Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382680.1
Sequence Length
4388 nt
GC Content
0.3537
AGACUGUCUUUGCUUCAUCAUCUGAAGGUAAAAUUUUCCAGAUACGGCAGACGGCUUUCAGAGUACAAUAAACAGGGAAUGAGAACUAUUUACAUGGAAGUUUCUUUCUCAUGAUGCGGUGGAGAAGCCUCGGCCACUUGGUUCUGCCAGAUGUUCCUGGGGUUACUGUAAAUGGGAAGGACAGGCAGAGCUAAACAAGACAUGGGGUUUCACCAUGCUUUCCAGGCUGGUCUGGAACUCCUGACUUCAAAUGAUCCAUCUGCCUCGGCCUCCCAAACGCUGGGAUUACAGGUUUAUCAUUUAAAAGUGCCUGUGUGAAGUCACUUUUGCUGGAAAACUGCAGCUUGGGAGCUUUCUUUGUAUUCACAUCCCACUCUUCUGUCAAGUACACUUUACCCUGACCUUAUGAGUGGAUGAAGAUACCUCAGUUGUCUGACUUUGCCAAUUGCUUAAUUUCAGAAUUUAAAAAGGGGAAAGAAAAACAUCCUGCUAAAAUAUGAACAUCUGAGUGUCUUAUUUUCCAACAUCGUCAAUAGCUGUGAGCGUCAGCAUUAAAUAUUCUCCCAAGGAGUGCCAUGAUAUUGAAGUCACUUUAUUAAUAACAGCUGUAUCUGCAAAACAGUCAAGAGACUCGGACGUUGAAAGCCAGAGAUGACACUGAGCAUGCUUUUAUUGCGGCCUACCAUCUUUAAGUGGGACAUAUUGAUUGAUGAGUGAUUGCCUGUCCAUACACUCUCUCAUCAUCCUGUUCCUUGGAUUGGACUUCACUAAGCAAUUUAUCACUCACCUUCAGACUUACAUGUGGGAGUUUUCACAACAGUAGUUUUGGAAUCAUUAGAACUUGGAUUGAUUUCAUCAUUUAACAGAAACAAACAGCCCAAAUUACUUUAUCACCAUGGCUUUGAACGUUGCCCCAGUCAGAGAUACAAAAUGGCUGACAUUAGAAGUCUGCAGACAGUUUCAAAGAGGAACAUGCUCACGCUCUGAUGAAGAAUGCAAAUUUGCUCAUCCCCCCAAAAGUUGUCAGGUUGAAAAUGGAAGAGUAAUUGCCUGCUUUGAUUCCCUAAAGGGCCGUUGUUCGAGAGAGAACUGCAAGUAUCUUCACCCUCCGACACACUUAAAAACUCAACUAGAAAUUAAUGGAAGGAACAAUUUGAUUCAGCAAAAAACUGCAGCAGCAAUGCUUGCCCAGCAGAUGCAAUUUAUGUUUCCAGGAACACCACUUCAUCCAGUGCCCACUUUCCCUGUAGGUCCCGCGAUAGGGACAAAUACGGCUAUUAGCUUUGCUCCUUACCUAGCACCUGUAACCCCUGGAGUUGGGUUGGUCCCAACGGAAAUUCUGCCCACCACGCCUGUUAUUGUUCCCGGAAGUCCACCGGUCACUGUCCCGGGCUCAACUGCAACUCAGAAACUUCUCAGGACUGACAAACUGGAGGCCUUUCCCCCUGGUGCUCUUCAUCCUUUACCAAAGAGACAAGCACUUGAAAAAAGCAAUGGUACCAGCGCGGUCUUUAACCCCAGCGUCUUGCACUACCAGCAGGCUCUCACCAGCGCACAGUUGCAGCAACACGCCGCGUUCAUUCCAACAGAUAAUUCUGAAAUAAUCAGCAGAAACGGAAUGGAAUGCCAAGAAUCUGCAUUGAGAAUAACUAAACAUUGUUACUGUACAUACUAUCCUGUUUCCUCCUCAAUAGAAUUGCCACAAACUGCAUGCUAAAUAAAGAUGUAGUUCUUCUGGACAGACCACAACUCUAAGAAGCUAGUGCUGCUAUCUCAUAUAUGAGUAUUAAAUAUGGUAUGCUUAGUAUAUUCCAACCUAAGAUAGUUAACUACCUGAGACCAGCUGUGAUGUUUAAAGACAUAAAGGAUAAAGUUUACUUUUAAAGGGUUUCUAAACAUAGUUUCUGUCCUAGGAAUAUUGUCUUAUCUCCAUAACUAUAGCUGAUGCAGAAAGUCCAGCCAGUUUACUCAUUUCGAUUCAGAAUAUUUCAAAUUUAGCAAUAAACAAUUAGCAUUAGUUAAAAAAGAAACAUAUUCCAAGGGCAGGUUCGAUUCUAGCUCUAAUUACUGUCAUGUCAUUUACCCACUGGAUCAAAGGGUAUGUUUCACUUCUUGACAAUAUAAAUGCUGCAGCAAAGAUGAGAGGUGAAGUAAAACCGAUACCUGUCCUGCAGGUCUAAAAUUUGAAUGGAAAUUCAAGCACAAGUACUGGGGACACAUCAAAGUGUGGUGUUUGGUUUGCCUGGAGAUGCCACGUUGAAUCAUGUGAUUCUAGAUUAACAUUAAAUAGAUUGAAAAAGAAACUUUGCACGGUAUGAGCUUCAUACCCCACCAAACAAAGUCUUGAAGGUAUUAUUUUACAAGUAUAUUUUUAAAGUUGUUUUAUAAGAGAGACUUUGUAGAAGUGCCUAGAUUUUGCCAGACUUCAUCCAGCUUGACAAGAUUGAGAGGCCCAUGCCAACAGUCUAAUCUAAGAGAUUAGUCUUUCAAACUCACCAUCCAGUUGCCUGUUACAGAAUAACUCUUCUUAACUAAAAACCUAGUCAAACAAGGAAGCUGUAGGUGAGGAGAUCUGUAUAAUAUUCUAAUUUAAGUAAGUUUGAGUUUAGUCACUGCAAAUUUGACUGUGACUUUAAUCUAAAUUACUAUGUAAACAAAAAGUAGAUAGUUUCACUUUUUAAAAAAUCCAUUACUGUUUUGCAUUUCAAAAGUUGGAUUAAAGGGUUGUAACUGACUACAGCAUGGAAAAAAAUAGUUCUUUUAAUUCUUUCACCUUAAAGCAUAUUUUAUGUCUCAAAAGUAUAAAAAACUUUAAUACAAGUACAUACAUAUUAUAUAUACACAUACAUAUAUAUACUAUAUAUGGAUGAAACAUAUUUUAAUGUUGUUUACUUUUUUAAAUACUUGGUUGAUCUUCAAGGUAAUAGCGAUACAAUUAAAUUUUGUUCAGAAAGUUUGUUUUAAAGUUUAUUUUAAGCACUAUCGUACCAAAUAUUUCAUAUUUCACAUUUUAUAUGUUGCACAUAGCCUAUACAGUACCUACAUAGUUUUUAAAUUAUUGUUUAAAAAACAAAACAGCUGUUAUAAAUGAAUAUUAUGUGUAAUUGUUUCAAACAUCCAUUUUCUUUGUGAACAUAUUAGUGAUUGAAGUAUUUUGACUUUUGAGAUUGAAUGUAAAAUAUUUUAAAUUUGGGAUCAUCGCCUGUUCUGAAAACUAGAUGCACCAACCGUAUCAUUAUUUGUUUGAGGAAAAAAAGAAAUCUGCAUUUUAAUUCAUGUUGGUCAAAGUCGAAUUACUAUCUAUUUAUCUUAUAUCGUAGAUCUGAUAACCCUAUCUAAAAGAAAGUCACACGCUAAAUGUAUUCUUACAUAGUGCUUGUAUCGUUGCAUUUGUUUUAAUUUGUGGAAAAGUAUUGUAUCUAACUUGUAUUACUUUGGUAGUUUCAUCUUUAUGUAUUAUUGAUAUUUGUAAUUUUCUCAACUAUAACAAUGUAGUUACGCUACAACUUGCCUAAAACAUUCAAACUUGUUUUCUUUUUUCUGUUUUUUUCUUUGUUAAUUCAUUUAAACUCAUUGAAAACAUAGUAUACAUUACUAAAAGGUAAAUUAUGGGAAUCACUGAAAUAUUUUUGUAGAUUAAUUGUUGUAACAUUGUCUUUCUUUUUUUUCUUUUGUUUCAUGAUUUUGAUUUUUAAAAUUAUUAGCACACAACUAUUUUCAGCCCUUUAAUAAUGGAGCAUCAAAAACAUCACCUGUAACCCCAAGCAAAUAUAGAAGACUGUAUUUUUUACUAUGAUAUCCAUUUUCCAGAAUUGUGAUUACAAUAUGCAAAGAGUCAUAAAUAUGCCAUUUACAAUAAGGAGGAGGCAAGGCAAAUGCAUAGAUGUACAAAUAUAUGUACAACAGAUUUUGCUUUUUAUUUAUUUAUAAUGUAAUUUUAUAGAAUAAUUCUGGGAUUUGAGAGGAUCUAAAACUAUUUUUCUGUAUAAAUAUUAUUUGCCAAAAGUUUGUUUAUAUUCAGAAGUCUGACUAUGAUGAAUAAAUCUUAAAUGCUUUGUUUAAUUAAAAAACAAAAAUCACCAAUAUCCAAGACAUGAAGAUAUCAGUUCAACAAAUACUGUAGUUAAGAGACUAACUCUCCACUUGUAUGGGAACUACAUUUCACUCUUGGUUUUCAGGAUAUAACAGCACUUCACCGAAAUAUUCUUUCAGCCAUACCACUGGUAACAUUUCUACUAAAUCUUUCUGUAACACUUAAAGAAUUCCCUCAUUCAUUACCUUACAGUGUAAACAGGAGUCUAAUUUGUAUCAAUACUAUGUUUUGGUUGUAAUAUUCAGUUCACUCACCCAAUGUACAACCAAUGAAAUAAAAGAAGCAUUUAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-987.67 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1081.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 1182.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.....((((((....(((((((((....(((.((......)).)))..)))))))))............(((((.((((.((((....))))...)))).))))).((((((((.(((((.(((((.(....(((((((((..(((.(((((.((((((((......(((((((((...((((((((((..(((.((.((((((((((((.((((...))))))))..)))))))))).))).(((((((..(((((.((((((.........))))))....)))))..))))))).((((((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((((((((((....(((((((((.(((((.((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))(((((((.((((.(((((((....((.....))......))))...........((((..........))))............))).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((.........((((....(((((((((......))..).))))))..........(((((.........))))).....((((.(((((((.(((((((((((((.....(.((.(((.......))))))...))))))...(((((..(((..(((((...