Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382695.1
Sequence Length
4350 nt
GC Content
0.3520
AGACUGUCUUUGCUUCAUCAUCUGAAGGUAAAAUUUUCCAGAUACGGCAGACGGCUUUCAGAGUACAAUAAACAGGGAAUGAGAACUAUUUACAUGGAAGUUUCUUUCUCAUGAUGCGGUGGAGAAGCCUCGGCCACUUGGUUCUGCCAGAUGUUCCUGGGGUUACUGUAAAUGGGAAGGACAGGCAGAGCUAAACAAGGUUUAUCAUUUAAAAGUGCCUGUGUGAAGUCACUUUUGCUGGAAAACUGCAGCUUGGGAGCUUUCUUUGUAUUCACAUCCCACUCUUCUGUCAAGUACACUUUACCCUGACCUUAUGAGUGGAUGAAGAUACCUCAGUUGUCUGACUUUGCCAAUUGCUUAAUUUCAGAAUUUAAAAAGGGGAAAGAAAAACAUCCUGCUAAAAUAUGAACAUCUGAGUGUCUUAUUUUCCAACAUCGUCAAUAGCUGUGAGCGUCAGCAUUAAAUAUUCUCCCAAGGAGUGCCAUGAUAUUGAAGUCACUUUAUUAAUAACAGCUGUAUCUGCAAAACAGUCAAGAGACUCGGACGUUGAAAGCCAGAGAUGACACUGAGCAUGCUUUUAUUGCGGCCUACCAUCUUUAAGUGGGACAUAUUGAUUGAUGAGUGAUUGCCUGUCCAUACACUCUCUCAUCAUCCUGUUCCUUGGAUUGGACUUCACUAAGCAAUUUAUCACUCACCUUCAGACUUACAUGUGGGAGUUUUCACAACAGUAGUUUUGGAAUCAUUAGAACUUGGAUUGAUUUCAUCAUUUAACAGAAACAAACAGCCCAAAUUACUUUAUCACCAUGGCUUUGAACGUUGCCCCAGUCAGAGAUACAAAAUGGCUGACAUUAGAAGUCUGCAGACAGUUUCAAAGAGGAACAUGCUCACGCUCUGAUGAAGAAUGCAAAUUUGCUCAUCCCCCCAAAAGUUGUCAGGUUGAAAAUGGAAGAGUAAUUGCCUGCUUUGAUUCCCUAAAGGGCCGUUGUUCGAGAGAGAACUGCAAGUAUCUUCACCCUCCGACACACUUAAAAACUCAACUAGAAAUUAAUGGAAGGAACAAUUUGAUUCAGCAAAAAACUGCAGCAGCAAUGCUUGCCCAGCAGAUGCAAUUUAUGUUUCCAGGAACACCACUUCAUCCAGUGCCCACUUUCCCUGUAGGUCCCGCGAUAGGGACAAAUACGGCUAUUAGCUUUGCUCCUUACCUAGCACCUGUAACCCCUGGAGUUGGGUUGGUCCCAACGGAAAUUCUGCCCACCACGCCUGUUAUUGUUCCCGGAAGUCCACCGGUCACUGUCCCGGGCUCAACUGCAACUCAGAAACUUCUCAGGACUGACAAACUGGAGACUCAGUCGACUGCCAAAGCAAUGAAGCGACCUCUCGAAGCAACUGUAGACCUGGCCUUUCCCCCUGGUGCUCUUCAUCCUUUACCAAAGAGACAAGCACUUGAAAAAAGCAAUGGUACCAGCGCGGUCUUUAACCCCAGCGUCUUGCACUACCAGCAGGCUCUCACCAGCGCACAGUUGCAGCAACACGCCGCGUUCAUUCCAACAGAUAAUUCUGAAAUAAUCAGCAGAAACGGAAUGGAAUGCCAAGAAUCUGCAUUGAGAAUAACUAAACAUUGUUACUGUACAUACUAUCCUGUUUCCUCCUCAAUAGAAUUGCCACAAACUGCAUGCUAAAUAAAGAUGUAGUUCUUCUGGACAGACCACAACUCUAAGAAGCUAGUGCUGCUAUCUCAUAUAUGAGUAUUAAAUAUGGUAUGCUUAGUAUAUUCCAACCUAAGAUAGUUAACUACCUGAGACCAGCUGUGAUGUUUAAAGACAUAAAGGAUAAAGUUUACUUUUAAAGGGUUUCUAAACAUAGUUUCUGUCCUAGGAAUAUUGUCUUAUCUCCAUAACUAUAGCUGAUGCAGAAAGUCCAGCCAGUUUACUCAUUUCGAUUCAGAAUAUUUCAAAUUUAGCAAUAAACAAUUAGCAUUAGUUAAAAAAGAAACAUAUUCCAAGGGCAGGUUCGAUUCUAGCUCUAAUUACUGUCAUGUCAUUUACCCACUGGAUCAAAGGGUAUGUUUCACUUCUUGACAAUAUAAAUGCUGCAGCAAAGAUGAGAGGUGAAGUAAAACCGAUACCUGUCCUGCAGGUCUAAAAUUUGAAUGGAAAUUCAAGCACAAGUACUGGGGACACAUCAAAGUGUGGUGUUUGGUUUGCCUGGAGAUGCCACGUUGAAUCAUGUGAUUCUAGAUUAACAUUAAAUAGAUUGAAAAAGAAACUUUGCACGGUAUGAGCUUCAUACCCCACCAAACAAAGUCUUGAAGGUAUUAUUUUACAAGUAUAUUUUUAAAGUUGUUUUAUAAGAGAGACUUUGUAGAAGUGCCUAGAUUUUGCCAGACUUCAUCCAGCUUGACAAGAUUGAGAGGCCCAUGCCAACAGUCUAAUCUAAGAGAUUAGUCUUUCAAACUCACCAUCCAGUUGCCUGUUACAGAAUAACUCUUCUUAACUAAAAACCUAGUCAAACAAGGAAGCUGUAGGUGAGGAGAUCUGUAUAAUAUUCUAAUUUAAGUAAGUUUGAGUUUAGUCACUGCAAAUUUGACUGUGACUUUAAUCUAAAUUACUAUGUAAACAAAAAGUAGAUAGUUUCACUUUUUAAAAAAUCCAUUACUGUUUUGCAUUUCAAAAGUUGGAUUAAAGGGUUGUAACUGACUACAGCAUGGAAAAAAAUAGUUCUUUUAAUUCUUUCACCUUAAAGCAUAUUUUAUGUCUCAAAAGUAUAAAAAACUUUAAUACAAGUACAUACAUAUUAUAUAUACACAUACAUAUAUAUACUAUAUAUGGAUGAAACAUAUUUUAAUGUUGUUUACUUUUUUAAAUACUUGGUUGAUCUUCAAGGUAAUAGCGAUACAAUUAAAUUUUGUUCAGAAAGUUUGUUUUAAAGUUUAUUUUAAGCACUAUCGUACCAAAUAUUUCAUAUUUCACAUUUUAUAUGUUGCACAUAGCCUAUACAGUACCUACAUAGUUUUUAAAUUAUUGUUUAAAAAACAAAACAGCUGUUAUAAAUGAAUAUUAUGUGUAAUUGUUUCAAACAUCCAUUUUCUUUGUGAACAUAUUAGUGAUUGAAGUAUUUUGACUUUUGAGAUUGAAUGUAAAAUAUUUUAAAUUUGGGAUCAUCGCCUGUUCUGAAAACUAGAUGCACCAACCGUAUCAUUAUUUGUUUGAGGAAAAAAAGAAAUCUGCAUUUUAAUUCAUGUUGGUCAAAGUCGAAUUACUAUCUAUUUAUCUUAUAUCGUAGAUCUGAUAACCCUAUCUAAAAGAAAGUCACACGCUAAAUGUAUUCUUACAUAGUGCUUGUAUCGUUGCAUUUGUUUUAAUUUGUGGAAAAGUAUUGUAUCUAACUUGUAUUACUUUGGUAGUUUCAUCUUUAUGUAUUAUUGAUAUUUGUAAUUUUCUCAACUAUAACAAUGUAGUUACGCUACAACUUGCCUAAAACAUUCAAACUUGUUUUCUUUUUUCUGUUUUUUUCUUUGUUAAUUCAUUUAAACUCAUUGAAAACAUAGUAUACAUUACUAAAAGGUAAAUUAUGGGAAUCACUGAAAUAUUUUUGUAGAUUAAUUGUUGUAACAUUGUCUUUCUUUUUUUUCUUUUGUUUCAUGAUUUUGAUUUUUAAAAUUAUUAGCACACAACUAUUUUCAGCCCUUUAAUAAUGGAGCAUCAAAAACAUCACCUGUAACCCCAAGCAAAUAUAGAAGACUGUAUUUUUUACUAUGAUAUCCAUUUUCCAGAAUUGUGAUUACAAUAUGCAAAGAGUCAUAAAUAUGCCAUUUACAAUAAGGAGGAGGCAAGGCAAAUGCAUAGAUGUACAAAUAUAUGUACAACAGAUUUUGCUUUUUAUUUAUUUAUAAUGUAAUUUUAUAGAAUAAUUCUGGGAUUUGAGAGGAUCUAAAACUAUUUUUCUGUAUAAAUAUUAUUUGCCAAAAGUUUGUUUAUAUUCAGAAGUCUGACUAUGAUGAAUAAAUCUUAAAUGCUUUGUUUAAUUAAAAAACAAAAAUCACCAAUAUCCAAGACAUGAAGAUAUCAGUUCAACAAAUACUGUAGUUAAGAGACUAACUCUCCACUUGUAUGGGAACUACAUUUCACUCUUGGUUUUCAGGAUAUAACAGCACUUCACCGAAAUAUUCUUUCAGCCAUACCACUGGUAACAUUUCUACUAAAUCUUUCUGUAACACUUAAAGAAUUCCCUCAUUCAUUACCUUACAGUGUAAACAGGAGUCUAAUUUGUAUCAAUACUAUGUUUUGGUUGUAAUAUUCAGUUCACUCACCCAAUGUACAACCAAUGAAAUAAAAGAAGCAUUUAAAAGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-963.07 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1057.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 1272.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.....((((((....(((((((((....(((.((......)).)))..)))))))))............(((((.((((.((((....))))...)))).))))).(((((((((((((....)))(((((...(((.((((.((.((((((.((((((((......(((((((((...((((((((((.................((((((((((.(((((((.....((.(((((((.(((((((((((((((....(((((((((.(((((.((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))(((((((.((((.(((((((....((.....))......))))...........((((..........))))............))).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((.........((((....(((((((((......))..).))))))..........(((((.........))))).....((((.(((((((.(((((((((((((.....(.((.(((.......))))))...))))))...(((((..(((..(((((...(((((...((.(((((...((..............))....))))).))...)))))...))))))))..))))).((((((.