Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382724.1
Sequence Length
2713 nt
GC Content
0.3524
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGCACAGUGGAGAAUUUACAGUCUCUCUCAGUGAUGUUUUAUUGACAUGGAAAUACUUGCUCCAUGAGAAAUUGAACUUACCAGUUGAAAACAUGGACGUGACUGACCAUUAUGAGGACGUUAGGAAGAUUUAUGAUGAUUUCUUGAAGAACAGUAAUAUGUUAGAUCUGAUUGAUGUUUAUCAAAAAUGUAGGGCUUUGACUUCUAAUUGUGAAAAUUAUAACACAGUAUCUCCUAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAUGAAGCAAACUUUAAUUAGAUCCCAAUUUGCUUGUACUUAUAAAGAUGACUACAUGAUAAGCAAGGAUAAUUGGAAUAAUGUUAAUUUAGCAUCAAAGCCUUUGUGUGUUCUUUACAUGGAAAAUGACCUUUCUGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-642.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -701.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 911.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((((((.(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((((((..(((.((((.......)))).)))...((.(((.(.(((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))).)))).))....((((((((..(((((.(((((.(((..((((.((((((((.((((....(((.(((((.(((.(.(((((........)))))..).))).)))))..))).((((((.........))))))..........(((((...((((((((((.((((.(((((((.(((((..(..(.((((((.((((......)))))))))).)..).)))))..))))).)))).)).)))))).))))....)))))...((((((....((((((..........)))))).......)))))).(((((.((...((((.......)))).)).)))))(((((((.....((....))........)))))))...............)))).)))..).)))).)))))))(((((((..(((((.....)))))...........)))))))((((....((((((....(((....)))..))))))....))))(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))......))))).)))))..........))))))))((((.((((((((...((((((((((..(((((..((((((((((((.((..((((((((((.........(((((.(((((.............))))))))))..(((((((((.....(((..............)))....)))))))))))))))).)))..)).)))))).)))(((((....)))))........(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).))))))....((((((...)))))))))..))))))))))))))).....)))..........))))).))))....((((..(((((......)))))..)))).....(((((....(((((....)))))....)))))...................((((.(...(((((.(((((((((((((.............((((((....(((((.......)))))(((((....)))))......))))))...........((((((...........((((....)))).......(((.((((...)))).)))((((...))))..............(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))(((........))).)))))).......))))))))))))))))))...).))))...((((....((((.......)))).....)))))))))))(((((((((((.((((((.....(((((((.(((.(.((.(((.(((((.((((((((.(((....((((((((..........((((((..((((.((((..((...((((....((((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))...))))..))..)))).....))))...)))))))))).))))((((....))))..((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))......((((....)))).))).)))).)))).))))).))).)).))))....(((((((((....)))))))))((((((((....))))).)))..........))))))).....)))))).)))))))).))).........((((((((.....)))).)))))))))))))))))....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..(((((..(....)..))))){((((((.(((((....))))))))))),,,,.{{(((((.....)))))|||,....,||,...,.(((((((((((((({.....,{.(((((((((((((......((((((((..((,.,...,).,}}.)))))))),...)))))),..(((((.....)))))})))))),|,((,(({{,{{,,{{....,...}}.,)).)))}.,,......|})}}}}.(((((........))))).{((((.({({{|..,|,.((((((.........))))))...,.((.{{{{...,)))).},..},,)))})).))))})))))))),}}.((((((((.((((.((((({{(((((((,.{((((.,{{{.,|,,...,|,,|}}|.|}}}}.}}|,...{((((((((((((,{,...(((({{.........,|||||,..{{{(.,{{{..{(((((,((...((((,,,....}))).}}.)))}}|((((((.....{{....}}........))))))}.,,..{....,||....,|||,.(((((((((((...,{.{{....,}.,....}))))))))))..,....{((((((,(((((({...,,,},,.{{{{{{(((((({.,.{{(({,....,,(((((((((((({{(((((.....,)))).)}}....,......((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))...,..,{{{..{(((({{,,{(({{,{,,,||{|{{{{,{{,{{((({{{{{({{({({{.,{{(((,.{{(((((((((,.(({,(,.,|||||,}}}}}}}},(((({{(((((.............)))))))))).{(((((((((.....(((..............)))....))))))))))||||||,|||,,||.,|||||..||(((((.,,,|||||,{,,.{{.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).}.))))))....{(((({...}}))}},,,..}}}}|}|||}}}}}},,|||}}}...,..{{{,|||||,||||,...((((..(((((,....,)))))..))))..{{{(((({....(((({..{{||,|,....}.,,.,|||.......}},......,,..))}}}}}))})}}...,.}}}}}}}...,|||,...{|||||{{{||{{|({{{....||||,(((((....))))},,||,..}},}||,.,,,....,||{{,,,....,,..{{{(((....}}}}}.,||..{{{.{{{{..,||},.}},{{{{.,.|}}},...,,{{......{||||{{,,{{{{{.{{{||{|||,|||,..,|)}}||}}||||,{|||}},.,{(({({{,,,,||{||||,{{(((({{,.((((((((....))))))))..........|||,|{(({{{,,,||||}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{(({|||{{{|{{.,{{||,|||{||,}|||}}}}}}}},,,}|||.}|}.......(((((((((({...}))))))..))))..,,{|||}}}}}|...,{{{{{{.{|,,||{{{||||.||{||,}..,},|,.{{{{{|,......,,,,}}}}.|||||||||,|||}}||(((.....,,,}|},}.{((((((.,,.{{((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{(({|,,...,}}|||}}},},},.,},)},}))).)))))...)}..)))))))),,)))}))}}.))))))}....}}}.,,,.|||,,,,.......{{{{{{.,,,.......,,}||,,,||,|,,,})),{||||{|||,|,...,,,|||||||.|,,,,,}}))}}}}}}}..........}}|)))||({{{{{{{{|{|.,,,{(((,,.,,,}}}},}}}},}}}}||}}|}|....|||||,,.|}}|||}}}})))})},}}))))}},)))))))}}}}}}}}},,||||.,|{||,,,}}}}}})),}}},...((((......)))).,,}})),}))))),,)))}}}},..,}})),},},)}))))}}))))}}{((((....))))},||||,,||},,.||}||}|||||}||{,{{{{{{..,||,.|||||||||||,.,||||}}}}}}.))))}}}.((((((({...})))))))..,))))|)),})}|{|,,,.,,)}}}}|||{||,||{{{{|}}|||.||{....})))))}))}}||,.{|{|..,,)))}.|||.,},}}}}},.,,,,)))))),..})))))}.{((((((({....})))))))}((((((((....))))).))).....{{{{{{{{||.,....))))))))|((((((.{({.....))))))))),..})))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..
Back