Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001382282.1

Sequence Length

2208 nt

GC Content

0.5833

GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-816.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -853.62

Frequency: 0.0000

Diversity: 665.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((....(((.((((...)))).))).)))))))....)))...((((((((((((.....((((..((..(((.(((((..(((((....(((........))))))))))))).)))..))..))))((((((((.(((.((((((....)))))).(((.....))).....)))..)))))))).((((........)))).......))))).)))).))).((((((((..................((((((.....)))))).(((.((((((((....((((((((((((((((.((((...((((((((...............((.......))(((((((((...(((((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....))))))).)))..(((((...)))))(((...(((((.((.....(((.(((....))).)))..........(((((.((((...........)))).))))).........(((((((((.(((..........)))...)))))))))(((((...(((..(((((((((((((((.((.......))(((........)))))))))))).)))))))))...)))))((((((((..((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))............(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))..((.(((((((..((((.....((.(((....((((.((....)).).)))...))).)).....))))......(((....)))..)))))))))............((((...((((((((.((..(((...(((....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).))))).....))).....)).)..)).))))))))...))))...)))))))).((((((..........)))))).))..)))))...)))))))))))).......))))).)))))))))))))))...............))))))))((..(((..........))).))...((((((((((....(((.(((((((((((((((...(((((((.....(((((.......)))))....(((((((.((((..((((....))))))))))....................((((((.((.(.((((...)))).)...)).)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.((..(((.(((((.(((..((((.....((((((.........))).)))(((...(((..(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).))))..)))..))))))))..)).)).))))).))))))))).)))))))..))))))))).))).)))))))))))).(((((((((((((((.(((..(((...))).))).))))))....)))))))))..))).)))...))))))))))..(((((((((.......(((....))))))))))))))))))))))).....))))))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((((....(((.((((...)))).))).))))))}...,)))...((((((((((((.....((((..((..(((.(((((..(((((...,(((........))))))))))))).)))..))..))))((((((((.(({.((((((....}))))).(((.....))}.....}))..)))))))).((((........)))).......))))).)))).))).((((((((...,...,{{{{{{{{{.,,,,{{..,,.}||||,,({,,({((((((,,,.,{((((((({{(((((,(((({,,((((((((,..,,.....,,.||{,,,,{||,||(((((((((,.,({{((((((((((.(((((({{({,{....((((((((.,(((.((,.((((((.,({((.((((.....)))).)},)).,,{{{.{...,).))}....)))))}.}}}..)}}..((((((({((,.((((.((((((.,....,.....,}....)))))).)))).....{{......}|.,...,..)})).)))))).}}).)}))},}}|},........}}}}||}.....})))})}}}||..(((({...}}}}|((({...,(((.,,..}},,,..|||,,.|)|},}},,.}},.....(((((.((((,......,...)))).)))))....||,,,(((((({((,,{{,,.,{{{..,|}}}.|||||||||}{{|||,,,|||.,{||((|{{(((({{{{{(,.....{||(((..,,,,..}},))))}}))),)))}),}})},,))))}||,||{||},((((...((((((((((((....((((({,({((((..,.....((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,),)))).))).)))).))))))..,||..||}..,))).}))..}))))).....,...((((..(((((((.{{....)))))).))).))))...,.,.{{{{{((({..|....,..))))).....)))}..,,,},,,..)))))...))))))....))))))...))))..}},}}},..,|},{{({{{......((((({..(((((...((.{{......)))).)))))..))))).......,((((((.....))))))))))))..,((..(((....)))..))..,,,|||}}||.,}.|||||..||,|||..},||||,||....))}),)})..})),.,,........,......|,))))))}..,))))))))).,,..,}.}},.,{||.,,||||||||.{{..,(({({,,,....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).))))),.,,}))|,....||.,.,|},|}}}}}}}...|||}...,,,.,{({.((((((...{{...},)))))).))}.|||||..,||,}}}}}}}}},,,....}))}}.}},}}}}})))))}},,,............)))}|}}|((..{((.,.......,)}}.}},..{{||{{({{{..,.{||,{{{((((((((((((...{((((((,{{({(({{{.......,})),..}}|||.(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,....,,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{((((((({(,(((..((({.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))})))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))).)))).)),.)))))))))))).(((((({{{{{{{{{.{{{.,{||...})),))),))))))....|||||}|||,,}||,|||,,,||}}}}})))},{{{{{{{||,,,..,||||.,,,))})))))))))}})))))},},.....))))))))......