Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382681.1
Sequence Length
4406 nt
GC Content
0.3568
AGACUGUCUUUGCUUCAUCAUCUGAAGGUAAAAUUUUCCAGAUACGGCAGACGGCUUUCAGAGUACAAUAAACAGGGAAUGAGAACUAUUUACAUGGAAGUUUCUUUCUCAUGAUGCGGUGGAGAAGCCUCGGCCACUUGGUUCUGCCAGAUGUUCCUGGGGUUACUGUAAAUGGGAAGGACAGGCAGAGCUAAACAAGGUUUAUCAUUUAAAAGUGCCUGUGUGAAGUCACUUUUGCUGGAAAACUGCAGCUUGGGAGCUUUCUUUGUAUUCACAUCCCACUCUUCUGUCAAGUACACUUUACCCUGACCUUAUGAGUGGAUGAAGAUACCUCAGUUGUCUGACUUUGCCAAUUGCUUAAUUUCAGAAUUUAAAAAGGGGAAAGAAAAACAUCCUGCUAAAAUAUGAACAUCUGAGUGUCUUAUUUUCCAACAUCGUCAAUAGCUGUGAGCGUCAGCAUUAAAUAUUCUCCCAAGGAGUGCCAUGAUAUUGAAGUCACUUUAUUAAUAACAGCUGUAUCUGCAAAACAGUCAAGAGACUCGGACGUUGAAAGCCAGAGAUGACACUGAGCAUGCUUUUAUUGCGGCCUACCAUCUUUAAGUGGGACAUAUUGAUUGAUGAGUGAUUGCCUGUCCAUACACUCUCUCAUCAUCCUGUUCCUUGGAUUGGACUUCACUAAGCAAUUUAUCACUCACCUUCAGACUUACAUGUGGGAGUUUUCACAACAGUAGUUUUGGAAUCAUUAGAACUUGGAUUGAUUUCAUCAUUUAACAGAAACAAACAGCCCAAAUUACUUUAUCACCAUGGCUUUGAACGUUGCCCCAGUCAGAGAUACAAAAUGGCUGACAUUAGAAGUCUGCAGACAGUUUCAAAGAGGAACAUGCUCACGCUCUGAUGAAGAAUGCAAAUUUGCUCAUCCCCCCAAAAGUUGUCAGGUUGAAAAUGGAAGAGUAAUUGCCUGCUUUGAUUCCCUAAAGGGCCGUUGUUCGAGAGAGAACUGCAAGUAUCUUCACCCUCCGACACACUUAAAAACUCAACUAGAAAUUAAUGGAAGGAACAAUUUGAUUCAGCAAAAAACUGCAGCAGCAAUGCUUGCCCAGCAGAUGCAAUUUAUGUUUCCAGGAACACCACUUCAUCCAGUGCCCACUUUCCCUGUAGGUCCCGCGAUAGGGACAAAUACGGCUAUUAGCUUUGCUCCUUACCUAGCACCUGUAACCCCUGGAGUUGGGUUGGUCCCAACGGAAAUUCUGCCCACCACGCCUGUUAUUGUUCCCGGAAGUCCACCGGUCACUGUCCCGGGCUCAACUGCAACUCAGAAACUUCUCAGGACUGACAAACUGGAGGUAUGCAGGGAGUUCCAGCGAGGAAACUGUGCCCGGGGAGAGACCGACUGCCGCUUUGCACACCCCGCAGACAGCACCAUGAUCGACACAAGUGACAACACCGUAACCGUUUGUAUGGAUUACAUAAAGGGGCGUUGCAUGAGGGAGAAAUGCAAAUAUUUUCACCCUCCUGCACACUUGCAGGCCAAAAUCAAAGCUGCGCAGCACCAAGCCAACCAAGCUGCGGUGGCCGCCCAGGCAGCCGCGGCCGCGGCCACAGUCAUGAUAAUUCUGAAAUAAUCAGCAGAAACGGAAUGGAAUGCCAAGAAUCUGCAUUGAGAAUAACUAAACAUUGUUACUGUACAUACUAUCCUGUUUCCUCCUCAAUAGAAUUGCCACAAACUGCAUGCUAAAUAAAGAUGUAGUUCUUCUGGACAGACCACAACUCUAAGAAGCUAGUGCUGCUAUCUCAUAUAUGAGUAUUAAAUAUGGUAUGCUUAGUAUAUUCCAACCUAAGAUAGUUAACUACCUGAGACCAGCUGUGAUGUUUAAAGACAUAAAGGAUAAAGUUUACUUUUAAAGGGUUUCUAAACAUAGUUUCUGUCCUAGGAAUAUUGUCUUAUCUCCAUAACUAUAGCUGAUGCAGAAAGUCCAGCCAGUUUACUCAUUUCGAUUCAGAAUAUUUCAAAUUUAGCAAUAAACAAUUAGCAUUAGUUAAAAAAGAAACAUAUUCCAAGGGCAGGUUCGAUUCUAGCUCUAAUUACUGUCAUGUCAUUUACCCACUGGAUCAAAGGGUAUGUUUCACUUCUUGACAAUAUAAAUGCUGCAGCAAAGAUGAGAGGUGAAGUAAAACCGAUACCUGUCCUGCAGGUCUAAAAUUUGAAUGGAAAUUCAAGCACAAGUACUGGGGACACAUCAAAGUGUGGUGUUUGGUUUGCCUGGAGAUGCCACGUUGAAUCAUGUGAUUCUAGAUUAACAUUAAAUAGAUUGAAAAAGAAACUUUGCACGGUAUGAGCUUCAUACCCCACCAAACAAAGUCUUGAAGGUAUUAUUUUACAAGUAUAUUUUUAAAGUUGUUUUAUAAGAGAGACUUUGUAGAAGUGCCUAGAUUUUGCCAGACUUCAUCCAGCUUGACAAGAUUGAGAGGCCCAUGCCAACAGUCUAAUCUAAGAGAUUAGUCUUUCAAACUCACCAUCCAGUUGCCUGUUACAGAAUAACUCUUCUUAACUAAAAACCUAGUCAAACAAGGAAGCUGUAGGUGAGGAGAUCUGUAUAAUAUUCUAAUUUAAGUAAGUUUGAGUUUAGUCACUGCAAAUUUGACUGUGACUUUAAUCUAAAUUACUAUGUAAACAAAAAGUAGAUAGUUUCACUUUUUAAAAAAUCCAUUACUGUUUUGCAUUUCAAAAGUUGGAUUAAAGGGUUGUAACUGACUACAGCAUGGAAAAAAAUAGUUCUUUUAAUUCUUUCACCUUAAAGCAUAUUUUAUGUCUCAAAAGUAUAAAAAACUUUAAUACAAGUACAUACAUAUUAUAUAUACACAUACAUAUAUAUACUAUAUAUGGAUGAAACAUAUUUUAAUGUUGUUUACUUUUUUAAAUACUUGGUUGAUCUUCAAGGUAAUAGCGAUACAAUUAAAUUUUGUUCAGAAAGUUUGUUUUAAAGUUUAUUUUAAGCACUAUCGUACCAAAUAUUUCAUAUUUCACAUUUUAUAUGUUGCACAUAGCCUAUACAGUACCUACAUAGUUUUUAAAUUAUUGUUUAAAAAACAAAACAGCUGUUAUAAAUGAAUAUUAUGUGUAAUUGUUUCAAACAUCCAUUUUCUUUGUGAACAUAUUAGUGAUUGAAGUAUUUUGACUUUUGAGAUUGAAUGUAAAAUAUUUUAAAUUUGGGAUCAUCGCCUGUUCUGAAAACUAGAUGCACCAACCGUAUCAUUAUUUGUUUGAGGAAAAAAAGAAAUCUGCAUUUUAAUUCAUGUUGGUCAAAGUCGAAUUACUAUCUAUUUAUCUUAUAUCGUAGAUCUGAUAACCCUAUCUAAAAGAAAGUCACACGCUAAAUGUAUUCUUACAUAGUGCUUGUAUCGUUGCAUUUGUUUUAAUUUGUGGAAAAGUAUUGUAUCUAACUUGUAUUACUUUGGUAGUUUCAUCUUUAUGUAUUAUUGAUAUUUGUAAUUUUCUCAACUAUAACAAUGUAGUUACGCUACAACUUGCCUAAAACAUUCAAACUUGUUUUCUUUUUUCUGUUUUUUUCUUUGUUAAUUCAUUUAAACUCAUUGAAAACAUAGUAUACAUUACUAAAAGGUAAAUUAUGGGAAUCACUGAAAUAUUUUUGUAGAUUAAUUGUUGUAACAUUGUCUUUCUUUUUUUUCUUUUGUUUCAUGAUUUUGAUUUUUAAAAUUAUUAGCACACAACUAUUUUCAGCCCUUUAAUAAUGGAGCAUCAAAAACAUCACCUGUAACCCCAAGCAAAUAUAGAAGACUGUAUUUUUUACUAUGAUAUCCAUUUUCCAGAAUUGUGAUUACAAUAUGCAAAGAGUCAUAAAUAUGCCAUUUACAAUAAGGAGGAGGCAAGGCAAAUGCAUAGAUGUACAAAUAUAUGUACAACAGAUUUUGCUUUUUAUUUAUUUAUAAUGUAAUUUUAUAGAAUAAUUCUGGGAUUUGAGAGGAUCUAAAACUAUUUUUCUGUAUAAAUAUUAUUUGCCAAAAGUUUGUUUAUAUUCAGAAGUCUGACUAUGAUGAAUAAAUCUUAAAUGCUUUGUUUAAUUAAAAAACAAAAAUCACCAAUAUCCAAGACAUGAAGAUAUCAGUUCAACAAAUACUGUAGUUAAGAGACUAACUCUCCACUUGUAUGGGAACUACAUUUCACUCUUGGUUUUCAGGAUAUAACAGCACUUCACCGAAAUAUUCUUUCAGCCAUACCACUGGUAACAUUUCUACUAAAUCUUUCUGUAACACUUAAAGAAUUCCCUCAUUCAUUACCUUACAGUGUAAACAGGAGUCUAAUUUGUAUCAAUACUAUGUUUUGGUUGUAAUAUUCAGUUCACUCACCCAAUGUACAACCAAUGAAAUAAAAGAAGCAUUUAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1006.87 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1103.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 1146.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((...((((((..(..(((..........((((((((((...((((((.(((((..........(((((.((((.((((....))))...)))).))))).....(.(((.(((....))).))).).((((.((((((((...(((.((((((((......(((((((((...((((((((((.................((((((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((((((((((....(((((((((.(((((.((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))(((((((.((((.(((((((....((.....))......))))...........((((..........))))............))).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((.........((((....(((((((((......))..).))))))..........(((((.........))))).....((((.(((((((.(((((((((((((.....(.((.(((.......))))))...))))))...(((((..(((..(((((...(((((...((.(((((...((..............))....))))).))...)))))...))))))))..))))).((((((.((((.((((((....))))))