Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382652.1
Sequence Length
4435 nt
GC Content
0.3626
AGAGGCAGAUGGAAGGCAGAGGCUGCGCAGAGAAUGGAGAGCUGUGUCUGAGGAGCCUUGGAACAUUCACCCAGGUUUAUCAUUUAAAAGUGCCUGUGUGAAGUCACUUUUGCUGGAAAACUGCAGCUUGGGAGCUUUCUUUGUAUUCACAUCCCACUCUUCUGUCAAGUACACUUUACCCUGACCUUAUGAGUGGAUGAAGAUACCUCAGUUGUCUGACUUUGCCAAUUGCUUAAUUUCAGAAUUUAAAAAGGGGAAAGAAAAACAUCCUGCUAAAAUAUGAACAUCUGAGUGUCUUAUUUUCCAACAUCGUCAAUAGCUGUGAGCGUCAGCAUUAAAUAUUCUCCCAAGGAGUGCCAUGAUAUUGAAGUCACUUUAUUAAUAACAGCUGUAUCUGCAAAACAGUCAAGAGACUCGGACGUUGAAAGCCAGAGAUGACACUGAGCAUGCUUUUAUUGCGGCCUACCAUCUUUAAGUGGGACAUAUUGAUUGAUGAGUGAUUGCCUGUCCAUACACUCUCUCAUCAUCCUGUUCCUUGGAUUGGACUUCACUAAGCAAUUUAUCACUCACCUUCAGACUUACAUGUGGGAGUUUUCACAACAGUAGUUUUGGAAUCAUUAGAACUUGGAUUGAUUUCAUCAUUUAACAGAAACAAACAGCCCAAAUUACUUUAUCACCAUGGCUUUGAACGUUGCCCCAGUCAGAGAUACAAAAUGGCUGACAUUAGAAGUCUGCAGACAGUUUCAAAGAGGAACAUGCUCACGCUCUGAUGAAGAAUGCAAAUUUGCUCAUCCCCCCAAAAGUUGUCAGGUUGAAAAUGGAAGAGUAAUUGCCUGCUUUGAUUCCCUAAAGGGCCGUUGUUCGAGAGAGAACUGCAAGUAUCUUCACCCUCCGACACACUUAAAAACUCAACUAGAAAUUAAUGGAAGGAACAAUUUGAUUCAGCAAAAAACUGCAGCAGCAAUGCUUGCCCAGCAGAUGCAAUUUAUGUUUCCAGGAACACCACUUCAUCCAGUGCCCACUUUCCCUGUAGGUCCCGCGAUAGGGACAAAUACGGCUAUUAGCUUUGCUCCUUACCUAGCACCUGUAACCCCUGGAGUUGGGUUGGUCCCAACGGAAAUUCUGCCCACCACGCCUGUUAUUGUUCCCGGAAGUCCACCGGUCACUGUCCCGGGCUCAACUGCAACUCAGAAACUUCUCAGGACUGACAAACUGGAGGUAUGCAGGGAGUUCCAGCGAGGAAACUGUGCCCGGGGAGAGACCGACUGCCGCUUUGCACACCCCGCAGACAGCACCAUGAUCGACACAAGUGACAACACCGUAACCGUUUGUAUGGAUUACAUAAAGGGGCGUUGCAUGAGGGAGAAAUGCAAAUAUUUUCACCCUCCUGCACACUUGCAGGCCAAAAUCAAAGCUGCGCAGCACCAAGCCAACCAAGCUGCGGUGGCCGCCCAGGCAGCCGCGGCCGCGGCCACAGUCAUGGCCUUUCCCCCUGGUGCUCUUCAUCCUUUACCAAAGAGACAAGCACUUGAAAAAAGCAAUGGUACCAGCGCGGUCUUUAACCCCAGCGUCUUGCACUACCAGCAGGCUCUCACCAGCGCACAGUUGCAGCAACACGCCGCGUUCAUUCCAACAGAUAAUUCUGAAAUAAUCAGCAGAAACGGAAUGGAAUGCCAAGAAUCUGCAUUGAGAAUAACUAAACAUUGUUACUGUACAUACUAUCCUGUUUCCUCCUCAAUAGAAUUGCCACAAACUGCAUGCUAAAUAAAGAUGUAGUUCUUCUGGACAGACCACAACUCUAAGAAGCUAGUGCUGCUAUCUCAUAUAUGAGUAUUAAAUAUGGUAUGCUUAGUAUAUUCCAACCUAAGAUAGUUAACUACCUGAGACCAGCUGUGAUGUUUAAAGACAUAAAGGAUAAAGUUUACUUUUAAAGGGUUUCUAAACAUAGUUUCUGUCCUAGGAAUAUUGUCUUAUCUCCAUAACUAUAGCUGAUGCAGAAAGUCCAGCCAGUUUACUCAUUUCGAUUCAGAAUAUUUCAAAUUUAGCAAUAAACAAUUAGCAUUAGUUAAAAAAGAAACAUAUUCCAAGGGCAGGUUCGAUUCUAGCUCUAAUUACUGUCAUGUCAUUUACCCACUGGAUCAAAGGGUAUGUUUCACUUCUUGACAAUAUAAAUGCUGCAGCAAAGAUGAGAGGUGAAGUAAAACCGAUACCUGUCCUGCAGGUCUAAAAUUUGAAUGGAAAUUCAAGCACAAGUACUGGGGACACAUCAAAGUGUGGUGUUUGGUUUGCCUGGAGAUGCCACGUUGAAUCAUGUGAUUCUAGAUUAACAUUAAAUAGAUUGAAAAAGAAACUUUGCACGGUAUGAGCUUCAUACCCCACCAAACAAAGUCUUGAAGGUAUUAUUUUACAAGUAUAUUUUUAAAGUUGUUUUAUAAGAGAGACUUUGUAGAAGUGCCUAGAUUUUGCCAGACUUCAUCCAGCUUGACAAGAUUGAGAGGCCCAUGCCAACAGUCUAAUCUAAGAGAUUAGUCUUUCAAACUCACCAUCCAGUUGCCUGUUACAGAAUAACUCUUCUUAACUAAAAACCUAGUCAAACAAGGAAGCUGUAGGUGAGGAGAUCUGUAUAAUAUUCUAAUUUAAGUAAGUUUGAGUUUAGUCACUGCAAAUUUGACUGUGACUUUAAUCUAAAUUACUAUGUAAACAAAAAGUAGAUAGUUUCACUUUUUAAAAAAUCCAUUACUGUUUUGCAUUUCAAAAGUUGGAUUAAAGGGUUGUAACUGACUACAGCAUGGAAAAAAAUAGUUCUUUUAAUUCUUUCACCUUAAAGCAUAUUUUAUGUCUCAAAAGUAUAAAAAACUUUAAUACAAGUACAUACAUAUUAUAUAUACACAUACAUAUAUAUACUAUAUAUGGAUGAAACAUAUUUUAAUGUUGUUUACUUUUUUAAAUACUUGGUUGAUCUUCAAGGUAAUAGCGAUACAAUUAAAUUUUGUUCAGAAAGUUUGUUUUAAAGUUUAUUUUAAGCACUAUCGUACCAAAUAUUUCAUAUUUCACAUUUUAUAUGUUGCACAUAGCCUAUACAGUACCUACAUAGUUUUUAAAUUAUUGUUUAAAAAACAAAACAGCUGUUAUAAAUGAAUAUUAUGUGUAAUUGUUUCAAACAUCCAUUUUCUUUGUGAACAUAUUAGUGAUUGAAGUAUUUUGACUUUUGAGAUUGAAUGUAAAAUAUUUUAAAUUUGGGAUCAUCGCCUGUUCUGAAAACUAGAUGCACCAACCGUAUCAUUAUUUGUUUGAGGAAAAAAAGAAAUCUGCAUUUUAAUUCAUGUUGGUCAAAGUCGAAUUACUAUCUAUUUAUCUUAUAUCGUAGAUCUGAUAACCCUAUCUAAAAGAAAGUCACACGCUAAAUGUAUUCUUACAUAGUGCUUGUAUCGUUGCAUUUGUUUUAAUUUGUGGAAAAGUAUUGUAUCUAACUUGUAUUACUUUGGUAGUUUCAUCUUUAUGUAUUAUUGAUAUUUGUAAUUUUCUCAACUAUAACAAUGUAGUUACGCUACAACUUGCCUAAAACAUUCAAACUUGUUUUCUUUUUUCUGUUUUUUUCUUUGUUAAUUCAUUUAAACUCAUUGAAAACAUAGUAUACAUUACUAAAAGGUAAAUUAUGGGAAUCACUGAAAUAUUUUUGUAGAUUAAUUGUUGUAACAUUGUCUUUCUUUUUUUUCUUUUGUUUCAUGAUUUUGAUUUUUAAAAUUAUUAGCACACAACUAUUUUCAGCCCUUUAAUAAUGGAGCAUCAAAAACAUCACCUGUAACCCCAAGCAAAUAUAGAAGACUGUAUUUUUUACUAUGAUAUCCAUUUUCCAGAAUUGUGAUUACAAUAUGCAAAGAGUCAUAAAUAUGCCAUUUACAAUAAGGAGGAGGCAAGGCAAAUGCAUAGAUGUACAAAUAUAUGUACAACAGAUUUUGCUUUUUAUUUAUUUAUAAUGUAAUUUUAUAGAAUAAUUCUGGGAUUUGAGAGGAUCUAAAACUAUUUUUCUGUAUAAAUAUUAUUUGCCAAAAGUUUGUUUAUAUUCAGAAGUCUGACUAUGAUGAAUAAAUCUUAAAUGCUUUGUUUAAUUAAAAAACAAAAAUCACCAAUAUCCAAGACAUGAAGAUAUCAGUUCAACAAAUACUGUAGUUAAGAGACUAACUCUCCACUUGUAUGGGAACUACAUUUCACUCUUGGUUUUCAGGAUAUAACAGCACUUCACCGAAAUAUUCUUUCAGCCAUACCACUGGUAACAUUUCUACUAAAUCUUUCUGUAACACUUAAAGAAUUCCCUCAUUCAUUACCUUACAGUGUAAACAGGAGUCUAAUUUGUAUCAAUACUAUGUUUUGGUUGUAAUAUUCAGUUCACUCACCCAAUGUACAACCAAUGAAAUAAAAGAAGCAUUUAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1016.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1111.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 1175.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((((...(((((((((.(.((((.(..(.....)..).)))).).))))..(..((.(((((.(((((...............))))).)))))))..)...(((.(.....).)))((((((((((....(((((((((.(((((.((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))(((((((.((((.(((((((....((.....))......))))...........((((..........))))............))).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((.........((((....(((((((((......))..).))))))..........(((((.........))))).....((((.(((((((.(((((((((((((.....(.((.(((.......))))))...))))))...(((((..(((..(((((...(((((...((.(((((...((..............))....))))).))...)))))...))))))))..))))).((((((.((((.((((((....))))))...)))).))))))...........((((.(((......((........))......))).))))...............))))))).)))))...)).)))).)))).........)))))).......(((....))