Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001379614.1
Sequence Length
2520 nt
GC Content
0.6325
GCAGCAGCCGGGACCGCGGCCGGGCAGGCAGCAGCCCAGCGGGGACAGGGAUGCCUGCCGUCUCCACCCACAGGGACGCCCACCAGCCCUCCCCACGAUGAUCCCCGCAGCCAGCAGCACCCCGCCGGGAGAUGCCCUCUUCCCCAGCGUGGCCCCACAGGACUUCUGGAGGUCCCAGGUCACGGGCUACUCGGGGUCCGUGACACGACACCUCAGUCACCGGGCCAACAACUUCAAACGACACCCCAAGAGGAGGAAGUGCAUUCGUCCCUCCCCACCCCCGCCCCCCAACACCCCGUGCCCGCUUGAGCUGGUGGACUUCGGGGACCUGCACCCCCAGAGGUCCUUCCGGGAGCUGCUUUUCAACGGCUGCAUUCUCUUUGGCAUCGAGUUCAGCUACGCCAUGGAGACGGCGUACGUGACCCCGGUGCUCCUGCAGAUGGGCCUGCCCGACCAGCUCUACAGCCUGGUGUGGUUCAUCAGCCCCAUCCUCGGAUUCCUACUGCAGCCUCUGUUGGGUGCUUGGAGUGACCGGUGUACCUCAAGGUUUGGAAGGAGACGCCCUUUCAUUCUUGUCCUGGCUAUAGGGGCACUGCUGGGCCUCUCGCUCUUGCUGAAUGGCCGGGACAUUGGCAUCGCCCUGGCUGACGUGACCGGGAACCACAAGUGGGGCCUGCUGCUGACCGUGUGCGGUGUGGUGCUGAUGGACUUUAGCGCCGACUCGGCGGACAACCCCAGCCACGCCUACAUGAUGGACGUGUGCAGCCCCGCAGACCAGGACCGAGGCCUGAACAUCCACGCCCUCCUGGCAGGUCUCGGAGGAGGCUUUGGAUACGUGGUCGGCGGAAUCCACUGGGAUAAAACGGGCUUCGGGAGGGCCCUGGGGGGACAGCUCCGAGUCAUUUACCUCUUCACUGCGGUCACCCUGAGCGUCACCACCGUCCUGACCCUGGUCAGCAUCCCUGAGAGGCCGCUGCGGCCGCCGAGUGAGAAGCGGGCAGCCAUGAAGAGCCCCAGCCUCCCGCUGCCCCCGUCCCCACCCGUCCUGCCAGAGGAAGGCCCUGGCGACAGCCUCCCGUCGCACACGGCCACCAACUUCUCCAGCCCCAUCUCGCCGCCCAGCCCCCUCACGCCCAAGUACGGCAGCUUCAUCAGCAGGGACAGCUCCCUGACGGGCAUCAGCGAGUUCGCCUCAUCCUUUGGCACGGCCAACAUAGACAGCGUCCUCAUUGACUGCUUCACGGGCGGCCACGACAGCUACCUGGCCAUCCCUGGCAGCGUCCCCAGGCCGCCCAUCAGCGUCAGCUUCCCCCGGGCCCCCGACGGCUUCUACCGCCAGGACCGUGGACUUCUGGAGGGCAGAGAGGGUGCCCUGACCUCCGGCUGUGACGGGGACAUUCUGAGGGUGGGCUCCUUGGACACCUCUAAGCCGAGGUCAUCAGGGAUUCUGAAGAGACCUCAGACCUUGGCCAUCCCGGACGCAGCCGGAGGAGGGGGUCCCGAAACCAGCAGGAGAAGGAAUGUGACCUUCAGUCAGCAGGUGGCCAAUAUCCUGCUCAACGGCGUGAAGUAUGAGAGCGAGCUGACGGGCUCCAGCGAGCGCGCGGAGCAGCCUCUGUCCGUGGGGCGCCUCUGCUCCACCAUCUGCAACAUGCCCAAGGCGCUACGCACCCUCUGCGUCAACCACUUCCUGGGUGAGCUCCCGGCCAAGCCUCCCCGGUGGCUCUCAUUCGAGGGGAUGUUGCUCUUCUACACAGACUUCAUGGGCGAGGUGGUGUUUCAGGGGGACCCCAAGGCCCCGCACACAUCAGAGGCGUAUCAGAAGUACAACAGCGGCGUGACCAUGGGCUGCUGGGGCAUGUGUAUCUACGCCUUCAGUGCUGCCUUCUACUCAGCUAUCCUGGAGAAGCUGGAGGAGUUCCUCAGCGUCCGCACCCUCUACUUCAUCGCCUAUCUCGCCUUCGGCCUGGGGACCGGGCUUGCCACCCUCUCCAGGAACCUCUACGUGGUCCUGUCGCUCUGCAUAACCUACGGGAUUUUAUUUUCCACCCUGUGCACCUUGCCUUACUCGCUGCUCUGCGAUUACUAUCAGAGUAAGAAGUUUGCAGGGUCCAGUGCGGACGGCACCCGGCGGGGCAUGGGCGUGGACAUCUCUCUGCUGAGCUGCCAGUACUUCCUGGCUCAGAUUCUGGUCUCCCUGGUCCUGGGGCCCCUGACCUCGGCCGUGGGCAGUGCCAACGGGGUGAUGUACUUCUCCAGCCUCGUGUCCUUCCUGGGCUGCCUGUACUCCUCCCUGUUUGUCAUUUAUGAAAUUCCUCCCAGCGACGCUGCAGACGAGGAGCACCGGCCCCUCCUGCUGAACGUCUGACAUCGCGGAGCCUCGACUCCGGACACGCGCCUGCACCUGGGGGUCUGGAGCAGGCCGACCAGUGAGGACCAAAGGGCCUUGUUGGACAGGGGGACUGGCUGCCUACUGGAAUGUAAAUAUGUGAUAAAAUAAUAAAUGACAGCGGCAAAGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1063.