((((.((((((....))))))...)))).))))))...........((((.(((......((........))......))).))))...............))))))).)))))...)).)))).)))).........)))))).......(((....))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...)))......))))..))))).)))........(((..(((((.((((.((((......(((....)))..((.((((......)))).))...........((.(((...............................))).))..............(((......))))))))))))))))..)))((....))........))))))).))....))))))).))).))..)))))..(((((.(((((......)))))...)))))...))))))))))))))).))))......)))))))).)))((((((.....))))))((........)).....(((...((((((((...((.((((..((((........))))((......))..((.(((....))).))((((((............)))))))))).))..)))))))).)))..........))).)))))))))))))).........((((((....(((((..(((((.((((((((...(((((((((((((((((((.((((((((.....))).((((((...(((((.((((((((((..(((((.(((...(((((((((.......(((((((((((..((((....))))......((....))...))))).))))))..((((((((((.(((.(((........))).))).)))).........(((((........)))))...(((((..((((((((.((......))))))))))....))).))...((((.((......((.((((...(((((((.((((((((((((..........))))))).))))).........)))))))..)))).))......)).))))(((((((.((((.((((((.(((...)))))))))....)))).)))))))....((((((((.(((((((.((....(((...((((((..((((((............((.(((((......(((......)))......)))))..))........))))))..))))))....))).))))))))).))))))))...))))))............(((((((..((.(((((...........))))).))..)).....))))).......)))))))))..........(((........)))(((...((((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))).)))...))))))))...)))))).)))))).))).)))))).....(((((((((((((......(((((((((............((((...(((((((...)))))))....))))((((((((...((((((..((((((((((...((((((((.....)))).))))...)).))))))))))))))))))))))...(((((...(((((.(((.(((((..((((((....)))...((.(((((((...))))))).))......((((((...(((((.((((((..((((......))))..((((......))))..))).))).)))))..))))))((((.((((......(((((.....(((((....((....((((((.(((....)).).))))))....))....)))))........(((((((.((.....)))))))))....((((((..(((..((((.....))))))))))))).....((((((......)))))).)))))....)))).))))....((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((((.(((((((((((((((.(((.((((((.((((...((..((((((((...))))))))..))....))))..))))))))).)))))....(((((.((((((((((((.(((((((..((........((((((((......)))))))).......))))))))))))....)))).))))).))))).((((((((((........(((((((((((.....(((((..........(((((((((....)))))))))........)))))............)))))))))))((((...))))...........)))))).))))..)).)))))))).)))))))))))))))).....)))))))))......(((.(((.((.....)).))).)))....(((((.......)))))........)))))))....)))))).)))..)))))...))).)))))...)))))........)))))))))......))).))))...((((....)))).........))))))......(((((....))))).))))).)))))))))).))).)))))))))))...