Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001382728.1
Sequence Length
2708 nt
GC Content
0.3519
GUAUUCAGCGGCGACAGCGGCGACUGCGGCGGCCGCGGGAGGGCAUCCCGUUGGGGAUCCUUCCGCACACUGAAGAGUACGUCUUCGGGUCUACCCCUAAUCACAUAAUGGCUGUGUUUAAUCAGAAGUCUGUCUCGGAUAUGAUUAAAGAGUUUCGAAAAAAUUGGCGUGCUCUUUGUAACUCUGAGAGAACUACUCUAUGUGGUGCAGACUCCAUGCUCUUGGCAUUGCAGCUUUCUAUGGCGGAGAACAACAAACAGUGGAGAAUUUACAGUCUCUCUCAGUGAUGUUUUAUUGACAUGGAAAUACUUGCUCCAUGAGAAAUUGAACUUACCAGUUGAAAACAUGGACGUGACUGACCAUUAUGAGGACGUUAGGAAGAUUUAUGAUGAUUUCUUGAAGAACAGUAAUAUGUUAGAUCUGAUUGAUGUUUAUCAAAAAUGUAGGGCUUUGACUUCUAAUUGUGAAAAUUAUAACACAGUAUCUCCUAGUCAACUACUGGAUUUUCUGUCUGGCAAACAGUAUGCAGUAGGUGAUGAAACUGAUCUUUCUAUACCAACAUCACCAACAAGUAAAUACAACCGUGAUAAUGAAAAGGUGCAGCUGCUAGCAAGGAAAAUUAUCUUUUCAUAUUUAAAUCUGCUAGUGAAUUCAAAGAAUGACCUGGCUGUGGCUUAUAUUCUCAAUAUUCCUGAUAGAGGACUAGGAAGAGAAGCCUUCACUGAUUUGAAACAUGCUGCUCGAGAGAAACAAAUGUCUAUCUUUUUGGUGGCCACGUCUUUUAUUAGAACAAUAGAGCUUGGAGGGAAAGGAUAUGCACCACCACCAUCAGAUCCUUUAAGGACACAUGUAAAGGGAUUGUCUAAUUUUAUUAAUUUCAUUGACAAAUUAGAUGAGAUUCUUGGAGAAAUACCAAACCCAAGGUCUCCCACACAGGUGAAUAAUUCGAUAAAACCCCUAAGAGAACGCAUCUGUGUGUCAAUGCAAGAGAAAAAAAUUAAGAUGAAGCAAACUUUAAUUAGAUCCCAAUUUGCUUGUACUUAUAAAGAUGACUACAUGAUAAGCAAGGAUAAUUGGAAUAAUGUUAAUUUAGCAUCAAAGCCUUUGUGUGUUCUUUACAUGGAAAAUGACCUUUCUGAGGGUGUAAAUCCAUCUGUUGGAAGAUCAACAAUUGGAACGAGUUUUGGAAAUGUUCAUCUGGACAGAAGUAAAAAUGAAAAAGUAUCAAGAAAAUCAACCAGUCAGACAGGAAAUAAAAGCUCAAAAAGGAAACAGGUGGAUUUGGAUGGUGAAAAUAUUCUCUGUGAUAAUAGAAAUGAACCACCUCAACAUAAAAAUGCUAAAAUACCUAAGAAAUCAAAUGAUUCACAGAAUAGAUUGUACGGCAAACUAGCUAAAGUAGCAAAAAGUAAUAAAUGUACUGCCAAGGACAAGUUGAUUUCUGGCCAGGCAAAGUUAACUCAGUUUUUUAGACUAUAAAUUUGUGUCUUAUAUGCUUUAGGUUUAUGUAUCUAUAAACCAUUCACCAAAGACAUGCUUAAUUUUUAAGAGAUCAAGGUGUAAAUUAUGAUGAUUUAUUAUUUUGGUCUACAGUGUAUGUAAGGUUAGUAUGUUAAGCAUUGUUUAAAAAUACUAGUAAGUCAUAAUUAUGCAGAAUUUUCACAAAGUUUAAUGCACAGAGAAAGCAUAUCAUUUCAGUUACUGAUACAUCUUAACACUACUUUCUUUUAAAACAGACAUUUAACAUACACAAGUUAUAGUAGCAGUAUGGGCUUCUCCUCCCAUUGGCAAUUAAAUGCUUUUAUUUUCUUCUGAAAAGAUGAUGUGGACCAACAGGUAUCAGACUUGCCAACAAGGUCGGUAGACUCUUCCCAGCAUACAUCUGAGCACUGAAGGAAGAAGAAAGUUUAAAUUGUUUAAAGGACUAUAAUUAUCACACAAAAUUUAUUAAGAAAAAAAGAAUGGAUCUAGUAUAACUAAUUCUGAGUAAACCAAAAUGAUAAUAAUUAAUUGUUGCUAUUUAAUCCCACAUUUUUGGCAGGUGUAAUUGAGCCAUGGUCUUAUUUGAUUUUGUUAUGAUUGCAUCCAAAUUCACUUUAACUCAGAGUUCUGUUUAAUGGUGGUAGGAUGUAAGAAUUGAAUUUUGAAAAGACUACUCACUGUCAAAAUCUCUCCUUCCUAUAGGAAAUUUAGCUGAGUUUUCUUCAUCCCCAAUUUCUCUCUUUUCUUGUGUUGAUUCAGUAUUCUGAACUCCAUUCUCAGCUGGGAAAGCUACAGAUCCUUUUAGUGCAAGAUAAGGUUUUAUAGCCAGAUUCAGUGGCAGACCAUGAUUUAAGAAAUUAUGUUUGGAGCCUGUGUUCUGUAAAGAGAAGGUUGAUUUGGUUUUUAGCUAUCGUAUUCGGAGUGGAACUAUAAUACAAUUGUAUAAUAUUCUUGUUGAUCAAUUCAAAGUUACUCUGCACUGUUUUUGACUUUUUAAAAAUACCUUAGAUGCAAAUUUAUAGGAGAAAAAACACUUUCAGAUAAGAGGUGUUUGCUGGGAUGGAAGAACUACCUGGCAUGUAAGAAAUAUCGUCAGUCGUCCUAAUGCAUAUUGUGACUGUUUGCAUAUACUUCUGUUUAUAAAAGUAUCAGUUUUACUUUUCAGAGGAUUUGUAAGAAUCAUUUAAAUUUUCAUUGAAAUAAACGACAAGUCACAUUGCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-643.21 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -701.