Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001381989.1
Sequence Length
2378 nt
GC Content
0.3780
GACACAUUUCUGGUGUUUUAAGAUGCCUGAGCCAGCCAAGUCUGCUCCCGCCCCGAAGAAGGGCUCCAAGAAGGCAGUGACCAAAGCGCAGAAGAAAGAUGGCAAGAAGCGCAAGCGCAGCCGCAAGGAGAGUUACUCUGUGUACGUGUACAAGGUGCUGAAACAGGUCCAUCCCGACACUGGCAUCUCUUCCAAGGCCAUGGGCAUCAUGAAUUCUUUCGUUAACGACAUAUUUGAGCGCAUCGCGGGCGAGGCUUCCCGCCUGGCGCAUUACAACAAGCGCUCGACCAUCACCUCCAGGGAGAUCCAGACGGCCGUGCGCCUGCUGCUUCCCGGAGAGCUGGCCAAGCACGCCGUGUCGGAGGGCACCAAGGCCGUCACCAAGUACACCAGCUCCAAGUAAACAUUCCAAGGGGAGACAACAGCUUUUAGACAUAUCUUUUCCAACAGUCGUCACUGCUGGACACUGUUUCAUCUUGCAAAUAAACCAAUGAAAAUGAGUGAUCCUAGAAGAAGAUAAAUGGAGGUAUUUUGAACAAUCAAAGAAGGACAAAUGAACACCUGGCUGAGAAAAAUUAGCUCUUUUUUCUAUGCAUAAAACUAUUAAAAUAUUCUUCAUAGAAAUUUAUGACACAGGAAACAUAAAGACAAAAUUAAAAUAACUCCUAGUAUCUCCUAUUCUUUUUAUAUGUAUAUUAUAUAUACUCAUAUUCAUAUAUACAUAUAUCUCACAUCAUGUAUCAUAUAUAAAAUAAAUUUAGGUGUCAUGAUAUAUAUUUAGAUAAAUAUACUUAGAAACUUUUUUAUGGAUGUAUAAUUUAUGGAUAUAUUGAUAAUUAUGUAUUUGUUAUUGACUACUUCAAUUGAUUCCCAUUUUUAUGCAUUAUAUUAUAGAUUAUAUAGCUCACACAUCUUUGUACAUAAAUCUUUGUUCAAAUAUUAUUUCCUAAGGAUAGACUUCAUGAAGUGGAAAUACUAAAUCAAAAGUGAAAAACAUUUUCUAAGGUUCUUAACAUAUACAUUGCCAAAUUGCUAUUCAGGAUCAUACCAAUUUAUAAUCCCAAAAUAAUAUGGAAAUUCCUGUUUUAUAGCACUCAUAUUUACAAUAAAUUUUAAAAAUCACUGUUAACCUAAUAGUCCUUCAAAAGAAAAAAAAAUUGAAAUUACAUUAUUUUAAUGACUCUAUUAGUGAGGGUCAUUCUUCCCAUGUUUCUUGUUAGCCAUGACCCUAUAAGAAAUAAACUGCACUGCAAAAUGAUAAACAUGACAUCAAUCAUUACAUGGGAAGGCACUAUAUAAAGAAUAAUACCUUAGGUUAAGGCCACAUAAAUAUUUAUCAGGUGCCUUUUCUGCGGAGGACUCUGAAGGGAUACUAAACUGCAUUUAGCUGCAUGCAACUGAAACUACUUUUACCUACAUUGUCUCUUAUAAACAUUAUAACUACUCUUUGAGAAAGUGUUUACUAUGGACUGAAUUGUCUCCCCAUCCCCCCAAAUUCAUAUAUUGAAGCCAUAAACCCCAAUAUGACUCUAUUCCUAGACAGGACUUAUAAGAGGUAAUUAAGGUUAAAUGAGGUCAUUAGGAUGGGUUCCUAACUGGAUAGGAUUGGUGGCCUUAUAAGAAGAGGAAGAUUCUGCACUUGGUCUUCCAAAUUAAAUAAUUUAUUUAAAAGAAAAAAAAAAAAGAGGAAGAGAGGGAGCUCUGCACAUAUACUGAGGAAAGGCUAUGUGAGCUCUCACAGUGAGAAGGUAGCACUCUACAAGCCAGCAAGAGAGCCCUCAACAGAAUCCAGCCAUGCUAUACCCUGCUCUGAGACUUCCAGCCUCCAGAACUGUGAUAAAAUUUUGUUGUUUAAACCACACAAUCUAUGGUAUUUUUUUAUGGCAGCCCAAGCCAACAAAGACAGCAUCAUUGCUGUCACUUACAGACAAGAAAACUAAGACUAGGAGAGAGAAAAGUUAAACUUGUCCAAGGUCACAAAAGCCAGAAACAAGUGAGGUGAGAAGUUGACCUUGUUCUCCUCAAUCCAAGGCCAGGACUCCUCCACUCCACAUGUAGAUAGCCACCUCACAGUCAACAGCCAAAUGUCCACACCCCAGAGUCAGCAUUAGACCAAGAUGUCUUACCAGGAGACAAAUGCCUCAUCUUGAAUAAAUAUGAUCUAACAACUUACCCAUGUAAAACAUUGAAUCUCAUGAGAAACAAAAAUGCAAAGUAUGUAGAAAACUAUGUUUACCACUUAACUGACAGUGAUAAAAAGCUUAAUGAUAUCCUUAUAGUCUUGGAGGGGUUUGUAUAUGUGGUGAAACAGGUGCUCACGCACUGCUGAUAGACUGUAAAUUGGUCCUAGAGAGAAAAAUAAAUAAACUGGAAGGAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-553.88 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -602.