((((((.((((.......)))).)))))).((((((((((((((((((......((((((.((.((((((((((.........((((((...))))))..((((((((((((........))))))........(((((((.......((((.....)))).......)))))))(((((.....)))))..))))))((((.(((.....((((((.((..((((((((....(((....)))..))))...............((((..((((((((((...)))))))))).)))).))))..)))))))))))..))))((((((..((((...(((.....)))..........((((((((....)))))))).......)))).))))))(((((((((((((((((((.((((................((((.((..(.....)..)).))))(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..)))))))..........)))).))))))).......)))))))))))).))))))))))................(((((((((...(((....)))...)))))))))((((....))))....(((......)))........(((((((.......)))))))....)).))))))....))))))))))..((((.........)))).(((..((((.....))))..)))......))))))))......))))))))....))))).....)))))).))))((((.....)))).((((......)))).................(((((((.((((((((.((((......)))).)))......)))))..)))))))........))))))....(((...(((((((((.((((..((......))..)))))))))))))....)))...))))))......))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.,{{{((((((,,.((((((((((...}})))}}))))..(((((.,(((({{{.(,(.((((({{{((((,.(((((({.,,,,,.,,,{{{||}...,)))}))),..{.(((.(((....))).))}.,.{(((...|||||,..{(((.((((((((.{....(((((((({..,((((((((((....,............((((((((((.(((((((.....((.(((((({.(((((((((((((((....(((((((((.((({((((((....((((.(((.....)))..)))).....)))))))))((((((,{((((.(((((((..{,((.....))..}}..)))),.,,,....{((({,..........))))..,.,,......})).)))))))))))...........((((((..(((.((((((((((((,........{(((,...||||,{,,.{{,{,.|{,.|.,,}}}}..,,......{{(((.{{{,,...,}|||,....|||{.(((((((.(((((((((((((.....{.((.{((.......))}))}...)))))}...{{(((,,{...{(({{(,,{(((((.{{{,.{({{{..,|,.,....,.,|...,}}....|)))}|)).,.,,,,,..,)))}},}}.|}}}}|..||{{{,,,,{.{((({|....,})})}..,||||||||((|,{{,.......,{{{,,||}||}}},|........},......,.,,)})},,,,,,.........))))))).)))))...}}.}))}.}))),......,,)))))).......{{{.,..))).(((((.....)))))..))))))))).)))))).)))))))))...))),...,,}}},.}))))).))),{,.....(((..(((({,((({{((((......(((....)))..({,((((,.,.{,||||,,,.,|,.}}},,..,}|||},,,.,.,.......,......,...,,,,})}..}},.....,,}.,,,.(((......))))))))))))))))..))){{....))........))))))).))....))))))).))).))..))))}.,(((({.(((((......)))))...))}))...))))))))))))))).))))......)))))))).}}}((((((.....))))))||},..})}},},}}}.,,))))))))))}.}|,||}||||,.((((........))))((......))..,{.{({....})).}){{{{{{,.....,,....))))))}.)))))...{,.|||||}}|{,,,,|||{||||{,,|{||||{,|{,.,,,,...,.|(((((,,{{.{,{{{{,.{{{{|{||.{||||,,.(({{{{{((((((((((.((((((((.....))).{(((((...(((((.((((((((({..{(((|,{((,,.(((((((({.......(((((((((((..((({....})))......{{....}}...)))))}})))))..{(((({(({(,(({{{{({,......,,||}}}.}}}},|..,....{{{{{,....,,.