Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382286.1
Sequence Length
2326 nt
GC Content
0.5765
GCCUCAGCCGCCUCAGCCGCGGUCGCCGCCGCUUCGGCUGACUUAGGCUCCGCCGCCGCCUCCUCACCCGCCUCGCCCCGACCCCGCCCGGGCCUCCCGGCCUCUCCCCGCCGGCCCGCGGGCUCGCCGUCCGGCGCAGGGCAGCACAUUGGAGAUAUAUUUCCACAGCAUCUGGCUUUUCUUGUUCCUGUUCUGAAGUAAAUGUAACUGCUAUCCUCUGGAGGUAAUCUAUUGCCAUAAAGGAUUUUCCAAUUAUCCUUAGGUUUCUGUGGUUUCACUAAGUUCCAUGCAUCCCUGCCUGAGGACUGUCUACAAGAGAGAAGCUCCCCACGUGGUUCCGUGUCGGUAGGCUCCACGACAAAAGUCAACCCUUCUGUAAAUCACCUGCUGUGGUUAUGAUGCUCUGAGUUCAAUACGUCUGAACCUUUGCUGUCUAUGGAUCUGCUCUAAACCUUAUAGCCUGCUUAUGGGGGAAGGUGACGCCUUCUGGGCCCCAUCUGUCCUUCCUCACAGCACCCUCAGCACCUUAAGCCACCACCCUCAGCCACAAUUUGGCAGAAGGAUGGAGUCCAAGGUCUCAGAAGGUGGCCUGAAUGUGACCCUCACCAUCCGCCUGCUGAUGCAUGGAAAGGAAGUUGGAAGCAUCAUCGGGAAGAAAGGAGAAACUGUGAAGAAGAUGCGUGAGGAGAGUGGUGCAAGGAUCAACAUCUCAGAGGGAAACUGCCCAGAGAGGAUUGUGACCAUCACAGGCCCCACAGACGCCAUCUUCAAGGCCUUUGCCAUGAUCGCAUACAAGUUUGAGGAGGAUAUCAUCAACUCCAUGAGCAACAGCCCUGCCACCAGCAAGCCCCCAGUGACGCUGAGGCUGGUGGUGCCUGCCAGCCAGUGUGGGUCCCUGAUCGGCAAAGGAGGCUCCAAGAUCAAGGAGAUCAGGGAGUCCACAGGUGCCCAGGUGCAGGUGGCUGGGGACAUGCUGCCCAACUCCACGGAGCGAGCGGUGACCAUCUCGGGGACCCCAGAUGCCAUCAUCCAGUGCGUCAAGCAGAUCUGUGUGGUCAUGCUGGAGUCCCCACCGAAAGGUGCCACCAUUCCCUACCGCCCAAAGCCCGCCUCCACCCCUGUCAUUUUUGCAGGUGGUCAGGCCUACACAAUCCAGGGACAGUAUGCCAUCCCUCACCCGGAUCAGUUGACCAAGCUCCACCAGUUGGCCAUGCAGCAAACCCCCUUUCCUCCCCUCGGACAGACCAACCCCGCUUUCCCCGGAGAAAAGCUGCCUUUACACUCCUCCGAAGAAGCUCAAAAUCUGAUGGGCCAGUCAUCAGGUCUGGACGCCAGCCCACCGGCCAGCACUCAUGAGCUCACCAUUCCCAAUGAUCUAAUAGGCUGCAUAAUUGGACGCCAAGGGACCAAAAUCAAUGAAAUUCGACAGAUGUCUGGAGCUCAGAUCAAAAUCGCCAACGCCACGGAAGGGUCCUCAGAGCGUCAGAUCACCAUCACGGGGACCCCGGCCAACAUCAGCCUUGCCCAGUAUCUCAUCAACGCCAGGCUGACGUCCGAGGUCACCGGGAUGGGCACGCUGUAAUCCUACCCAGCACCCUUCCCCCGCGUCACCCACCUGCCAGAGCCUAAGGCCCCCGGCUCUCGCACUCUGUACAGCCCACCUUCCCUGCCUCACAGAUACCAAUAGAGAGGUUUUCUUAAUUAACAAAAGGACGUAUGCCAUGGAGAAACACACCCGCGCACACAGCUGCUCUCUACAGAGGCUGCAGGCUCCGCCGAGUCCCCCCUCAGUGUUAUUUUAUUUAUGACUUACGCUCCCGUCUGCCCAUGCACCGGCAUGCAGUGGUAAUUAUUUUAGAAAUAUUGUUCCUUGGUGUCAGCGUAGCUGUCUGUCUUAGGAGCUGGGUCGGCGUUCCGACAGCACUUCCUGUCCGCCCUUCUCCUCUGCCAUCCAGAACCGUCCAGAACUGUUGCCUGAGACCCCUCCUCUCUCACACAGCCCUGCCAUGCUGACUCGGUUUCCCCUCAGAGCCAUUGUUGUCUGGGCUCGAGUUUCUGCCCCAGGUUGUGUGCUGGAAUCGGGGGGUGGCUCUCCUGCCACCCAUGGGGAGCGCCAGGAGAGGAGGGUCAUGGAGGAUGUUGGGGCUCUGACCCCAGGAGUGGGGUGGAGGGCGGAGCCUGCUGGGGGCCCUGCCUUCACAGAGAUGCCGCGUGCUGGGAAGGCUCUUGGGGUCCCCUGAGCGUCUUCCAGGGUGGCUGGAGAGCACAGACGCGCCAGGGAGCCCCCUCUGUGCUCCUCAGAGUUCAAUAAAUGUCGUGGCCCCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-845.