...)))).))))))...........((((.(((......((........))......))).))))...............))))))).)))))...)).)))).)))).........)))))).......(((....))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...)))......))))..))))).)))........(((..(((((.((((.((((......(((....)))..((.((((......)))).))...........((.(((...............................))).))..............(((......))))))))))))))))..)))((....))........))))))).))....))))))).))).))..)))))..(((((.(((((......)))))...)))))...))))))))))))))).))))......)))))))).)))((((((.....))))))((.(((((((........((((((...(((...(((.((((....((((.((.((((((((.((.(((((........(((((.(((..........)))))))).)))))....((((.....))))..)).)))))))))).)))))))).)))......((.((((((.....))................(((....))).((((((((....)))).)))).....)))).)).(((.(((((.((((.........)))).))))).))))))...))))))..........((((((((((..............))))))((((((((...(((.......)))))))))))..(((.((....)))))......)))).(((((((.((((.(((.........((((.(((.(((........))).))).))))))).)))).)))))))........))))))).))...((((((((.((......))))))))))..))))).)))))))..)))))..))))))..))))).))))).((((((((((((..........))))))).)))))......((.((.(((....))).)).)))))..).))))))..))))))))................((((((((..((((((.((((((((.((((((((.(((((((.((....(((...((((((..((((((............((.(((((......(((......)))......)))))..))........))))))..))))))....))).))))))))).))))))))...(((((((((......((.(((((((..((.(((((...........))))).))..)).....))))).)).....)))((((.((((((.((.((((((((.(((((((((((.(((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))((((....)))))))).))))))).((((((((...(((((......)))))..((((..(((....))).)))).............((((...(((((((...)))))))....))))((((((((...((((((..((((((((((...((((((((.....)))).))))...)).)))))))))))))))))))))).((((((((.....(((((..((((..(((((((..(((.(((((((.(((((((.((((.((...(((((...((.((((....((((((..((((((.....(((((((..(((....(((.((...)).)))......)))..)))))))))))))...............(((((((((((((......))).))))))).)))((((((((.........(((.((((((.....((((((((((((((((((((((....(((((..(((..((((.....))))))))))))))))))))......((((..(((((((((..(((((.((........((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.((((((.((((...((..((((((((...))))))))..))....))))..))))))))).)))))....(((((.((((((((((((.(((((((..((........((((((((......)))))))).......))))))))))))....)))).))))).))))).((((((((((........(((((((((((.....(((((..........(((((((((....)))))))))........)))))............)))))))))))((((...))))...........)))))).))))..)).)))))))).)))))))))))))))).....)))))))))......(((.(((.((.....)).))).)))....(((((.......)))))........)))))))....))))))....)))))))..))))))))))))).....)))..)))))))))))...)))))).))).....((((....))))......)))))))).(((((..((((....))))))))).(((((.(((((((((.(((.....(((.((((((.(((.(((((.....(((((.....