Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382691.1
Sequence Length
4618 nt
GC Content
0.3653
AGACUGUCUUUGCUUCAUCAUCUGAAGGUAAAAUUUUCCAGAUACGGCAGACGGCUUUCAGAGUACAAUAAACAGGGAAUGAGAACUAUUUACAUGGAAGUUUCUUUCUCAUGAUGCGGUGGAGAAGCCUCGGCCACUUGGUUCUGCCAGAUGUUCCUGGGGUUACUGUAAAUGGGAAGGACAGGCAGAGCUAAACAAGGUUUAUCAUUUAAAAGUGCCUGUGUGAAGUCACUUUUGCUGGAAAACUGCAGCUUGGGAGCUUUCUUUGUAUUCACAUCCCACUCUUCUGUCAAGUACACUUUACCCUGACCUUAUGAGUGGAUGAAGAUACCUCAGUUGUCUGACUUUGCCAAUUGCUUAAUUUCAGAAUUUAAAAAGGGGAAAGAAAAACAUCCUGCUAAAAUAUGAACAUCUGAGUGUCUUAUUUUCCAACAUCGUCAAUAGCUGUGAGCGUCAGCAUUAAAUAUUCUCCCAAGGAGUGCCAUGAUAUUGAAGUCACUUUAUUAAUAACAGCUGUAUCUGCAAAACAGUCAAGAGACUCGGACGUUGAAAGCCAGAGAUGACACUGAGCAUGCUUUUAUUGCGGCCUACCAUCUUUAAGUGGGACAUAUUGAUUGAUGAGUGAUUGCCUGUCCAUACACUCUCUCAUCAUCCUGUUCCUUGGAUUGGACUUCACUAAGCAAUUUAUCACUCACCUUCAGACUUACAUGUGGGAGUUUUCACAACAGUAGUUUUGGAAUCAUUAGAACUUGGAUUGAUUUCAUCAUUUAACAGAAACAAACAGCCCAAAUUACUUUAUCACCAUGGCUUUGAACGUUGCCCCAGUCAGAGAUACAAAAUGGCUGACAUUAGAAGUCUGCAGACAGUUUCAAAGAGGAACAUGCUCACGCUCUGAUGAAGAAUGCAAAUUUGCUCAUCCCCCCAAAAGUUGUCAGGUUGAAAAUGGAAGAGUAAUUGCCUGCUUUGAUUCCCUAAAGGGCCGGGGAUCAUAUGCUUUUCGCUGCUGAACUGUCUGUGGAUCACAGAGGCAACCAGGGCCGUUGUUCGAGAGAGAACUGCAAGUAUCUUCACCCUCCGACACACUUAAAAACUCAACUAGAAAUUAAUGGAAGGAACAAUUUGAUUCAGCAAAAAACUGCAGCAGCAAUGCUUGCCCAGCAGAUGCAAUUUAUGUUUCCAGGAACACCACUUCAUCCAGUGCCCACUUUCCCUGUAGGUCCCGCGAUAGGGACAAAUACGGCUAUUAGCUUUGCUCCUUACCUAGCACCUGUAACCCCUGGAGUUGGGUUGGUCCCAACGGAAAUUCUGCCCACCACGCCUGUUAUUGUUCCCGGAAGUCCACCGGUCACUGUCCCGGGCUCAACUGCAACUCAGAAACUUCUCAGGACUGACAAACUGGAGGUAUGCAGGGAGUUCCAGCGAGGAAACUGUGCCCGGGGAGAGACCGACUGCCGCUUUGCACACCCCGCAGACAGCACCAUGAUCGACACAAGUGACAACACCGUAACCGUUUGUAUGGAUUACAUAAAGGGGCGUUGCAUGAGGGAGAAAUGCAAAUAUUUUCACCCUCCUGCACACUUGCAGGCCAAAAUCAAAGCUGCGCAGCACCAAGCCAACCAAGCUGCGGUGGCCGCCCAGGCAGCCGCGGCCGCGGCCACAGUCAUGGCCUUUCCCCCUGGUGCUCUUCAUCCUUUACCAAAGAGACAAGCACUUGAAAAAAGCAAUGGUACCAGCGCGGUCUUUAACCCCAGCGUCUUGCACUACCAGCAGGCUCUCACCAGCGCACAGUUGCAGCAACACGCCGCGUUCAUUCCAACAGAUAAUUCUGAAAUAAUCAGCAGAAACGGAAUGGAAUGCCAAGAAUCUGCAUUGAGAAUAACUAAACAUUGUUACUGUACAUACUAUCCUGUUUCCUCCUCAAUAGAAUUGCCACAAACUGCAUGCUAAAUAAAGAUGUAGUUCUUCUGGACAGACCACAACUCUAAGAAGCUAGUGCUGCUAUCUCAUAUAUGAGUAUUAAAUAUGGUAUGCUUAGUAUAUUCCAACCUAAGAUAGUUAACUACCUGAGACCAGCUGUGAUGUUUAAAGACAUAAAGGAUAAAGUUUACUUUUAAAGGGUUUCUAAACAUAGUUUCUGUCCUAGGAAUAUUGUCUUAUCUCCAUAACUAUAGCUGAUGCAGAAAGUCCAGCCAGUUUACUCAUUUCGAUUCAGAAUAUUUCAAAUUUAGCAAUAAACAAUUAGCAUUAGUUAAAAAAGAAACAUAUUCCAAGGGCAGGUUCGAUUCUAGCUCUAAUUACUGUCAUGUCAUUUACCCACUGGAUCAAAGGGUAUGUUUCACUUCUUGACAAUAUAAAUGCUGCAGCAAAGAUGAGAGGUGAAGUAAAACCGAUACCUGUCCUGCAGGUCUAAAAUUUGAAUGGAAAUUCAAGCACAAGUACUGGGGACACAUCAAAGUGUGGUGUUUGGUUUGCCUGGAGAUGCCACGUUGAAUCAUGUGAUUCUAGAUUAACAUUAAAUAGAUUGAAAAAGAAACUUUGCACGGUAUGAGCUUCAUACCCCACCAAACAAAGUCUUGAAGGUAUUAUUUUACAAGUAUAUUUUUAAAGUUGUUUUAUAAGAGAGACUUUGUAGAAGUGCCUAGAUUUUGCCAGACUUCAUCCAGCUUGACAAGAUUGAGAGGCCCAUGCCAACAGUCUAAUCUAAGAGAUUAGUCUUUCAAACUCACCAUCCAGUUGCCUGUUACAGAAUAACUCUUCUUAACUAAAAACCUAGUCAAACAAGGAAGCUGUAGGUGAGGAGAUCUGUAUAAUAUUCUAAUUUAAGUAAGUUUGAGUUUAGUCACUGCAAAUUUGACUGUGACUUUAAUCUAAAUUACUAUGUAAACAAAAAGUAGAUAGUUUCACUUUUUAAAAAAUCCAUUACUGUUUUGCAUUUCAAAAGUUGGAUUAAAGGGUUGUAACUGACUACAGCAUGGAAAAAAAUAGUUCUUUUAAUUCUUUCACCUUAAAGCAUAUUUUAUGUCUCAAAAGUAUAAAAAACUUUAAUACAAGUACAUACAUAUUAUAUAUACACAUACAUAUAUAUACUAUAUAUGGAUGAAACAUAUUUUAAUGUUGUUUACUUUUUUAAAUACUUGGUUGAUCUUCAAGGUAAUAGCGAUACAAUUAAAUUUUGUUCAGAAAGUUUGUUUUAAAGUUUAUUUUAAGCACUAUCGUACCAAAUAUUUCAUAUUUCACAUUUUAUAUGUUGCACAUAGCCUAUACAGUACCUACAUAGUUUUUAAAUUAUUGUUUAAAAAACAAAACAGCUGUUAUAAAUGAAUAUUAUGUGUAAUUGUUUCAAACAUCCAUUUUCUUUGUGAACAUAUUAGUGAUUGAAGUAUUUUGACUUUUGAGAUUGAAUGUAAAAUAUUUUAAAUUUGGGAUCAUCGCCUGUUCUGAAAACUAGAUGCACCAACCGUAUCAUUAUUUGUUUGAGGAAAAAAAGAAAUCUGCAUUUUAAUUCAUGUUGGUCAAAGUCGAAUUACUAUCUAUUUAUCUUAUAUCGUAGAUCUGAUAACCCUAUCUAAAAGAAAGUCACACGCUAAAUGUAUUCUUACAUAGUGCUUGUAUCGUUGCAUUUGUUUUAAUUUGUGGAAAAGUAUUGUAUCUAACUUGUAUUACUUUGGUAGUUUCAUCUUUAUGUAUUAUUGAUAUUUGUAAUUUUCUCAACUAUAACAAUGUAGUUACGCUACAACUUGCCUAAAACAUUCAAACUUGUUUUCUUUUUUCUGUUUUUUUCUUUGUUAAUUCAUUUAAACUCAUUGAAAACAUAGUAUACAUUACUAAAAGGUAAAUUAUGGGAAUCACUGAAAUAUUUUUGUAGAUUAAUUGUUGUAACAUUGUCUUUCUUUUUUUUCUUUUGUUUCAUGAUUUUGAUUUUUAAAAUUAUUAGCACACAACUAUUUUCAGCCCUUUAAUAAUGGAGCAUCAAAAACAUCACCUGUAACCCCAAGCAAAUAUAGAAGACUGUAUUUUUUACUAUGAUAUCCAUUUUCCAGAAUUGUGAUUACAAUAUGCAAAGAGUCAUAAAUAUGCCAUUUACAAUAAGGAGGAGGCAAGGCAAAUGCAUAGAUGUACAAAUAUAUGUACAACAGAUUUUGCUUUUUAUUUAUUUAUAAUGUAAUUUUAUAGAAUAAUUCUGGGAUUUGAGAGGAUCUAAAACUAUUUUUCUGUAUAAAUAUUAUUUGCCAAAAGUUUGUUUAUAUUCAGAAGUCUGACUAUGAUGAAUAAAUCUUAAAUGCUUUGUUUAAUUAAAAAACAAAAAUCACCAAUAUCCAAGACAUGAAGAUAUCAGUUCAACAAAUACUGUAGUUAAGAGACUAACUCUCCACUUGUAUGGGAACUACAUUUCACUCUUGGUUUUCAGGAUAUAACAGCACUUCACCGAAAUAUUCUUUCAGCCAUACCACUGGUAACAUUUCUACUAAAUCUUUCUGUAACACUUAAAGAAUUCCCUCAUUCAUUACCUUACAGUGUAAACAGGAGUCUAAUUUGUAUCAAUACUAUGUUUUGGUUGUAAUAUUCAGUUCACUCACCCAAUGUACAACCAAUGAAAUAAAAGAAGCAUUUAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1082.17 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1181.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 1074.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.....((((((...((((((((((...))))).))))).((((((..(((((((.(.(.(((((((.((((..(((((((..((((......))))....)))))))...(.(((.(((....))).))).).((((...(.((((..((((.((((((((......(((((((((...((((((((((.................((((((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((((((((((....(((((((((.(((((.((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))(((((((.((((.(((((((....((.....))......))))...........((((..........))))............))).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((.........((((....(((((((((......))..).))))))..........(((((.........))))).....((((.(((((((.(((((((((((((.....(.((.(((.......))))))...))))))...(((((..(((..(((((...(((((...((.(((((...((..............))....))))).))...)))))...))))))))..))))).((((((.((((.((((((....))))))...)))).))))))...........((((.(((......