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1109.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 523.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((......(((((((((((((...((((((.(((((((.((..((..((((((((((......((((.((......))..)))).............((((((((((((.((.(((.(((.((........))))).))).))(((...(((((((((((.(((..((((((..((((.....((((((((((((...........)))).))))))......................((.(((.(((.....))).)))))..))......))))........((((.(.(((((......))))).)..)))))))))).))).)))))))))))...))).)))))).......))))))........((((....(((...)))..))))))))))))))((((((.((((((.(((....)))((((((.(((((..(((((((....)).)))))..)).....))).)))))).(((((((((....(((.((......)).)))..)))))..)))).........(((..(((((((......)))))))..)))(((((((((((((((((.(....).)))))).((....))...))))))))))).(((((((.(((((((((((.((.(..(((..(((...(((((((.(((.((((....(((.((.(((((((((((......)))))))))...)).)).)))....))))((((((........)).)))).)))))))))).(((((((...((((((.(((..(((((((((...(((((((((.(((((((.(((..((((..((((..(((((.((((....)))).....((((..(((((((...((((((.(((........)))......((((((((((((((.((.......)).))).((((.(((((....)))))..((.((..(.(((((...))))).)..)).))...))))))))...))))))))))))))))))))..))))))))).))))..))))((((((((((.((((.(((((((........))))).)).)))).............((.....(((((.(((((((..((..((......))..))..))).......((((((....))))))..))))....)))))...))....))))))))))..............))).))))).(((((.(((....((((((((..(((.(((.((.((.....)).)).))))))....))))))))...))))))))....(((((((((.((.((((.((((......)))))))))).......((((((.(((((((.(((((..((((((((((((.(.((((...((((((((.....)))))))).........(((((((((...(((..((.....))..)))..)))))))))..)))).).))))))))))))..))))))))......((((((((((((.......))))).((((.....)))).....)))))))....(((((((((((.(((.(((.(((((.(((((((.((....))(((((.(((...))))))))((((..((((((...(((((((((((((((.(((..(((((............))))).(((........)))(((((.((((..........)))).)))))........))).)))))))...(((....)))...........))))))))...))))))..))))(((((...((((......((((((((......((.(..(((((((.(......).)))))))..).)).......))))))))..)))).)))))....((((((.((.....)))))))).))))))).)))))...)))...)))))))))).))))..)))))))))))))))))))..))))))))))).......(((((.((.......)))))))..(((((((....((....)).........(((.(.(((.(.(((((((...((((..(((((((..........))))))).).)))..))))))))))).).)))(((...))))))))))..)))))))))..........((((...(((((......))))))))).))).))))))))))))).)))..))).).)).))))))).)))).))))))))))))).)))))).......)).)).))))))).))))))))))))).((((((.((((.((((.((...((......))..)).))))..))))..))))))..))))))(((((((.......((((......))))((((.(.((((((((...(.((.......)).))))))))))))))...(((((((((.