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...))))............((((.((((((((((((((.((((((......))))))(((((((....((((.(((((.((.(((((((.((((((((((...........(((.......(((((..((((((...(((((.((((((........))).(((......)))((..(((((((((..(((.((((((((......((((((.(((((..((((......)))).......((((((((.(((((......)))))......((((...))))..(((((.......((....)).......)))))(((((.(((((....)))...)).)))))....(((((..((.((..((((.......))))..)).))..)))))....(((.....)))..(((((.(((..........)))))))).))))))))))))).....))))))..)))..((((((((.(((((((((((..(((((.((((((.....))................(((....))).((((((((....)))).)))).....)))).).)))).(((((.((((.........)))).))))).((((....))))((((.............((((((..............))))))(((((.((....)).))))))))))))))...))))..)).))))))))(.((((((..((...((((...)))).))..)))))).)......((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((((.(((...(((((((((.......(((((((((((..((((....))))......((....))...))))).))))))..((((((((((.(((.(((........))).))).)))).........(((((........)))))...(((((..((((((((.((......))))))))))....))).))...((((.((......((.((((...(((((((.((((((((((((..........))))))).))))).........)))))))..)))).))......)).))))(((((((.((((.((((((.(((...)))))))))....)))).)))))))....((((((((.(((((((.((....(((...((((((..((((((............((.(((((......(((......)))......)))))..))........))))))..))))))....))).))))))))).))))))))...))))))............(((((((..((.(((((...........))))).))..)).....))))).......)))))))))..........(((........)))(((...((((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))).)))...))))))))...)))))).)))))).))).)))))).....(((((((((((((......(((((((((............((((...(((((((...)))))))....))))((((((((...((((((..((((((((((...((((((((.....)))).))))...)).))))))))))))))))))))))...(((((...(((((.(((.(((((..((((((....)))...((.(((((((...))))))).))......((((((...(((((.((((((..((((......))))..((((......))))..))).))).)))))..))))))((((.((((......(((((.....(((((....((....((((((.(((....)).).))))))....))....)))))........(((((((.((.....)))))))))....((((((..(((..((((.....))))))))))))).....((((((......)))))).)))))....)))).))))....((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.((((((.((((...((..((((((((...))))))))..))....))))..))))))))).)))))....(((((.((((((((((((.(((((((..((........((((((((......)))))))).......))))))))))))....)))).))))).))))).((((((((((........(((((((((((.....(((((..........(((((((((....)))))))))........)))))............)))))))))))((((...))))...........)))))).))))..)).)))))))).)))))))))))))))).....)))))))))......(((.(((.((.....)).))).)))....(((((.......)))))........)))))))....)))))).)))..)))))...))).)))))...)))))........)))))))))......))).))))...((((....)))).........))))))......(((((....))))).))))).))))))))))..........))))))))..)))))))))..))..))).))))).)))))))))))