((........))......))).))))...............))))))).)))))...)).)))).)))).........)))))).......(((....))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...)))......))))..))))).)))........(((..(((((.((((.((((.((((((((.........))))))))...((.......(((((((...((((((...))))))(((.......)))((.((((......)))).))...........((.(((...............................))).))..........))))))).......)))))))))))))))..)))((....))........))))))).))....))))))).))).))..)))))..(((((.(((((......)))))...)))))...))))))))))))))).))))......))))))))....((((((.....))))))))))..)))).).))))..))))))))))).)).)))))))...(((((.((.((((((((.((.(((((........(((((.(((..........)))))))).)))))....((((.....))))..)).)))))))))).))))).)))))).(((((.......))))).((((((.............(((....))).((((((((....)))).))))....(((((.((((((.(((((.((((.........)))).))))).)))).))....((((((........((((((..((.....)).......((((((((.(((.....))).))))))))))))))........))))))...))))))))))).........(((.((((((((.(((((...(((((((((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((((.(((...(((((((((.......(((((((((((..((((....))))......((....))...))))).))))))..((((((((((.(((.(((........))).))).)))).........(((((........)))))...(((((..((((((((.((......))))))))))....))).))...((((.((......((.((((...(((((((.((((((((((((..........))))))).))))).........)))))))..)))).))......)).))))(((((((.((((.((((((.(((...)))))))))....)))).)))))))....((((((((.(((((((.((....(((...((((((..((((((............((.(((((......(((......)))......)))))..))........))))))..))))))....))).))))))))).))))))))...))))))............(((((((..((.(((((...........))))).))..)).....))))).......)))))))))..........(((........)))(((...((((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))).)))...))))))))...)))))).)))))).))).)))))).....(((((((((((((......(((((((((............((((...(((((((...)))))))....))))((((((((...((((((..((((((((((...((((((((.....)))).))))...)).))))))))))))))))))))))...(((((...(((((.(((.(((((..((((((....)))...((.(((((((...))))))).))......((((((...(((((.((((((..((((......))))..((((......))))..))).))).)))))..))))))((((.((((......(((((.....(((((....((....((((((.(((....)).).))))))....))....)))))........(((((((.((.....)))))))))....((((((..(((..((((.....))))))))))))).....((((((......)))))).)))))....)))).))))....((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.((((((.((((...((..((((((((...))))))))..))....))))..))))))))).)))))....(((((.((((((((((((.(((((((..((........((((((((......)))))))).......))))))))))))....)))).))))).))))).((((((((((........(((((((((((.....(((((..........(((((((((....)))))))))........)))))............)))))))))))((((...))))...........)))))).))))..)).)))))))).)))))))))))))))).....)))))))))......(((.(((.((.....)).))).)))....(((((.......)))))........)))))))....)))))).)))..)))))...))).)))))...)))))........)))))))))......))).))))...((((....)))).........))))))......(((((....))))).))))).))))))))))..(((((.....