((....))))))))))).))))))).))))))))...(((..((.....(((........)))....))..))).(((...)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.((((((((..{{.{(((((((((((({,,{((((((.(((((((,((..({..((((((((((......((((.((......))..))))...,..,......((((((((((((.{(,(((.(((,((......,.))))).))).)){((,..(((((((((((.(((..((((((..((((.....((((((((((((..{,....,,.))))},))))}.............,.........(,(((.(({.....})).)})))),......,.)))).......,((((.{.(((((......))))).}..)))))))))).))).)))))))))))...))).)))))).......))))))........((((....(((...)))..))))))))))))))((((((.((((((.(((....))}((((((.(((((..(((((((....)),,))))..)).....))).)))))).,((((((((....(((.((......)).)))..)))))..)))}.,.,,,...,((..(((((((......)))))))..))|(((((((((((((((((.{....}.)))))).((....))...)))))))))))}{((((((.(((((((((((.((.,..(((..((,...((((((,,(((,((((.{((({({,{{{((((((((((......)))))||||...))))||.,...,))}))||||||,,},,...)).)))).)))))))))).(((((((...((((((.(({..(((((((((...(((((((((,(((((((.(((.,({,{..((((,.(((((.{(((....)))}.....((((..(((((((...(((((({((,...,}}..},,......((((((({,((((({,{,,,,,{,||.||,.,,{{.(({((....))}}}..,,.||..|.||{||,..}}}|}{||.,}|,,,..))}))),)},.))))))))))))))))))))..))))}}))),)})}..})}}((((((((((.((((.(((((((........))))).)).)))).............((.....(((((.(((({((..((..((......))..))..))}......,((((((....)))))).,))))....)))))...)}....)))))))))),}))},,.......))).))))).{((((.(((....((((((((..(((.(((.((.((.....)}.)).))))))....))))))))...)))))))}....(((((((((.{(.((((.((((......))))))))}).......((((((.(((((((.(((((..((((((((((((.(,(((,....,,(((((((..{....,),.}}}}}}...(((((((((.,.(((..,({,...})},))).,)))))))))..}))),,.))))))))))))..))))))))......(((((((,,,{(...{{.{|||,|.,,,,}.}}}),)),....)))))))....(((((((((((.(((.(((,(((((.(((((((.((...,|}((((({({(.,,))))}))}((((..((((((...(((((((((((((((.(((..(((((............))))).,((,,....,})|}(((((.((((..........)))).))))),|....,,))).))))))).,.,{,....}},,.....)},.,))))))))...))))))..)))){((((...((((......((((((((.,,.,.((.(..(((((((.(......).)))))))..),,).},....))))))))..)))).))))}....{(((((.((...,,}})))))).))))))).))))).,.)))...)))))))))).))))..))))))))))))))))))).,))))))))))).......((((,,((.......))))))).,({(((((,........{((,........|||.{,((({(.(((((((,..((((..(((((({.,{,......))))))).),}))..))))))),}})})}))}|||},}}}))})))))..))))))))).....,....{{|||..(((((......)))))}}}).})).))))))))))))).))),,))),}.)).))))))).)))).))))))})))))).)))))).......}),)).))))))).))))))))))))).((((((.((((.((((.,....{{......}}..,}.))))..))))..))))))..)))))),,{{({({.,...,{,,,...,|}}|||((((.{.((((((((.{.{,((.......)},}))))))))))))),,.(((({((((.((....))))))})))).)})})),.)))))))).,.({{..,{,},..,,(,{......,,,....)).,))),{({...)))
Back