(((.....))).....))))).....)))))..))).)))))))))....)))))))))...))).))))).......((((((........))))))........(((((((.......((((.....)))).......)))))))(((((.....)))))..))))))...)))))).....))))))).)))).))))))))))))))...))).)))))))..))))......((((..((((((((((...)))))))))).))))..............((((.........)).)).......(((.....))).....)))))((((((((....))))))))..............((..(((((((((((((((((((.((((................((((.((..(.....)..)).))))(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..)))))))..........)))).))))))).......))))))))))))..))((((((...........))))))(((((((((...(((....)))...)))))))))...)))))))).....(((......)))........(((((((.......)))))))............((((((..(((((.....(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).))))..)))))...))))).))))))))))))))..........))))))))((((.....)))).((((......))))..........))..)))))))))).((((((((.((((......)))).)))......))))).....))))))..............))))))))(((((((((.((((..((......))..))))))))))))).........)))))).))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,..,,,((((((...((((((((({...})))),})))).((((((..(((((((.(.(.((((({{{((((..(((((((.,{,,,.,,,{|||},....))))))),..{.(((.(((....))).))).,.((((...|}|||{..{(((.((((((((.{....(((((((({..,((((((((((....,............((((((((((.(((((((.....((.(((((({.(((((((((((((((....(((((((((.((({((((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))((((((,{((((.(((((((..{,((.....))..}}..)))),.,,,....{((({,..........))))..,.,,......})).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((,........{(((,...||||,{,,.{{,{,.|{,.|.,,}}}}..,,......{{(((.{{{,,...,}|||,....|||{.(((((((.(((((((((((((.....{.((.{((.......))}))}...)))))}...{{(((,,{...{(({{(,,{(((((.{{{,.{({{{..,|,.,....,.,|...,}}....|)))}|)).,.,,,,,..,)))}},}}.|}}}}|..||{{{,,,,{.{((({|....,})})}..,||||||||((|,{{,.......,{{{,,||}||}}},|........},......,.,,)})},,,,,,.........))))))).)))))...}}.}))}.}))),......,,)))))).......{{{.,..))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...))),...,,}}},.}))))).))),{,.....(((..(((({,((({{((((......(((....)))..({,((((,.,.{,||||,,,.,|,.}}},,..,}|||},,,.,.,.......,......,...,,,,})}..}},.....,,}.,,,.(((......))))))))))))))))..))){{....))........))))))).))....))))))).))).))..))))}.,(((({.(((((......)))))...))}))...))))))))))))))).))))......)))))))).}},((((((.....))))))}}},..)))},},)}).,.))))))))))).)}.)))))))...(((((.((.((((((((.{..(((((........(((((.(((..........)))))))).)))))..{{((((.....))}},))}.)))))))))).))))).)))))).{{(((,,.,,,,|}}}}..,|,.,{(({{{{{{....(((....},}.(({{(({(.,.,|}}}.}))),....)))).)}||||.(((((.((((.........)))).))))){||||....))}}},...........,},,((((((..............))))))(((((..(((((((,(((((....)))))....(.(((((((...((((.....))))..(((((((.((((.(((.........({{{.{{{.{{(........}}},))).)}}}))).)))).)))))))