(((.((((((.(((.(((((.....(((((.....(((.....))).....))))).....)))))..))).)))))))))....)))))((((((...))))))........((((((........)))))).)))))))))))).)))))))).)))((((...........))))((((((((((....((((..(((((((.....((((((..((((((((((((.((.((....((((((((........................((((..((((((((((...)))))))))).))))..............((((.........)).)).............((((.((..(((((.((((((((....))))))))........((((((((..(((((((((((((((((((.((((................((((.((..(.....)..)).))))(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..)))))))..........)))).))))))).......))))))))))))..))((((((...........))))))(((((((((...(((....)))...)))))))))((((....))))....(((......)))........(((((((.......)))))))........................))))))(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).))))..)))))..........)))))..)))))).))))))))....)))).)))))))...)))))...((((...))))..............(((((..((...))..))))))))))).......)))))))..)))).......((..(......)..)).))))))))))(((((((((.((((..((......))..)))))))))))))..........))))))......))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.....((((((...((((((((({...})))),})))).((((((..(((((((.(.(.((((({{{((((..(((((((.,{,,,.,,,{{||},....)))}))),..{.(((.(((....))).))).,,((((...|}|||{..{(((.((((((((.{....(((((((({..,((((((((((....,............((((((((((.(((((((.....((.(((((({.(((((((((((((((....(((((((((.((({((((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))((((((,{((((.(((((((..{,((.....))..}}..)))),.,,,....{((({,..........))))..,.,,......})).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((,........{(((,...||||,{,,.{{,{,.|{,.|.,,}}}}..,,......{{(((.{{{,,...,}|||,....|||{.(((((((.(((((((((((((.....{.((.{((.......))}))}...)))))}...{{(((,,{...{(({{(,,{(((((.{{{,.{({{{..,|,.,....,.,|...,}}....|)))}|)).,.,,,,,..,)))}},}}.|}}}}|..||{{{,,,,{.{((({|....,})})}..,||||||||((|,{{,.......,{{{,,||}||}}},|........},......,.,,)})},,,,,,.........))))))).)))))...}}.}))}.}))),......,,)))))).......{{{.,..))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...))),....,}}},.}))))).))),,,.....(((..(((({{((({{((({.((((((((.........))))))))...((.....,,(((((({...((((((...))))))(((.......)))((.((((....,.})}}.}}.,|,.,,,,...{|(((|......,,......,.....,,....,..})),.)),.......,.))))))).......)))))))))))))))..))){{....))........))))))).))....))))))).))).))..))))}.,(((({.(((((......)))))...))}))...))))))))))))))).))))......)))))))).}},((((((.....))))))}}},..)))},},))),,.))))))))))).)}.)))))))...(((((.((.((((((((.{..(((((........(((((.(((..........)))))))).)))))..{{((((.....))}},))}.)))))))))).))))).)))))).(((((.......))))).((((((,,{.,,.......(({....},,.((((((((....)))).))))....{((((.({((((.(((((.((((.........)))).))))).)))).,,..,,((((({........{{{{((,,((.....}}.......|||||{((,(((,,...})).)))))))))))|||,.......)))))}...))))))))))).........,{{.((((((((.(((((...(((((((((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((({.