Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001382284.1

Sequence Length

2362 nt

GC Content

0.5741

GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGUAAUCUAUUGCCAUAAAGGAUUUUCCAAUUAUCCUUAGGUUUCUGUGGUUUCACUAAGUUCCAUGCAUCCCUGCCUGAGGACUGUCUACAAGAGAGAAGCUCCCCACGUGGUUCCGUGUAAAUACCUAGGAGUGGGCUUUUCUAGAUCACAUGGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-859.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -900.04

Frequency: 0.0000

Diversity: 820.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((....(((.((((...)))).))).)))))))..(((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((..(((((....(((........)))))))))))))...(((....)))((((((..(((...(((((........((((((.(((((((..........(((.(...((((((........)))).))....).))).........)))...((((((.........))))))))))..))))))..........))))))))..))))))((((((...((((((...((((((((((.(..(..(((...........)))..)..).)))))))))).((((....)))).)))))).....(((....))).((((((((((.........((..((((.((..((.(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...))))))))).))..)).))))..)).))))))))))))))))(((((.......(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).)))))..)))))...(((((..(((..((((((((((.((((..((((..(((.((((((..........)))))).)))..........(((...(((((((.....)))........(((((((...(((((..(((((...(((((........((((((.......(((..((.(((((.((....(((((((((((..(((.(((((((........(((((((..((((...((((.(..((((...((.((((........)))).))))))..).))))..)))))))))))...)))))))..))))))))).)))))...)).))))).))..)))....(((((......))))).....))))))((((.....))))..))))).....)))))..))))).....)))))))(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..))))..)))(((((((......))))))).))))..))))..)).).)))))))..)))))))))))))))).(((....)))))).)))))))..)))))))))))..((((((((.((((((.(((..(((...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).)))))(((((.......))))).............).))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,(((((({{{.(({{(((({,,||||||||,||}}}||....|||{{{,,(((((({{({((((,,((((.((({{((,(((((..(((((...,(((........))))))))))))).,}}..}},.))})}.)))).......((((((....)))))),{(((({({{(,((((({.{((({,...,{{((((........)))),{(({.,|,,(((({....})))).,.,|||||.,{{{,{,,,|||||.{,,,,,{(((,...,}}..,,{(((({(((....,|},||{||,||,......{{(((({((((,.,..({{((({{{{{{...,{||}..|{,|{|||||,},}}(((((.,,{{{,{((((((......,(({.{{|,,....}}|.}||...,,,|}}}},}|||||,{||{{.{{{({((({...,|||{{|,.|||,|||||,|||||||||}(({.{{....,}}.}}}.{({{,{{{((((((((((,.{(({{{,||||{{|,||{{|||||||,...}|||,||||}}|(({((..((,,(({,({((.((((.....)))).)},)).}}|,|,,.}}}),,}|,,.,|||||,.||,..|||,.,,||||||{|}}|||{}||||||}}}}}}}}}},}))}}},)}}))}.)))),,...||},,...}}.....,.}))))}))))))}),)}))))}.,)))......,{{|,}}|||.....,))),))}}||..(((((.,,|||}|{{{|...,(((.,,..}},.,..|||,}.})||,}},,,}},.....|||||,((((,,.....,...)))).}}|||,...|{{{,((((((.(({.{{{{.,,,,.,{|||}.{(({((({{...}})}}}))}}}|||||||{((((,,,{{({..,,.{{{(((..{{{{..,,.)))),,)))}))},).,,)}}}))))))).)}|})).|||{...|||||||{|{{|,..,||||||.||||||}}}...,.((((((,((((({((({{(,,,{{{(((,,...|||..,{||||}||.}}},|}||.||||||{.,{{,.|||...}}}.}}}..,,}}}}.....{{,,((((,,((((({{,({....}))}}|.|||,||||,,.....,,,,(((((..{....,..)))))....,|||}..|{{||||.,|||||...}||||}....}))))}...,}},..,,,,,,....|}|(((({,......((((({..(((((...((.((......)))).)))))..))))).....,,{((((((.....)))))))))}}},.,{{,.{{{....))).,}}.,,,,|},}}}},,}.||,,,.,})},,,..}}||||}||....}}||{|{||||||{|,,.......,{,.....,.|}}}})),.,}}||})}|},,,..}},}},.((((...((((((((.((..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,}....)).))))))))...))))........(((.((((((...,,...,,)))))).))),||||,,.|||}}}}..,,,..(((((.,...........,.))))).,{{{{.........,)))}.||}|{,}}|||}}........)))}),,...}))},}}}}})}))))))}}({{((((({{{{,,,{{{{{{|||,{{(({{{.......}}))}..}}}}},({{.((((..((((....))))))))))).....||||,,...,,...||||||,||,|,|{{{...)))).),,,)}.}))))),{||||||,{{||||{((,,,(((((((.{{,{(((((((((,(((..(((,.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))))))),})),)).))))).))))))))).)))))))}.,))),)))),))}.)))))}))}))}|||||||,,.))))}))))))}},))}),))))))|||{|||.||||||}},}))})))})}))}}}.)))))))}){{(((((((({......,(((....)))))))))))),)),}............,..},))).....