........)))......)))))))))).)))))))(((((((....))))))).))..)))))..))))((((((........))))))........(((((((.......((((.....)))).......)))))))(((((.....))))).............)))))))...((((.........((((....(((....)))..))))........))))...((((..((((((((((...)))))))))).)))).....)))))))))((((.........)).))............))))))))).))))))((((((((....))))))))........(((.((((..(((((((((((((((((((.((((................((((.((..(.....)..)).))))(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..)))))))..........)))).))))))).......))))))))))))..)).))..)))............))))).......)))))))))....((((((((((..((((....)))).....)))))))))).(((((((((((.((((.........................((((((..(((((.....(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).))))..)))))...))))).)))))).......(((((((.((.(((((...((((.....)))).((((......))))....................((((((....(((.((((......)))).)))..))))))........)))))))...)))))))...........(((((((((.((((..((......))..))))))))))))).....)))).))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((((((({..,{{,((((((.(.((((.{.,(,....),,).)))).).)))))},..,{.(((((.(((((...............))))).)))))|||,|..,({({({,,..,.|||((((((((((....(((((((((.((({((((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))((((((,{((((.(((((((..{,((.....))..}}..)))),.,,,....{((({,..........))))..,.,,......})).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((,........{(((,...||||,{,,.{{,{,.|{,.|.,,}}}}..,,......{{(((.{{{,,...,}|||,....|||{.(((((((.(((((((((((((.....{.((.{((.......))}))}...)))))}...{{(((,,{...{(({{(,,{(((((.{{{,.{({{{..,|,.,....,..|...,}}....|)))}|)).,.,,,,,..,)))}},}}.|}}}}|..||{{{,,,,{.{((({|....,})})}..,||||||||((|,{{,.......,{{{,,||}||}}},|........},......,.,,)})},,,,,,.........))))))).)))))...}}.}))}.}))),......,,)))))).......{{{.,..))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...)))}......||,..,||||.,,((((((((((((.{(((((......)))))|(((((((,,,.((((.(((((.{{.(((((((.((((((((((..........,,,,.......{{{{{..(((({(...(((((.((({{{,,...,,.}}}.(((......))){{..(((((((((..((((((((((((((...,(((((((((,,,(((,({{.{(((((((.........,{((({,(((((......)))))...}}|||{.{{{(((((((((........}}}|...,.......((((((((((((.((((....((.,{{{(({........(((((,.{,.((.,((((.,,,...}|||..}}.,,.,)))}|....,,|},..,,,,..|||||,,{|,.,,,,....}}|||||,..|||{({{(((({...{{|||((((((((..((((((((,(((,((({,(({{(((,,.,,,,|}}},.,}},,,,{{..,....,,,(((....|||.((((((((....)))).))))....,||||.||{||{.(((((.((((.........)))).))))).|||}....,||||{{,,........{|{|{({,({.....}}.......|||(((((.(((.....))).))))))))}))|||,...,,..}))))}.,,)))|,||||((..({.,.,{{,...,)))})}..}))))),}......||.,||||,.,{|||||||,,,...})}}.|}||,,||{..,.,}})},})}}}},.}}.).)))))))}((,({.....}}.||((({((({{..((((....))))......|,,,,.||,,,||}||||}|||}.......|||||.{{{.{,(,,,.....,,}}))).)