Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382285.1
Sequence Length
2246 nt
GC Content
0.5828
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGACUGUCUACAAGAGAGAAGCUCCCCACGUGGUUCCGUGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-823.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -863.47
Frequency: 0.0000
Diversity: 730.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((....(((.((((...)))).))).)))))))..(((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((..(((((....(((........)))))))))))))...((.((((......)))).)).....(((((....)))))((((((((((((.............(((((((((((........)))).......((((..((.(((...))).))...))))....((((..((.........))..))))(((....))).((((((((((.........((..((((.((..((.(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...))))))))).))..)).))))..)).))))))))))..))))))))))))))..(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).)))))....))))).(((((..(((..((((((((((.((((..((((..(((.((((((..........)))))).)))..........(((...(((((((.....)))........(((((((...(((((..(((((...(((((........((((((.......(((..((.(((((.((....(((((((((((..(((.(((((((........(((((((..((((...((((.(..((((...((.((((........)))).))))))..).))))..)))))))))))...)))))))..))))))))).)))))...)).))))).))..)))....(((((......))))).....))))))((((.....))))..))))).....)))))..))))).....)))))))(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..))))..)))(((((((......))))))).))))..))))..)).).)))))))..)))))))))))))))).(((....)))))).)))))))..)))))))))))..((((((((.((((((.(((..(((...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).)))))(((((.......))))).............).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,(((((((({.((,(((((({{{{||{||{{{|,,,|{.,,.((({{{,({(((((((...((((((((..((..(((.(((((..(((((...,(((........))))))))))))).)))..))..))))..(((((.(...{(((((,,.{{{..({((((({..,((((((((((((.,{,{({{{,,(({{...,....}))}.,,..,,,.))))}.....)))}))}}}})))}.....(((((..((,,,..,,,,||,.||}}|(({.{{|,,....}}|.|||........}|}}||||,.}||.|,}|||||{((({..,,,,,||}}|(((((((({,,,,((((((((.{{.........,|,.{({{{{({(((,,,(((({.,(((((((((((((.(((({{{{({,{....((((((((.,(((.(({.((((((.,({((.((((.....)))).)},))...(((.(....).)))....)))))).)}}..)))..((((((((((..((((.((((((.,..........,}....)))))).)))).....{{......)}........)))).)))))).))).))))),}))).........))))))).....)))))))}}||.,(((({...})))}|,({,,.{(((,,,..,,,{{{.|||...,)}}.})}..}},.....|}||}.||||}...,}}}}..))))})))))}...||..,(({{{({{{,.{{,..{{{{...)))}.|||||||||,,,}})}}}}}}}},)))})}}|,|||.}|||}}}}|.((((((..((((.....))))..))))))}.,.).))))),)))),})))))).)|||}..,,,,|||,||.|}..}))}))).))|||}}}}..,,,(((((({(((((.(((.{(..{(((((({{...{{{..{{{{{|,||.,,,{|,||.|||||{(.,{,,.((|,..}}}.}}}..,.,,||.....{{{{(((({{(((((,,,{{....|}},||.|||{||||{{.........(((((..{....,..)))))....{(({...{{{{{{{.{||{{|...,{||||....|}})).......,............|||(((((,......((((({..(((((...((.((......)))).)))))..))))).,...,,{((((((.....)))))))))}}|,..{{,.{{{....))).,||..,.,||||}|,..|,,,....,}},.,,..,,|||||{,....}}{{({({{{{(({{.,.......{{{,,,..{,{,||,|}|,{||||}}}||,....,,,....((((...((((((((.((..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,}....)).))))))))...))))........(((.((((((...,,...,,)))))).))}{{{{{{,,{{{....,....,.{{,,,.}}},..,,..,.},)}))).,,{{,..........,))},{{,{({,.{((,|.....,.,},}.)}}.}},))}},....)))))))}},|||||{{{{|{||||,,,.,,|}},||(({{{.......}))}}..}})}},|{{.{(((.,((((....))))))))))).....|}}},,...,,..,}}}})))))))}|{||,,.))))})}}}}}.,)))))},||||||}|,||||,(({{{(((((((.{{,{(((((((((,(((..((({.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))})))),})),)).))))).))))))))).)))))))),}))},)))))))),))))),)),}),})))))))),)))}.))))))..})).))))))))))}.))),}}}))))))))),}})}),}},,..)))))))))|{(((((((({......,(((....)))))))))))},}).|,..............,.))).....
Back