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 601.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.......))))).......((..((((.((......))))))..))(((......)))((((.....(((((((.....(((((....((((((((((.((((((..........((.(..((((.((((((..(.((..((((((..((((.((.....(((((...(((((.((((.(((((((...(((..((((.....(((((....)))))...........((((((((((((((((((.((...))))))).))).))........))))))))))))..)))...)))))))))))(((((.(((((((.(((.(((....)))))).)))...))))))))))))))..)).))).....)).))))..))))))..)).)..))).))).))))..).))........)))))).).).))))))))(((.((((....)))).)))...((((((((((..(((.(((((((.((((..((((((((....(((((((((((...((((.((((((((...........(((...........)))((((((......))))))...((((((.((((((((.((((.((.......)).))))...)))))).)).)))))).............)))))))).))))...))))).....))))))(((((((((((...((((....))))....)))))))))))..)))).))))...)))).(((((((....(((((((((.......((....)).......))))))))).....)))))))..(((((((((((((.(((((.((((((..(((........(((((.....))))).......)))..)))).)).))))))))))))))))))...........((((.(((........))).)))).....(((((((((((((....((((.((((.....((((...(((.(((((..(((((((((((............((((((.((((.....((((((.(((((.....(((..((((.........))))..)))....)))))....))))))............................(((((((...)))))))..(((....)))......((((((((......))))))))((((((.......))))))..........((((((((((.((........))))))))))))...(((...)))..........(((((..(((((..(((((((((((((((((..(((((........(((((...)))))...........)))))..)))))))).((((..(..(((((((..(((..........((((((.((((..((..((((...............(((((.((((........................)))).))))).......((((......)))).(((((((.......((((.....))))(((.((((((..(((....((((((((((....))))...)).))))...)))..))))...)).))).....))))))).(((((......)))))..((((((.(((((((..(((((.(.(((((..(((((((((((.....................................))))))...(((((((...(((((..((......))..))))))))))))((((((..(.((((.((.((((...........)))).)).((((.(((.....(((...))).....)))...)))).......)))).)...))))))......((((.((((((..((((.........)))).........((((.......)))).....(((((((....)))))))......)))))).))))(((....)))(((.(((((((((...))))...(((((((((....(((............))).....).))))))))))))))))...)))))..)))))))))))..)).....)))))...))))))...)))))).)))).)))))).....))))))))))..)..)))).(((((((((((.....)))))).........))))).......................)))))))))...)))))...)))))............)))).)))))))))))...))))))..)))))...))).)))).......)))).)))))))))))).......))))))))))))...))))))))))))))))))....)))))))....(((((.....)))))((((.................))))..)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
