Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382631.1
Sequence Length
3313 nt
GC Content
0.4356
GCCCCCGCCCCGCCCGGUCCAGCCAGCUCGGCCCGGGGGCUUCGGGCUGUCGGGCCGGCGCUCCCUUCUCUGCCAGGUGGCGAGUACACCUGCUCACGUAGGCGUCAUGAGGUCUCCGGUUCGAGACCUGGCCCGGAACGAUGGCGAGGAGAGCACGGACCGCACGCCUCUUCUACCGGGCGCCCCACGGGCCGAAGCCGCCUUUGAGGAUACUCUUCGAGCUCCAGUGUGCUGCUCUGCUCGUUACAACUUAGCAAUUUUGGCCUUUUUUGGUUUCUUCAUUGUGUAUGCAUUACGUGUGAAUCUGAGUGUUGCGUUAGUGGAUAUGGUAGAUUCAAAUACAACUUUAGAAGAUAAUAGAACUUCCAAGGCGUGUCCAGAGCAUUCUGCUCCCAUAAAAGUUCAUCAUAAUCAAACGGGUAAGAAGUACCAAUGGGAUGCAGAAACUCAAGGAUGGAUUCUCGGUUCCUUUUUUUAUGGCUACAUCAUCACACAGAUUCCUGGAGGAUAUGUUGCCAGCAAAAUAGGGGGGAAAAUGCUGCUAGGAUUUGGGAUCCUUGGCACUGCUGUCCUCACCCUGUUCACUCCCAUUGCUGCAGAUUUAGGAGUUGGACCACUCAUUGUACUCAGAGCACUAGAAGGACUAGGAGAGGGUGUUACAUUUCCAGCCAUGCAUGCCAUGUGGUCUUCUUGGGCUCCCCCUCUUGAAAGAAGCAAACUUCUUAGCAUUUCAUAUGCAGGAGCACAGCUUGGGACAGUAAUUUCUCUUCCUCUUUCUGGAAUAAUUUGCUACUAUAUGAAUUGGACUUAUGUCUUCUACUUUUUUGGUACUAUUGGAAUAUUUUGGUUUCUUUUGUGGAUCUGGUUAGUUAGUGACACACCACAAAAACACAAGAGAAUUUCCCAUUAUGAAAAGGAAUACAUUCUUUCAUCAUUAAGAAAUCAGCUUUCUUCACAGAAGUCAGUGCCGUGGGUACCCAUUUUAAAAUCCCUGCCACUUUGGGCUAUCGUAGUUGCACACUUUUCUUACAACUGGACUUUUUAUACUUUAUUGACAUUAUUGCCUACUUAUAUGAAGGAGAUCCUAAGGUUCAAUGUUCAAGAGAAUGGGUUUUUAUCUUCAUUGCCUUAUUUAGGCUCUUGGUUAUGUAUGAUCCUGUCUGGUCAAGCUGCUGACAAUUUAAGGGCAAAAUGGAAUUUUUCAACUUUAUGUGUUCGCAGAAUUUUUAGCCUUAUAGGAAUGAUUGGACCUGCAGUAUUCCUGGUAGCUGCUGGCUUCAUUGGCUGUGAUUAUUCUUUGGCCGUUGCUUUCCUAACUAUAUCAACAACACUGGGAGGCUUUUGCUCUUCUGGAUUUAGCAUCAACCAUCUGGAUAUUGCUCCUUCGUAUGCUGGUAUCCUCCUGGGCAUCACAAAUACAUUUGCCACUAUUCCAGGAAUGGUUGGGCCCGUCAUUGCUAAAAGUCUGACCCCUGAUAACACUGUUGGAGAAUGGCAAACCGUGUUCUAUAUUGCUGCUGCUAUUAAUGUUUUUGGUGCCAUUUUCUUUACACUAUUCGCCAAAGGUGAAGUACAAAACUGGGCUCUCAAUGAUCACCAUGGACACAGACACUGAAGGAACCAAUAAAUAAUCCUGCCUCUAUUAAUGUAUUUUUAUUUAUCAUGUAACCUCAAAGUGCCUUCUGUAUUGUGUAAGCAUUCUAUGUCUUUUUUUAAUUGUACUUGUAUUAGAUUUUUAAGGCCUAUAAUCAUGAAAUAUCACUAGUUGCCAGAAUAAUAAAAUGAACUGUGUUUAAUUAUGAAUAAUAUGUAAGCUAGGACUUCUACUUUAGGUUCACAUACCUGCCUGCUAGUCGGGCAACAUGAAGUAGGACAGUUCUGUUGAUUUUUUAGGGCCAUACUAAAGGGAAUGAGCUGAAACAGACCUCCUGAUACCUUUGCUUAAUUAAACUAGAUGAUAAUUCUCAGGUACUGAUAAACACCUGUUGUUGUUCACUUUCCUCAUAAAAAUUGUCAGCUCUCUCUGACACUUAGACCUCAAACUUUAGCAUCUCUGUGGAGCUGCCAUCCACUGUAUAAUUUCGCCUGGCAACUGGACUGAGGGGAGUGUGCCCAGGCAGCUGCCAAGCACUCCCUCCCUGGCUUCAGGGUCAGAGUGCCCAGCGUUUAUCAGAGGCAGCAUCCAAGCCCAGAGCCAGUGUCGACUCUUCGGCUGGUGCCUUUCCUCUGAGGGGCUAUCAAUGUGUAGAUAAAGCCCUGAGUAGGCAAGAGCAGUGAGAUCCACUGCUAUGGUCUUGAUACAUCCUCAAACUUUCCCUUCCCAGCACAGAGGAAUAUUGGCUGGCAUGCAACCUGCAAAAGAAAAAUGCGAAGCGGCCGGGCACGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGGGGCUGAGGUGGGCGAAUCAUGAGAUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAGCAUGGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGACGGGCGCCUGUAAUCCCAGAUACUCAGGAGGCUGAGGUAGGAGAAUCACUUGAACCUGGGAGGUGGAAGUUGCAGUGAACCAAGAUCACGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGAUGGAGCGAGACUCCAACUCAAAAAAAAAAAAAGAAUAAAGAAAGAAAAGUGCGAUGCCCAGUCAAUCACAAAUAAGAUCAUCCUGGUUUAAAUCUACUCUCACAUGGAUCACAGUAUAAAUUUCUAUGUGCUGUGUUUUGUUCGUUUGUAUUUUGUAGAGAUGGGGUCUCGUUUUGUCGCCCAGGCUGGUUUUGAACUCCUGGCUUCAAGCGAUCCUCCUGUCUCGGCCUCACAAAGUGUUGAGACUACAGGCAUGAGCCACUGUGCCCAGCCUGUUCUAUGUUUUUAAGCUACACGAGAAUUUUUUUUUUAAUUAAUUCUCACUGUUUGUUCAGUCUGUCUUCAUCUAAGUUUGUGUUGCAGUUUAAAGUUAAAGUGACUUUUAAAGGCCACAUCACCUGAGACUAGGGUAAUCAUCUUUACUUCUGGUUCCUGAAAUCAUAUUUUUCCAGUGGACCAUCCUCCAGUGGCUGUGGUUGUUGAGCAUGCUUUCAGAACACCUAUGUGGCUUAAAACUUAGUUUAUGUUUUGUGUUCAACACUACGUGUAAUAUUUUAAAACUGUUUAAUGUGAUGUGAAUACAUUUAUGUACAUUUAUUUUUAAAUUUGUAAAUAGCUUUAAAUUGCUAUGGCAAUGUUUCUUUUAUAAAUCAUCAAAAUAAACCUUUGUGAAUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1033.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1100.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 829.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((..(((..((((...))).)..)))..)))))))....(((((((((((..(((((((((((((((((((((((...((((((((((....))))).....((((((((((((.(((.....))).)))))........((((((((...((((.(((.((((........))))((((...)))).((((..((((((((((.(((....(((((..(((....)))....)))))..........((.......))......(((((((((((.((((((.....)))(((((((((((.(((((((....)).)))))..))))))))..)))..((((.((((.........)))).)))).((((((((((..((((((((((((....(((...........))).((((.....)))).)))))).)))))).)))((((((.((...)).).)))))((((..((((.((((.(((...(((....)))...))))))).))))..))))(((((((((((((((.((((.(((.((((((((.((((((((((((.........(((((((((.(((......)))...)))).)))))...((((.(((..((((...(((((((((...((((((((.(((((..(((((((..(((..(((....)))......(((....)))......((((((....)))))).((((.....))))....)))..)).)))))..))))))))))))).))))))))).....)))).)))...))))...((((....))))..((((.....)))).....((((..(((((((((...((((((...((((((.....)))).)))))))))))).)))))....))))....((((.((((((....))))))..)))).((((((.....)))))).))))....)))))))).)))).)))).............(((......))).))).)))).)))...))))))....(((((((...((((((.....((((......(((((..((.(((((((((((((....((((..(.....)..)))))))))))...)))))).....))..))))).....)))).))))))....)))))))....((((.((((...(((((..((((......))))...)))))..)))).)))).....((((.(((.(((.((((((.((.((((.(.(((((((((.....(.((((......(((((.((....))..)))))...(((((((...................)))))))...(((((....(((((((((((..((.....(((......)))...))))))))).))))....)))))..............)))))....))))))))).))))))).)))))).))).))).)))))))))).......