(((...(((((((((.......(((((((((((..((({....})))......{{....}}...)))))}})))))..((((((({{{,(((,{{(,,,.....},},))}.}}}},,..,....{{||{......,,)))})..,{{(((..((((((((.((......))))))))))..,.})).}}|..{{{{.,{....,.((,((({,,,({{{(((,({{{{((({(((,.....,|,,||||}}}}))))}.,.......}))))})..}})).}),,,,.,)),}}}}(((((((.((((.{(((((.,{.....,,))))),....)))).))))))).,..{(((((((.(((((({,{(,{{.,.,...{{((({..(((((({{.....,,...{{.{({{{......(((......)))......}}}}}..)}........}))})),,))))))....})).}}))))))).)))))))}...}}}})).},,,,......{((({{(..{{.(((((..,{...,,..))))).}}..)}.....))))).......)))))))))...,,,{...(((........))),,|...((((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))),)))...))))))))...))))))},))))).))).)))))).,,{.,{{|||||((((({{..{(((.(((((({......,...,|||{...(((((((...)))))))....,,..((((((((...((((((,.{(((((((((...((((((((,....})),.))))...)))))))))))))))))))))))))..(((((..(((...(((((..((((((...(((....)))..))))))..}}.}}).))).)))))......((((((.,.(((({.((((((..((({......))))..((((......))))..))),})).})))).,))))))..})))))).}}}}..,,}}||||,{(((({{{{(({{..{{{{{|,,||,,,,)).),||||||{,,,}},,,.}}||,{{{,,,...,.((((((({(({{|{{({{||{,...{(((((..{({.,{{{{.....}))})))))))))},|||||,,...,|(((|,{((((((((..((({({((((((({..((((({..{,(((((,,((((((((((((((((((((.(((((.(((((((({({((((.{{(,((({((,((((...((..((((((({...)))))))).,))....}}}}..}}))))})}.}))}}....{((((.((((((((({{{.{{((((,.,((..,,.{{.((((((((......)))))))),}.}}..))))))))))))....)))).))))).))))}.{{{,,{{{({....,,||(((((((((((..{(((((((.........,(((((((((....)))))))))........))))),}},...,....)))))))))),{{{{...,}}}...,.......))))))}}}}}..))})))))))).)))))))))))))))).....))))))))),,,,..{(({(((.{{.....,),))),)),....(((((.......))))).......}}}}))))},.}))))))..}}},}))))..))))))))))))},}}}.}},..})})))))))},..,,,,},.})))}}..{|||...,)}}}....,,},})))))}......(((((....))))).))))).))))))))))..{((((.{,..(((.((((((.(((.(((((.....,{{((,,,..,{||,,,..}}.....,.}}},....)))))..))}.))))))))).}}.))))}((((((...))))))........((((((........)))))).)))))))))))).)))))))).}}},{{{...........}}||((((((((((....((((..(((((((.....((((((..((((((((((((.((.((....{(((((({.....{{{,,..............((((..((((((((((...}))))))))).}}}}..............{{{(......,,.)).)},,......,,.....|||......,,|,|{{(((((,,|,)}|||}}|..,,....{{{.{{((..(((((((((((((((({{{.{{((......}.,|||....{(((.(({.(.....},,)).)))|(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..))))))),.,,|,,.|,||||,})))}}}..,....))))))))))))..)),||,,|},.........}}}|||{{(((((({..,{{{....,}}||.|}}}|||},{{{|,...)))}..,.{||,,,,,,)}}.,....,.{((((((.......)))))))............((((((..(((({,,...(((((.....((((...(((..((((.....))))..))).)))),.)))))...})))).))))))....,})),))))))))....)))).))))))),..})))),,,,,,,..|}}||.......,,,....{((((..((...})..)))))))))))..,....)))))))..)))),..,,,,{{..,.....,),.},.))))))))))|{(((((({,((((..((......))..)))))))))))))}}},......))))))......})..
Back