Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001381897.1
Sequence Length
3499 nt
GC Content
0.6679
GCAUUCCCAGCUGGCGGCGGGCAGGUGGCGGCGGCGCAGAGACCCGGCGCGGGGCGGGGGGCGCGGCUUUGGUGGCGGGACUGGCGGGCGCCCCUGCCGUGUGCUCUGGAAGCCGAGGCCACCGCGGAGCCCCUCGCGCCCCCUCUGCGCUGGGACAGGGGAGCGCGCCUCGGAAAGUUCCCCGCGGCCCCGCUGCGCGAGGAGUUUGGAGCCGCGAGCGGCUGCCCCCACGCGCGACCCCAGGCUCGGCGGGCAGGUCUGGCCGCUCAGUGACCGGAGGCAGGCUGAGCUGGUUGCCCACAGGGGCCCCCGCCCCAUCUCAGGGAGUGUCCACCCAGCCCUGAGCCCGUCGUGAGGGGUCAGAGAUGGCGCUGACCCCCGAGUCCCCGAGCAGCUUCCCUGGGCUGGCCGCCACUGGCAGCUCUGUGCCGGAGCCGCCUGGCGGCCCCAACGCAACCCUCAACAGCUCCUGGGCCAGCCCGACCGAGCCCAGCUCCCUGGAGGACCUGGUGGCCACGGGCACCAUUGGGACUCUGCUGUCGGCCAUGGGCGUGGUGGGCGUGGUGGGCAACGCCUACACGCUGGUGGUCACCUGCCGCUCCCUGCGUGCGGUGGCCUCCAUGUACGUCUACGUGGUCAACCUGGCGCUGGCCGACCUGCUGUACCUGCUCAGCAUCCCCUUCAUCGUGGCCACCUACGUCACCAAGGAGUGGCACUUCGGGGACGUGGGCUGCCGCGUGCUCUUCGGCCUGGACUUCCUGACCAUGCACGCCAGCAUCUUCACGCUGACCGUCAUGAGCAGCGAGCGCUACGCUGCGGUGCUGCGGCCGCUGGACACCGUGCAGCGCCCCAAGGGCUACCGCAAGCUGCUGGCGCUGGGCACCUGGCUGCUGGCGCUGCUGCUGACGCUGCCCGUGAUGCUGGCCAUGCGGCUGGUGCGCCGGGGUCCCAAGAGCCUGUGCCUGCCCGCCUGGGGCCCGCGCGCCCACCGCGCCUACCUGACGCUGCUCUUCGCCACCAGCAUCGCGGGGCCCGGGCUGCUCAUCGGGCUGCUCUACGCGCGCCUGGCCCGCGCCUACCGCCGCUCGCAGCGCGCCUCCUUCAAGCGGGCCCGGCGGCCGGGGGCGCGCGCGCUGCGCCUGGUGCUGGGCAUCGUGCUGCUCUUCUGGGCCUGCUUCCUGCCCUUCUGGCUGUGGCAGCUGCUCGCCCAGUACCACCAGGCCCCGCUGGCGCCGCGGACGGCGCGCAUCGUCAACUACCUGACCACCUGCCUCACCUACGGCAACAGCUGCGCCAACCCCUUCCUCUACACGCUGCUCACCAGGAACUACCGCGACCACCUGCGCGGCCGCGUGCGGGGCCCGGGCAGCGGGGGAGGCCGGGGGCCCGUUCCCUCCCUGCAGCCCCGCGCCCGCUUCCAGCGCUGUUCGGGCCGCUCCCUGUCUUCCUGCAGCCCACAGCCCACUGACAGCCUCGUGCUGGCCCCAGCGGCCCCGGCCCGACCUGCGCCCGAGGGUCCCAGGGCCCCGGCGUGAGCACGCGGAGGGGCGGCUGGAGUCCAGGCGGGGACGCGCCCCAAAGCCCCAGCCACUCCCGGGAGCCCCCCCAACUCCCAAAUCACAGGCCCUGCCCCUCCUCCGUCCCCUUCUGGAAAGAUCCUGCUCGCUUCCCCUCAGCGCCCUUCCCGUGAUGCCCAGAAGCGCCCACCCGCCUCCCUGAGGGUCUCCAGGAGGCUCCAGCGCAGUCCCGGCUUCUGGAGACCAUGGCUUCGUCACAGAGGGCAGCAGGCGCCAGUGCCCGGCCCGUGUGGAGACCAUGGCGCGGCUGCCGCCCCCGGGACCCUCCUCCUCUCAGCCAGCGGCCCUGUGACUCCUGUUCCUGCCUGUGUGGCUCCAUCCCUUGUGGCUUUGCCACUGGAACAAUCAACCCUGAGCUGGCUUCCGUGUCCUGCCUAGGCGCGGGGGACGCCACAUCUGAGGUGUGGGAGGAUCGGCCGGCAGGAUCCCCAGGACGACAACGGCAGCUCAAGGGGGAGCCUGUGGGUCUGGCUGGGGUAGAGGGUGCACCUGCCUUUGAGGCCUGUGCAGGCGGCUGGUCUGGCACCUGAUGUGGGGCAGGGAAGGUGGCCAGGAGGGGAGGCUCCAGCUGAGGGGUGGAGCAGGGAAGGCACUGCCCAGCAGAGGCCUGAGGCUUUGGGUGCAGAACGCAAGAGGACAAGGUCAGUGGCCGCACCUACAGGCCUCCUGGCCUCUCAUCCACGUCUGGCUCAGGUCUGAUCAGAAAGGGAAUCCAGGUCCCACCUCACAGUAGCAUUGGCAGUCUCUGCCCCACUCACCCCUCACUGCCUCCUGGACAGACUUCCUGCCCCAGCUCCCAGCUUGGCCAACCAUCCUCUCUCUGGCGACUGCCCCCCUCCAGCCCCCAGCCCGGCCCCGGACCCUGCAUGGCCUCCCCCAGCCUGGCCUCCCCUCCCCACCCCAUGGCCAUGCCCAGACUACCAGCCCCUUGGGGCUCCAUCUGAACACUGGGGCAAGGGUCAUGCCCGCUUGGUCCCUCCAGUGCCUACCCCUCAGUGGAGUGAGCACAGCUCUGCUGGCAGGACUGUGGCCGGCGUCAGGAAUAAGCAUGCAGCGCUCUCCCCAGGGCCUCCCGGAAGAGGGGCAAUGCUUGCAGCUCCCCCCUGGAGUUACGAAAGUGCUCUGGAACUAGACGCUGGUGACUGGGCGAUGCUGUGAACGAGCCAGUGCCACAGAACUGUGCACCUGAAUGUGUGAGUUCUGUCGUGUUUUACUUUAAAAACAAAAGGAUCCCACUCCCCGACCUUGUCCCUCUGUUAAAAUUGAAAGAGACUGAUGUCAGCCGCCCCGUCUGGGAGGGAGGUGGGGGGGUCAGCCCCCCGCCCGGCCAGCCACCCCGUCCGGGAGGUGAGGGGCGCCUCUGCCCGGCCACCCCUACUGGGAAGUGAGGAGCCCCUCUGCCCGGCCACCACCCCGUCUGGGAGGUGUGCCCAGCAGCUCAUUGAGAACGGGCCAUGAUGACAAUGGCGGUUUUGUGGAAUAGAAAGGCAGGAAAGGUGGGGAAAAGAUUGAGAAAUCGGAUGGUUGCCGUGUCUGUGUAGAAAGAAGUAGACAUGGGAGACUUUUCAUUUUGUUCUGUACUAAGAAAAAUUCUUCUGCCUUGGGAUCCUGUUGAUCUAUGACCUUACCCCCAACCCUGUGCUCUCUGAAACAUGUGCUGUGUCCACUCAGGGUUGAAUGGAUUAAGGGCGGUGCAAGAUGUGCUUUGUUAAACAGAUGCUUGAAGGCAGCACGCUCGUUAGGAGUCAUCACCACUCCCUAAUCUCAAGUACCCAGGGACACAAACACUGCGGAAGGCCGCAGGGUCCUCUGCCUAGGAAAACCAGAGACCUUUGUUCACUUGUUUAUCUGCUGACCUUCCCUCCACUAUUGUCCUAUGACCCUGCCAAAUCCCCCUCUGCGAGAAACACCCAAGAAUGAUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1646.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1700.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 1269.57
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(((((.(((.(.((((((((..(((((((((..((((((((((((.((((.(((.((((((((((((((.(((((((((....))))))).)).))((.(....).)))))))))..)))))...))).)))))))))))))))).(((((((((..((.((((..........((((((...((((.((..((((((((.(.((((.(.((......)).).)))).).))))))))..)).))))....))))))(((.((((.((.(((((.(......).)))))....(((((....)))))..(((((((..((......)).))))))))).)))))))((((((((........)))))))).......)))))).))))))))).((((.((......)))))))))))))))..)))))))).).))))))..))....(((((.((((.((((((..(((.....((((...))))((((((.(...((((((((..(((((((...((((...((((((..((.((.((((((.(((((((........))))))))))))).))(((((((.(((((.....))).))))))))).(((((((....)))))))....(((((((((((((.....((.((.(((((.(((((..........(((((....)))))((((..(((.((((((((..((((((((((((..((((((((((..((((.(((..((((((..((((.(((.((((........))))..)))))))..))).)))..))).))))(((.((((.(((((((((.....(((((((((((...))))...(((..(((.((((((((((((.((..(((...(((((.(((((.((.((.((((((((((((((....((((.(((.((((..((((((((.(.((..((....))..)))))))))))..)))))))))))...........((........))..))))))))))))(((.(((((.......((((((((.....))).)))))))))).)))....)).)))))))))))))).......)))))))))))).))))).)))..))).))))))).(((((((((((.....((((((((...((((.........))))....))....)))))).....)))))))))))...((((((((..(((((((((..(((((((...((((......))))....((((........))))...)).)))))..))..(((((................))))).....(((......))))))).)))..))))))))(((((.((((((...((.(((((........))))).))..)))))))))))...(((((((((((.((((......((((......))))......))))...)))))).....)))))..))))))))).)))))))....(((((.(.(((((....))))))))))))))))))))).((((.((..((((.((((((((((..((((((....((((((((((..((((((((.........))))).....