}},,},.)),},))))}})}))),,..}}))))}.))...((((((((.((......)))))))))).....)))).)))).)))))))).}}}))}})}}}}|,{,{(({(,,,,{{(|(({,.....{{{{||||,},})))),.,.......|||}|||.,.,||.,||}||.||||,|,,((((({{.{{{(,|{{{{{.|{,...,,,))))},...,)))}.}}}}}}}.|..{(((((((.(((((({,{(,{{.,,,...{(((((..(((((({{.....,,...{{.{({{{......(((......)))......}}}}}..}}........})))))..))))))....))).}}))))))).)))))))}...,,,.,,}}},,,....,,,},,..},........))))))))..,,)))),,||{(((((((({,.....,,...{{{....)))...,}))))))))))},.,{|||{{{{{{{(((({.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))|{{{....}}))))))}},)))}}.))))))))),.,,,{,.{{{{{,,,,)}}}}(((((({..{(((.(((((((......,....|||{...(((((((...)))))))....,,..((((((((...((((((,.{(((((((((...((((((((,....})),.))))...)))))))))))))))))))))))))..(((((..(((...(((((..((((((...(((....)))..))))))..)).})).))).)))))......((((((.,.(((({.((((((..((({......))))..((((......))))..))),})).})))).,))))))..})))))).))))..,,}}}}}}}{(((({(({(({{..,,,,||}.|}}}}})}.)|||||||{{..||,,..||||,{{{{{{...,.((((((((((({{{{((({|{,...{(((((..{({.,{{{{.....}))})))))))))},|||||,,...,{(((,.{((((((((..((((({((((((((..((((({..{,(((((,,((((((((((((((((((((.(((((.(((((((({({((((.{{(,((({((,((((...((..((((((({...)))))))).,))....}}}}..}}))))})}.}))}}....{((((.((((((((({{{.{{((((,.,((..,,.{{.((((((((......)))))))),}.}}..))))))))))))....)))).))))).))))}.{{{,,{{{({....,,||(((((((((((..{(((((((.........,(((((((((....)))))))))........))))),}},...,....)))))))))),{{{{...,}}}...,.......))))))}}}}}..))})))))))).)))))))))))))))).....))))))))),,},..{(({(((.{{.....,),))),)),....(((((.......))))).......}},}))))},.)))))))..}}},}))))..))))))))))))),}}}.}},..))))))))))}...,,,}}}.})))}}..{|||....)}}}.....,}}})))}},{(({,.{((((....)))))}))),..}},..))))))))))).........)))..)))))))))..}}..))).))))).))))))))))}........}),......)))))))))).))))))){((((({....})))))}.})..)))))..))))((((((........))))))........(((((((......,((((.....)))).......))))))){((((.....))))}...}}},..,},.))))))),..((((.........((((.,,.(((....))).,))))........})))...((((..((((((((((...)))))))))).)))).....))))))))))))...,,....||},,.,......,,,.....}}}....))}})){{((((((,,,.}}}}}}}}..,.....|||.||||,,||||||{{{{|||||{,,,.{(((,.....|,}}}|....{(((.(({.(.....},,)}.)))|(((((((..(...{.((((((......)))))).).)..)))))))},,}},,.,,,|||,}}}}}}}.|||||{|}}}}}}}}|||,,}}.}},,)))}......}}},))))))),...,.}))))))))....(((((((((({.((((....)))).,}},)))))))))}.((((((((((({(((,......}}}},..............((((((..(((((.....(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).))))..)))))...))))).))))))......|(((({,,.,,.,,,,....{{{{,.,,.},}}.((({......)))).................,{{((((.((((({{(,({{{......,}}}.}}}.,,,..)))))..))))))),,,...}}}}}}}.......,.,.(((((((({,((((..((......))..))))))))))))).,,.,))},.})))))))))}.....
Back