Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382662.3
Sequence Length
2783 nt
GC Content
0.6195
GCAGAGAGCAGCCGGGCUGCCAGCGGUGAGUGCUAUCUUUCGCGGCGACGGCGGGGUGGGUGAGGUCGGGCCCCAAGACUCGGGGUUUGCCGGGCGCCUCAGUUCACCGCGGCCGCCUGGCUCUCUGCGUCGGGGUGGGCCCUCGGGCCUGGGCACUGCGCGUCUGGCCCGACGCUCGGGCGGAAGGCAUGGCUCCCACCCCGGCCCUCCUCCGCGUCGCCCUUCCCCUAGAGCUGAUCUCCCGCGGCGGCCUGAGGGUCGACUUUUCCACAGCUUGGGCCGAGAGAGCCCGGCAGGCCCUCGGCUGAGGGUUAGGGCUCGGUAUCUCAGGGCUCGGGGUCCAGUCCCCGCGCCGCCGCCCCCCACGGGCUAAGCCACUUUAACUCUCCGAGCCUCAGUUUCCCCAUCUGUACGAUGAAUGGGCCUCGGGAGGCAGCGAAUUCUGGGGGUACCUAACGUGAGAGGCGCUCGAUGCAUGCUCAUGGGACCCGAAUCUAACCCUGCAGCAUCAGUUUCAUGAUCAACAUGGGAGACUCCCACGUGGACACCAGCUCCACCGUGUCCGAGGCGGUGGCCGAAGAAGUAUCUCUUUUCAGCAUGACGGACAUGAUUCUGUUUUCGCUCAUCGUGGGUCUCCUAACCUACUGGUUCCUCUUCAGAAAGAAAAAAGAAGAAGUCCCCGAGUUCACCAAAAUUCAGACAUUGACCUCCUCUGUCAGAGAGAGCAGCUUUGUGGAAAAGAUGAAGAAAACGGGGAGGAACAUCAUCGUGUUCUACGGCUCCCAGACGGGGACUGCAGAGGAGUUUGCCAACCGCCUGUCCAAGGACGCCCACCGCUACGGGAUGCGAGGCAUGUCAGCGGACCCUGAGGAGUAUGACCUGGCCGACCUGAGCAGCCUGCCAGAGAUCGACAACGCCCUGGUGGUUUUCUGCAUGGCCACCUACGGUGAGGGAGACCCCACCGACAAUGCCCAGGACUUCUACGACUGGCUGCAGGAGACAGACGUGGAUCUCUCUGGGGUCAAGUUCGCGGUGUUUGGUCUUGGGAACAAGACCUACGAGCACUUCAAUGCCAUGGGCAAGUACGUGGACAAGCGGCUGGAGCAGCUCGGCGCCCAGCGCAUCUUUGAGCUGGGGUUGGGCGACGACGAUGGGAACUUGGAGGAGGACUUCAUCACCUGGCGAGAGCAGUUCUGGCCGGCCGUGUGUGAACACUUUGGGGUGGAAGCCACUGGCGAGGAGUCCAGCAUUCGCCAGUACGAGCUUGUGGUCCACACCGACAUAGAUGCGGCCAAGGUGUACAUGGGGGAGAUGGGCCGGCUGAAGAGCUACGAGAACCAGAAGCCCCCCUUUGAUGCCAAGAAUCCGUUCCUGGCUGCAGUCACCACCAACCGGAAGCUGAACCAGGGAACCGAGCGCCACCUCAUGCACCUGGAAUUGGACAUCUCGGACUCCAAAAUCAGGUAUGAAUCUGGGGACCACGUGGCUGUGUACCCAGCCAACGACUCUGCUCUCGUCAACCAGCUGGGCAAAAUCCUGGGUGCCGACCUGGACGUCGUCAUGUCCCUGAACAACCUGGAUGAGGAGUCCAACAAGAAGCACCCAUUCCCGUGCCCUACGUCCUACCGCACGGCCCUCACCUACUACCUGGACAUCACCAACCCGCCGCGUACCAACGUGCUGUACGAGCUGGCGCAGUACGCCUCGGAGCCCUCGGAGCAGGAGCUGCUGCGCAAGAUGGCCUCCUCCUCCGGCGAGGGCAAGGUCCACCCCAACUCUGUGCACAUCUGUGCGGUGGUUGUGGAGUACGAGACCAAGGCUGGCCGCAUCAACAAGGGCGUGGCCACCAACUGGCUGCGGGCCAAGGAGCCUGCCGGGGAGAACGGCGGCCGUGCGCUGGUGCCCAUGUUCGUGCGCAAGUCCCAGUUCCGCCUGCCCUUCAAGGCCACCACGCCUGUCAUCAUGGUGGGCCCCGGCACCGGGGUGGCACCCUUCAUAGGCUUCAUCCAGGAGCGGGCCUGGCUGCGACAGCAGGGCAAGGAGGUGGGGGAGACGCUGCUGUACUACGGCUGCCGCCGCUCGGAUGAGGACUACCUGUACCGGGAGGAGCUGGCGCAGUUCCACAGGGACGGUGCGCUCACCCAGCUCAACGUGGCCUUCUCCCGGGAGCAGUCCCACAAGGUCUACGUCCAGCACCUGCUAAAGCAAGACCGAGAGCACCUGUGGAAGUUGAUCGAAGGCGGUGCCCACAUCUACGUCUGUGGGGAUGCACGGAACAUGGCCAGGGAUGUGCAGAACACCUUCUACGACAUCGUGGCUGAGCUCGGGGCCAUGGAGCACGCGCAGGCGGUGGACUACAUCAAGAAACUGAUGACCAAGGGCCGCUACUCCCUGGACGUGUGGAGCUAGGGGCCUGCCUGCCCCACCCACCCCACAGACUCCGGCCUGUAAUCAGCUCUCCUGGCUCCCUCCCGUAGUCUCCUGGGUGUGUUUGGCUUGGCCUUGGCAUGGGCGCAGGCCCAGUGACAAAGACUCCUCUGGGCCUGGGGUGCAUCCUCCUCAGCCCCCAGGCCAGGUGAGGUCCACCGGCCCCUGGCAGCACAGCCCAGGGCCUGCAUGGGGGCACCGGGCUCCAUGCCUCUGGAGGCCUCUGGCCCUCGGUGGCUGCACAGAAGGGCUCUUUCUCUCUGCUGAGCUGGGCCCAGCCCCUCCACGUGAUUUCCAGUGAGUGUAAAUAAUUUUAAAUAACCUCUGGCCCUUGGAAUAAAGUUCUGUUUUCUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1210.