((((((..(.(((((.((((((...(((((((...(((((((((.(((...((((.((((((((...((((((.(((...(((......)))(((...)))((((((((((((.(..............).)))))))))))).)))...)))))).)))))).)).((((((.(((((.(((((....)).).))..)))))))).))).(((((((((......))))...(((((((.......(((....((((((.(((.....)))..........(((((...))))).)))))).))).......)))))))...(((.(((....)))))))))))...(((((((...)))))))))))...))).))))))))).)))))).)...)))).))....))))).))))))))))..))))))))))...))))))..........((((((.(((((((.((((((.((((...(((..(.((((((((((.((((((((((..(((((....(((.(((((((((.((..(((.(((.((((((..(((((((((.((((((((((((((.(..(((..((........)).)))..)))))))).)))))))..)))))))..(((...(((((.(((....))))))))...)))....((((...)))).......))...)))))).))).)))..))))))))))))))....((((.(((.....)))..)))))))))..))))))).))).)))............))))))).)..)))...)))).))))))......))))))))))))))))).)))))).)))))).)))).....((((((.((((((((.....(((((....)))))...)))........)))))..))))))))))))...))))))..)))))).)).)))..))))...((((...)))))))))))))))).))))))))))))))).....))..))))))...))))..))((((((((((...((((....(((.((...(((((((.(((((.((....)))))))...(((((...)))))(((.(((((..((((...(((...((((((.((((((((..((((......)))).)))))))).))(((((......)))))....(((......)))..(((...))).((((.(((....))).)))))))).)))))))))))).))).))).))))(((((((((.....)))))))))..)).)))..)))).))))))))))(((((((.((((..(((((.........)))))....)))).))))))))))))))))))))...).)))))).)))..)))))).))))..)))))...(((.((((..((((((((.((......((..((((.(((((((((((((((((....((((....))))(((.((((.(((((((((............)))))))))..)))).)))......((((......))))................(((((.....)))))..........)))).((((((((((.((((...((.(((.(((((((.((..((((.....((((((.(((.((((......(((((((((...)))))((((....))))))))((((.....))))...))))...))))))))).....)))))))))))))..))))))))).)).)))))))).(((((...........))))))))))).....))))))).))))....))......)).)))))))).)))).)))............(((...)))..........)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((...(({((,((({({(((({((({,{((((((({{.((((((((((((.((((.(((.((((((((((((((.(((((((((....))))))).)).)}{{,{...}),}}))))))}.,)))))...))).)))))))))))))))).{{((((((({.(((,(((..{{{,.{{(({((({{{{(({({{{,|{|{{.,({,({((||.{}||}}.},.},.|{||||.|{|||(((|{(({({(({((((,(({{{{{(({{{,{{(({(((({{(|||||,|{|,|||{{{.(((((....)))))..(((((((..((......)).)))))))...,|||,|.((((((((.,....}.))))))))))}|{{{||||||.||||}}}||((((((((({{{..|||.{|||||,,,))}})),)))))})}))}|||..||....{{{,,.{||,.{||||{},|||},...|||||{,}|||({{(({,(,,.{(((((((,,(({{{{{...((({...|{{{((,((((((,((((({{(((((((......,.))))))))))))).}}(((((((.(((((.....))).))))))))).{((((((....})))))).,..{{{{{|,{|||||},,.,(({(,.,,,,,.|||||..,,......|||||}}}}),}|)||,|},,||}||||||||}}||||||||||||.}||||{|||{|.}||||}||{.},,}|,|,}|{{(,(,({(((({....,,,|},}..