Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001381940.1
Sequence Length
2879 nt
GC Content
0.5863
GGCCACGUCCACCGGAGCAUCCUGCACUGCAGGGCCGGUCUCUCGCUCCAGCAGAGCCUGCGCCUUUCUGACUCGGUCCGGAACACUGAAACCAGUCAUCACUGCAUCUUUUUGGCAAACCAGGAGCUCAGCUGCAGGAGGCAGGAUGGUCUGGAGGCUGGUCCUGCUGGCUCUGUGGGUGUGGCCCAGCACGCAAGCUGGUCACCAGGACAAAGACACGACCUUCGACCUUUUCAGUAUCAGCAACAUCAACCGCAAGACCAUUGGCGCCAAGCAGUUCCGCGGGCCCGACCCCGGCGUGCCGGCUUACCGCUUCGUGCGCUUUGACUACAUCCCACCGGUGAACGCAGAUGACCUCAGCAAGAUCACCAAGAUCAUGCGGCAGAAGGAGGGCUUCUUCCUCACGGCCCAGCUCAAGCAGGACGGCAAGUCCAGGGGCACGCUGUUGGCUCUGGAGGGCCCCGGUCUCUCCCAGAGGCAGUUCGAGAUCGUCUCCAACGGCCCCGCGGACACGCUGGAUCUCACCUACUGGAUUGACGGCACCCGGCAUGUGGUCUCCCUGGAGGACGUCGGCCUGGCUGACUCGCAGUGGAAGAACGUCACCGUGCAGGUGGCUGGCGAGACCUACAGCUUGCACGUGGGCUGCGACCUCAUAGACAGCUUCGCUCUGGACGAGCCCUUCUACGAGCACCUGCAGGCGGAAAAGAGCCGGAUGUACGUGGCCAAAGGCUCUGCCAGAGAGAGUCACUUCAGGGGUUUGCUUCAGAACGUCCACCUAGUGUUUGAAAACUCUGUGGAAGAUAUUCUAAGCAAGAAGGGUUGCCAGCAAGGCCAGGGAGCUGAGAUCAACGCCAUCAGUGAGAACACAGAGACGCUGCGCCUGGGUCCGCAUGUCACCACCGAGUACGUGGGCCCCAGCUCGGAGAGGAGGCCCGAGGUGUGCGAACGCUCGUGCGAGGAGCUGGGAAACAUGGUCCAGGAGCUCUCGGGGCUCCACGUCCUCGUGAACCAGCUCAGCGAGAACCUCAAGAGAGUGUCGAAUGAUAACCAGUUUCUCUGGGAGCUCAUUGGUGGCCCUCCUAAGACAAGGAACAUGUCAGCUUGCUGGCAGGAUGGCCGGUUCUUUGCGGAAAAUGAAACGUGGGUGGUGGACAGCUGCACCACGUGUACCUGCAAGAAAUUUAAAACCAUUUGCCACCAAAUCACCUGCCCGCCUGCAACCUGCGCCAGUCCAUCCUUUGUGGAAGGCGAAUGCUGCCCUUCCUGCCUCCACUCGGUGGACGGUGAGGAGGGCUGGUCUCCGUGGGCAGAGUGGACCCAGUGCUCCGUGACGUGUGGCUCUGGGACCCAGCAGAGAGGCCGGUCCUGUGACGUCACCAGCAACACCUGCUUGGGGCCCUCCAUCCAGACACGGGCUUGCAGUCUGAGCAAGUGUGACACCCGCAUCCGGCAGGACGGCGGCUGGAGCCACUGGUCACCUUGGUCUUCAUGCUCUGUGACCUGUGGAGUUGGCAAUAUCACACGCAUCCGUCUCUGCAACUCCCCAGUGCCCCAGAUGGGGGGCAAGAAUUGCAAAGGGAGUGGCCGGGAGACCAAAGCCUGCCAGGGCGCCCCAUGCCCAAUCGAUGGCCGCUGGAGCCCCUGGUCCCCGUGGUCGGCCUGCACUGUCACCUGUGCCGGUGGGAUCCGGGAGCGCACCCGGGUCUGCAACAGCCCUGAGCCUCAGUACGGAGGGAAGGCCUGCGUGGGGGAUGUGCAGGAGCGUCAGAUGUGCAACAAGAGGAGCUGCCCCGUGGAUGGCUGUUUAUCCAACCCCUGCUUCCCGGGAGCCCAGUGCAGCAGCUUCCCCGAUGGGUCCUGGUCAUGCGGCUCCUGCCCUGUGGGCUUCUUGGGCAAUGGCACCCACUGUGAGGACCUGGACGAGUGUGCCCUGGUCCCCGACAUCUGCUUCUCCACCAGCAAGGUGCCUCGCUGUGUCAACACUCAGCCUGGCUUCCACUGCCUGCCCUGCCCGCCCCGAUACAGAGGGAACCAGCCCGUCGGGGUCGGCCUGGAAGCAGCCAAGACGGAAAAGCAAGUGUGUGAGCCCGAAAACCCAUGCAAGGACAAGACACACAACUGCCACAAGCACGCGGAGUGCAUCUACCUGGGCCACUUCAGCGACCCCAUGUACAAGUGCGAGUGCCAGACAGGCUACGCGGGCGACGGGCUCAUCUGCGGGGAGGACUCGGACCUGGACGGCUGGCCCAACCUCAAUCUGGUCUGCGCCACCAACGCCACCUACCACUGCAUCAAGCUCUGGAGGCCUGAAACACAACGUCAAGGUGCUAGCGGGGCCGUGCUCCCUCUGCUUCUCCCAGCUUCUCUGGCUCAGGCGUCGCUGGGCUUCUGGCGCUGGUGGCUGCAUGGCCCUGACCUCUGGUCGGCUUCACACCACUUUCUCCAGUGCCUUUCUCUCCGGAAACUUCCUCUGCCUCUCUUUGAUAAGAACACCUGUGGUUGUAUUUAGGGCCCACCCAGAUAAUCCAGGAUGAGCCUCACUGUUCAAUGUCCUUGACCUAAUUCCACUUGUUACCAUACAAGAUGAAAUUCACUUCAGCCAUAUCAGGUGACAUCCCCGGGCGCCAAGACACUAGGACGCGGACAUCCAUCGUGGGGACUGCCACUCAGUCCACCGCACAGGGUGCCCCAAAAUGUUUUAGUGCAGUUUUAUGCCUUAAGAAGGUCAGACAUGGAAAUGCCACAAACUGACACAAAAUAUCAUUUGAAAAUAUAAAUAUAUUCAUUUAUUUAAUAUUUAAUCAUUCUUGCAAAUUUUGUGUUAAUUUUCUCUGUCAGUCCCGCUUGAUUAAAGAUGCCAAAUACUCACUGAAACAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1135.