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1254.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((..(((((.(((((((((...((((((((((((((.(((((.(((...(((((((((((..(((.(((((...((((((((((.(........).)).)))))))).))))).))))))).(((((....)))))(((..(((.((.(.(.((((((...)))))).).).)).)))..)))..))))))))))))))))))))))...((((((((((((.(((((((.(((((.((((((.(((......(((.....)))((((((.(.(((.....)))))))))).(((((((((((...(((.......(((.(((((......))))).)))...((((.....))))...))).)))))))))))))).))))))...))(((((........).))))))).)))))))))))....))))))))........)))))))))))))(((((.(((....(((............))).)))))))).....((((.....))))(((((..(((((((((((((..........))))))).(((....)))(((((......)))))..(((..((((((......))))))...)))...))))))))))).((((....)))).(((..((((.(((((..........((((((..(((..((...(((..(((..(..(((((((...)))).)))...)..))).)))....))..)))..))))))(((((((....))))))).(((.((((.....)))))))((((((((((((((((..(((...(((((.(((((((..(((((((((.(.(((.((.(..(((..(((((((((.((...((.((((((.((.((((.(((((((((.(((.((...(..((((((((((........)))))))..(((((.(((...))))))))......(((((((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)).))))).((((((((.(((((((((((((((....)))))))...)))))))....((((...))))(((.(((......))))))(..(..(((((((.((((((.((....)).)))))))))))))..)..)...).)))))))))))..)...)))))..))))).)).)).)))).)).)))))).))....)).)))))))))..((((((((((((((..((...)).)))))))))..).))))((((.((((.((......((((((((((.(((((.((.(((((.((.((((((((.(.((((((((((((..((((..((((...((.(((((.........(((((((.(.((((..((.......))..))))).))))))).(((((..(((((..........))...)))....)))))............))))).))...))))....((((((((......))))).)))..)))).)))))).....))))(((((......(((((((.....(((((.((.(((..(((..(......).)))))).))))))).......)))))))......)))))......)).).)).)))))))).)))....)))).)))))......(((..((((((....(((((((....)).))))).))))))..))).((((((((((.((((((((((.....)).))).))))).))))...))))))..(((((((((((((((((((((....))))))).))))).)).))..).)))).....))))))))))......)).))))))))....(((.((((((((..((((.(((((((((((...(((((((.(((((..(.((....)).)..)))))(((((.....((((((((((((((.((((.((.((((((....)).)))).((((((....))))))((((((((((...((((((...((((.((.....(((((((...((((((((..(((.((((((((((.(((((.......((((....))))(((((...(((....)))...)))))..((((((((((((((((...)))))..))))).....))))))...)))))..))))))((((....)))).......)))).))).)).))))))...)).)).)))...)).))))..))))))....))))..))))))..........((((((......))))))....(((((..((((((.((((....)))).).))))).)))))......)))))).)))))...).)))))))).))))).(((((......)))))......))))))).))))))))....((((.(...(((((......))))).)))))....))).)))))))))))).))))))..).)).)))).)))))))))....))))))).)))))...))).))))).(((((....))))).......)))))))))))(((((((((.((..........))))))))))).((((.....))))(((((((((((((.((.((.((((((.....((((((.((((((.....))))..))..)))))))))))).))))))))).)))..))))).))))).))))..)))..((((...))))(((.((.((.....)))))))