(((.((((((((((..((((...........((....))............))))))))))))))..)))...((((((...)))))).........((((.((.....)).).))))))))))..))).)))))))))))((((((((...(((..........)))...))))))))...))).)))))))).)))))).....(((....)))......(((((..((((((.........)))))).....)))))..........(((.((((((((((((((.(((.(((.((..((((((((((((..(((.....)))..))))).......((((((((((((......)))((((((.....))))))...))))))))))))))))..)).))).)))..))).....((((((....((((((...)))..)))......))))))........)))))).))))).))).(((((..........))))).))).)))).))))))))........((((((......))))))....)))))))...............(((((.......))))))))))....)))))))))....)))..))))))))))))))).)))))))(((..((((((...(((((....)))))...))))))...((((((.((....((((....((.(((...(((((((((...((((...((((((((((...(((...(((((((((........)))..))))))))).)))))..(((((((.....)))))))..(((.((((.......)))))))........)))))..))))..)))))))))))).))....))))....)).))))))(((..(((.(((((((((((((((((((((((.((.((((((((((.((((((((((((((.(.(((.((((.(((((((((((((((((((((((.(.(((.(((((.(((((((((((((..((((((((((..(((.(((((((((.((.((...(((((.....(((((...(((((....)))))((..(((.....)))..)))))))(((((((.((.((((((..............)))))))))))).)))))))).(((((.....))))).................................)))).))))))))).)))........((((((...))))))..(((((........)))))(((((((((........))))))))).........))))))))))))))))))))))).))))).))).).))))))))))))))))))))))).))))...))).).)))))))))))))).)))))))))).)).))))))))))))))))))))))).)))..))).....((((((((((((.(((((((..((....))..)))))))((((......))))..............((((.....((((((((((((((...)))))).....(((((((((((..(((....((((((......)))))).((((((((((((.......))).))).))))))..)))..)))).)))))))..))))).))).....)))).....))))))))))))....((.((((...((((((((.((.(((((..((((.........))))..))))).))))))))))..)))).))(((((....)))))......(((((........)))))))).................(((.((((.......))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((..(((..,(((...))).}..)))..))))))).,,,(((((((((((..(((((((((((((((((((((((.{,((((,(((((....))))).||,.,((((((({{((,{{|.,,|||||{||}|,.{{(((({{((((((((((((.(({..(((((........)))))...((({{|({((((((({...((((({...}))))}((((((((.(((((((..{(((,({....,|.,}}}}.....{(((,.....|||((((((((.,.(((.(((.{{.((((.(((..((((((,{{{,,,{({(({{(((((,.......}}}..{{{(.((((,,...,...}}}},|}}}||||||||(((,.((((((((((((....,(,,.,,.....,.....|||{.}}..}}},.)))))).)))))).}}},{((({.({...}}.}}}|||},{({..((((.((((.(((...(((....)))...))))))).))))..}))}.|||{(((({{,{((,(((({(((,,{{|||||.{||||{{||{,||}...,},,(((((((((.{{{......}}}...))))},))))..,{{,,.{{,..,{|{|{,(((((((((...((((((({.(((((..(((((((..(((.,({{{{{{|||,,,,..(((....})}....,,((((((....)))))).