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -885.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 718.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((....(((.((((...)))).))).)))))))..(((((((((((.((((((((((.........(((((((((((((..(((((....(((........)))))))))))))...(((....)))((((((..(((...(((((........((((((.(((((((..........(((.(...((((((........)))).))....).))).........)))...((((((.........))))))))))..))))))..........))))))))..))))))((((((.((.(((...))).))...........((((..((.........))..))))(((....))).((((((((((.........((..((((.((..((.(((((((((...(((((((..((((((.((((((......(((............((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((((((.(((((((((.......((((((((..(((.(((.((((((.((.((.((((.....)))).)).))...(((.(....).)))....)))))).)))..)))..((((((((((..((((.((((((..................)))))).)))).....((......))........)))).)))))).))).)))))))))).........))))))).....)))))))(((((.(((((.(((((.(((((....(((.....)))....))))).))..))).))))).....(((((.((((...........)))).))))).........((((((.(((.((((......(((((..(((((((((...)))))))))))))))))).((((...((((..(..((((((..((((.....))))..))))))..)...))))))))))).)))))).((((...((((((((((((....((((((.((((((........((((((.((((((((((.(((....(((.....))).....)))))).))).)))).))))))...(((.(((...))).)))..)))))).).......((((..(((((((.((....)))))).))).)))).......(((((((((..(....)..))))).....))))...........)))))...))))))....))))))...))))..))))).....(..((((((......(((((...(((((...((.((......)))).)))))..)))))........((((((.....))))))))))))..)((..(((....)))..))........))))))).))))).)))).....)))))))))....)))))).)))))).....................)))))))...))))))))).))..)).))))..)).))))))))))))))))(((((.......(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((................)).))))))).))))).)))).))).)))))..)))))...(((((..(((..((((((((((.((((..((((..(((.((((((..........)))))).)))..........(((...(((((((.....)))........(((((((...(((((..(((((...(((((........((((((.......(((..((.(((((.((....(((((((((((..(((.(((((((........(((((((..((((...((((.(..((((...((.((((........)))).))))))..).))))..)))))))))))...)))))))..))))))))).)))))...)).))))).))..)))....(((((......))))).....))))))((((.....))))..))))).....)))))..))))).....)))))))(((((((((.((....((.(((((((....(((..(.(((....))).)..))).)))))))...))..)))))))))))..))))..)))(((((((......))))))).))))..))))..)).).)))))))..)))))))))))))))).(((....)))))).)))))))..)))))))))))..((((((((.((((((.(((..(((...))).))).))))))....