|||||,,,(((((,{(((({{.{{|((((((((,{(({{(((({,(,..||{||||((({...})))..,,))}.},}}}})))))}||||}}}.,||,|}}||}||}||}||}||}|,,{{,|||||||||||}..}||((,,{{,{{{||{(({(({{..|,{|,,||}},,))}.))))))))}}))))))}},,}}|||,,.....}.}}}.|}}},,}))..}}})))}}))))|||}||||{.|}|..,||||||||,,...{{|{({|,|(({((({||...,{{{({||{|}|||{||{,,,.....}}}||||,}}})))}||||}|||||||||,))}|.{((((((((((...|,((((({{,.||{((|,.|,...,.))))..,,)},.|.)))))).,...))))))}}})}||,((({({((.,(((((({({..(((((({...((((......))))....((((........))))..,||.)}))}..}}..,,{{,.....,||,||,....}||,....,,{{|......}}))))),,)),,)))))}}}{((((,((({(({,{((,(((((,......,)}}}).)).})))))))))))}|.||{{|(((({{.((((,{{...{{{,......))})},},}}))}}.,,)}}))}..,,,))})||,|}}}})}}}|}})}}}||,,,|||||,|.|||||,,.}))))}}))}||}))}}}|}||.((((.((..((((.((((((((((..((((((,...((((((((((..((((((((.........))))).....((((((..{.(((((.((((((....((((((...(((((((((.(((,,.((((.{((((({{...(((,(({((,{{.(((......})),||...|{{(((({((,((,(((..{.({{{.{{{{{|{,,,)))),)))|{{||,,{||}|||.,,||||.||.((({,,.,||||.{||||,}}})),).))}}))}))))),)}}}}}||,||||}}}}}.,,.....(((((((.......(((....((((((.(((.....)))..........(((((...))))).)))))).))).......))))))).{((((,(((....})))))))))).}}{|||,{,.,.)))))))))))...))).))))))))).)))))).}...)))).))....))))).})))))))))..)))))))))).,.))))))..........((((((.(((((((,((((((.((((...(((..(.((((((((((.((((((((((.,((((({,..{((.(((((((((({(..(((.(((.((((((.{({{((((((.((((((((((((((.(..(((..({.......,}}.))).,}))))))).)))))))..)))))))..(((...(((((.(((....))))))))...)))....((((...)))).......}}.,.)))))).))).)))..)))))))))))}})},,,||||.|{{.....))),.)))))))))..))))))),,)).)))||,,.,.,,.,}))))))).)..)))...)))).))))))......))))))))))))))))).)))))).)))))).)))).,,,},|||||,||||((({.....(((((....)))))...}}}}....}}|}}|}}.{|||}}}}}}}||,,||}}}}}||}}|}}}.}}.}}}},})))|}|{{{{...))))})))))})))}}.}}})}}||||||}|}.....||,.|||}|}{{,||}||,||({{{|||||,.},|||||..,|||}||,|{|{{,,,{{{{(({{((....)))))))}}..,|||}}})))))|||}|||||,.||||,..,|,,}}|||||{.((((((((.,((((......)))),)))))))).}|(((((......)))))}...(({......}}}..{{|,,,|}}.((((.{{{....}}}.))))||,}.,))),))))))}.)})})||{|||{(((((((((.....))))))}||{{|,..|}..,}}},,))))),|||(((((((.((((..(((((.........)))))....)))).))))))),))),|||||||,,{{}.,,.))).)))).)))|||{||,}..,,|}|,{{((({(((,..,,,,||||}((,...,.((.(((((..(((((((((((((((({,..((((....})))(((.((((.(((((((((,...........))))))))).,)))).)))..,|,.{(((......)))}...}))}})})))))....)))))))..)))))..}}..,,},,,.((((((((((.((((...{{,(({.(((((((.((..((((.....((((({,(((.((((...{{{({(((((,{...,|,|.{{{{,,..,}}))))}{{{{.....))))}}}),,)}}}))))))))).....))))))))))))).,))}}})))).))}}))))))).(((((....,......)))))}}}.,}}}}}.},}),,..,)))))),}),}))}})).},,,,|||.,,}),)))}}},......,.|{|}},}})..........)))))...
Back