Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382279.1
Sequence Length
2306 nt
GC Content
0.5611
AUUGAGAACGAAAGUACACGCCAUGGUGUGGGAGCAGCCUGACCAUCGGGACUCAGGAGCUUACAGAAUUUUCUGGGGUUUCGAUACUCUAGAGGUUUCCCCUGGUUACUUGGCGAAUAUUCUAUGAAAAUGAAGAGAAUGAAGUGAAGUCAGAGUCAUUUACUCAGAAUGCACCCUACUGUAAAUGGAGAGGAUGCUACUUGGAGUGUGUGGUCUGUAUAAAUGGAGAGGAUGCAUAUGAAGUUACAAAGGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGUAAGAGCCGAUCCGCUCGCGGCCUCCACUGCCAACCUCAGCCUUUUACUGCAGCACCCGCCGCUGCCCGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-823.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -863.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
................(((((....))))).(((..(((((((.....((((((((((((..(((((...(((((((((......)))))))))(((((((.((((.((((.((...((((((.(........).))))))..)).))))..((((.....))))...((((..(((..(((.(((.((((((((.((.(((((((.(((.((.((((((....((((.....(((..(((..(((((((((((.((......))..(((....))).)))))).))))).)))..))).((((((.(((...(((((((((...(((((((......(((.(((((((((((.(((.(((...))).)))..((((((((((((((((...)))))))(((.....((((((((((.(((((((((..((((........((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....))))))))))..)))...(((.(..((..((((.((((((..................)))))).))))..))..))))...)))))).)))((.(.(.(((((((((((.((..((.(((((((((..((((((.(((((((.....((((((((........(((((....(((.....)))....))))).(((.......))).....(((((.((((...........)))).)))))....((..(((.....))).))....(((((.(((((((.((((((((...(((.((.(((((((.(((((((((((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))..((((.((((((((.(((....(((((((........)).)).)))(((((((.((..((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...))..)))..))))...........)))..)).)))))).))))((((.((....)))))).)))))))...)).)))...)))).)))))...)))))))).)))))))...)))))(((((.......))))).......)))))))).))).))))......))))))....))))..)))))))..)).))))..((((......))))........))))))))).))))))))).....)))(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))((...(((((((((.....)))))))))...)).((..(((....)))..)).)))))))))..............))))).)))))).)))...((((.(.(...).).))))................)))))))...)))))))))))).))))))..((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))........(((.((((((..........)))))).)))))))))))))))))).))))(((.....))).........))))))))))))).))).)))..)))..)))))))).)).)))))...((((.((((...((.(((((((...(((((.((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).)))))))))))).((....)).)))))...))))).)).)))))))))).........(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))).......)))).)))..)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..............,,((({{....))))|,(((..(((((((.....((((((((((((..(((((...,((((((((......))))))))|((((((({((((.((((.((...((((((.(........}.))))))..)).)))),.((((.....)))).,.{{((,.(((.,(((.,{{.{((({|,|,|,....((((.(((.((.((((((,...{({(.,,,,(({..(((..{((({((((((.((..,,..}}..(((....))).}))))}.))))}.}}}..}}}.{((((,,({{{{.(((((((((...(((((((..,,,,(((.(((((((((((.(({.{{,...,}}.}}|..((((((((((((((((...|}}}}}}(((.....((((((((((,({{(((((,,.((((,(((((..((..(((,({((.((((.....)))).)},)).))).}}..}}))}}},.},,||||{|,{{,.,(({,...||}|,,{||}|||||||||)}.,)},.,}},.},|}}..}}}},,.}|||,.{{,{{|.|...}|||},.},,,,{(,({({({{((((((,((..((.((((({(((..((((((.(((((((.....((((((((.....,,.(((({....(((.,,,.,},....)))}}.|}|..}}...,},.....(((((.((((...........)))).)))))....{{..(((.....))).)}....(((((.(((((((.((((((((...(((.((.(((((((.(((((((((((((..,,.((((((..((((.....))))..)))))),.}...))))..((((.((((((((,(((....(((((((........)).)),|}}((((,,(,{{,.((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))...},..))),.)))).,}}.}}.,,}})}..))}}})))).))))((((.((....)))))).)))))))...)).)))...)))).)))))...)))))))).)))))))...)))))(((((.......))))).......)))))))).))).))))......))))))....)))}..)))))))..)).}))),.||||.}},}}))}),.....}))))),))))..,))))))).....)))((((({..(((((...((.((......)))).)))))..))))){{...(((((((((.....))))))))).}}}..((..(((....)))..)).)))))))))....,.,,......))))),,))))).)))...{|||,|.,,,,}}}.}}},.......,........)))))))...))))))))),))..)),))},{{||...||{{||||.{{...(({{{{,,....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).))))),.,}}))|,....}},,..}).))))))))...)))),..,,...(((.((((((...,,...,,)))))).)))}}})))))))))))),))))..({{{{.,,,.........,.)))))}}})}}.}}}.}}}..)))..))}})))).)).)))))...{{{(.(({{.,.((.(((((({..,{{|{{.((((((((((((...(((((((,{,{{(({{{.......,})),..}}|||,(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))),)))).)}}.)))))))))))).((({{{|||)}}}||..|}})}.)).)))))))))),,},,....|||||,|||{{.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).))))).)))))))))))..)))))).......)))).)))..)}}
Back