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1181.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((.(((((.(((((.((((((((.((((((((((((.((((.((....)))))).))).)))....(((((.(((.(((....)))..))))))))...(((....(((((((....)))))))..)))))))))...)))))))).))))).((.((((..((((((..(((.((((((((((.(((......))))))))).(((.(........).)))...))))...)))..))))))..)))).))...((....((((((((.........((((((((....(((..(((((.((((((.......(((((((((......(((((((((((....((((.((((....(((.((((.....)))).)))(((...((((((....))))))....)))........(((((.((((..(.((((((((.........(((((((.(((((((((((.(((((....((((((((((((((((......)))...(((....)))..)))))).....((((((.((.(((.(((((((.(((......((((..((((((((.((((((..(((((..(((........((((.....))))((((((((..(((.((((((......)))))).((((((.......(((.(.((((((..(((((...(((((.(((((....(((........))))).))).))))).....)))))..)))))).)))).......))))))(((((.((((..(((((..(((........)))..))))).....)))))))))...))).))))))))...(((((.(((((((.((....((((((((((((....((((((.((((.....((((((((...((......))....))))))))((.(((((.(......)))))).))..(((.(((((.(..((((((((((...((..((.(..(((((((...)))))))..).))..))...)))))).........))))..).)))))))).........)))).))))))....))))))))))))..((((......))))..)).))))))).))))).((.((((.(((((((.((((........(((((((((((.....))))).))))))....))))))))........)))....))))))....(((((((((((..(((...)))((((((((.(((((...((((((((.....)).)))))).((((((((...))))).))))))))))))))))....)))))))).)))..(((((.(((.((.....)).))).)))))..))))).))).)))))).))...)))))).))))...))).))).))))))).)).)))))).((((((...(((....((.((((.(((((....((.((((((.(.....).)))))))).....))))))))).))....)))))))))..(((.(((((((.((.......(((....)))...))))))))).)))((((((......)))))).)))))))...))))).)))))))........)))).)))))))...(((.(((........)))...))).)))))))).)......)))).)))))...)))).)))))))))))))))...)))))))))..(((.(((...))))))))))))...)))))..)))..))))))))..((((((((((((((((..(((((..((.....(.((((((((((((.(((.(((................)))))))))).((.....)).))))).))).).....))....))).))..))))))))...((((((.....(((((..((((((...((((.(((((.((.(......).)).))))).).)))..((((........)))).))))))..((((.((....)).))))..(((.......)))))))).))))))...((..((((((((...(((((((((((((((.....((((..(((.((..(((...(((.((((((....((..............)).....))))))...))).....((((.....)))).)))..)).)))..))))..)))))))........((.((.(((((.....))).)).)).))))))))))....(.(((((((((...((..(((((.((((((((.....(((....((((((((((((((.((((((((.(((..((.....))..))))))(((...((.....))..)))..(((((((.(((..(((......(((......)))......)))...))).))))))).....))))).))))))).))).)))).))).....)))))))).............)))))..)).))))))))).)...))))))))..))((((....)))).(((((((((((((((((.(((....)))))))).((.(((((((((......)))))...)))).)).....(((..(((((......)))))..)))........))))))...)))))))))))))).))))))))....)).))))).)).(((((...((((((((((.....)))))).))))...)))))........((((((((((.(((.....((.(((((..((.(.((((.(((((..........(((((((((((.(((..((((((((((((((........))))).))))))..)))....)).).)))))))))))