((..((....))..))))))).))))).)))...)))))...))).))))).......)))))....)))).))))))..))))))).))))))......)))))).....(((.(((.....))).))).)))).......)))))))).))))))))......))))))).))).)).....((((((((...((((......(.(((((((....(((.((((((...........)))))).)))....))))...))))....))))...).)))))))......)).))))))))((((.........)))).......)))))))..........)).)...))).))))))..)))))))..................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((....((((((.(((.{,,(((((((..(((((,.{({{{(((((((.(.{{...{{(,,.,,,..((.(((((({,(({,,(((....))).,)))))))))).))....|||,})),,.}).}.)))))))..,,}|{{.(((((((.....,((((((((.((((((((..,,,,(((((...((((((((..,..((({.((((((...))))))..,.((((..((((..,,.,......,.,}.))))..))))....(((((((((((.,.{{........((((..,.((((.((((.{{......}}.)))))))}......))))...(((.{(..(((((((((..{..(((((((((..((((........))))....)))))))))..}..}))))))))....)}.)))..(((....)))((((({({,.}}},)))..))}},(((((((((.(.(((....(((.((((....(((({,(...(((({{((((((..,,,...,{((((((((((.(((((.((((((((((((......))))))))))))((((((.(.((((((.((.((((...)))).)))).....)))))))))))))))).))....))).)))))|,,((((((({{{{,|,.,{({{((((.....|||...((((((((((((.(((({(((((..(((,.(((((((((...(((((................,||,......,,,.(((.((((((((((((....(((.(((..((....))..)))..))}..))))))))))))))}.((((((((,.((((........)))).,))))))))..(((((.((.(((((({.(((({.{{{(((,{{{{,,,|||.((((((.((((((..((((.((((((....(((((,..((({((({,,((((((..(((((((((.............}))).))))))))))).}}}......||||}}}((((((((((..(({,.((((((((((((....(((....)))....))))))....)))))))))))))),}))))...,.,,,....{{{{{({,,,,{,||||||,,{(({{...}}))}..{({({..((((((((({(.,.,||,|,.,{{{|||||,{{({{{(((.{{,..,,|{{{,,,({{({.{{{{{{{,,,|{||(((((((((..((((..,|((,((((({(((.((((((((((..((......))....)))))))))).,))}.,,,||..{{,,{{{{|},,,,)))))).},((((((,....}},)))))....))))..))))))))},.||,,...}}.||,,.,,,}}}|||||||(((....{(((({.,......}}}}}}.}}}}}}}})}||||...}))).,))),..)}}},,},,}.}}.,|||........)))..})})))))))..))))}},,))))))..)))))).)))))))))).)))))).{,,,,,,,((({{{...||,..},,||{{{,|,,,,....}))}.)))),.,|||,..|||||}.,|))))))|}|)|,,{{{{,{((((({,({{(((((((({{{((((({,..|||||..((((({....,((({{.(((((.....))))).((((((.((((..(((((((.,,,{{((,...,)}))))))))))..)))))))))),,,.|||||...{,,,{||||},,{.{{|||}||||.|||,{{,(((.,,..}}}.}}}}|||,(((((((..,...,,,....)))))))...}}}|..,,,)})}))}))),},.},}}.}}|||{||...}}}))))))|}}}|((((((((((...))))))))))}|||{{{(,((((({,{((((..(((((.......(((((.,({{,....))}}))))).,,..)))))..)}}}}..,,{,...,,,.((((((((((....,..,((((......))))|(((({((,...)))..))))}..,.))))))))))......{((((((((....))))))))).,.|,,((((((({...,,,)))))})),((((({((.{(({...,,,}}|}{{|||||},,.,{{,{(({{{,...((({..({{.{((({{{.,{{{{{{.......)))))||,,,....((((((((((..(........}..)))))))))).((((.(((((.....((((((.....((((.(((.,.((((((.....))))))...))).))))....))))))))))).)))}.....,,(({{{,,,,|||||,|,......}}}}}}}.}}}..}}}}...}}}}}}},,.....,||}|||((({{..(((((((.....((({...}))).......)))))))||||{|||||,,,......{(((({,{((((((..{((........)))..))))))).|||||||{|{{{|||,,||.{||||,,,,||,,,,||,,,..((((......)))).,},))))}..,))))).,),,})).,.))))).,,.))))}))))))....,))},,,...,||||},,}))}},}}}}..}))))))})))))))))}}}||||||.((((((....))))))...}}..,....,|}}}},}}))}}})))}.....,)))))).)).))))}.......)))))...))))))))).))).)))))..((((((((((....(((((.......)))))...))))))))))...((({,.{((((((((((...(((.,((((,,.,...,,,}.,,,}},}..))).)))))))))))}))).})))}.)))),.,,,.,((((((.((..{{..(((...((((((((........,..,,..(((((....)))))..}).......))))))))...))).},.,..)).)))))),}.}}}......))))))))...|||..}}},},,}}))))))))))))))))))))))))))))....)))).)))..))).))))))))))...}}..)))))))}}))).....)))).,,..))))))))))))}((((.......)))),.{{{|},,....}})),}.(((.((((.(((.{{{....((((....)))))))...))).))))..))){{{{.....((((((......((((((.(((..((((((((((..{{,.{({((,,,,(..{((({...({{.|,..(((((((,,((((((((((((..((....)).,)))))))},))}).})},}))))))...))).},}}},,,.}}}}))))....}))..))))))..))))))).))))))......))))))...,,{{({(((,,..,||}|}}}.|||}.....,,}))))))).))))))))}.....))))))}{|||,{{{,,,,({{{((({(((({...|,...|.|||{|||,.,,(((.((((((...........)))))).)))....}}},...}}},,...,))|}}}}||||}|||.,....}|.},,}))))||}}}},,}))).}},,..}}}..)))))))..........,}...,.))).))))))..)))))))..................................
Back