(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......))))))..))))).)))))(((((.......))))).............).))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((....(((,((((...}})),))}.})))))}...,)))...{{{((,((.((((({...(((..((..(((.(((((..(((((...,(((........))))))))))))).)))..))..)))((((((..(((...(((((........((((((.(((((((..,.....,{((,.....{{((((........)))).||....)})||{{,.....,)))...{(((((.........))))))}))}..))))))..........))))))))..)))))).})}))}{{.{{,...}||{||.{{(((((((((((((((,(((..((((((((((..(((....)))...,((((((({........((((((((..{{.{{{((({,({,{.{{((((((({{(((((,((((,,,((((((((,..,......,,.||,..,,|||,||(((((((((..,({{((((((((((.(((({{{{({{{..,,(((({{((,{(((,((,.(({{((,,({((.((((.....)))).)},)).,,|{{.{..,,),)}}....))))}}.}|}..||}..{{{{{{{{{{,.{{((,{{{{||.,,...,,,..,,}.,..)))))}.)))).....{{,.....}|.,...,..)})).)))))).)}),)}))},}}}},.....,,,}}}}|||.....})))})}}}||..(((({...}}}}|((({...,(((.,,..}},,,..|||,,.|)|},}},,.}},.....(((((.((((,......,...)))).)))))....||,,,(((((({((,,{{,,.,{{{..,|}}}.|||||||||}{{|||,,,|||.,{||((|{{(((({{{{{(,.....{||(((..,,,,..}},))))}}))),)))}),}})},,))))}||,|||||},((((...((((((((((({....((((({,(|((((..,.....((((((.((((((((((,({,.,,,(((.....)))...,,)})))).))).)))).))))))..,||..|||..,))).}))..}})))).....,,..((((..(((((((,{{....)))))).))).))))...,...{{{{{((({..|....,..))))).....)))}..},,},,,..)))))...))))))....))))))...)))}..}},}},....|},((((({......((((({..(((((...((.{{......)))).)))))..))))).......,((((((.....))))))))))))..,((..(((....)))..))..,,,|||||||.,|,|||||..||,|||..,.|||{,{{....))|),)})..}))}.,,.......,|......|||}}}})},.})}))))))}.....,,.,,..((((...((((((((.((..,((,{{{,{....(((((.(((.((((.(((...((.(((((((.((...{........,...)).))))))).))))).)))).))).)))))..,,}))|.....,}....)).))))))))...))))...,,,..|((.((((((...{,...,,)))))).))}.|||||...||,}}}}}}}}},,,....))))}.}}}}}})})))))}}...............)))}))}}|,,.}|}}}.....,,.,,,.)}.}))))).,.....)))))))),.((((((((((((...{(((((({{{{{(({{{.......}})),..}}|||,(((.((((..((((....)))))))))))....,,,,,....,,,,..((((((.((.(.((((...)))).)...)}.)))))).(((((((.(((((((((...(((((((.{{,{(((((((((,(((..((({.....((((((.........))).)))(((...(((..((((((((({((....{{.(((((((...,{({.,({({{....}}}.),,))).)))))))...}}..)))))))))))..)))...)))(((((((......))))))).,)))},),),.)))})))),})),)).))))).))))))))).)))))))..,))).)))).))}.)))))))))))).}))))}}}))))..))).)}},.))))))))..)))}.})))}},(((((.(((((.(((((((((((.....)))))......})))))..))))).)))))|||||,|,,,,.)))}}..........,..))))).....
Back