(((((...((.(((((...((..............))....))))).))...)))))...))))))))..))))).((((((.((((.((((((....))))))...)))).))))))...........((((.(((......((........))......))).))))...............))))))).)))))...)).)))).)))).........)))))).......(((....))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...)))......))))..))))).)))........(((..(((((.((((.((((......(((....)))..((.((((......)))).))...........((.(((...............................))).))..............(((......))))))))))))))))..)))((....))........))))))).))....))))))).))).))..)))))..(((((.(((((......)))))...)))))...))))))))))))))).))))......)))))))).)))((((((.....))))))((........))......(((((..((.((..((((.......))))..)).))..)))))....(((.....)))..)).)))))))))))).....).))))).))))).)).((((((....(((((..(((((.((((((((...(((((((((((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((((.(((...(((((((((.......(((((((((((..((((....))))......((....))...))))).))))))..((((((((((.(((.(((........))).))).)))).........(((((........)))))...(((((..((((((((.((......))))))))))....))).))...((((.((......((.((((...(((((((.((((((((((((..........))))))).))))).........)))))))..)))).))......)).))))(((((((.((((.((((((.(((...)))))))))....)))).)))))))....((((((((.(((((((.((....(((...((((((..((((((............((.(((((......(((......)))......)))))..))........))))))..))))))....))).))))))))).))))))))...))))))............(((((((..((.(((((...........))))).))..)).....))))).......)))))))))..........(((........)))(((...((((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))).)))...))))))))...)))))).)))))).))).)))))).....(((((((((((((......(((((((((............((((...(((((((...)))))))....))))((((((((...((((((..((((((((((...((((((((.....)))).))))...)).))))))))))))))))))))))...(((((...(((((.(((.(((((..((((((....)))...((.(((((((...))))))).))......((((((...(((((.((((((..((((......))))..((((......))))..))).))).)))))..))))))((((.((((......(((((.....(((((....((....((((((.(((....)).).))))))....))....)))))........(((((((.((.....)))))))))....((((((..(((..((((.....))))))))))))).....((((((......)))))).)))))....)))).))))....((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.((((((.((((...((..((((((((...))))))))..))....))))..))))))))).)))))....(((((.((((((((((((.(((((((..((........((((((((......)))))))).......))))))))))))....)))).))))).))))).((((((((((........(((((((((((.....(((((..........(((((((((....)))))))))........)))))............)))))))))))((((...))))...........)))))).))))..)).)))))))).)))))))))))))))).....)))))))))......(((.(((.((.....)).))).)))....(((((.......)))))........)))))))....)))))).)))..)))))...))).)))))...)))))........)))))))))......))).))))...((((....)))).........))))))......(((((....))))).))))).)))))))))).))).)))))))))))...((((((.((((.......)))).)))))).