{{{,..}},))))},,.)))..))}}))))..)))))}))))))).))))))))).......)))).},,,}}},.,,|(({....)))),,||,,.....}|||,....((((..(((((({{,.{(((((((...((((((.....)))).})))))))))}).))))),.,.}))).,..(((({{((((.....))))))}}),,,.{{({{{.....}))))}...,},}}.}))))))}.)))).))))...........,.|||....,,))).}}).))}}.}}}...}}}}}}..,,}}}}}},.....)))))).))).))))}}.))).))).,,.)))))))},..,...{{{{{{{{{|,{({{{{{|||(({|.......,,}},,((((.....))))}}}}}|,,.....,..((((((..(((.{{{((((.((((...{((({..((((......)))}...)))})..)))).))))....}}}.)))..)))))),,.}}}}))))})))))))..)))).)))}}},))))))...)}))))).........}))))),,))))))))................(((((((((....)).)))))))..,,,((,{{{(({{{..((({{{,{{.,,...,,,,)),})})))){((((((,|...,,,,.....,})},.....})))))))))))))}}|,}}}}}}}},(((((((((({.....,.......{((.((((((((((,.,(((........{,.((....)).,.....}....))))))))))))))..))}....{((((...))))}(((((((,,..((({,...{{{{..,,|||{,,{,(((((((((,,(((.,,{{((((((((...(((..........)))...))))))))..})...)))...)))).,,))))).}}))),..,))}}....))))...,....})))))),,..))))))))))}.|||||,...{{{{((...,,(((,((((,,{.............{|||||||{{{{.,|||,,...}}}..}}}}}.{{{{{{((((((((((((......)))((((((.....))))))...)))))))))},)))))}}}},},..}}}.})))}.......{(({,{{{(({,|.,,{||..,,},}|}|.|||.,|............||.||}}|,,,,.,||||..{,,..,,,|.}}},)}}}}}))).,,,}}}.........((((((......))))))...,}))))}}....,,,,,,.....(((((.......))))),}},,....}))))))))}...})}..))))))))))))))).))))))}{{{..((((((...(((((....)))))...))))))...((((((.((....((((....((.(((...(((((((((...{(((..,((((({((((...(((...(((((((((........))),.})))))))).)))))..(((((((.....)))))))..{({.((((.......))))}},........)))))..}))),.)))))))))))).))....))))....)).))))))(((..(((.(((((((((((((((((((((((.((.((((((((((.(((((((((({(((.(.(((.((((.(((((((((((((((((((((((.(.(((.{{(((.(((((((((((((..((((((((({..,,,.(((((((((.((.,(,{.(,((({...{({{,|...{{|||,...)))||{{.{(((..{{.|||.,.||||||,{,((({,(,{((((((..............)))))))))))).)))})),,.|,|||.}}..)))),.}}}.............................,})).))))))))).,}}........{(({{{...}}))}}...,,,,.......,|}||}(((((((((........)))))))))..,,},...))))))))))))))))))))))).)))}}.))).).))))))))))))))))))))))).))))...))).).)))})))))))))).)))))))))).)).))))))))))))))))))))))).)))..))),,.({((((((((((((.(((((((..((....))..)))))))((((......)))){((,,..({,....,..,|||..||}}{{,(((((({...})))))},}}.,((((((((((..(((...,((((((......)))))}.|(((((((({((.......})),})).)))))}..})).,)))).))))))},|||||,,.,,,},}}},,,.....))))))))))))).,,|,.{{{{...((((((({,((.(((((..((((.......,.))))..))))).))))))))))..,}}},||{{(((....}}}},.|||,.(((((........)))))}))}........,,,,,,,,{{{.,{{{.......)))))))..,,.
Back