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 884.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.(((((..(((((..(....)..))))).((((((.(((((....)))))))))))..((.(((((((.....))))))))).....(((.....(((((((((((........))).(((((((((((((......((((((((..((..(....)..)).))))))))....))))))...(((((.....))))))))))))..(((((...))))).((((.((((((((.(((((((((.((...((.(((((........)))))))...)).)))))).))).))))))))...))))((((((...(((((.......))))).....)))))).........))))))))))).((((((((.((((.((((((.(((((((.........(((((.((..((((((..(.(((((........(((((((((((((......((((((..........)))))).............((((((.((...((((.......)))).)).))))))((((((.....((....))........))))))(((((((...((((((..(((...(((((((((((....(.((....)).)....))))))))))).......(((((((.((((((........(((((..(((((((((....(((((......(((((((((((((((((((......)))).)))...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...)))))))))))).......(((..(((((((...((.......)).)).......((((((((.............))))))))(((((((((..(((((...))))).)))))))))(((((.(((((.............)))))))))).((((((((((.....(((..............)))....))))))))))((((((((((((((..(((((..(((((((.((((((...((((((.(((((((.(((((..((((..((....))..))))...))))).).)))))).....(((((.((((((......(((...((.((((((.....((((..((....(((((..(((((((((((((((((((.......(((...)))....(((((((.....((((...((((....................................))))...)))).......)))))))........))))))))))))).((.((((....((((.(((((....)))))))))...))))))..(((....))).....)))))).)))))....))..)))).)))))).)).....)))......)))))).)))))...((((((((..(((((((.((((((.(((((((((.((......)))))))))))..))))))...(((((((.(((((((...(((((((((.((((((((....))))))))..........(((.((((..((((((((.((((((((((((((((((...))))))).)))))))))))(((((((...(((.((....)).))).)))))))))))))))...)))).))).......(((((((((((...)))))))..)))).....))))))))).......((((..((....)).)))).......(((........)))..........)))))))))))))).)))))))((......))(((....(((((((....((((((.((((((((((...((((((((((((((....)))......((((....))))(((....))).....))).))).)))))...))..))))))))..))))))...)))))))....))).....(((((((.......((((((.((((..........................)))).))))))......)))))))......))))))))..............(((((((((.......((((...(((((((.(((((..((...((..((((((((....(((((......(((....)))......)))))..))))))))..))..))..)))))))))))))))))))))))))....((((......)))).))))))..)))))).)))))))...))))).....))))))))))))))(((((....))))))))))..)))...))))))))))))))...................))))).........)))))).))))))).((((((((...)))))))).....(((((...((((....)))).)))))....(((((((..(((.(((....)))))))))))))...)))..))))))......)))))))......))))))...))))))).(((((((((....)))))))))((((((((....))))).))).....))))))..))))))..)).)))))(((((((.(((.....))))))))))..))))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).)))).