((((((((((((((((((......((((((.((.((((((((((.........((((((...))))))..((((((((((((........))))))........(((((((.......((((.....)))).......)))))))(((((.....)))))..))))))((((.(((.....((((((.((..((((((((....(((....)))..))))...............((((..((((((((((...)))))))))).)))).))))..)))))))))))..))))((((((..((((...(((.....)))..........((((((((....)))))))).......)))).))))))(((((((((((((((((((.((((................((((.((..(.....)..)).))))(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..)))))))..........)))).))))))).......)))))))))))).))))))))))................(((((((((...(((....)))...)))))))))((((....))))....(((......)))........(((((((.......)))))))....)).))))))....))))))))))..((((.........)))).(((..((((.....))))..)))......))))))))......))))))))....))))).....)))))).....((((.....)))).((((......)))).................(((((((.((((((((.((((......)))).)))......)))))..)))))))........))))))....(((...(((((((((.((((..((......))..)))))))))))))....)))...))))))......))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.,,,.((((((...,(((((((((....|||}||}|},..||.|||.{|||||||(,{.(({{{,,,(((({,({(((((,,,,,..,,,|||||,....)))}))),..{.(((,(((,.,,|}}.})}.,,((((,,,|}|||{..{(((.((((((((.{....(((((((({..,((((((((((..{((.((.((((((((((((.((({...}))))))}.,)))))))))).))}.(((((((..(((((,({{(((.,.......})))))....)))))..))))))).((((((((((.(((((((.....((.(((((({.(((((((((((((((....(((((((((.((({((((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))((((((,{((((.(((((((..{,((.....))..}}..)))),.,,,....{((({,..........))))..,.,,......})).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((,........{(((,...||||,{,,.{{,{,.|{,.|.,,}}}}..,,......{{(((.{{{,,...,}|||,....|||{.(((((((.(((((((((((((.....{.((.{((.......))}))}...)))))}...{{(((,,{...{(({{(,,{(((((.{{{,.{({{{..,|,.,....,.,|...,}}....|)))}|)).,.,,,,,..,)))}},}}.|}}}}|..||{{{,,,,{.{((({|....,})})}..,||||||||((|,{{,.......,{{{,,||}||}}},|........},......,.,,)})},,,,,,.........))))))).)))))...}}.}))}.}))),......,,)))))).......{{{.,..))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...))),...,,}}},.}))))).))),{,.....(((..(((({,((({{((((......(((....)))..{{,((((,.,.{,||||,,,.,|,.}}},,..,}|||},,,.,.,.......,......,...,,,,})}..}},.....,,}.,,,.(((......))))))))))))))))..)))||....))........))))))).))....))))))).))).))..))))}.,(((({.(((((......)))))...))}))...))))))))))))))).))))......)))))))).))}((((((.....))))))||},..}}}}}},,}},.,}}||}}|}}||.,,,({.{{{,,.||||..,..,,.}))){|....,,|}....,||..,,.}))}.)))))}}}...))))))))}}})}},}},||{{{{,|,.{{(((,,{{((((((((.((({{.,,(((((({((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((({.(((...(((((((((.......(((((((((((..((({....})))......{{....}}...)))))}})))))..((((((({{{,(((,{{(,,,.....},},))}.}}}},,..,....