Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001382283.1

Sequence Length

2244 nt

GC Content

0.5807

GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGUAAAUACCUAGGAGUGGGCUUUUCUAGAUCACAUGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-826.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -863.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 738.81

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((....(((.((((...)))).))).)))))))..(((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((..(((((....(((........)))))))))))))...((.((((......)))).)).....(((((....)))))((((((((((((.............(((((((((((........)))).((((....((((....))))))))((((((((..((.((((....)))))).)))).))))(((....))).((((((((((.........((..((((.((..((.(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...))))))))).))..)).))))..)).))))))))))..))))))))))))))..(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).)))))....))))).(((((..(((..((((((((((.((((..((((..(((.((((((..........)))))).)))..........(((...(((((((.....)))........(((((((...(((((..(((((...(((((........((((((.......(((..((.(((((.((....(((((((((((..(((.(((((((........(((((((..((((...((((.(..((((...((.((((........)))).))))))..).))))..)))))))))))...)))))))..))))))))).)))))...)).))))).))..)))....(((((......))))).....))))))((((.....))))..))))).....)))))..))))).....)))))))(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..))))..)))(((((((......))))))).))))..))))..)).).)))))))..)))))))))))))))).(((....)))))).)))))))..)))))))))))..((((((((.((((((.(((..(((...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).)))))(((((.......))))).............).))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,{((((((....(((,((((...}})).))}.))))))}..,{((({{{(((,((((({((((.,,{(((,.(({{(((,(((((..(((((...,(((........))))))))))))).}}|..}}..)))),.))||,|,....((((((....)))))}{(((((,((((.,,,,,.,,,,.{((({{{(((((,.,....,||}}.,,,({{{{((((,...,}},}|||(((((((,..,,.((((....))))||,|||}.},,,{((,.,,|}}.,{{|||{|||......},}||,|((((.{(..((.(((((((((...(((((((..{{(((({{((((({((({{,((,,{,.....,,.|||,{(,(((({(((((,(((((.{({{((((((((((.(((({{{{(,,{....((((((((.,(((.((,.((((((.,({((.((((.....)))).)},))...(((.(....).)))....)))))).)}}..)))..((((((((((..((((.((((((.,..........,}....)))))).)))).....{{......}}........)))).)))))).))).))))),}))).........))))))).....)))))))}}||..(((((.,.|}}}|{{({...,(((.,,..}},.,..|||,}.})||,}},,.}},.....{{{{{,(({({,...,,|,..}}}},)))}}....||,,,((((((,((,.{{,,.{{{{.,,||}}.{||||{|||,,,|||}}}|||,}||||||||(((({,{{{{|..,,.{{|(((..{{{{..,,.)))),})))}))}}},||}}}}}}))}}}.||||||,((((...((((((((((((....((((({.({((((..,.....((((((.((((((((((,((,..,,(((.....)))...,,)})))).))).)))).))))))..,||,.|||..,})).}))..}})))).....,...((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......{{{{{((({..{....,..))))).....)))}..,,.},,,..)))))...))))))....))))))...)))}..}},}}},.,}|}}|{{{{,......((((({..(((((...((.((......)})).)))))..)))))......,{((((((.....)))))))))}}},.,{{,.{{{....)))..)).,},,}),))))})).}}}}}.,}))}}}..}))))})}}...,|||}|}|},,})).}},........,........)))))))...))))))))).))..)).)))},{||.,}||||||||.,|,}}||||||||,,..(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))....}))},.,{,{|..,,|}.||||||||,,.||||..,{{,..(((.((((((...,,...,,)))))).))).,|||...}}|}}},.,},|,|}}}}}.)))}......,||{{|{|,..{|||,..,||||...|||{(,.,{,,.,(({({,.....,|||,||,..|,||,|({{{,.{,|||||||((,{((({(((({{{,,,,,,{,{{{{((,,,,,.....}})},..}}}|}.({(.{(((..{(((....)))}))))))).,..|||,,.,,}},,,..{{{{||,||,|.{|||,,,)))},),,,},.)))))),||||{((,({{{{((((,..{{{{|||,|||||{||||||({(({..{{||,...,||||{{...,,,,,.})),))}{{{.}}|||,,((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).}))),.)))}.})),)}))})))}},,))))),))))))))).}}}})))},}))).))))}))..))))))))))),,(((((({..||||||,{||,,|,|,,,,))}))),||||||.,,,((({{.{||||,|{|||||||{|}}}},)))|}{,{{,,|||,}}..,}|||.}}}))|||||}}}},.,)))}}.............}.))),,,,.