..................))).))))).))))).........))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((((..(((((.(((((((((...((((((((((((({{(((((.(((,..(((((((((((..(((.(((((...((((((((((.(........).))},))))))).))))).))))))),(((((....)))))((({.{(({,(.(((,{(((((...))))))})}.}))},})}}))),.))))))))})))))))))))))...((((((((((((.(((((((.(((((.((((((.(((......(({.....}))((((((.(.(((.....)))))))))).((((((((((({{.(((.......(((.(((((......))))).))),,.((((.....))))..,))).)})))))))))))).))))))...}}(((((.....,,,).,}))))).)))))))))))....))))))))........)))))))))))))(((((.(((....(((............})}.)))))))).....{{{{.....)}}|(((({..{{(((((((({{{.....,,,,{|||||||.{({,.,,)}}(((((.,....,))))}}{((..{(((({......}))))}.,.)}},,.}|||||}}}}}.{(((....)))}.{((,,({{{.{{{{,...,,,,,..((((((..(((..({...{((..(((..(..(((((((...}))).)))..,}..))).}}}....))..)))..))))))(((((((....))))))).(((.((((....})))})))((((((((((((((((..(((.,.(((((.(((((((..(((((((((.(.(((.({.(,,(((,,(((((((((.((.,.{(,{(((((.((.((((.(((((((((.(({.(,...(,{(({(((((((........)))))))..(((((.(((...))))))))......(((((((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)).))))).{(((((((,(((((((((((((((....)))))))...))))))}....((((,,,}}},....}}))).}..}|||||(..(..(((((((.((((((.((....)).)))))))))))))..)..)}.,}.)))))))|||}.,,.,,)))))..))))).}).)).)))).)).)))))).)},,.,)).))))))))),.((((((((((((((..{,...,}.)))))))))..}.)))}((((.((((.((......((((((((((.(((((.{,,(((((.({.((((((((,{.,,{({{((((((..((((..{{(({..((.(((((.....,,.{(((((((.{.((((..((.......))..)))),.))))))),|,||(.,{,,..||.,},.,,{{||.{|||,...}}}|),.}}}}...,,,))))).)}...))))....((((((((......)))))},))..)))).)))))).....))))(((((......(((((((,....(((((.((.(((,.{{(..{......,.)))))).)))))))....,..)))))))......)))))......}}.,.)).)))))))).}}}.,..}}}||,,,,,.,,...(((..((((((...,((((({,...,)).})))}.))))))..))).((((((((((.(((((({(((.....}).)))}})))).)))),..))))))..(((({{(((((((((((((((....})))))).))))).)).))..).)))).....))))))))))......)).))))))))...,{((.((((((((..((((.(((((((((((...(((((((,(((((.,(.{{....}}.}},)))),(((((.,...((((((((((((((.((((.((.((((({....}}.)))).((((((....))))))(((((((((({{.((((((...((((.((...{,(((((((...((((((((..{(({,((((,(((,{((,(({({.,,.((((....))))(((((...(((....)))...))))).{(((((({{{|||||||...})}))}})))))},.}))),))).{{|||||{{|}},},((((....))))..,,}}.))))})}}.)).))))))...))},).))).,.)).)))).,)))))).}).))))}.}))))),,,,......{{{{{|......)))}}|.{.{(((((.,((((((.((({....}))).).))))).)))))}.,..,)))))).)))))...).)))))))),))))).(((((......)))))......))))))).))))))))..{.((((.(...(((((......))))).))))),,..))).)))))))))))).))))})..}.)),)))}.)))))))))....))))))).)))))...))).))))),(((((....))))).......,))))))))))(((((((((.((..........))))))))))).((((.....))))(((((((((((((.{,{((.((((((.....((((((.((((((.....)))}..))..)))))))))))).))))))))).)))..))))).}}))).))))..)))..((((...)))),|||||,||.....},)))}),,,{||....,,,.....))).))))).))))).........))))))))))).
Back