{{||{......,,)))})..,{{(((..((((((((.((......))))))))))..,.})).}}|..{{{{.,{....,.((,((({,,,({{{(((,({{{{((({(((,.....,|,,||||}}}}))))}.,.......}))))})..}})).}),,,,.,)),}}}}(((((((.((((.{(((((.,{.....,,))))),....)))).))))))).,..{(((((((.(((((({,{(,{{.,.,...{{((({..(((((({{.....,,...{{.{({{{......(((......)))......}}}}}..)}........}))})),,))))))....})).}}))))))).)))))))}...}}}})).},,,,......{((({{(..{{.(((((..,{...,,..))))).}}..)}.....))))).......)))))))))...,,,{...(((........))),,|...((((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))),)))...))))))))...))))))},))))).))).)))))).,,{.,{{|||||((((({{..{(((.(((((({......,...,|||{...(((((((...)))))))....,,..((((((((...((((((,.{(((((((((...((((((((,....})),.))))...)))))))))))))))))))))))))..(((((..(((...(((((..((((((...(((....)))..))))))..}}.}}).))).)))))......((((((.,.(((({.((((((..((({......))))..((((......))))..))),})).})))).,))))))..})))))).}}}}..,,}}||||,{(((({{{{(({{..{{{{{|,,||,,,,)).),||||||{,,,}},,,.}|||,{{{,,,...,.((((((({(({{|{{({{||{,...{(((((..{({.,{{{{.....}))})))))))))},|||||,,...,|(((|,{((((((((..((({({((((((({..((((({..{,(((((,,((((((((((((((((((((.(((((.(((((((({({((((.{{(,((({((,((((...((..((((((({...)))))))).,))....}}}}..}}))))})}.}))}}....{((((.((((((((({{{.{{((((,.,((..,,.{{.((((((((......)))))))),}.}}..))))))))))))....)))).))))).))))}.{{{,,{{{({....,,||(((((((((((..{(((((((.........,(((((((((....)))))))))........))))),}},...,....)))))))))),{{{{...,}}}...,.......))))))}}}}}..))})))))))).)))))))))))))))).....))))))))),,,,..{(({(((.{{.....,),))),)),....(((((.......))))).......}}}}))))},.}))))))..}}},}))))..))))))))))))},}}}.}},..})})))))))},..,,,,},.})))}}..{|||...,)}}}....,,},})))))}......(((((....))))).))))).)))))))))).,||,||,||,.|||}{{{((({((,.((({{.....,|||{||},,},({{{{,{||{{{{{{{||.,....|||||,.||,,|||||||||.,,.,,,,,((((((...))))))..,,{{,,((((((........)))))).,,,,,,,|||||{|}}},,}|{{{{..,..}},,.......))}||||(((((,....||||,.,||||||,,,,.(((,,,..(((((({(({{(,((,((,...,((({,,.,}}..||||...............((((..((((((((((...}))))))))).)))}.,,,,..,,,}},}||||..,,,,{{{||{},{{{{...,,,.....|||........|,{(((((((....))))))}}..,....,|||.||||,.(((((((((((((((({{{.{{((......}.,|||....{(((.(({.(.....},,)).)))|(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..))))))),.,,|,,.|,||||,})))}}}..,....))))))))))))..))}))}})}..........,|||||{{(((((({..,{{{....,}}||.}))))}}},{|||,,..}}}}..,.{||,,,,,,)}}.,....,.{((((((.......)))))))....,,.,}}},|,||,|}}|||||}}..,(((,,.....{{||,,.(((..((((.....))))..))).}}}}.})))))}}.,,,,,,))))))}....))))),,}},))}}},,,,,.|||}},,..,}))}|{{,......}))},..............,,{(({{((.{{||{.|||||||,,,,..,,,..})),})}..))))}..}}}}|},.,....,,)},}}.,}}}}}}}}}|((((((({,((((..((......))..))))))))))))).,,..,,...))))))......)),.
Back