........{{{{{{(({{{..((((((((.((......))))))))))..,,|||.,,,..,,,,.,|,,.,|,{(,((({,,,({{{(((,({{{{((({(((,.....,{,,||||}},}))))}.,.......}))))})..}})).})},},.})),}}}}(((((((.((((.{(((({.,,.....,,))))}}....)))).))))))).,..{(((((((.(((((({,((,{{.,,,...((((((..(((((({,.....,,...{{.{((({......(((......)))......}})}}..}}........})))))..))))))...,))).})))))))).)))))))}..}}}}}))),,,........))))))).)...(((((..{,...,,..))))).,{((((((((((......,,...(((....)))...}}))))))))))},.{((((((((((,(((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))|({{....}}},))))}}}))))))))))).)..)))))}}}|||||}}},),}}}..((((((((..{{(,((({.{((((((({,.,{{(...(((((((...)))))))....,,,,((((((((...((((((,.{(((((((((...((((((((,....})),.))))...))))))))))))))))))))))))).,(((((,.{{{..,(((({..((((((.,.(((....)))..}||}||,,||,}}},))),))}))......((((((.,.(((({.((((((..((({......}))}..((((......))))..})),})).,)))).,)))))),|||,,,|,.......,,,......,,(((((((((((,,(({{{,.{{{,...}},}|((((((({..{,....{{{(,((({{{...,.((((((((((({{{(((({{{....,(((((..{{{.,{{{{.....})}})))))))))},|||||,,....{(((,.{((((((((..((((({((((((((..((((({..,,(((((,,((((((((((((((((((((.(((((.(((((((({({((((.{{(,((({((,((((...((..((((((({...)))))))).,))....}}}}..}}))))})}.}))}}....{((((.((((((((({{{.{{((((,.,((..,,.{{.((((((((......)))))))),}.}}..))))))))))))....)))).))))).))))}.{{{,,{{{({....,,||(((((((((((..{(((((((.........,(((((((((....)))))))))........))))),}},...,....)))))))))),{{{{...,}}}...,.......))))))}}}}}..))})))))))).)))))))))))))))).....))))))))),}},..{(({(((.{{.....,),))),)),....(((((.......))))).......}},}))))},.)))))))..}}}.}))))..))))))))))))).}}}.}}}..))))))))))}...}}}}},.)))),}..{|||....)}}}....,,)))))))),((((,.{((((....))))))))).,((((.{{{{||{,{{(({.,{..{((.((((((.{({.(((((.....,{{({{{{..,{||},,.,}}.....,,}}},....)))))..))}.))))))))}.}}.}))))}))}|,.}}),)))),..,},,,,|,,,|}}}}}}}}))}))))))))))},)))}.|,....))))))}}...,,,.......,}||((((((((((....{{{{..{{((({{...,,((({{{..((((((((((((.((.((....{((((((,.,...||||,,,............((((..((((((((((...}))))))))).})}}..............{{{{......,,,)).)},,.....,,,.....|||......,,|,|{((((((,,,,)}|||}}}..,.....{{{.{{((..(((((((((((((((({{{.{{({.....,},,}||,...{(((.(({.{.....},,)).)))|(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..))))))),.,,},,.|,||||,})))}}}.,,,,..))))))))))))..)),||{{|},.........}}}}}|{{(((((({..,{({....,))||.)))))))}}{{||,,,.)))}.,,.{||,,,,,,)}}.,....,.{((((((.......))))))}............((((((..(((({,,...(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).)))),.)))))...})))).))))))....,})),)}}})))).,..)))).))))))},.,})))),,,......|))}|.......,,,....{{(((,,((...|}..}}})}}}}}}}..,,...)))))))..)))),..,|,|||..,....,,),.,,.})))))))))|{(((((({,((((..((......))..))))))))))))}..........))))))......})..
Back