..))))).)))).).))..)))))........)).....)))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,((.(((((.(((((.((((((((.((((((((((((.((((.((....)))))).))).)))....(((((.(((.(((....)))..))))))))...(((.,.{(((((((....)))))))..}))))))))...)))))))).))))).{(.((((,.((((((..(((.(((((((({{{(((......))))))))).{({.{........|,}}},,,})))...)))..})))))..}}}}.}}...,{....((((((((........,((((((((....(((..(((((.((((((.......(((((((({..,,..(((((((((({...,((((.((((....(((.((((.....)))).)))(((.,.((((((....))))))....)))........(((((.((((...{((((((,(,......}},||||||},,||(((((((.(((((....((((((((((((((((......))).,.(((....))).})))))).....((((((.((.(((.(((((((.(((......((((..((((((((,((((((..(((((..(((........((((,.,,,|||}(((((({{..(((.((((((,.....)))))).{(((((...{...({{((.((((((..(((((.{{(((((.(((((....(((........))))).))).)))))...}.)))))..)))))).))))..,,,,.)))))|(((((.((((..(((((..(((........)))..))))).,...))))))))),..,)),))))))))...(((((.(((((((.((....((((((((((((..,.((((((.((((.{.{{(((((({(.{{((......}},}}.)))))}))||}(((((.{......}))))),||{,((,,|||||,|}|{..(((((((...((..((.(..(((((((...)))))))..).))..))...)))))))..}}....,|||....)))||||,...,,,..,)))).)))))).,..))))))))))))..((((......))))..)).))))))).))))).((.((((.((((((((((((........(((((((((((.....))))).))))))....))))))))........}))....))))))....(((((((((((..((,...}}}((((((((.(((({...((((((({.....})}}})))).((((((((...))))).))))))))))))))))....)))))))).)))}.(((((.(((.({...,,,).))).)))))..))}}}.))).)))))).))...)))))).))))...))).)))},)))))).)).)))))).{{{(((.,{((({...((.(,,({((((,..,,((.((({((,({,,,{}{||||||||{{..{|}}})),))}}),,,,,)))))))}.}|||}||||||}},,...,}}}}},..,,.}...}))))),})),),}((((((......)))))}.)))))))...))))).))))))).{{{{{..|,,.{||||||,{{.(((.((({,.....,)),.},))).))))))))}.....}})))}.)))))...)))).)))))))))))))))..,)))))))))..(((.(((...))))))))))))...)))))..)))..)))))))).}((((((((((((((((..(((((..{{..,,.(.((((((((((((.(((.(((.,.......,......))}))})))).{(.....)}.)))))}})|,|..}},},.,,,))).))..))))))))...((((((.....(((((..((((,,...{(((.(((((.((.(,...,}},)}.))))).},}}}..((((........)))).}}}|||..((((.((....)).))))..|||..,,..,)))))))).)))))),,,{{..((((((((...(((((((((((((({..,{|{(((..(((.{(..(({...(((.{((((({.,.((..............)).....,)))))...))).....((((.....)))).}))..)}.)))..)))),))))))))........((.((.(((((.....))).)).)).))))))))))....{.(((((((((...((.,(((((.((((((((.....(((....((((((((((((((.((((((((.(((..((.....))..))))))(((,,..,.....,},.})).{(((((((.(((,.(({......(({......)))......))).}.))).)))))))}}...))))).))))))).))).)))).))).....)))))))).............))))).,)).))))))))).}...))))))))..}}((((....)))).(((((((((((((((((.(((....)))))))).{(.(((((((((......))))}..,)))).)}....,{(,{{(((((......))))).}),},,,.....))))))...)))))))))))))).))))))))....||.))))).||.(((((...((((((((((.....)))))).))))...))))).,,.....{(((((((((.(((.,,..((.(((((..((.{.((((.(((((..........(((((((((((.,((..((((((((((((((........))))),})))))..)))....)).,.))))))))))).,))))}.)))).).))..))))}.....,..))..,,.)))))))))))))...
Back