(((...........)))............))).)))))))))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{(.(((({..(((((..(....)..))))){((((((.(((((....))))))))))),,,,.{{(((((.....)))))|||,....,||,...,.((((((((({(........}}}.(((((((((((((......((((((((..((,.,...,).,}}.)))))))),...))))))}..(((((.....))))),)))))),,(((((...}))}}.((((.((((((((.(({((((((.((...((.(((((........)))))))...)).)))))).})).))))))))...))))((((((...{{(({,,,,...})))).,,..)))))).,...,.,.)))))))),}}.((((((((.((((.((((({{(((((((,.{((((.,{{{.,|,,...,|,,|}}|.||}}}.}||,...{((((((((((((,{,...(((({{.........,|||||,..{{{(.,{{,..{(((((,((...((((,,,....}))).}}.)))}}|((((((.....{{....}}........))))))}.,,..{....,||....,|||,.(((((((((((...,{.{{....}}.,....}))))))))))..,....{((((((,(((((({...,,.},,.{{{{({(((((({.,.{{(({,....,,(((((((((((({{(((((......)))).)}}...........((((((.((((((.((....))...)))))).))))))...))))))))))))...,..,{{{..{(((({{,,{(({{,{,,,||{|{{{{,{{,{{((({{{{{({{({{{{.,{{(((,.|{(((((((((,.(({,(,.,|||||,}}}}}}}},(((({{(((((.............)))))))))).{(((((((((.....(((..............)))....))))))))))||||||,||{,,||.,|||||..||(((((.,,,|||||,{,,.{{.(((((((,(((({.,((((.....,,..,.,,,.))))))))).}.))))))....{(((({...}}))}},,,..}}}}|}||||}}}}},,|||}}}...,..{{{,|||||,||||,...((((..(((((,....,)))))..))))..{{{(((({....(((({..{{||,|,....}.,,.,|||.......}},......,,..))}}}}}))})}}...,.}}}}}}}...,|||,...{|||||{{{||{{|({{{....||||,(((((....))))},,||,..}},}||,.,,,....,||{{,,,....,,..{{{(((....}}}}}.,||..{{{.{{{{..,||},.,},{|{{.,.|}}},...,,{{......{||||{{,,{{{{{.{{{||{|||,|||,..,|)}}||}}||||,{|||}},.,{(({({{,,,,||{||||,{{(((({{,.((((((((....))))))))..........|||,|{(({{{,,,||||}((((((((((((((((((...)))))))},)))))))))).,,{(({|||{{{|{{.,{{||,|||{||,}|||}}}}}}}},,,}|||.}|}.......(((((((((({...}))))))..))))..,,{|||}}}}}|...,{{{{{{.{|,,||{{{|{||.||{||,}..,},|,.{{{{{|,......,,,,}}}}.|||||||||,|||,|||(((.....,,,||},}.{((((((.,,.{{((((.(((((((({(...((((((((((({,,....||{{,,.,{(({|,,...,}||||}}},},},.,,,)},}))).)))))...)}..)))))))),,)))}))}}.))))))}....}}}.,,,.|||,,,,......,{{{{{{.,,,.......,,}||,,,||,|,,,})),{||||{|||,|,...,,,|||||||.|,,,,,}}))}}}}}}}..........}}})))||{{{{{{{{{|{|.,,,{(((,,.,,,}}}},}}}},}}}}||))|)|....|||||,,.|}}|||}}}})))})},}}))))}},)))))))}}}}}}})},,||||.,|{||,,,}}}}}})),}}},...((((......)))).,,}})),}))))),,)))}}}},..,}})),},},)}))))}}))))}}{((((....))))},||||,,||},,.|}}||}}||||}||{,{{{{{|..,||,.|||||||||||,.,||||}}}}}}.))))}}}.((((((({...})))))))...))))|)),})}|{|,,,.,,)}}}}|||{||,||{{{{|,}|||.||{....})))))}))}}||,.{|{|..,,)))}.|||.,},}}}}},.,,,,)))))),..})))))}.{((((((({....})))))))}((((((((....))))).))).....{{{{{{{{||......))))))))|((((((.(((.....))))))))),..})))))))))))).)))).)))))))).....((((((((((((((.((.((((((.....(((((((.......))))))))))))))).))))},............,{|,...})},.....})),}))))))})))).)}..
Back