Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382726.1
Sequence Length
2479 nt
GC Content
0.3534
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAUGAAGCAAACUUUAAUUAGAUCCCAAUUUGCUUGUACUUAUAAAGAUGACUACAUGAUAAGCAAGGAUAAUUGGAAUAAUGUUAAUUUAGCAUCAAAGCCUUUGUGUGUUCUUUACAUGGAAAAUGACCUUUCUGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-590.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -643.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 796.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.((((((.(((((..(....)..))))).((((((.(((((....))))))))))).....(((((((.....)))))))(((((((..(((.((((.......)))).)))...((.(((.(.(((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))).)))).))....((((((((..(((((.(((((.(((..((((.((((((((.((((.......((.((((((((........)))..))))).))(((.......))).((.(((((((.....((....))........))))))).))............)))).)))..).)))).)))))))(((((((..(((((.....)))))...........)))))))((((....((((((....(((....)))..))))))....))))(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))......))))).)))))..........))))))))((((.((((((((...((((((((((..(((((..((((((((((((.((..((((((((((.........(((((.(((((.............))))))))))..(((((((((.....(((..............)))....)))))))))))))))).)))..)).)))))).)))(((((....)))))........(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).))))))....((((((...)))))))))..))))))))))))))).....)))..........))))).))))....((((..(((((......)))))..)))).....(((((....(((((....)))))....)))))...................((((.(...(((((.(((((((((((((.............((((((....(((((.......)))))(((((....)))))......))))))...........((((((...........((((....)))).......(((.((((...)))).)))((((...))))..............(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))(((........))).)))))).......))))))))))))))))))...).))))...((((....((((.......)))).....)))))))))))(((((((((((.((((((.....(((((((.(((.(.((.(((.(((((.((((((((.(((....((((((((..........((((((..((((.((((..((...((((....((((((......(((((.((((((....)))))).)))))..........(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))...))))..))..)))).....))))...)))))))))).))))((((....))))..((((((((.((.((.((.((((((((((((((((..((((.((((((((((((..((((.......))))....((((((((...))))))))..)))))))).)))).))))...))))))...))))).....))))).)).)))).))))))))......((((....)))).))).)))).)))).))))).))).)).))))....(((((((((....)))))))))((((((((....))))).)))..........))))))).....)))))).)))))))).))).........((((((((.....)))).)))))))))))))))))....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{{.((.((((({.({(((,,(,,,,|,,|||||{((((((.(((((....))))))))))),}...,,(((((.....}))))|((,,,,||},....,{{{....,,,)))},|||,,{{,.,(((({{{{{{||..|,,,||{{{(((.,{{......,}}}}),)))))))),...|}}}|||,.,,,.|}},..((((((((..(((((.(((({{(((((((((.((((((((.((((.......{{.(((((({{.......,}},.,))))).}}{{,....,..|}}.((.(((((((.....{{....}}........))))))).))..,,....,,..)))).)))..)})))).))))).)))))|,|.|({,,,...||}}|||...{{{{{,,,,(((((,,.((({...}}}}...})})}...{{{{{...|{{{...{{.((((.....)))).}}|||}{,,}}}}),,|,,.}}},}}}}.,.,((((((.((((((.((....})...)))))).))))))...||{{,,,,,,))......))))).)))))..........))))))))((((,(({(((((,,,((((((((((..{((((..{{((((((((({.((..({.{{{{{{{,.,,,,,,.((((,{(((((.............)))))))))).,(((((((((.....(((..............)))....))))))))))}}}}}}.}},..},.}}}}}},,}}|(({(....}}|||,{,..,{.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).}.))))))....{(((({...})))))}},..)))))))))))))))..,,,}}}......,,,.}}}}}.)))}....((((..(((((,....,)))))..))))..||{{((({....(((({..,{||||,....},,,..|{|.......}}}.....,||,.}},,{{{||,|{{{{{{{|||||||....,|},...{|||||.|||||{|||||....}}||}(((((....)))))..,|,.,))))},..,,,....,||{{{,.....,,..{{{(((....))))}..}}..{{{.((((...})}}.}}}((({...))))....,,,.......{|||{{{,{{{{{{.{{{{{{{{|,||,,...,)}}}))))))}..}}}}}}.,,((((({,,{{{(({{|{{{{{(({,,,.((((((((....))))))))........,,|||,|,(({{{...||}}}((((((((((((((((((...))))))),,)))))))))).,,{{{||||||{|{{,{{{{{,{((({|,,|||}}}},,}},,|||||,||,.......(((((((((({...}))))))..)))}..,,{||||,,||,...,,,,{{|,,}}}|},,,}||},}|,}|}},,}}}}..,,,,,|,..,.,,},,,)))),}}})}}}}},}}}}}}|(((.....,..)))})}})}|,||,,,.)}||||,}|||||||)))..|||||||{{{((({....|||,,,.,{{{||||....,)))}|||||,|{{{{(((((({.{(((((.....(((({((,|{{{{|{{|{{{.{{{|||{{{.,{{|.,,,...,{{{{{{{,...,,...,.{{{{,,..{{{{{{{{,,{{,{|,{||||,{|((((((.,....{{{{{,{{{{,{...,}}})}},}},}}..........||||||{{({{,{,,{({{{.,,,(((({{.,,,||}},|},,.|}}|||||||{....{{{{{,,,|,,|||,,,,))),}},},)))))..)))))))},|}}.|}|,{||||.,|||},,}}}}}}})))))},...((((......)))).}}}}}}.,})))}}}))}}}}}},,,.,}}}}.,.}}}}}}}}}}|}}}|((((....)))),.((((((((.{{.((.((.((((({((((((((((..((((.((({((((((({..((((.......)))).,,.((((((({...}))))))),,)))))))).}))).))))...})))))..,})))),,,..))))).)).)),,.))))))))..{,{.(({{....)))}.}}}.}}}}.||||.}}}}),)}},},.,}}},,..(((((((({....))))))))}(({{((((....))))).)))........,.}}))))).....)))))).)))))))).}}}.,..}}}))||||{{||.....}}}),)}))))))))))}}}))....((((((({((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))}.))))},......,.....,{|,...})},.....,)),})))))).}},,.....
Back