}}}}},.,{{{{{..((((((((.((......)))))))))).,,,|||,}|,..{{{{.{{....,.((,((({,,,({({(((,({{{{((({(((......,,,,||||}}}}))))}.........}))))})..}})).}),,,,.,)),}}}}(((((({.{(((.{{((({.,,....,,,))))}|....)))}.})))))}.,..{(((((((.(((((({,{(,{{.,,,...{(((({..(((((({{.....,,...{{.{({{{......(((......)))......}}}}}..}}........})))))..))))))....})).}}))))))).)))))))}..,|}}}}},},,,,......{{{{{{{,.{,.(((((..{{...,,..))))).}}..}}..,,,))}}}.......}))))))))...,{{|,.,(((,..,....}}),,|,,,{(((((.(((..((....(((((((....)))))))....))..))))))))}}}}}...))))))))...))))))}}))))).))).)))))},,,{.,{{|||||((((({{..{{{(.(((((({,..,,,,....|||{...(((((((...)))))))....,,,.((((((((...((((((,.{(((((((((...((((((((,....})),.))))...)))))))))))))))))))))))))..{((((..{{(...(((((..((((((...(((....)))..}}|}}|,,||,}}}.))).))}))......((((((.,.(((({.((((((..((({......}))}..((((......))))..})),})).,)))).,)))))).,}}}}))}.}}}}..,,,},||,,{{((({{{{(({{..{({{{|.,||,...)).),||||||{,,,}},,,.}|||,{{{{{,...,.(((((((((({{|{{(({||{....,(((((..{({.,{{{{.....})}})))))))))}}|||||,,...,{(((|.{((((((((..((((({((((((({..((((({..{,(((((,,((((((((((((((((((((.(((((.(((((((({({((((.{{(,((({((,((((...((..((((((({...)))))))).,))....}}}}..}}))))})}.}))}}....{((((.((((((((({{{.{{((((,.,((..,,.{{.((((((((......)))))))),}.}}..))))))))))))....)))).))))).))))}.{{{,,{{{({....,,||(((((((((((..{(((((((.........,(((((((((....)))))))))........))))),}},...,....)))))))))),{{{{...,}}}...,.......))))))}}}}}..))})))))))).)))))))))))))))).....))))))))),,,,..{(({(((.{{.....,),))),)),....(((((.......))))).......}},}))))},.}))))))..}}},}))))..))))))))))))},}}}.}},..})})))))))},..,,,}},.})))}}..{|||....)}}}....,,},})))))}.,,...(((((....))))).))))).))))))))))..{{{{{.||..{{{.{(((((.{({.(((((.....,{|{{|{|..|{||||,.,}|,,..,,,}},,....))))}..}}}.}})))}))}.}}.}}}}}{(((({...))))))....,,..{(((((........)))))).,}}}}}}|||||,|}}}}}}}{|||.,,,.|,,,......,)}||||{((((({....||||,.,||||||...,,((({{{..(((((({({{{{,({,((,...{((({{{,.,,..||||,.,............((((..((((((((((...}))))))))).)))}...,,..,,,,,.,||||,,,,,.,|{||{}}{{,,...,,,.....|||.......,|,{(((((((....))))}}}}..,....,|||.||||,.(((((((((((((((({{,.{{{{.....,},}}}},...{(((.(({.{.....},})).)))|(((((((..(...(.((((((......)))))).).)..))))))),.,},,},|||||},})))}}},,.,,,,)))))))))))).,))|))|||},.........,|||||(((((((((..,(((....,))||.)))))))},,|||,,,.}}}}..,.{{{,,,,..)}},|,.,,|,(((((((.......))))))}............((((((..((({{,,...(((((.....{(((...(((..((((.....))))..))).))))..)))))...})))).)))))).....}))}}}}}}})}.,..}}}}.}}}}}}},.,}))}|{{,......}))},.......,,,....,{{((,,((.,,||,.||}||||,,,,..,,...}))})))..))))}..}}}}||,.,....,})},}}.,}}}}}}}}}|((((((({,((((..((......))..))))))))))))),,,..,,...)))))),,..,,}),.
Back