......,((((((({{{....}}||||,({({{((....|,||}}||..((((.......)))),,,.....{((((((,{...{((((.,..{({((((({(.((((((.......,..((.(..((((.((((((..(.((..((((((..((((,{(.....(((((.{,(((((.((((.(((((((...(((..((((.....(((((....)))))...........((((((((,{((((((((.((...))))))),})).,,........))))))))))))..)))...)))))))))))(((({,(((((((.(((.(((....)))))).)))...)))))))))))))),,)).))).....}).))))..))))))..)).}..)))}}}).))))..).))........)))))).}.}.)})))))|(((.((({....)))).)))}..((((((((((..,......,{{{.,{{{{,((({(({,....{(((({(((((...((((.{(((((((.....,.....(((...........))){(((((......)))))}{{{((((((.((((((((.((((.,,.......}}.))))...)))))).)).)))))}....}}}......})))))),.))))...))))).,...)))}},(((((((((((...((((....))))....)))))))))))..|},,,||{(((((({{{,{{.,,.....,|},|)))},))))),|||{{{{,...}}}}}},{{(((({,.,{|||||{{(.(((((((((((({{(((((.((((((..(((.....{{{(((((.....))))}.}}}...)))..)))).)).)))))))))))))))))).,}}.......{(((.(((........))).)))}...{{(((((..,,{{......||.,.,,,,}}}}}}},|...,,...,}}}},}}},,,))))}}}),|,....{{(((((({..(({....((((((.(((((.....(((..((((.........))))..)))....)))))....))))))......,,,.....,..,.......{{{(((((((.,{{|||{{|{{(((...,|||......{{((((((......))))))||{{{{{{.,..,..}|||}},,...,|||,((((((((({,((........))))))))))},...(((..,|||..,{{,,...{{(({..{{{{|,,|{{|||||||(((((((..(((((........(((((...)))))...........)))))..)))))))),|||,.,|},||{{(({..{({..........((((({.{({{..||,.{,{(,,,.....,,.....{{{{{,({{{{{{{{,...,}}}},.........)})}.})))),,,....(({{......)))}.(((((((.......{(((.....}}}}{{{.({((((...,{,{,.{((({,(({{.,..}))).,,))}})})}},}}},.)))}..||},},,,,,,.))))))).(((((......)))))..((((((.((((({(..(((({,(.(((((..(((((((((((...{{{{,,,...}}}}},,..,,...........,,)))))}(((((..((((,((((((..((......))..)))))},,|(((({...|)}}}.{(({(,.,,}}}}......}}.))))..)))))..(((.,,..(({...||,.....,,),((((((.{,...,).))}}))).}}|||,.....{{{{,{{{{{,..((((.........)))).........((((.......)))).....(((((((....)))))))......,|||||,,,||{{.....,||{{{,{,{{.,|||...,))),}}(((((((({....(((.........,..))).....},))))))))})))))))...)))))..)))))))))))..)).....)))))...))))))...}}}},,.}}}}.}}}))).....}}})))))))..}.,|}}}.{{{{{((((((.....)))))}....,.,}})))))........}},............}))))))))...))))}.}.))))).....,,....}))),.})}}||||,...,,,}}}}},.,|||....)))}))))}}.....,,},.,,},,,}||||}.,,,,.,}))))))),)))}}}))))))))))))))))}}...})))))))..,,|||||.....)))))||,,.,...............})))},)},,.
Back